MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Pantoea vagans C9-1 plasmid pPag2

Total Repeats: 49

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_014563	TTGATC	2	12	4289	4300	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	308189212
2	NC_014563	CAGCGC	2	12	8373	8384	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	308189218
3	NC_014563	CGCCAC	2	12	9308	9319	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	308189219
4	NC_014563	AATCGA	2	12	12633	12644	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	308189223
5	NC_014563	GTCACC	2	12	20971	20982	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	308189232
6	NC_014563	ACGTCA	2	12	27875	27886	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
7	NC_014563	TGCGGG	2	12	30917	30928	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	308189243
8	NC_014563	CTGATG	2	12	36351	36362	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	308189249
9	NC_014563	TGGCAG	2	12	36517	36528	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	308189249
10	NC_014563	GGGACT	2	12	37542	37553	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	308189250
11	NC_014563	CTTCCC	2	12	39696	39707	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	308189252
12	NC_014563	GGAGCG	2	12	42039	42050	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
13	NC_014563	CCCAAC	2	12	46759	46770	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	308189268
14	NC_014563	CTACTT	2	12	49706	49717	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_014563	CAGGAA	2	12	51586	51597	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	308189277
16	NC_014563	AGCCTG	2	12	53049	53060	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	308189279
17	NC_014563	ATGGGA	2	12	53141	53152	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	308189279
18	NC_014563	TGGGTG	2	12	59533	59544	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	308189287
19	NC_014563	CGGTGC	2	12	61064	61075	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	308189289
20	NC_014563	CTTGAT	2	12	61898	61909	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	308189290
21	NC_014563	ATTGTG	2	12	66648	66659	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	308189301
22	NC_014563	CCTTAC	2	12	68001	68012	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	308189303
23	NC_014563	GTCAGC	2	12	73093	73104	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	308189311
24	NC_014563	ACGAAT	2	12	76583	76594	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
25	NC_014563	CTTAAG	2	12	76841	76852	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
26	NC_014563	ATTATA	2	12	76967	76978	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_014563	GCGCAG	2	12	80639	80650	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	308189322
28	NC_014563	CCCCAT	2	12	80693	80704	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	308189322
29	NC_014563	CCTCCC	2	12	93126	93137	0 %	16.67 %	0 %	83.33 %	308189351
30	NC_014563	TCAGGC	2	12	93186	93197	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	308189351
31	NC_014563	AGGCTG	2	12	94206	94217	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	308189352
32	NC_014563	GCTGAT	2	12	94963	94974	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	308189353
33	NC_014563	GAATAG	2	12	97164	97175	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	308189357
34	NC_014563	CCAGCT	2	12	99459	99470	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	308189362
35	NC_014563	AAGCGT	2	12	108241	108252	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	308189370
36	NC_014563	ACGGCA	2	12	120543	120554	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	308189380
37	NC_014563	AGGAAA	2	12	121544	121555	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	308189381
38	NC_014563	TTTCTA	2	12	126820	126831	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
39	NC_014563	GCATAA	2	12	127410	127421	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
40	NC_014563	CTTTCC	2	12	127696	127707	0 %	50 %	0 %	50 %	308189392
41	NC_014563	GGTCAC	2	12	128790	128801	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	308189393
42	NC_014563	GTGCAT	2	12	132602	132613	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	308189398
43	NC_014563	TTATCT	2	12	136344	136355	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
44	NC_014563	GCCTGT	2	12	137372	137383	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	308189405
45	NC_014563	GTGCTG	2	12	143295	143306	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	308189410
46	NC_014563	CGAGGC	2	12	150186	150197	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	308189416
47	NC_014563	TATTGA	2	12	151991	152002	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	308189417
48	NC_014563	GTTTTG	2	12	153099	153110	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	308189419
49	NC_014563	CTTCTG	2	12	156234	156245	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	308189422

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.