MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Clostridium ljungdahlii DSM 13528 chromosome

Total Repeats: 307

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_014328	TAAATT	2	12	29389	29400	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_014328	ATTAGA	2	12	29405	29416	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
3	NC_014328	AATTCT	2	12	34167	34178	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_014328	GTTTTA	2	12	41126	41137	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
5	NC_014328	ATTTTT	2	12	45845	45856	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_014328	ATTTTA	2	12	48763	48774	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_014328	TAAAAT	2	12	53067	53078	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_014328	TGTATT	2	12	54945	54956	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
9	NC_014328	TATATT	2	12	74456	74467	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_014328	TAGTAT	2	12	98686	98697	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
11	NC_014328	TATATT	2	12	139864	139875	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_014328	TTTAAA	2	12	151796	151807	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_014328	ATTATA	2	12	151934	151945	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_014328	ATATTA	2	12	156331	156342	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_014328	ATAATT	2	12	165497	165508	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_014328	AAGTAA	2	12	169711	169722	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
17	NC_014328	AGATAA	2	12	171886	171897	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
18	NC_014328	AGTATA	2	12	174252	174263	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
19	NC_014328	ACCTAA	2	12	184001	184012	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
20	NC_014328	TATAAT	2	12	184760	184771	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_014328	TATAAT	2	12	191373	191384	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_014328	TAAGTT	2	12	286877	286888	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
23	NC_014328	TAAATA	2	12	302577	302588	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_014328	ATGTTT	2	12	302650	302661	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
25	NC_014328	TTAATT	2	12	327366	327377	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_014328	TGGTTG	2	12	339572	339583	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
27	NC_014328	TTTTAG	2	12	341139	341150	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
28	NC_014328	TTTAGA	2	12	350158	350169	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
29	NC_014328	ATATAG	2	12	386741	386752	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
30	NC_014328	TAAATT	2	12	404906	404917	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_014328	AATTTT	2	12	479579	479590	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_014328	TAATAT	2	12	502054	502065	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_014328	TTAAAA	2	12	508547	508558	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_014328	TATTTG	2	12	515206	515217	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
35	NC_014328	GATAAT	2	12	536047	536058	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
36	NC_014328	AAATAT	2	12	548358	548369	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_014328	ATTTTT	2	12	551552	551563	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_014328	AATTTT	2	12	615314	615325	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_014328	CTTAAA	2	12	627859	627870	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
40	NC_014328	ATTAAT	2	12	631057	631068	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_014328	AACTAA	2	12	641980	641991	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
42	NC_014328	TTGTAG	2	12	683090	683101	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
43	NC_014328	TATTAA	2	12	732929	732940	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_014328	TTTTTA	2	12	742046	742057	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_014328	GAAAAT	2	12	742109	742120	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
46	NC_014328	TTATTT	2	12	752669	752680	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_014328	ATTTAT	2	12	754001	754012	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_014328	TACTTC	2	12	763861	763872	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
49	NC_014328	GAATTT	3	18	764064	764081	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
50	NC_014328	AAACAA	2	12	764248	764259	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
51	NC_014328	AAATTG	2	12	769485	769496	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
52	NC_014328	TAATTG	2	12	776854	776865	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
53	NC_014328	TTTAGG	2	12	788286	788297	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
54	NC_014328	TTTATA	2	12	788384	788395	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_014328	ACTAAA	2	12	788498	788509	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
56	NC_014328	GAAAAG	2	12	795250	795261	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
57	NC_014328	TGTCTT	2	12	811617	811628	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
58	NC_014328	TTACAA	2	12	819977	819988	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
59	NC_014328	ATTTGT	2	12	835859	835870	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
60	NC_014328	TAATTT	2	12	877316	877327	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_014328	ACTATG	2	12	892856	892867	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
62	NC_014328	AAATTA	2	12	917529	917540	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_014328	TGTTTT	2	12	922413	922424	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
64	NC_014328	AAATTG	2	12	923277	923288	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
65	NC_014328	AGGTAA	2	12	927025	927036	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
66	NC_014328	ATTTTA	2	12	934532	934543	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_014328	TTTTTG	2	12	936689	936700	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
68	NC_014328	ATTAAA	2	12	993362	993373	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_014328	CAGGTA	2	12	1100447	1100458	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
70	NC_014328	TATGAT	2	12	1102545	1102556	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
71	NC_014328	ATAGAT	2	12	1110628	1110639	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
