MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Caldicellulosiruptor hydrothermalis 108 chromosome

Total Repeats: 437

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_014652	AAGAG	2	10	6624	6633	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
2	NC_014652	ATAAA	2	10	13324	13333	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_014652	TTAAA	2	10	14319	14328	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_014652	GATTA	2	10	15260	15269	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
5	NC_014652	ATAAA	2	10	21912	21921	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_014652	TAACT	2	10	27460	27469	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
7	NC_014652	TTTAA	2	10	31266	31275	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_014652	GTTTT	2	10	49052	49061	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
9	NC_014652	TCTTT	2	10	49192	49201	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
10	NC_014652	AAGAG	2	10	50245	50254	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
11	NC_014652	AATTA	2	10	57683	57692	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_014652	AAAAG	2	10	57724	57733	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
13	NC_014652	GCAGG	2	10	62850	62859	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
14	NC_014652	GTAGT	2	10	78959	78968	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
15	NC_014652	ACTGA	2	10	111038	111047	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
16	NC_014652	TTACT	2	10	115223	115232	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
17	NC_014652	TCAAT	2	10	129953	129962	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
18	NC_014652	CAAAA	2	10	135570	135579	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
19	NC_014652	ATAAA	2	10	136535	136544	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_014652	AATTT	2	10	143022	143031	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_014652	GTTTT	2	10	159146	159155	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
22	NC_014652	GAAGG	2	10	174372	174381	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
23	NC_014652	AGTAC	2	10	176888	176897	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
24	NC_014652	TTACT	2	10	178719	178728	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
25	NC_014652	GTAAA	2	10	178965	178974	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
26	NC_014652	AAAAC	2	10	179032	179041	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
27	NC_014652	AAAAG	2	10	179121	179130	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
28	NC_014652	AAAAC	2	10	179262	179271	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
29	NC_014652	AAAAC	2	10	180882	180891	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
30	NC_014652	TAAAA	2	10	184181	184190	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_014652	GGTTG	2	10	189844	189853	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
32	NC_014652	GGGAT	2	10	191557	191566	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
33	NC_014652	AAAAT	2	10	210015	210024	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_014652	TTTAT	2	10	210709	210718	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_014652	GTTTT	2	10	216117	216126	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
36	NC_014652	TCTTT	2	10	216257	216266	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
37	NC_014652	TGCAA	2	10	216385	216394	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
38	NC_014652	TGAAT	2	10	228445	228454	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
39	NC_014652	AAAAG	2	10	229175	229184	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
40	NC_014652	AAAAC	2	10	229316	229325	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
41	NC_014652	TATCA	2	10	231292	231301	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
42	NC_014652	AAACA	2	10	232199	232208	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
43	NC_014652	CTAAG	2	10	261239	261248	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
44	NC_014652	AGTAT	2	10	265487	265496	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
45	NC_014652	ATATA	2	10	266918	266927	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_014652	AGGCA	2	10	274296	274305	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
47	NC_014652	ATTTA	2	10	285454	285463	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_014652	TATTG	2	10	287255	287264	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
49	NC_014652	GTTTT	2	10	290074	290083	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
50	NC_014652	TCTTT	2	10	290214	290223	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
51	NC_014652	ATTCT	2	10	290324	290333	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
52	NC_014652	GAGAT	2	10	293117	293126	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
53	NC_014652	TAAAA	2	10	294841	294850	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_014652	ATATA	2	10	299169	299178	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_014652	AGAAA	2	10	299499	299508	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
56	NC_014652	GTTTG	2	10	300309	300318	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
57	NC_014652	TGAGA	2	10	302680	302689	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
58	NC_014652	TGAAA	2	10	308491	308500	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
59	NC_014652	TAATA	2	10	312093	312102	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_014652	TGCTT	2	10	313467	313476	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
61	NC_014652	ATAAA	2	10	323214	323223	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_014652	AAAAT	2	10	331041	331050	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_014652	TGACA	2	10	331603	331612	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
64	NC_014652	GGGTG	2	10	337988	337997	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
65	NC_014652	TCGTG	2	10	338051	338060	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
66	NC_014652	GGGAG	2	10	339187	339196	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
67	NC_014652	AGGGG	2	10	340559	340568	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
68	NC_014652	CCGAA	2	10	340578	340587	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
69	NC_014652	GTAAA	2	10	347821	347830	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
70	NC_014652	AAATC	2	10	353765	353774	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
71	NC_014652	TAGGA	2	10	354437	354446	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
72	NC_014652	CAAAA	2	10	357296	357305	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
73	NC_014652	GTTAT	2	10	360288	360297	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
74	NC_014652	ATTTT	2	10	361530	361539	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_014652	TTCTT	2	10	368764	368773	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
76	NC_014652	GTAAC	2	10	369634	369643	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
77	NC_014652	ATTGA	2	10	375424	375433	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
78	NC_014652	TGCTT	2	10	375443	375452	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
79	NC_014652	TATCC	2	10	390127	390136	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
