MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Paenibacillus polymyxa SC2 plasmid pSC2

Total Repeats: 189

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_014628	TTATTT	2	12	1423	1434	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_014628	GACCAC	2	12	2055	2066	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	310830364
3	NC_014628	CCTGTA	2	12	2411	2422	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	310830364
4	NC_014628	CTTTGT	2	12	2943	2954	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	310830364
5	NC_014628	TTCAAC	2	12	3283	3294	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	310830364
6	NC_014628	CTTGTT	2	12	3390	3401	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	310830364
7	NC_014628	GATTTC	2	12	4491	4502	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	310830366
8	NC_014628	TTTTCT	2	12	5201	5212	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	310830367
9	NC_014628	TGAAGA	2	12	9030	9041	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	310830371
10	NC_014628	TCAACT	2	12	11424	11435	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	310830375
11	NC_014628	GTTAAA	2	12	14381	14392	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	310830381
12	NC_014628	ACTACA	2	12	14560	14571	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	310830381
13	NC_014628	GATTTC	2	12	15690	15701	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
14	NC_014628	GATTTT	2	12	22680	22691	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	310830389
15	NC_014628	AGCTTC	2	12	23644	23655	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	310830389
16	NC_014628	TATAAT	2	12	24234	24245	50 %	50 %	0 %	0 %	310830389
17	NC_014628	GAAGCA	2	12	25995	26006	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	310830390
18	NC_014628	CTTCCG	2	12	30803	30814	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	310830392
19	NC_014628	TACTGC	2	12	34077	34088	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	310830393
20	NC_014628	TCAATA	2	12	41343	41354	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
21	NC_014628	TCTTTT	2	12	44469	44480	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	310830400
22	NC_014628	ATTCCT	2	12	45036	45047	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	310830401
23	NC_014628	TTCTTT	2	12	45056	45067	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	310830401
24	NC_014628	TATTGT	2	12	48666	48677	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	310830406
25	NC_014628	TTTCAA	2	12	58012	58023	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	310830414
26	NC_014628	ATCTCT	2	12	59088	59099	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	310830416
27	NC_014628	AAGTAA	2	12	60761	60772	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	310830418
28	NC_014628	ACCATA	2	12	61985	61996	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	310830420
29	NC_014628	ATCAAA	2	12	71727	71738	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	310830430
30	NC_014628	GTTAAC	2	12	72285	72296	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	310830431
31	NC_014628	AATTTC	3	18	79531	79548	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	310830442
32	NC_014628	TTTTTC	2	12	81004	81015	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	310830443
33	NC_014628	ATATGG	2	12	81781	81792	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	310830443
34	NC_014628	TGACGT	2	12	84630	84641	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	310830448
35	NC_014628	CTTCAT	2	12	84853	84864	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	310830448
36	NC_014628	ATGAAA	2	12	88560	88571	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
37	NC_014628	GGACTG	2	12	90768	90779	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	310830453
38	NC_014628	CTTCTC	2	12	95446	95457	0 %	50 %	0 %	50 %	310830456
39	NC_014628	CGTCTG	2	12	95506	95517	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	310830456
40	NC_014628	GGTCTT	2	12	95740	95751	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	310830456
41	NC_014628	TCACAA	2	12	95791	95802	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	310830456
42	NC_014628	TAATAT	2	12	100441	100452	50 %	50 %	0 %	0 %	310830460
43	NC_014628	ACACTC	2	12	106227	106238	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	310830465
44	NC_014628	TTTATC	2	12	106331	106342	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	310830465
45	NC_014628	TTTGGA	2	12	113186	113197	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	310830468
46	NC_014628	CTTGTC	2	12	121613	121624	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	310830478
47	NC_014628	CTTTTT	2	12	122370	122381	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
48	NC_014628	TCCTCT	2	12	130535	130546	0 %	50 %	0 %	50 %	310830489
49	NC_014628	ATCAAA	2	12	131130	131141	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
50	NC_014628	AGAAAA	2	12	134057	134068	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	310830492
51	NC_014628	TATAAT	2	12	134770	134781	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_014628	TTAAAT	2	12	136811	136822	50 %	50 %	0 %	0 %	310830493
53	NC_014628	GAAAAG	2	12	138293	138304	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	310830495
54	NC_014628	TTGCAA	2	12	139586	139597	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	310830495
55	NC_014628	TTGGTT	2	12	142775	142786	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	310830498
56	NC_014628	GAAAAA	2	12	149419	149430	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	310830505
57	NC_014628	TTGCTC	2	12	149453	149464	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	310830505
58	NC_014628	AAGATG	2	12	150792	150803	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
59	NC_014628	AAAAAG	2	12	151696	151707	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
60	NC_014628	TAAAGA	2	12	151974	151985	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	310830506
61	NC_014628	ATTTAA	2	12	155324	155335	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_014628	AATTGA	2	12	156479	156490	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	310830511
63	NC_014628	ATACGA	2	12	158979	158990	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
64	NC_014628	GCTGGT	2	12	167127	167138	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	310830523
65	NC_014628	ATGAAT	2	12	167271	167282	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	310830523
66	NC_014628	GGTCAA	2	12	167877	167888	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	310830523
67	NC_014628	GGAGTT	2	12	171057	171068	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	310830525
68	NC_014628	AATTGG	2	12	176061	176072	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
69	NC_014628	GCTATA	2	12	177134	177145	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	310830532
70	NC_014628	TTGTGG	2	12	178601	178612	0 %	50 %	50 %	0 %	310830535
71	NC_014628	TTGAAA	2	12	179866	179877	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	310830539
