MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Bifidobacterium bifidum PRL2010 chromosome

Total Repeats: 121

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_014638	TCGCGT	2	12	15353	15364	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_014638	GCCTGC	2	12	26824	26835	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
3	NC_014638	AGGCGA	2	12	45591	45602	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_014638	GCATAT	2	12	45851	45862	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
5	NC_014638	TTACAT	2	12	59473	59484	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
6	NC_014638	AACGCC	2	12	62636	62647	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
7	NC_014638	CGTACG	2	12	68242	68253	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
8	NC_014638	AGTTCA	2	12	98758	98769	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
9	NC_014638	GCGCAG	2	12	103580	103591	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_014638	TGCTTT	2	12	107943	107954	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
11	NC_014638	GATATG	2	12	155934	155945	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
12	NC_014638	TGCGGA	2	12	162608	162619	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
13	NC_014638	ACGGGT	2	12	175234	175245	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
14	NC_014638	TTCCCG	2	12	200752	200763	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
15	NC_014638	GAATTG	2	12	210218	210229	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
16	NC_014638	AGCGGA	2	12	218770	218781	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
17	NC_014638	AACGGC	2	12	245526	245537	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
18	NC_014638	AGGCGA	2	12	264699	264710	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
19	NC_014638	GGCCGG	2	12	283685	283696	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
20	NC_014638	AAATAG	2	12	327185	327196	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
21	NC_014638	CGGCTT	2	12	352983	352994	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_014638	ATGAAC	2	12	354407	354418	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
23	NC_014638	CGCGTC	2	12	361334	361345	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
24	NC_014638	ACATCA	2	12	366242	366253	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
25	NC_014638	CTGACG	2	12	373948	373959	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
26	NC_014638	GCCCCG	2	12	397128	397139	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
27	NC_014638	GCGTGC	2	12	424536	424547	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
28	NC_014638	GTTTTT	2	12	428067	428078	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
29	NC_014638	CCGATA	2	12	439420	439431	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_014638	CCGACG	2	12	449110	449121	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
31	NC_014638	CGGCCG	2	12	457887	457898	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
32	NC_014638	GATGCG	2	12	488331	488342	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
33	NC_014638	CGGCGA	2	12	505235	505246	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
34	NC_014638	AGAACA	2	12	506269	506280	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
35	NC_014638	AACGTC	2	12	548393	548404	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
36	NC_014638	TGGCGA	2	12	610248	610259	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
37	NC_014638	GATTCA	2	12	634983	634994	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
38	NC_014638	GGCGAA	2	12	655117	655128	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
39	NC_014638	TGCGAA	2	12	660366	660377	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
40	NC_014638	CCGTGC	2	12	663074	663085	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
41	NC_014638	CCGTGT	2	12	703427	703438	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
42	NC_014638	CTTGCG	2	12	733735	733746	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
43	NC_014638	GTTTTT	2	12	753431	753442	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
44	NC_014638	GCGGCA	2	12	753688	753699	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
45	NC_014638	GTATCG	2	12	773580	773591	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
46	NC_014638	AGCCCA	2	12	794187	794198	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
47	NC_014638	AACCGG	2	12	801250	801261	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
48	NC_014638	GAGTGA	2	12	808867	808878	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
49	NC_014638	GACACA	2	12	842874	842885	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_014638	ATGTAG	2	12	845338	845349	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
51	NC_014638	GTTTTT	2	12	949096	949107	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
52	NC_014638	AGTCGA	2	12	950493	950504	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
53	NC_014638	AAAAGC	2	12	950755	950766	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
54	NC_014638	GATTGG	2	12	955793	955804	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
55	NC_014638	CCCGCT	2	12	1026985	1026996	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
56	NC_014638	GGGTGG	2	12	1028899	1028910	0 %	16.67 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
57	NC_014638	CAGTGA	2	12	1037150	1037161	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
58	NC_014638	CGAGCG	2	12	1136569	1136580	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
59	NC_014638	CAAAAG	2	12	1145996	1146007	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
60	NC_014638	GCCGTT	2	12	1152390	1152401	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
61	NC_014638	CTGCCG	2	12	1191670	1191681	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