72	NC_014328	ATTTTA	2	12	1125599	1125610	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_014328	CATTTA	2	12	1126013	1126024	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
74	NC_014328	ATTATC	2	12	1141536	1141547	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
75	NC_014328	TATAGG	2	12	1152005	1152016	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
76	NC_014328	ATTTCT	2	12	1162273	1162284	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
77	NC_014328	AATATA	2	12	1195099	1195110	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_014328	GAATAA	2	12	1206300	1206311	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
79	NC_014328	TAAAAT	2	12	1249368	1249379	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_014328	CTTTAA	2	12	1267128	1267139	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
81	NC_014328	TATTTT	2	12	1311647	1311658	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_014328	AAAATA	2	12	1332454	1332465	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_014328	TTAATT	2	12	1339528	1339539	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_014328	TTTAAA	2	12	1354743	1354754	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_014328	TTATAT	2	12	1389924	1389935	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_014328	TAAAAC	2	12	1404608	1404619	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
87	NC_014328	TAAAAA	2	12	1436912	1436923	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_014328	TAAAAA	2	12	1445395	1445406	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_014328	AAATAA	2	12	1448427	1448438	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_014328	TACAGC	2	12	1452414	1452425	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
91	NC_014328	TAATAT	2	12	1489392	1489403	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_014328	TAAAAT	2	12	1489494	1489505	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_014328	AATATA	2	12	1489507	1489518	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_014328	TGATTA	2	12	1497686	1497697	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
95	NC_014328	CTAAAT	2	12	1502771	1502782	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
96	NC_014328	ATGAAA	2	12	1549685	1549696	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
97	NC_014328	TTAATT	2	12	1574650	1574661	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_014328	ATAAAA	2	12	1584581	1584592	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_014328	TGAGAA	2	12	1609117	1609128	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
100	NC_014328	ACTAAT	2	12	1613523	1613534	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
101	NC_014328	TAATTG	2	12	1635868	1635879	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
102	NC_014328	TATTTC	2	12	1641437	1641448	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
103	NC_014328	ATTTCC	2	12	1659369	1659380	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
104	NC_014328	TCAATA	2	12	1676430	1676441	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
105	NC_014328	TTTTAG	2	12	1676471	1676482	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
106	NC_014328	ATTGAC	2	12	1682925	1682936	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
107	NC_014328	AAAATG	2	12	1704308	1704319	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
108	NC_014328	AATTAG	2	12	1753196	1753207	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
109	NC_014328	CTATTT	2	12	1771220	1771231	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
110	NC_014328	TTCTGT	2	12	1780063	1780074	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
111	NC_014328	CTATTT	2	12	1789839	1789850	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
112	NC_014328	ATTTTT	2	12	1793922	1793933	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_014328	TAAAAA	2	12	1815255	1815266	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_014328	TAAATG	2	12	1833341	1833352	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
115	NC_014328	TATAAA	2	12	1833688	1833699	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_014328	AATTTT	2	12	1839616	1839627	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_014328	TAAATA	2	12	1844392	1844403	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_014328	AAGTAT	2	12	1880683	1880694	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
119	NC_014328	AAATGT	2	12	1909906	1909917	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
120	NC_014328	GTATAA	2	12	1920651	1920662	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
121	NC_014328	AAAAAG	2	12	1922950	1922961	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
122	NC_014328	AGGAAG	2	12	1926633	1926644	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
123	NC_014328	ATTGAT	2	12	1988056	1988067	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
124	NC_014328	AAAATA	2	12	2001296	2001307	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_014328	TTATAT	2	12	2012666	2012677	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_014328	GACAAA	2	12	2020522	2020533	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
127	NC_014328	ACAAAA	2	12	2032089	2032100	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
128	NC_014328	TGCATT	2	12	2042147	2042158	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
129	NC_014328	TAAAAT	2	12	2042825	2042836	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_014328	TTGCTC	2	12	2060042	2060053	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
131	NC_014328	TATTAA	2	12	2087465	2087476	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_014328	GGTTTA	2	12	2092205	2092216	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
133	NC_014328	AATATT	2	12	2092403	2092414	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_014328	TTTATA	2	12	2107233	2107244	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_014328	AAATTA	2	12	2117082	2117093	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_014328	CAAAAA	2	12	2136442	2136453	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
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139	NC_014328	TATAAA	2	12	2223222	2223233	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_014328	TTATAG	2	12	2271764	2271775	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
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153	NC_014328	TAAAAT	2	12	2394154	2394165	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
154	NC_014328	AAATTA	2	12	2396499	2396510	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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257	NC_014328	TTTATA	2	12	3955482	3955493	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.