MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Nitrosococcus watsonii C-113 chromosome

Total Repeats: 440

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_014315	TTTTG	2	10	6736	6745	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
2	NC_014315	GGCCC	2	10	7384	7393	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
3	NC_014315	TCATT	2	10	7914	7923	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
4	NC_014315	TAGAG	2	10	8668	8677	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
5	NC_014315	TTTTC	2	10	30864	30873	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
6	NC_014315	GTTTT	2	10	35924	35933	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
7	NC_014315	TTTAG	2	10	36912	36921	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
8	NC_014315	AGGCA	2	10	58777	58786	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
9	NC_014315	CAAGT	2	10	59082	59091	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
10	NC_014315	GCCAC	2	10	61345	61354	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
11	NC_014315	GATAT	2	10	71957	71966	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
12	NC_014315	AGAGC	2	10	77891	77900	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
13	NC_014315	GCTTA	2	10	78223	78232	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
14	NC_014315	GCGCC	2	10	81682	81691	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
15	NC_014315	ACGCT	2	10	83623	83632	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
16	NC_014315	GGAAA	2	10	84118	84127	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
17	NC_014315	AAGCG	2	10	90935	90944	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
18	NC_014315	TGCAA	2	10	91605	91614	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
19	NC_014315	CGTCT	2	10	93632	93641	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
20	NC_014315	ATTTT	2	10	126768	126777	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_014315	CTTGG	2	10	130117	130126	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
22	NC_014315	GAGAT	2	10	133864	133873	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
23	NC_014315	GATGA	2	10	155275	155284	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
24	NC_014315	GCATC	2	10	164305	164314	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
25	NC_014315	CGCTG	2	10	164576	164585	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
26	NC_014315	TGCTT	2	10	169714	169723	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
27	NC_014315	ATTTA	2	10	169827	169836	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_014315	ATTTT	2	10	182698	182707	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_014315	TTTGC	2	10	201635	201644	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
30	NC_014315	TTCCC	2	10	211493	211502	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
31	NC_014315	AAAAT	2	10	211906	211915	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_014315	ATTAT	2	10	221109	221118	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_014315	AGGTG	2	10	222312	222321	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
34	NC_014315	TTTTA	2	10	222543	222552	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_014315	GTTTT	2	10	223305	223314	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
36	NC_014315	CGCAC	2	10	224579	224588	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
37	NC_014315	TAATT	2	10	255158	255167	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_014315	AGGTG	2	10	255566	255575	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
39	NC_014315	ATTAT	2	10	255699	255708	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_014315	TGCAG	2	10	271947	271956	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
41	NC_014315	GAGTA	2	10	286326	286335	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
42	NC_014315	GGAAA	2	10	299171	299180	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
43	NC_014315	ATCTA	2	10	299274	299283	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
44	NC_014315	TTAGA	2	10	312901	312910	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
45	NC_014315	AAGTA	2	10	342252	342261	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
46	NC_014315	AGGAG	2	10	344725	344734	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
47	NC_014315	GCGCC	2	10	366755	366764	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
48	NC_014315	CGGTT	2	10	381468	381477	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
49	NC_014315	CTGAA	2	10	383952	383961	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
50	NC_014315	TTACC	2	10	384119	384128	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
51	NC_014315	AGTTT	2	10	397372	397381	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
52	NC_014315	TATAA	2	10	398499	398508	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_014315	TTTGA	2	10	403996	404005	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
54	NC_014315	AAGCA	2	10	406759	406768	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
55	NC_014315	AATTT	2	10	414330	414339	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_014315	ATAGC	2	10	455159	455168	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
57	NC_014315	GCCCG	2	10	456638	456647	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
58	NC_014315	GCTTT	2	10	467795	467804	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
59	NC_014315	TATGG	2	10	468486	468495	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
60	NC_014315	TGGGA	2	10	483188	483197	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
61	NC_014315	GTCGA	2	10	489195	489204	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
62	NC_014315	AATTA	2	10	492415	492424	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_014315	CATAA	2	10	495065	495074	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
64	NC_014315	GCTTA	2	10	517318	517327	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
65	NC_014315	CATTG	2	10	527723	527732	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
