MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Bifidobacterium bifidum PRL2010 chromosome

Total Repeats: 365

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_014638	CGAAT	2	10	3340	3349	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
2	NC_014638	ATGAC	2	10	3382	3391	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
3	NC_014638	CGCGA	2	10	15401	15410	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
4	NC_014638	ACGCC	2	10	17581	17590	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
5	NC_014638	CGGGC	2	10	36578	36587	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
6	NC_014638	AAGAA	2	10	37007	37016	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
7	NC_014638	GTCGG	2	10	44721	44730	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
8	NC_014638	AGGGC	2	10	49680	49689	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
9	NC_014638	ATGGC	2	10	55649	55658	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
10	NC_014638	ATCAG	2	10	56381	56390	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
11	NC_014638	GGCGT	2	10	60141	60150	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
12	NC_014638	TCTTG	2	10	66595	66604	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
13	NC_014638	GTGAT	2	10	66722	66731	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
14	NC_014638	TTGTT	2	10	68463	68472	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
15	NC_014638	AGGAA	2	10	79339	79348	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
16	NC_014638	CGCCT	2	10	81008	81017	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
17	NC_014638	AAGGA	2	10	81079	81088	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
18	NC_014638	GGGTC	2	10	87340	87349	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
19	NC_014638	GGCGC	2	10	89309	89318	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
20	NC_014638	TGCGA	2	10	98701	98710	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
21	NC_014638	GCGCA	2	10	107082	107091	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
22	NC_014638	CTTGC	2	10	107389	107398	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
23	NC_014638	ACGAG	2	10	113854	113863	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
24	NC_014638	AACGC	2	10	135692	135701	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
25	NC_014638	GGACG	2	10	142114	142123	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
26	NC_014638	TCATT	2	10	152448	152457	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
27	NC_014638	CAGCA	2	10	155683	155692	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
28	NC_014638	AAGAG	2	10	167049	167058	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
29	NC_014638	CTCCG	2	10	172022	172031	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
30	NC_014638	GGGCC	2	10	181066	181075	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
31	NC_014638	CACGC	2	10	191305	191314	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
32	NC_014638	CTGAT	2	10	198072	198081	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
33	NC_014638	AAAAG	2	10	205865	205874	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
34	NC_014638	TTGTC	2	10	210259	210268	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
35	NC_014638	GGAGC	2	10	216168	216177	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
36	NC_014638	CGGCG	2	10	220898	220907	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
37	NC_014638	CGGCG	2	10	223818	223827	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
38	NC_014638	GGCGT	2	10	244370	244379	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
39	NC_014638	CGGGG	2	10	244623	244632	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
40	NC_014638	GGGAT	2	10	247686	247695	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
41	NC_014638	CCGTC	2	10	247794	247803	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
42	NC_014638	TCGCA	2	10	249082	249091	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
43	NC_014638	AAAGG	2	10	264191	264200	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
44	NC_014638	GATGT	2	10	268094	268103	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
45	NC_014638	AGCAC	2	10	273189	273198	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
46	NC_014638	CGCTC	2	10	286979	286988	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
47	NC_014638	CCGGC	2	10	294574	294583	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
48	NC_014638	CTCCC	2	10	296059	296068	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
49	NC_014638	CCGGC	2	10	303290	303299	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
50	NC_014638	TGGGC	2	10	304770	304779	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
51	NC_014638	CGCCA	2	10	304785	304794	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
52	NC_014638	TAGAT	2	10	308023	308032	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
53	NC_014638	CGCAC	2	10	308770	308779	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
54	NC_014638	CCACC	2	10	310375	310384	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
55	NC_014638	AAGGT	2	10	310624	310633	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
56	NC_014638	AGCGA	2	10	312384	312393	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
57	NC_014638	CATGG	2	10	318657	318666	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
58	NC_014638	GCATC	2	10	321060	321069	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
59	NC_014638	CGGCT	2	10	331416	331425	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
60	NC_014638	TTGAC	2	10	334016	334025	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
61	NC_014638	AAGCC	2	10	340062	340071	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
62	NC_014638	GCGCC	2	10	340266	340275	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
63	NC_014638	GGCAG	2	10	342314	342323	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
64	NC_014638	CGCTG	2	10	346495	346504	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
65	NC_014638	GTGAG	2	10	346571	346580	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
66	NC_014638	AAACA	2	10	351292	351301	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
67	NC_014638	CGAGC	2	10	356788	356797	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
68	NC_014638	CGTGA	2	10	360453	360462	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
69	NC_014638	AAGGA	2	10	364972	364981	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
70	NC_014638	CGCAG	2	10	367801	367810	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
71	NC_014638	GGCGC	2	10	370866	370875	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
72	NC_014638	AGGCG	2	10	370911	370920	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
73	NC_014638	CATGG	2	10	371808	371817	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
74	NC_014638	TGAAA	2	10	372203	372212	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
75	NC_014638	CCCGT	2	10	373244	373253	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
76	NC_014638	AGAGC	2	10	373839	373848	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
77	NC_014638	AGCGA	2	10	379651	379660	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
78	NC_014638	CGACG	2	10	380528	380537	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
79	NC_014638	ACATG	2	10	386543	386552	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
80	NC_014638	AAGGA	2	10	387830	387839	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
81	NC_014638	TTCTG	2	10	389379	389388	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
82	NC_014638	GGCCC	2	10	398652	398661	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
83	NC_014638	ATCGA	2	10	404882	404891	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
