MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Spirochaeta smaragdinae DSM 11293 chromosome

Total Repeats: 98

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_014364	TGCAGC	2	12	134591	134602	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_014364	GTAGAT	2	12	146348	146359	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
3	NC_014364	GTTTGT	2	12	229059	229070	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
4	NC_014364	TTTCCT	2	12	239356	239367	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
5	NC_014364	CCGGTA	2	12	251610	251621	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
6	NC_014364	GCTCAG	2	12	251626	251637	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
7	NC_014364	GCGTTG	2	12	262503	262514	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
8	NC_014364	ATACTA	2	12	264170	264181	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
9	NC_014364	GGAAAA	2	12	287536	287547	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
10	NC_014364	GGGTCC	2	12	398297	398308	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
11	NC_014364	TGAAAA	2	12	406506	406517	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
12	NC_014364	GAAAGC	2	12	416217	416228	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
13	NC_014364	TTATGG	2	12	416986	416997	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
14	NC_014364	GTAACA	2	12	424651	424662	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
15	NC_014364	TGGGAA	2	12	426662	426673	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
16	NC_014364	ATGGCT	2	12	435248	435259	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
17	NC_014364	CATAAC	2	12	456017	456028	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
18	NC_014364	TTTTAG	2	12	559059	559070	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
19	NC_014364	ATTCTT	2	12	587494	587505	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
20	NC_014364	TCCCTC	2	12	630121	630132	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
21	NC_014364	TCATTG	2	12	679925	679936	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
22	NC_014364	AGAGTA	2	12	907263	907274	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
23	NC_014364	CCTTTA	2	12	938707	938718	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
24	NC_014364	ATAAGT	2	12	943593	943604	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
25	NC_014364	CGCTGC	2	12	1036020	1036031	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
26	NC_014364	TGGCGC	2	12	1042793	1042804	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
27	NC_014364	GGTAGG	2	12	1069214	1069225	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
28	NC_014364	GTAAAA	2	12	1128787	1128798	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
29	NC_014364	GAAACA	2	12	1131179	1131190	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
30	NC_014364	TTATAA	2	12	1142636	1142647	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_014364	CCATAT	2	12	1143522	1143533	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
32	NC_014364	AATTTC	2	12	1148751	1148762	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
33	NC_014364	GCTTTC	2	12	1372041	1372052	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
34	NC_014364	TTCCTT	2	12	1618838	1618849	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
35	NC_014364	TGGTAG	2	12	1778497	1778508	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
36	NC_014364	GAAAAA	2	12	1858944	1858955	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
37	NC_014364	CTTTCG	2	12	1946201	1946212	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
38	NC_014364	TCTCCT	2	12	1966578	1966589	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
39	NC_014364	AAGAAA	2	12	1998939	1998950	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
40	NC_014364	GCTTTT	2	12	2019382	2019393	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
41	NC_014364	TGCTAT	2	12	2106736	2106747	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
42	NC_014364	CCCGGA	2	12	2115287	2115298	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
43	NC_014364	TCAGGT	2	12	2116646	2116657	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
44	NC_014364	TTCTTT	2	12	2230316	2230327	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
45	NC_014364	ATTTAT	2	12	2230536	2230547	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_014364	AGCGAA	2	12	2265407	2265418	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
47	NC_014364	TGTTAT	2	12	2269662	2269673	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
48	NC_014364	AAACGA	2	12	2271614	2271625	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
49	NC_014364	TTTATC	2	12	2277275	2277286	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
50	NC_014364	ATAAAA	2	12	2411497	2411508	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_014364	GCAGAA	2	12	2494950	2494961	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
52	NC_014364	AGTTGT	2	12	2574371	2574382	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
53	NC_014364	TCTCAT	2	12	2578690	2578701	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
54	NC_014364	GTTTTG	2	12	2669883	2669894	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
55	NC_014364	ATTAAT	2	12	2756481	2756492	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_014364	TTACTA	2	12	2838977	2838988	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
57	NC_014364	AGCCTT	2	12	2840864	2840875	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
58	NC_014364	AAAAGA	2	12	2841372	2841383	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
59	NC_014364	AGAAAC	2	12	2881149	2881160	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
60	NC_014364	CATAAC	2	12	2891072	2891083	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
61	NC_014364	ACACAA	2	12	2899353	2899364	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_014364	GATTAT	2	12	2907313	2907324	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
63	NC_014364	GCTTTC	2	12	3016648	3016659	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
64	NC_014364	TTTTGT	2	12	3018850	3018861	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
65	NC_014364	GGTAGT	2	12	3019115	3019126	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
66	NC_014364	CGAAGG	2	12	3022928	3022939	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
67	NC_014364	TTGCAA	2	12	3115492	3115503	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
68	NC_014364	CAAGAG	2	12	3176606	3176617	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
69	NC_014364	GAACAT	2	12	3195188	3195199	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
70	NC_014364	GAAAGA	2	12	3248784	3248795	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
71	NC_014364	TTCTTA	2	12	3296114	3296125	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
72	NC_014364	CGCAAT	2	12	3311193	3311204	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
73	NC_014364	TCTGCC	2	12	3481878	3481889	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
74	NC_014364	TAATGG	2	12	3488396	3488407	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
75	NC_014364	CACATG	2	12	3500015	3500026	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
76	NC_014364	CTAAAA	2	12	3548071	3548082	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
77	NC_014364	CTTTTT	2	12	3565000	3565011	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
78	NC_014364	TCCTGG	2	12	3597789	3597800	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
79	NC_014364	CTTGAC	2	12	3648353	3648364	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
80	NC_014364	CGTTAA	2	12	3688160	3688171	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
81	NC_014364	TTTTAT	2	12	3696496	3696507	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_014364	GGCGAT	2	12	3730265	3730276	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
83	NC_014364	CCTTTA	2	12	3749578	3749589	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_014364	TTTATT	2	12	3908358	3908369	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_014364	AGCCAT	2	12	3909352	3909363	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
86	NC_014364	CAATTT	2	12	4045946	4045957	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
87	NC_014364	AAAGGA	2	12	4134547	4134558	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
88	NC_014364	GGAACG	2	12	4163121	4163132	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
89	NC_014364	TAAAGG	2	12	4164207	4164218	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
90	NC_014364	TTCTTT	2	12	4182156	4182167	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
91	NC_014364	TGCAAT	2	12	4338983	4338994	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
92	NC_014364	TTATTT	2	12	4339088	4339099	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_014364	GAAAAA	2	12	4339529	4339540	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
94	NC_014364	GAGAAA	2	12	4344335	4344346	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
95	NC_014364	AACAGA	2	12	4364429	4364440	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
96	NC_014364	GGGTTA	2	12	4495166	4495177	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
97	NC_014364	AATGCA	2	12	4510224	4510235	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
98	NC_014364	GGATAT	2	12	4514740	4514751	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.