MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Cyanothece sp. PCC 7822 plasmid Cy782203

Total Repeats: 195

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_014502	TTTAG	2	10	1134	1143	20 %	60 %	20 %	0 %	307149709
2	NC_014502	ATAAA	2	10	1803	1812	80 %	20 %	0 %	0 %	307149709
3	NC_014502	GAGAA	2	10	2019	2028	60 %	0 %	40 %	0 %	307149710
4	NC_014502	TTGGG	2	10	5548	5557	0 %	40 %	60 %	0 %	307149712
5	NC_014502	AAGGA	2	10	8353	8362	60 %	0 %	40 %	0 %	307149714
6	NC_014502	GATTG	2	10	8556	8565	20 %	40 %	40 %	0 %	307149714
7	NC_014502	CTAAA	2	10	10471	10480	60 %	20 %	0 %	20 %	307149715
8	NC_014502	AAATT	2	10	12336	12345	60 %	40 %	0 %	0 %	307149717
9	NC_014502	GATTA	2	10	12801	12810	40 %	40 %	20 %	0 %	307149717
10	NC_014502	TTTAA	2	10	12980	12989	40 %	60 %	0 %	0 %	307149717
11	NC_014502	TTTTG	2	10	13548	13557	0 %	80 %	20 %	0 %	307149717
12	NC_014502	CTTAT	2	10	13743	13752	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
13	NC_014502	TATTC	2	10	14259	14268	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
14	NC_014502	GGAAA	2	10	15283	15292	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
15	NC_014502	AATTA	2	10	16375	16384	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_014502	CCGAA	2	10	17232	17241	40 %	0 %	20 %	40 %	307149720
17	NC_014502	TAATC	2	10	22647	22656	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
18	NC_014502	GTTGA	2	10	23686	23695	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
19	NC_014502	TGAAT	2	10	24303	24312	40 %	40 %	20 %	0 %	307149725
20	NC_014502	CAAAA	2	10	26601	26610	80 %	0 %	0 %	20 %	307149727
21	NC_014502	CAAAT	2	10	28996	29005	60 %	20 %	0 %	20 %	307149734
22	NC_014502	AATAC	2	10	30986	30995	60 %	20 %	0 %	20 %	307149737
23	NC_014502	TGTTT	2	10	32092	32101	0 %	80 %	20 %	0 %	307149740
24	NC_014502	TCAGG	2	10	32463	32472	20 %	20 %	40 %	20 %	307149740
25	NC_014502	CGTAA	2	10	32481	32490	40 %	20 %	20 %	20 %	307149740
26	NC_014502	TGATG	2	10	33657	33666	20 %	40 %	40 %	0 %	307149741
27	NC_014502	AATTA	2	10	34666	34675	60 %	40 %	0 %	0 %	307149743
28	NC_014502	ATTTC	2	10	41529	41538	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
29	NC_014502	AAAAG	2	10	43310	43319	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
30	NC_014502	ATTAA	2	10	44814	44823	60 %	40 %	0 %	0 %	307149752
31	NC_014502	AGTTA	2	10	45068	45077	40 %	40 %	20 %	0 %	307149752
32	NC_014502	TAATT	2	10	45078	45087	40 %	60 %	0 %	0 %	307149752
33	NC_014502	GCTTG	2	10	45558	45567	0 %	40 %	40 %	20 %	307149752
34	NC_014502	GATCA	2	10	46586	46595	40 %	20 %	20 %	20 %	307149753
35	NC_014502	CATAG	2	10	47502	47511	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
36	NC_014502	ACTGG	2	10	55096	55105	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
37	NC_014502	AAGAC	2	10	55202	55211	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
38	NC_014502	ACTAA	2	10	55247	55256	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
39	NC_014502	TTCGC	2	10	55275	55284	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
40	NC_014502	TAGCC	2	10	56751	56760	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
41	NC_014502	TTAAT	2	10	57880	57889	40 %	60 %	0 %	0 %	307149757
42	NC_014502	ATTAC	2	10	58189	58198	40 %	40 %	0 %	20 %	307149758
43	NC_014502	ATGTT	2	10	60440	60449	20 %	60 %	20 %	0 %	307149760
44	NC_014502	TAATT	2	10	61032	61041	40 %	60 %	0 %	0 %	307149761
45	NC_014502	CTTAA	2	10	64212	64221	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
46	NC_014502	AAAAT	2	10	65676	65685	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_014502	ATGGA	2	10	65865	65874	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
