MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Helicobacter pylori PeCan4 chromosome

Total Repeats: 216

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_014555	TTTTA	2	10	4915	4924	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_014555	TTGCT	2	10	6186	6195	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
3	NC_014555	GTCGT	2	10	6492	6501	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
4	NC_014555	GCTTT	2	10	13364	13373	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
5	NC_014555	ATGAA	2	10	24886	24895	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
6	NC_014555	CTTAG	2	10	42321	42330	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
7	NC_014555	TGCCT	2	10	47225	47234	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
8	NC_014555	ATTAT	2	10	53601	53610	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_014555	TTAAA	2	10	53655	53664	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_014555	AAAGA	2	10	54266	54275	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
11	NC_014555	GGTGG	2	10	62490	62499	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
12	NC_014555	ATACC	2	10	63161	63170	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
13	NC_014555	TAAGA	2	10	85721	85730	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
14	NC_014555	TAAAA	2	10	85792	85801	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_014555	GGCTT	2	10	90377	90386	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
16	NC_014555	AATTT	2	10	95070	95079	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_014555	AAAAT	2	10	101756	101765	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_014555	TTTTA	2	10	104237	104246	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_014555	CAATC	2	10	119292	119301	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
20	NC_014555	ATAAA	2	10	134923	134932	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_014555	CAAAT	2	10	151527	151536	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
22	NC_014555	AATAA	2	10	158802	158811	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_014555	TCTTA	2	10	163185	163194	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
24	NC_014555	TAAAA	2	10	163288	163297	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_014555	AAAAC	2	10	163319	163328	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
26	NC_014555	TTTAA	2	10	175926	175935	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_014555	TTCAA	2	10	189004	189013	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
28	NC_014555	AAACA	2	10	199522	199531	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
29	NC_014555	AAAAC	2	10	218319	218328	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
30	NC_014555	AACAG	2	10	219750	219759	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
31	NC_014555	TTTTA	2	10	225768	225777	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_014555	AGCTA	2	10	231729	231738	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
33	NC_014555	AAATT	2	10	242576	242585	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_014555	CAATC	2	10	251687	251696	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
35	NC_014555	AAATA	2	10	270379	270388	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_014555	GTTTT	2	10	275997	276006	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
37	NC_014555	TAGCA	2	10	315349	315358	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
38	NC_014555	TCGCT	2	10	315594	315603	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
39	NC_014555	TTATA	2	10	319470	319479	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_014555	GATTG	2	10	319972	319981	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
41	NC_014555	TTTTA	2	10	337654	337663	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_014555	AAATA	2	10	352284	352293	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_014555	AAAAC	2	10	355398	355407	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
44	NC_014555	TAAAG	2	10	414715	414724	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
45	NC_014555	TTAAT	2	10	416334	416343	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_014555	TTGTT	2	10	421140	421149	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
47	NC_014555	ATAAA	2	10	426516	426525	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_014555	AAAAT	2	10	426550	426559	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_014555	TAACA	2	10	447430	447439	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
50	NC_014555	AATAA	2	10	448819	448828	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_014555	TATCC	2	10	463826	463835	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
52	NC_014555	TTTTG	2	10	467084	467093	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
53	NC_014555	TGAGC	2	10	471632	471641	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
54	NC_014555	AGTTT	2	10	473488	473497	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
55	NC_014555	TAACT	2	10	478027	478036	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
56	NC_014555	AGGCT	2	10	486307	486316	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
57	NC_014555	TAAAA	2	10	492041	492050	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_014555	CTTTT	2	10	509074	509083	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
59	NC_014555	TCGTT	2	10	512150	512159	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
60	NC_014555	AAAAT	2	10	512652	512661	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_014555	ATTTA	2	10	517901	517910	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_014555	ATTTG	2	10	521080	521089	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
63	NC_014555	CAAAC	2	10	534081	534090	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
64	NC_014555	ATACC	2	10	534403	534412	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
65	NC_014555	TTTAA	2	10	539260	539269	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_014555	GCTAT	2	10	540757	540766	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
67	NC_014555	ATTTT	2	10	540790	540799	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_014555	TTGTA	2	10	545017	545026	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
69	NC_014555	AAAAG	2	10	554048	554057	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
70	NC_014555	AAAAC	2	10	566060	566069	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
71	NC_014555	GAAAA	2	10	578256	578265	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
72	NC_014555	TAGCG	2	10	578585	578594	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
73	NC_014555	TTTCA	2	10	578680	578689	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
74	NC_014555	TAAGG	2	10	587185	587194	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
75	NC_014555	CGCTT	2	10	587297	587306	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
76	NC_014555	CAACA	2	10	593925	593934	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
77	NC_014555	ATAAG	2	10	604033	604042	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
78	NC_014555	TTTAA	2	10	618949	618958	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_014555	TTTAA	2	10	641636	641645	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_014555	ATCTT	2	10	646859	646868	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
81	NC_014555	GTTTT	2	10	668025	668034	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
82	NC_014555	AAACA	2	10	678542	678551	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
83	NC_014555	CTTTT	2	10	679642	679651	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
84	NC_014555	ATTAA	2	10	726340	726349	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_014555	ATTTA	2	10	732377	732386	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_014555	ACCAC	2	10	732865	732874	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
87	NC_014555	TATAG	2	10	736318	736327	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
88	NC_014555	AAAAC	2	10	743472	743481	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
89	NC_014555	TCTTT	2	10	770985	770994	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
90	NC_014555	TTTTA	2	10	797807	797816	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_014555	TTTGT	2	10	803688	803697	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
