MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Candidatus Nitrospira defluvii

Total Repeats: 86

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_014355	CAAGGC	2	12	109194	109205	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_014355	CTGGTC	2	12	124544	124555	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_014355	GGTTTC	2	12	127706	127717	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_014355	TCGGAT	2	12	127897	127908	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
5	NC_014355	ACTGCT	2	12	149131	149142	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
6	NC_014355	CGAACA	2	12	149925	149936	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
7	NC_014355	GGGTAC	2	12	153061	153072	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
8	NC_014355	CAGCCG	2	12	155297	155308	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
9	NC_014355	TGGGCC	2	12	223179	223190	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_014355	GCGCGA	2	12	236092	236103	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
11	NC_014355	GCGATG	2	12	276824	276835	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
12	NC_014355	CAAGCG	2	12	322490	322501	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
13	NC_014355	TGTTGG	2	12	406785	406796	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
14	NC_014355	CGGATT	2	12	563723	563734	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
15	NC_014355	AAAGCG	2	12	591493	591504	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
16	NC_014355	CCGGCC	2	12	595694	595705	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
17	NC_014355	CCTGCG	2	12	644739	644750	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
18	NC_014355	CCTCGC	2	12	682092	682103	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
19	NC_014355	GCTATG	2	12	697282	697293	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
20	NC_014355	CAACTG	2	12	788424	788435	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
21	NC_014355	GGGTCC	2	12	821421	821432	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_014355	ACATTC	2	12	868665	868676	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
23	NC_014355	ATGGTA	2	12	871176	871187	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
24	NC_014355	GAGGAA	2	12	883714	883725	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
25	NC_014355	AGGGAT	2	12	920033	920044	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
26	NC_014355	TGGCTG	2	12	939090	939101	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
27	NC_014355	CTGTGG	2	12	1074555	1074566	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
28	NC_014355	TTCTGG	2	12	1134294	1134305	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
29	NC_014355	TCCCTC	2	12	1149025	1149036	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
30	NC_014355	ACTCGC	2	12	1187889	1187900	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
31	NC_014355	CTGTCT	2	12	1211063	1211074	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
32	NC_014355	TGATCC	2	12	1399917	1399928	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
33	NC_014355	TGAGCG	2	12	1519443	1519454	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
34	NC_014355	AGGAGC	2	12	1519548	1519559	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
35	NC_014355	AGCGAG	2	12	1568863	1568874	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
36	NC_014355	GAAAGC	2	12	1571415	1571426	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
37	NC_014355	CCTGAA	2	12	1622254	1622265	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
38	NC_014355	TGGCTG	2	12	1670804	1670815	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
39	NC_014355	GACGGA	2	12	1692705	1692716	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
40	NC_014355	CATTCA	2	12	1891945	1891956	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
41	NC_014355	TCGGCT	2	12	1948744	1948755	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
42	NC_014355	CGTTCA	2	12	1970256	1970267	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
43	NC_014355	TGTTGC	2	12	2033311	2033322	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
44	NC_014355	GCTGAC	2	12	2048758	2048769	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
45	NC_014355	GGCGCG	2	12	2139238	2139249	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
46	NC_014355	TTGCTC	2	12	2162696	2162707	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
47	NC_014355	TCCTGC	2	12	2192177	2192188	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
48	NC_014355	GAGAGG	2	12	2202522	2202533	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
49	NC_014355	GAATCT	2	12	2223598	2223609	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
50	NC_014355	GTTGAC	2	12	2223644	2223655	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
51	NC_014355	CCACTC	2	12	2540073	2540084	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
52	NC_014355	CAAGGA	2	12	2733227	2733238	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
53	NC_014355	ACCAAC	2	12	2839032	2839043	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
54	NC_014355	CAAGAT	2	12	2841167	2841178	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
55	NC_014355	TGATCG	2	12	2871626	2871637	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
56	NC_014355	CCATCC	2	12	2875522	2875533	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
57	NC_014355	GGGCTG	2	12	3035728	3035739	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
58	NC_014355	TTCTAC	2	12	3148200	3148211	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
59	NC_014355	CTCCGG	2	12	3184003	3184014	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
60	NC_014355	GCCAAT	2	12	3191916	3191927	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
61	NC_014355	TCGCCT	2	12	3213890	3213901	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
62	NC_014355	TCCCAA	2	12	3215654	3215665	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
63	NC_014355	TTAATT	2	12	3215691	3215702	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_014355	CGAGCT	2	12	3220995	3221006	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
65	NC_014355	TTGCCC	2	12	3243901	3243912	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
66	NC_014355	AACCGA	2	12	3275504	3275515	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
67	NC_014355	TTACGC	2	12	3353237	3353248	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
68	NC_014355	TCGTGC	2	12	3583518	3583529	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
69	NC_014355	TTCCAA	2	12	3587129	3587140	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
70	NC_014355	ATCGAT	2	12	3650219	3650230	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
71	NC_014355	GGCGCG	2	12	3748503	3748514	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
72	NC_014355	GCACAG	2	12	3784501	3784512	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
73	NC_014355	CCGGTC	2	12	3784523	3784534	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
74	NC_014355	GCTTTT	2	12	3798940	3798951	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
75	NC_014355	TCACAC	2	12	3815067	3815078	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
76	NC_014355	GCCACA	2	12	3854001	3854012	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
77	NC_014355	CTGCCG	2	12	3949615	3949626	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
78	NC_014355	GGAAAC	2	12	4004952	4004963	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
79	NC_014355	GCACGG	2	12	4038379	4038390	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
80	NC_014355	CCGCGC	2	12	4137416	4137427	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
81	NC_014355	GAAAAA	2	12	4155233	4155244	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
82	NC_014355	CAAGCT	2	12	4170079	4170090	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
83	NC_014355	GAGCGG	2	12	4205815	4205826	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
84	NC_014355	TGACCA	2	12	4283096	4283107	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
85	NC_014355	AGAGAC	2	12	4291080	4291091	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
86	NC_014355	GGAGTA	2	12	4316939	4316950	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.