MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Streptococcus pneumoniae AP200 chromosome

Total Repeats: 112

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_014494	TAAGGA	2	12	16897	16908	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2	NC_014494	GAAGTG	2	12	19985	19996	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
3	NC_014494	ACTAAT	2	12	20015	20026	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_014494	CATCTC	2	12	20901	20912	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
5	NC_014494	TTTTTA	2	12	27851	27862	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_014494	GAAAGT	2	12	33134	33145	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
7	NC_014494	CAGGCT	2	12	58564	58575	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
8	NC_014494	TAAAAA	2	12	74807	74818	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_014494	AAAAAT	2	12	90812	90823	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_014494	TTCTAT	2	12	98392	98403	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
11	NC_014494	TCCCAT	2	12	104245	104256	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
12	NC_014494	TAAAAA	2	12	128383	128394	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_014494	AAGCAG	2	12	132124	132135	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
14	NC_014494	GCTTAT	2	12	143350	143361	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
15	NC_014494	TTTTAC	2	12	223536	223547	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
16	NC_014494	ACGATA	2	12	250731	250742	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
17	NC_014494	TCTTAA	2	12	267546	267557	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
18	NC_014494	GGTTGC	2	12	284551	284562	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
19	NC_014494	ATTTTT	2	12	299274	299285	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_014494	TCTTTT	2	12	303993	304004	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
21	NC_014494	GAAAAA	2	12	335303	335314	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
22	NC_014494	GCAGTT	2	12	375096	375107	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
23	NC_014494	AGAAAT	2	12	420797	420808	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
24	NC_014494	ATGAAG	2	12	431626	431637	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
25	NC_014494	GCTTGC	2	12	462365	462376	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
26	NC_014494	TTTTAT	2	12	481308	481319	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_014494	TAAAAA	2	12	504863	504874	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_014494	TGCTTT	2	12	511117	511128	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
29	NC_014494	AAAACA	2	12	528968	528979	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
30	NC_014494	AAAATG	2	12	530484	530495	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
31	NC_014494	TCTTTT	2	12	541560	541571	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
32	NC_014494	AAAGTT	2	12	593129	593140	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
33	NC_014494	TAAAGA	2	12	593587	593598	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
34	NC_014494	CTAATT	2	12	601056	601067	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
35	NC_014494	ACTTCT	2	12	609774	609785	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
36	NC_014494	AGATTG	2	12	695192	695203	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
37	NC_014494	TTTTCA	2	12	738554	738565	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
38	NC_014494	GAACAA	2	12	750551	750562	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
39	NC_014494	TTTGTT	2	12	750563	750574	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
40	NC_014494	AAAAAC	2	12	764103	764114	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
41	NC_014494	TTCGGG	2	12	787370	787381	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
42	NC_014494	AGGAGA	2	12	849897	849908	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
43	NC_014494	ATTTTT	2	12	852052	852063	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_014494	TAATTA	2	12	857895	857906	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_014494	TTAAAA	2	12	879043	879054	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_014494	TATAAA	2	12	882617	882628	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_014494	TATTTT	2	12	903603	903614	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_014494	AAAAAG	2	12	933792	933803	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
49	NC_014494	ACCAAG	2	12	934655	934666	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_014494	ACAAAC	2	12	941171	941182	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
51	NC_014494	TTTTTA	2	12	953673	953684	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_014494	CGCTTT	2	12	961659	961670	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
53	NC_014494	CTATTT	2	12	965154	965165	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
54	NC_014494	AAAAAG	2	12	965203	965214	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
55	NC_014494	TTTTCT	2	12	975489	975500	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
56	NC_014494	AGTTCT	2	12	980732	980743	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
57	NC_014494	CTATTT	2	12	995135	995146	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
58	NC_014494	AATAAA	2	12	1026484	1026495	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_014494	TTTCAA	2	12	1026830	1026841	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
60	NC_014494	ATATTT	2	12	1098540	1098551	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_014494	TAAAAA	2	12	1102717	1102728	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_014494	TTTTTA	2	12	1107506	1107517	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_014494	TTTTTG	2	12	1150862	1150873	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
64	NC_014494	GTTTGT	2	12	1160043	1160054	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
65	NC_014494	TGAAAA	2	12	1178977	1178988	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
66	NC_014494	GTTGAA	2	12	1184521	1184532	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
67	NC_014494	AGAAAA	2	12	1216834	1216845	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
68	NC_014494	TAAAAA	2	12	1258387	1258398	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_014494	AATCTA	2	12	1287611	1287622	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
70	NC_014494	TGAATT	2	12	1297804	1297815	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
71	NC_014494	AATCTA	2	12	1301817	1301828	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
72	NC_014494	TAGGTA	2	12	1319771	1319782	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
73	NC_014494	TTGAAA	2	12	1330746	1330757	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
74	NC_014494	GATGGT	2	12	1360379	1360390	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
75	NC_014494	TTTTAT	2	12	1371666	1371677	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_014494	GCATAA	2	12	1385795	1385806	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
77	NC_014494	ATGAAA	2	12	1407996	1408007	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
78	NC_014494	TGCTTC	2	12	1428997	1429008	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
79	NC_014494	ACTAAA	2	12	1430319	1430330	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
80	NC_014494	AAATTT	2	12	1445079	1445090	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_014494	CCGTTT	2	12	1539499	1539510	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
82	NC_014494	TTAAAA	2	12	1594281	1594292	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_014494	ATTTGA	2	12	1653863	1653874	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
84	NC_014494	TAATCA	2	12	1661834	1661845	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
85	NC_014494	AAAAAG	2	12	1667979	1667990	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
86	NC_014494	CACTTC	2	12	1678192	1678203	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
87	NC_014494	AAAAAT	2	12	1689457	1689468	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_014494	TCTATT	2	12	1694861	1694872	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
89	NC_014494	GAACAT	2	12	1711480	1711491	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
90	NC_014494	TAGGCT	2	12	1734720	1734731	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
91	NC_014494	ATATCA	2	12	1739457	1739468	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
92	NC_014494	TCATTA	2	12	1746468	1746479	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
93	NC_014494	TAATCA	2	12	1765226	1765237	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
94	NC_014494	TATTAG	2	12	1792854	1792865	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
95	NC_014494	CACTTC	2	12	1792885	1792896	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
96	NC_014494	TCCTTA	2	12	1795973	1795984	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
97	NC_014494	CCAGAA	2	12	1824760	1824771	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
98	NC_014494	AGGACA	2	12	1868376	1868387	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
99	NC_014494	AAAAAT	2	12	1872778	1872789	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_014494	TATTAG	2	12	1884866	1884877	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
101	NC_014494	CACTTC	2	12	1884897	1884908	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
102	NC_014494	TCCTTA	2	12	1887985	1887996	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
103	NC_014494	ATGATT	2	12	1902230	1902241	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
104	NC_014494	CCCGAA	2	12	1948028	1948039	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
105	NC_014494	TATTAG	2	12	1948905	1948916	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
106	NC_014494	CACTTC	2	12	1948936	1948947	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
107	NC_014494	TCCTTA	2	12	1952025	1952036	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
108	NC_014494	TCTTTT	2	12	2008189	2008200	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
109	NC_014494	GTTTTT	2	12	2025840	2025851	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
110	NC_014494	TAAATT	2	12	2031637	2031648	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_014494	TCCAAC	2	12	2037056	2037067	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
112	NC_014494	ACCTTG	2	12	2086760	2086771	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.