72	NC_014628	AAATTT	2	12	179972	179983	50 %	50 %	0 %	0 %	310830539
73	NC_014628	TACGAT	2	12	180284	180295	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	310830539
74	NC_014628	TGAGGA	2	12	180977	180988	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	310830540
75	NC_014628	CGCTGG	2	12	184891	184902	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	310830550
76	NC_014628	AAACAT	2	12	186997	187008	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
77	NC_014628	ACGGTG	2	12	190834	190845	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	310830560
78	NC_014628	CTTCGA	2	12	200286	200297	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	310830575
79	NC_014628	CATGGT	2	12	200649	200660	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	310830575
80	NC_014628	CTTTCA	2	12	201318	201329	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	310830576
81	NC_014628	CATCTT	2	12	205565	205576	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	310830583
82	NC_014628	ACTTTC	2	12	205641	205652	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	310830583
83	NC_014628	ATGCAT	2	12	209943	209954	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	310830586
84	NC_014628	AAGAAA	2	12	214664	214675	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	310830588
85	NC_014628	AGTGTA	2	12	214931	214942	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	310830588
86	NC_014628	CGATAA	2	12	220871	220882	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	310830595
87	NC_014628	TAGTTG	2	12	225257	225268	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	310830602
88	NC_014628	TAAAAA	2	12	225623	225634	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_014628	GAAAGA	2	12	225675	225686	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	310830603
90	NC_014628	TGTATC	2	12	227107	227118	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	310830605
91	NC_014628	TTTAAC	2	12	227645	227656	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
92	NC_014628	GAATGT	2	12	227958	227969	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	310830606
93	NC_014628	CAGGCA	2	12	232161	232172	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	310830615
94	NC_014628	TTATAA	2	12	236081	236092	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_014628	AGTATG	2	12	236120	236131	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
96	NC_014628	AGTCCA	2	12	237985	237996	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	310830620
97	NC_014628	ATGGGA	2	12	238245	238256	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	310830620
98	NC_014628	AAGAAA	2	12	238474	238485	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	310830620
99	NC_014628	AAATTA	2	12	241390	241401	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_014628	TGAGGA	2	12	243712	243723	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	310830624
101	NC_014628	AAAGAA	2	12	245481	245492	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
102	NC_014628	TCTTTT	2	12	253718	253729	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	310830634
103	NC_014628	AATGGA	2	12	258682	258693	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	310830641
104	NC_014628	ACACCA	2	12	258947	258958	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
105	NC_014628	AATCGG	2	12	266404	266415	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	310830654
106	NC_014628	GTAAAA	2	12	267553	267564	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	310830657
107	NC_014628	ATTTTT	2	12	269235	269246	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_014628	AAAATA	2	12	272973	272984	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	310830665
109	NC_014628	GGATGA	2	12	273699	273710	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	310830667
110	NC_014628	ATTTTA	2	12	274780	274791	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_014628	AATGAA	2	12	275445	275456	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	310830669
112	NC_014628	AGTTGT	2	12	275686	275697	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	310830670
113	NC_014628	ATGAAA	2	12	275992	276003	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
114	NC_014628	ATTTAA	2	12	276144	276155	50 %	50 %	0 %	0 %	310830671
115	NC_014628	GAAAAA	2	12	279467	279478	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
116	NC_014628	CCCTTT	2	12	283102	283113	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
117	NC_014628	TGTTAT	2	12	286075	286086	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	310830690
118	NC_014628	CATCTT	2	12	286180	286191	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	310830690
119	NC_014628	TACCAG	2	12	287700	287711	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	310830691
120	NC_014628	TTAAAA	2	12	288131	288142	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	310830691
121	NC_014628	GAAAAG	2	12	292520	292531	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	310830699
122	NC_014628	TGTCAT	2	12	294430	294441	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	310830701
123	NC_014628	ACTACA	2	12	294983	294994	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	310830702
124	NC_014628	AAATGA	2	12	296755	296766	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
125	NC_014628	GGAACG	2	12	298077	298088	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	310830710
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128	NC_014628	GTTTGA	2	12	309424	309435	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
129	NC_014628	TATTGA	2	12	313705	313716	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
130	NC_014628	AATTAA	2	12	314757	314768	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_014628	TGGTTT	2	12	322355	322366	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
132	NC_014628	TTTCTG	2	12	324959	324970	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	310830742
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134	NC_014628	TGAAAA	2	12	332813	332824	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	310830758
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140	NC_014628	ATTCGT	2	12	370671	370682	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
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143	NC_014628	CCATCA	2	12	383488	383499	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	310830826
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151	NC_014628	TTTTTA	2	12	405613	405624	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
152	NC_014628	TAGTCG	2	12	407050	407061	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
153	NC_014628	ATGACT	2	12	407915	407926	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	310830856
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172	NC_014628	ATTAAA	2	12	479999	480010	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
173	NC_014628	TAAACT	2	12	483400	483411	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	310830954
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.