80	NC_014652	TATAA	2	10	398931	398940	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_014652	AAATT	2	10	400200	400209	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_014652	GGAAA	2	10	402134	402143	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
83	NC_014652	GAAAA	2	10	407175	407184	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
84	NC_014652	ATCGA	2	10	409851	409860	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
85	NC_014652	GGACA	2	10	462365	462374	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
86	NC_014652	CCATA	2	10	462923	462932	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
87	NC_014652	CCAAA	2	10	465793	465802	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
88	NC_014652	GGAGC	2	10	467257	467266	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
89	NC_014652	CAATA	2	10	479459	479468	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
90	NC_014652	AAACT	2	10	481765	481774	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
91	NC_014652	GCTTG	2	10	483258	483267	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
92	NC_014652	ATATA	2	10	484637	484646	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_014652	ACCAG	2	10	484716	484725	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
94	NC_014652	AAAAT	2	10	491304	491313	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_014652	CTAAA	2	10	497048	497057	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
96	NC_014652	TTTAA	2	10	502080	502089	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_014652	AAATA	2	10	502125	502134	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_014652	ATTTT	2	10	513484	513493	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_014652	GTTAA	2	10	518391	518400	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
100	NC_014652	ATTAG	2	10	520340	520349	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
101	NC_014652	AATTT	2	10	524797	524806	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_014652	TTTCT	2	10	530474	530483	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
103	NC_014652	AAAAT	2	10	530547	530556	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_014652	TATTT	2	10	536294	536303	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_014652	ATAAA	2	10	570971	570980	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_014652	AATAA	2	10	575530	575539	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_014652	TTATA	2	10	578890	578899	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_014652	AAAAT	2	10	583484	583493	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_014652	GTTTT	2	10	588223	588232	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
110	NC_014652	ATTTT	2	10	595756	595765	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_014652	TATAA	2	10	603870	603879	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_014652	AAAAG	2	10	606365	606374	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
113	NC_014652	AAGAA	2	10	612874	612883	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
114	NC_014652	TAAAA	3	15	634752	634766	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_014652	TAAAA	2	10	644601	644610	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_014652	TTTCA	2	10	646179	646188	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
117	NC_014652	AAAAG	2	10	669985	669994	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
118	NC_014652	AAAAC	2	10	670126	670135	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
119	NC_014652	TTTTA	2	10	690068	690077	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_014652	ACTTT	2	10	709905	709914	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
121	NC_014652	TAAAA	2	10	717367	717376	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_014652	TAAAA	2	10	727828	727837	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_014652	TTCTA	2	10	728156	728165	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
124	NC_014652	ATAAA	2	10	729795	729804	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_014652	AAAAG	2	10	735885	735894	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
126	NC_014652	AAAAC	2	10	736026	736035	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
127	NC_014652	AAAAT	2	10	743637	743646	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_014652	GATTA	2	10	746480	746489	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
129	NC_014652	TTTGA	2	10	748798	748807	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
130	NC_014652	TATAA	2	10	751596	751605	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_014652	ATAAA	2	10	755511	755520	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_014652	AATAA	2	10	756478	756487	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_014652	ATATT	2	10	757290	757299	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_014652	AAAAG	2	10	760648	760657	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
135	NC_014652	AAAAC	2	10	760789	760798	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
136	NC_014652	AAATA	2	10	785494	785503	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_014652	AACAA	2	10	785513	785522	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
138	NC_014652	ATTTT	2	10	794731	794740	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_014652	TATTT	2	10	794893	794902	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_014652	GGCGG	2	10	802704	802713	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
141	NC_014652	TTTGA	2	10	814000	814009	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
142	NC_014652	TTTTA	2	10	821582	821591	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_014652	TTTGC	2	10	831298	831307	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
144	NC_014652	TACAA	2	10	832574	832583	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
145	NC_014652	ATATT	2	10	832772	832781	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_014652	TCTTT	2	10	835441	835450	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
147	NC_014652	GTTTT	2	10	838258	838267	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
148	NC_014652	ATAGT	2	10	840168	840177	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
149	NC_014652	ATGGA	2	10	853680	853689	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
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427	NC_014652	CTTCA	2	10	2730481	2730490	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
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429	NC_014652	AATAG	2	10	2734160	2734169	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
430	NC_014652	TCTTT	2	10	2736520	2736529	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
431	NC_014652	AGTAT	2	10	2743086	2743095	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
432	NC_014652	AATTA	2	10	2752703	2752712	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
433	NC_014652	TATAA	2	10	2752774	2752783	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
434	NC_014652	CTTAA	2	10	2753938	2753947	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
435	NC_014652	TAAAA	2	10	2756977	2756986	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
436	NC_014652	AAAAG	2	10	2757042	2757051	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
437	NC_014652	CTTTT	2	10	2765919	2765928	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.