84	NC_014638	CTCGG	2	10	407560	407569	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
85	NC_014638	CGCGA	2	10	422440	422449	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
86	NC_014638	TTGAG	2	10	425512	425521	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
87	NC_014638	CAAGA	2	10	430403	430412	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
88	NC_014638	TGTCG	2	10	433548	433557	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
89	NC_014638	TCGCT	2	10	435773	435782	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
90	NC_014638	GTTGT	2	10	435825	435834	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
91	NC_014638	GATCG	2	10	447374	447383	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
92	NC_014638	TTCGT	2	10	462492	462501	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
93	NC_014638	CGGTG	2	10	477612	477621	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
94	NC_014638	ACCAC	2	10	485685	485694	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
95	NC_014638	TGAGC	2	10	491658	491667	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
96	NC_014638	TTGGT	2	10	494432	494441	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
97	NC_014638	TTGTT	2	10	497973	497982	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
98	NC_014638	TTGCC	2	10	501482	501491	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
99	NC_014638	GAGAA	2	10	505348	505357	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
100	NC_014638	CGACC	2	10	505812	505821	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
101	NC_014638	TGCCG	2	10	530460	530469	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
102	NC_014638	GAGCC	2	10	564960	564969	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
103	NC_014638	GCTGC	2	10	565231	565240	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
104	NC_014638	GTATG	2	10	565458	565467	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
105	NC_014638	TACAT	2	10	573093	573102	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
106	NC_014638	ATGTT	2	10	584751	584760	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
107	NC_014638	ACCAC	2	10	605558	605567	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
108	NC_014638	TGCGT	2	10	610202	610211	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
109	NC_014638	CCGGG	2	10	617937	617946	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
110	NC_014638	GATTC	2	10	625239	625248	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
111	NC_014638	CTTGC	2	10	625818	625827	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
112	NC_014638	ATGGC	2	10	638334	638343	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
113	NC_014638	CGCTC	2	10	643307	643316	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
114	NC_014638	TGCCG	2	10	645064	645073	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
115	NC_014638	AGCGG	2	10	650448	650457	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
116	NC_014638	TCTCC	2	10	654097	654106	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
117	NC_014638	ATCAT	2	10	654160	654169	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
118	NC_014638	TACCA	2	10	657539	657548	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
119	NC_014638	GCATG	2	10	657705	657714	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
120	NC_014638	ATGCG	2	10	676693	676702	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
121	NC_014638	TGGGT	2	10	680903	680912	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
122	NC_014638	ACCCA	2	10	680935	680944	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
123	NC_014638	TGAAG	2	10	682977	682986	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
124	NC_014638	GCGTG	2	10	694615	694624	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
125	NC_014638	TGGAG	2	10	701741	701750	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
126	NC_014638	TTTCC	2	10	705803	705812	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
127	NC_014638	ACGGC	2	10	709449	709458	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
128	NC_014638	CTCAT	2	10	711836	711845	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
129	NC_014638	GGTCA	2	10	720561	720570	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
130	NC_014638	GTAGG	2	10	738159	738168	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
131	NC_014638	GGTTT	2	10	744226	744235	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
132	NC_014638	CGGTT	2	10	751303	751312	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
133	NC_014638	CATTT	2	10	773621	773630	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
134	NC_014638	TTGTA	2	10	776514	776523	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
135	NC_014638	CGTGT	2	10	777702	777711	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
136	NC_014638	TGAGA	2	10	784323	784332	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
137	NC_014638	AGCGG	2	10	800735	800744	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
138	NC_014638	TGCCG	2	10	801028	801037	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
139	NC_014638	GTGTG	2	10	801230	801239	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
140	NC_014638	TGCGG	2	10	808394	808403	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
141	NC_014638	GGCCC	2	10	813036	813045	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
142	NC_014638	CGTGC	2	10	814962	814971	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
143	NC_014638	GGGCA	2	10	826850	826859	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
144	NC_014638	GGCCG	2	10	831551	831560	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
145	NC_014638	CGCCC	2	10	836818	836827	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
146	NC_014638	GGTAG	2	10	842946	842955	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
147	NC_014638	TCGGA	2	10	845414	845423	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
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262	NC_014638	ACGGC	2	10	1674789	1674798	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
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267	NC_014638	GCGCG	2	10	1688833	1688842	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
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323	NC_014638	CATGC	2	10	2036423	2036432	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
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339	NC_014638	AACGT	2	10	2140669	2140678	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
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342	NC_014638	TCCGA	2	10	2148973	2148982	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
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346	NC_014638	ATCCG	2	10	2151752	2151761	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
347	NC_014638	AGTAC	2	10	2151890	2151899	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
348	NC_014638	CTCCC	2	10	2154826	2154835	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
349	NC_014638	CGCAC	2	10	2155713	2155722	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
350	NC_014638	TCCGA	2	10	2156076	2156085	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
351	NC_014638	CACGA	2	10	2156309	2156318	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
352	NC_014638	ACGAC	2	10	2160974	2160983	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
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360	NC_014638	TAGGA	2	10	2189143	2189152	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
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362	NC_014638	AGGTC	2	10	2206732	2206741	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.