48	NC_014502	CATAA	2	10	66655	66664	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
49	NC_014502	ATTCC	2	10	67229	67238	20 %	40 %	0 %	40 %	307149765
50	NC_014502	AGATA	2	10	69999	70008	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
51	NC_014502	TCGAT	2	10	70073	70082	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
52	NC_014502	CAAGC	2	10	70392	70401	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
53	NC_014502	GATTT	2	10	70723	70732	20 %	60 %	20 %	0 %	307149766
54	NC_014502	AATTT	2	10	70973	70982	40 %	60 %	0 %	0 %	307149766
55	NC_014502	AAGTT	2	10	71925	71934	40 %	40 %	20 %	0 %	307149767
56	NC_014502	GGGTT	2	10	73286	73295	0 %	40 %	60 %	0 %	307149769
57	NC_014502	GCCAA	2	10	76776	76785	40 %	0 %	20 %	40 %	307149772
58	NC_014502	TTAAT	2	10	78929	78938	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_014502	GTTTT	2	10	80316	80325	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
60	NC_014502	TTCTT	2	10	81022	81031	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
61	NC_014502	TTCTT	2	10	81158	81167	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
62	NC_014502	GAAAA	2	10	81877	81886	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
63	NC_014502	CCGCT	2	10	83874	83883	0 %	20 %	20 %	60 %	307149776
64	NC_014502	GAGTT	2	10	84751	84760	20 %	40 %	40 %	0 %	307149776
65	NC_014502	ACGTT	2	10	85325	85334	20 %	40 %	20 %	20 %	307149776
66	NC_014502	TAAAT	2	10	86911	86920	60 %	40 %	0 %	0 %	307149776
67	NC_014502	TCACC	2	10	87180	87189	20 %	20 %	0 %	60 %	307149776
68	NC_014502	TAAAT	2	10	91769	91778	60 %	40 %	0 %	0 %	307149776
69	NC_014502	TAATG	2	10	94456	94465	40 %	40 %	20 %	0 %	307149776
70	NC_014502	GTTGG	2	10	95147	95156	0 %	40 %	60 %	0 %	307149776
71	NC_014502	TATTT	2	10	95632	95641	20 %	80 %	0 %	0 %	307149776
72	NC_014502	CTTCT	2	10	96096	96105	0 %	60 %	0 %	40 %	307149776
73	NC_014502	CTCCA	2	10	96147	96156	20 %	20 %	0 %	60 %	307149776
74	NC_014502	TAGTT	2	10	98126	98135	20 %	60 %	20 %	0 %	307149776
75	NC_014502	ATCTA	2	10	98740	98749	40 %	40 %	0 %	20 %	307149776
76	NC_014502	AACTG	2	10	99403	99412	40 %	20 %	20 %	20 %	307149776
77	NC_014502	TTTTG	2	10	99668	99677	0 %	80 %	20 %	0 %	307149776
78	NC_014502	ATATG	2	10	101715	101724	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
79	NC_014502	GGAAA	2	10	104623	104632	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
80	NC_014502	CTCTT	2	10	107117	107126	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
81	NC_014502	CATAA	2	10	108356	108365	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
82	NC_014502	TTAAA	2	10	109331	109340	60 %	40 %	0 %	0 %	307149779
83	NC_014502	TTTTA	2	10	111556	111565	20 %	80 %	0 %	0 %	307149782
84	NC_014502	TTTCC	2	10	113442	113451	0 %	60 %	0 %	40 %	307149783
85	NC_014502	TAATT	2	10	114141	114150	40 %	60 %	0 %	0 %	307149784
86	NC_014502	CCATT	2	10	114445	114454	20 %	40 %	0 %	40 %	307149785
87	NC_014502	AAGAC	2	10	117780	117789	60 %	0 %	20 %	20 %	307149787
88	NC_014502	CTTCT	2	10	118878	118887	0 %	60 %	0 %	40 %	307149788
89	NC_014502	CACCG	2	10	122299	122308	20 %	0 %	20 %	60 %	307149790
90	NC_014502	GTCGT	2	10	126430	126439	0 %	40 %	40 %	20 %	307149792
91	NC_014502	CTTTA	2	10	128347	128356	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
92	NC_014502	ATTTC	2	10	130153	130162	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
93	NC_014502	TAAAT	2	10	131646	131655	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_014502	CTTTA	2	10	132927	132936	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