62	NC_014638	CGCGGC	2	12	1291252	1291263	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
63	NC_014638	AACGCA	2	12	1298558	1298569	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
64	NC_014638	CCCGTT	2	12	1313223	1313234	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
65	NC_014638	CCCGCG	2	12	1328648	1328659	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
66	NC_014638	ATCCCA	2	12	1367477	1367488	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
67	NC_014638	AGTGAT	2	12	1372641	1372652	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
68	NC_014638	GATTCC	2	12	1375953	1375964	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
69	NC_014638	CTGGCG	2	12	1464687	1464698	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
70	NC_014638	GGCCGC	2	12	1487849	1487860	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
71	NC_014638	ATATGC	2	12	1490928	1490939	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
72	NC_014638	CATCAG	2	12	1516122	1516133	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
73	NC_014638	GCTTGC	2	12	1521639	1521650	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
74	NC_014638	GCCCAC	2	12	1524839	1524850	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
75	NC_014638	TCAGCC	2	12	1541844	1541855	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
76	NC_014638	TGGCGG	2	12	1541933	1541944	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
77	NC_014638	CCAATC	2	12	1546364	1546375	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
78	NC_014638	CGATGA	2	12	1555727	1555738	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
79	NC_014638	CGCGCC	2	12	1587305	1587316	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
80	NC_014638	CCGCGT	2	12	1591295	1591306	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
81	NC_014638	CGTCAC	2	12	1636012	1636023	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
82	NC_014638	CTCTTT	2	12	1642588	1642599	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
83	NC_014638	CCGTCG	2	12	1646965	1646976	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
84	NC_014638	GCCCGC	2	12	1649013	1649024	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
85	NC_014638	ATCGGC	2	12	1649147	1649158	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
86	NC_014638	GCCGGC	2	12	1652825	1652836	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
87	NC_014638	ATCAAT	2	12	1662587	1662598	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
88	NC_014638	CATTGC	2	12	1668452	1668463	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
89	NC_014638	GATCGC	2	12	1674327	1674338	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
90	NC_014638	ACAGCA	2	12	1674404	1674415	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
91	NC_014638	GCTGCG	2	12	1674670	1674681	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
92	NC_014638	CGTGAG	2	12	1674773	1674784	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
93	NC_014638	AGAAAA	2	12	1681139	1681150	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
94	NC_014638	CGAAAC	2	12	1683611	1683622	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
95	NC_014638	CGGCCA	2	12	1686216	1686227	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
96	NC_014638	GGGTCC	2	12	1690683	1690694	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
97	NC_014638	TGCGGC	2	12	1697302	1697313	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
98	NC_014638	CTGAGG	2	12	1697337	1697348	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
99	NC_014638	GTTCTT	2	12	1719539	1719550	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
100	NC_014638	CAAAAA	2	12	1787503	1787514	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
101	NC_014638	CGCTAC	2	12	1788086	1788097	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
102	NC_014638	CACCGT	2	12	1788265	1788276	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
103	NC_014638	GTGACG	3	18	1804143	1804160	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
104	NC_014638	GCGGGC	2	12	1863361	1863372	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
105	NC_014638	GCGGAT	2	12	1891996	1892007	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
106	NC_014638	TAGGCG	2	12	1965017	1965028	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
107	NC_014638	CGTCAC	2	12	2000364	2000375	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
108	NC_014638	CGACAC	2	12	2014534	2014545	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
109	NC_014638	CCGGCC	2	12	2026333	2026344	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
110	NC_014638	GGGCTG	2	12	2030294	2030305	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
111	NC_014638	GGGAGA	2	12	2032756	2032767	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
112	NC_014638	CGTCAA	2	12	2081595	2081606	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
113	NC_014638	TCGGCA	2	12	2082844	2082855	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
114	NC_014638	CATTTC	2	12	2110494	2110505	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
115	NC_014638	TATGGT	2	12	2119997	2120008	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
116	NC_014638	TCGAAA	2	12	2124812	2124823	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
117	NC_014638	TTTTCA	2	12	2140716	2140727	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
118	NC_014638	CGCGCC	2	12	2146732	2146743	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
119	NC_014638	CGCGCC	2	12	2153835	2153846	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
120	NC_014638	ATGCCG	2	12	2160925	2160936	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
121	NC_014638	CATCCC	2	12	2191629	2191640	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.