92	NC_014555	TAAAA	2	10	830096	830105	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_014555	ATTAA	2	10	841940	841949	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_014555	TTAAA	2	10	849684	849693	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_014555	GCTTT	2	10	862430	862439	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
96	NC_014555	CTTTC	2	10	862588	862597	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
97	NC_014555	TTTTC	2	10	862819	862828	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
98	NC_014555	TTTAA	2	10	881020	881029	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_014555	ATTTT	2	10	885735	885744	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_014555	TATAA	2	10	894125	894134	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_014555	ATTGG	2	10	907711	907720	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
102	NC_014555	TGTGG	2	10	907874	907883	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
103	NC_014555	AAATC	2	10	908355	908364	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
104	NC_014555	TCGTA	2	10	910869	910878	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
105	NC_014555	TAAAA	2	10	914353	914362	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_014555	TCAAG	2	10	945551	945560	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
107	NC_014555	TTTAG	2	10	957110	957119	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
108	NC_014555	AGATT	2	10	958737	958746	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
109	NC_014555	CAAAT	2	10	965356	965365	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
110	NC_014555	GTTTT	2	10	980598	980607	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
111	NC_014555	TATAA	2	10	1005875	1005884	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_014555	TTCAA	2	10	1006971	1006980	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
113	NC_014555	CTCAT	2	10	1007201	1007210	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
114	NC_014555	TCACT	2	10	1008679	1008688	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
115	NC_014555	TACTT	2	10	1008977	1008986	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
116	NC_014555	AACGA	2	10	1013339	1013348	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
117	NC_014555	ATTTA	2	10	1013926	1013935	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_014555	AAACT	2	10	1014828	1014837	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
119	NC_014555	GATGC	2	10	1026719	1026728	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
120	NC_014555	AAAAT	2	10	1035614	1035623	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_014555	TAAAA	2	10	1068350	1068359	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_014555	GATTT	2	10	1131021	1131030	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
123	NC_014555	AATTT	2	10	1131057	1131066	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_014555	CACGA	2	10	1131963	1131972	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
125	NC_014555	TTACC	2	10	1132761	1132770	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
126	NC_014555	TAAAA	3	15	1134629	1134643	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_014555	GTTCT	2	10	1134644	1134653	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
128	NC_014555	TAAAA	2	10	1135029	1135038	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_014555	CCAAT	2	10	1135072	1135081	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
130	NC_014555	TTAAA	2	10	1141578	1141587	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_014555	AAAAG	2	10	1143169	1143178	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
132	NC_014555	AAAGC	2	10	1156243	1156252	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
133	NC_014555	TTAAT	2	10	1167138	1167147	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_014555	AAATC	2	10	1173085	1173094	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
135	NC_014555	TAAAA	2	10	1180356	1180365	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_014555	CAATC	2	10	1181771	1181780	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
137	NC_014555	CTAGA	2	10	1199429	1199438	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
138	NC_014555	ATTTA	2	10	1209594	1209603	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_014555	ATTAG	2	10	1210815	1210824	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
140	NC_014555	ATGAG	2	10	1230003	1230012	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
141	NC_014555	AACAA	2	10	1230033	1230042	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
142	NC_014555	ACAAA	2	10	1230197	1230206	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
143	NC_014555	CTTTT	2	10	1249804	1249813	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
144	NC_014555	AATCA	2	10	1250008	1250017	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
145	NC_014555	TTTCA	2	10	1250200	1250209	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
146	NC_014555	GGCTG	2	10	1250260	1250269	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
147	NC_014555	AATTG	2	10	1250857	1250866	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
148	NC_014555	AAACT	2	10	1251180	1251189	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
149	NC_014555	AAACA	2	10	1251537	1251546	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
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151	NC_014555	AGTGA	2	10	1283524	1283533	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
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157	NC_014555	TGTTA	2	10	1350037	1350046	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
158	NC_014555	AATTT	2	10	1356163	1356172	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
159	NC_014555	TGTGA	2	10	1365838	1365847	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
160	NC_014555	TTATG	2	10	1368327	1368336	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
161	NC_014555	TATAA	2	10	1369467	1369476	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
162	NC_014555	TTCAA	2	10	1370562	1370571	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
163	NC_014555	CTCAT	2	10	1370792	1370801	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
164	NC_014555	TCACT	2	10	1372270	1372279	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
165	NC_014555	TACTT	2	10	1372568	1372577	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
166	NC_014555	TCTTT	2	10	1378159	1378168	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
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176	NC_014555	GCTTG	2	10	1495542	1495551	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
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178	NC_014555	GTTTG	2	10	1513792	1513801	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
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184	NC_014555	ATATT	2	10	1524426	1524435	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
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191	NC_014555	TTTTC	2	10	1533467	1533476	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
192	NC_014555	ACCCT	2	10	1533517	1533526	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
193	NC_014555	CATGA	2	10	1533671	1533680	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
194	NC_014555	AATTT	2	10	1533863	1533872	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
195	NC_014555	TTTTA	2	10	1554183	1554192	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
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197	NC_014555	TTTGT	2	10	1560225	1560234	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
198	NC_014555	TTGTT	2	10	1560247	1560256	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
199	NC_014555	TTGCC	2	10	1560793	1560802	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
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207	NC_014555	TAATC	2	10	1571923	1571932	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
208	NC_014555	GCCCA	2	10	1572489	1572498	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
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210	NC_014555	TGTGG	2	10	1600393	1600402	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
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212	NC_014555	AAAAT	2	10	1608378	1608387	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
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216	NC_014555	TTAAA	2	10	1628472	1628481	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.