95	NC_014502	GATAA	2	10	135010	135019	60 %	20 %	20 %	0 %	307149802
96	NC_014502	TAAAA	2	10	135685	135694	80 %	20 %	0 %	0 %	307149802
97	NC_014502	AACAG	2	10	138740	138749	60 %	0 %	20 %	20 %	307149806
98	NC_014502	GGAAG	2	10	139256	139265	40 %	0 %	60 %	0 %	307149806
99	NC_014502	GATTA	2	10	145384	145393	40 %	40 %	20 %	0 %	307149811
100	NC_014502	GTCGT	2	10	145397	145406	0 %	40 %	40 %	20 %	307149811
101	NC_014502	GTTCA	2	10	147070	147079	20 %	40 %	20 %	20 %	307149812
102	NC_014502	GTAAA	2	10	147588	147597	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
103	NC_014502	TAAGG	2	10	149152	149161	40 %	20 %	40 %	0 %	307149815
104	NC_014502	GGTTA	2	10	151026	151035	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
105	NC_014502	ATTCA	2	10	151593	151602	40 %	40 %	0 %	20 %	307149817
106	NC_014502	GGGCA	2	10	152088	152097	20 %	0 %	60 %	20 %	307149817
107	NC_014502	TTTTA	2	10	155386	155395	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_014502	ATAAA	2	10	155756	155765	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_014502	TTTTC	2	10	157005	157014	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
110	NC_014502	TTTTC	2	10	157109	157118	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
111	NC_014502	AAATT	2	10	158005	158014	60 %	40 %	0 %	0 %	307149821
112	NC_014502	AACGG	2	10	158911	158920	40 %	0 %	40 %	20 %	307149822
113	NC_014502	AGAGG	2	10	160737	160746	40 %	0 %	60 %	0 %	307149823
114	NC_014502	AATGA	2	10	162617	162626	60 %	20 %	20 %	0 %	307149825
115	NC_014502	GGTGG	2	10	164058	164067	0 %	20 %	80 %	0 %	307149827
116	NC_014502	CATCT	2	10	166741	166750	20 %	40 %	0 %	40 %	307149832
117	NC_014502	CCACC	2	10	170075	170084	20 %	0 %	0 %	80 %	307149834
118	NC_014502	TATTG	2	10	171956	171965	20 %	60 %	20 %	0 %	307149834
119	NC_014502	TTCCC	2	10	173454	173463	0 %	40 %	0 %	60 %	307149834
120	NC_014502	TATCT	2	10	174732	174741	20 %	60 %	0 %	20 %	307149834
121	NC_014502	TAATT	2	10	174929	174938	40 %	60 %	0 %	0 %	307149834
122	NC_014502	AGCAT	2	10	175668	175677	40 %	20 %	20 %	20 %	307149836
123	NC_014502	TAAAT	2	10	176689	176698	60 %	40 %	0 %	0 %	307149838
124	NC_014502	GTTGA	2	10	177861	177870	20 %	40 %	40 %	0 %	307149840
125	NC_014502	CTTTT	2	10	181726	181735	0 %	80 %	0 %	20 %	307149847
126	NC_014502	GCCTA	2	10	183456	183465	20 %	20 %	20 %	40 %	307149849
127	NC_014502	TCCAT	2	10	184125	184134	20 %	40 %	0 %	40 %	307149851
128	NC_014502	TGATT	2	10	184588	184597	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
129	NC_014502	TGAGA	2	10	184917	184926	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
130	NC_014502	ATCAA	2	10	187458	187467	60 %	20 %	0 %	20 %	307149855
131	NC_014502	CGTCC	2	10	189287	189296	0 %	20 %	20 %	60 %	307149857
132	NC_014502	CACTC	2	10	190384	190393	20 %	20 %	0 %	60 %	307149857
133	NC_014502	AATTT	2	10	192346	192355	40 %	60 %	0 %	0 %	307149860
134	NC_014502	CATAA	2	10	193191	193200	60 %	20 %	0 %	20 %	307149861
135	NC_014502	TCCCA	2	10	197105	197114	20 %	20 %	0 %	60 %	307149868
136	NC_014502	ACCGT	2	10	197139	197148	20 %	20 %	20 %	40 %	307149868
137	NC_014502	CTAAT	2	10	203649	203658	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
138	NC_014502	GCAGC	2	10	204153	204162	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
139	NC_014502	CGATG	2	10	205173	205182	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
140	NC_014502	TAAAT	2	10	207274	207283	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_014502	TAAAT	2	10	207637	207646	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_014502	TAAAT	2	10	208000	208009	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_014502	AGTTA	2	10	209388	209397	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
144	NC_014502	AGTTA	2	10	210084	210093	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
145	NC_014502	TTTGA	2	10	219385	219394	20 %	60 %	20 %	0 %	307149884
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147	NC_014502	GCCAA	2	10	226967	226976	40 %	0 %	20 %	40 %	307149893
148	NC_014502	TAATT	2	10	229311	229320	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_014502	AAATT	2	10	234026	234035	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
150	NC_014502	TAACT	2	10	236865	236874	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
151	NC_014502	GTAAA	2	10	237860	237869	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
152	NC_014502	AGATT	2	10	239806	239815	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
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154	NC_014502	TAACA	2	10	243583	243592	60 %	20 %	0 %	20 %	307149904
155	NC_014502	CTCAA	2	10	243793	243802	40 %	20 %	0 %	40 %	307149904
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157	NC_014502	AAATT	2	10	247165	247174	60 %	40 %	0 %	0 %	307149906
158	NC_014502	GAAGA	2	10	248638	248647	60 %	0 %	40 %	0 %	307149906
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162	NC_014502	TAATT	2	10	255536	255545	40 %	60 %	0 %	0 %	307149914
163	NC_014502	CCTTT	2	10	255745	255754	0 %	60 %	0 %	40 %	307149914
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166	NC_014502	CCCCT	2	10	261445	261454	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
167	NC_014502	AAAAC	2	10	261691	261700	80 %	0 %	0 %	20 %	307149922
168	NC_014502	CACCC	2	10	261886	261895	20 %	0 %	0 %	80 %	307149922
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171	NC_014502	CGGTG	2	10	267051	267060	0 %	20 %	60 %	20 %	307149926
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174	NC_014502	AGGGA	2	10	269751	269760	40 %	0 %	60 %	0 %	307149928
175	NC_014502	GGGAA	2	10	270218	270227	40 %	0 %	60 %	0 %	307149929
176	NC_014502	TCCTT	2	10	271098	271107	0 %	60 %	0 %	40 %	307149930
177	NC_014502	TAGAT	2	10	276377	276386	40 %	40 %	20 %	0 %	307149934
178	NC_014502	AACTA	2	10	277682	277691	60 %	20 %	0 %	20 %	307149936
179	NC_014502	GACCC	2	10	279079	279088	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
180	NC_014502	TATCT	2	10	280345	280354	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
181	NC_014502	ATTAA	2	10	281124	281133	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
182	NC_014502	GATTA	2	10	284134	284143	40 %	40 %	20 %	0 %	307149939
183	NC_014502	GTCGT	2	10	284147	284156	0 %	40 %	40 %	20 %	307149939
184	NC_014502	GTCTT	2	10	285430	285439	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
185	NC_014502	GTTCA	2	10	285817	285826	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
186	NC_014502	GTAAA	2	10	286356	286365	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
187	NC_014502	ATTAA	2	10	286611	286620	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
188	NC_014502	TAAAT	2	10	286753	286762	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
189	NC_014502	AAATA	2	10	287035	287044	80 %	20 %	0 %	0 %	307149940
190	NC_014502	CTTTT	2	10	287647	287656	0 %	80 %	0 %	20 %	307149941
191	NC_014502	AGTTT	2	10	289772	289781	20 %	60 %	20 %	0 %	307149943
192	NC_014502	CCCCA	2	10	289784	289793	20 %	0 %	0 %	80 %	307149943
193	NC_014502	TAAGG	2	10	290044	290053	40 %	20 %	40 %	0 %	307149943
194	NC_014502	GGTTA	2	10	291921	291930	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
195	NC_014502	TAACA	2	10	291963	291972	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.