66	NC_014315	TTTTA	2	10	527849	527858	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_014315	TCGGT	2	10	534020	534029	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
68	NC_014315	TTAAT	2	10	536050	536059	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_014315	ATATA	2	10	555878	555887	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_014315	TTTTA	2	10	564511	564520	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_014315	CCCGT	2	10	592970	592979	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
72	NC_014315	TGCGC	2	10	598820	598829	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
73	NC_014315	CAACC	2	10	599000	599009	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
74	NC_014315	GCGCG	2	10	615196	615205	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
75	NC_014315	TACTA	2	10	649971	649980	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
76	NC_014315	GGAGT	2	10	650274	650283	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
77	NC_014315	ATCTA	2	10	650317	650326	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
78	NC_014315	ATTGA	2	10	654567	654576	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
79	NC_014315	ATGTT	2	10	664268	664277	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
80	NC_014315	AGGGA	2	10	674660	674669	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
81	NC_014315	TATCT	2	10	675567	675576	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
82	NC_014315	CTAGG	2	10	685137	685146	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
83	NC_014315	AGTCT	2	10	708600	708609	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
84	NC_014315	TTTCC	2	10	715575	715584	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
85	NC_014315	TTGGT	2	10	716150	716159	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
86	NC_014315	GATAT	2	10	728189	728198	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
87	NC_014315	CAAAT	2	10	765405	765414	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
88	NC_014315	TAAAA	2	10	765446	765455	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_014315	TATTT	2	10	766331	766340	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_014315	GTTTA	2	10	770104	770113	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
91	NC_014315	TCATG	2	10	774219	774228	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
92	NC_014315	AAATA	2	10	774274	774283	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_014315	TTTTG	2	10	774922	774931	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
94	NC_014315	TTATT	2	10	784982	784991	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_014315	CTATA	2	10	792894	792903	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
96	NC_014315	TCGTG	2	10	804017	804026	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
97	NC_014315	TTAAT	2	10	804950	804959	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_014315	AGGCT	2	10	806561	806570	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
99	NC_014315	AATTG	2	10	807146	807155	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
100	NC_014315	AAGTA	2	10	808979	808988	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
101	NC_014315	AATAC	2	10	809049	809058	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
102	NC_014315	ATTTT	2	10	809212	809221	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_014315	TAGCT	2	10	812811	812820	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
104	NC_014315	AGCGT	2	10	818727	818736	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
105	NC_014315	CTTTG	2	10	818800	818809	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
106	NC_014315	TGTAT	2	10	820253	820262	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
107	NC_014315	TTAAG	2	10	823624	823633	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
108	NC_014315	ATTAA	2	10	830722	830731	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_014315	AACAG	2	10	830827	830836	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
110	NC_014315	AGGAT	2	10	835287	835296	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
111	NC_014315	CTCTG	2	10	850773	850782	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
112	NC_014315	ATATT	2	10	850919	850928	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_014315	GTTTC	2	10	860132	860141	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
114	NC_014315	CGATA	2	10	862706	862715	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
115	NC_014315	GCCTA	2	10	871821	871830	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
116	NC_014315	TTTAA	2	10	874580	874589	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_014315	ACCGG	2	10	877370	877379	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
118	NC_014315	CGCTT	2	10	879375	879384	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
119	NC_014315	AGGTA	2	10	880001	880010	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
120	NC_014315	TTAAA	2	10	887440	887449	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_014315	TACCT	2	10	887455	887464	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
122	NC_014315	TGATC	2	10	900271	900280	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
123	NC_014315	TAAGT	2	10	920422	920431	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
124	NC_014315	TAAGC	2	10	926701	926710	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
125	NC_014315	AGTAT	2	10	934082	934091	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
126	NC_014315	ATTTT	2	10	975130	975139	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_014315	AAACC	2	10	984584	984593	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
128	NC_014315	AATAT	2	10	997730	997739	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_014315	CTCGT	2	10	1007371	1007380	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
130	NC_014315	TCAAT	2	10	1007491	1007500	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
131	NC_014315	AGCCA	2	10	1008929	1008938	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
132	NC_014315	TGGGG	2	10	1014331	1014340	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
133	NC_014315	ATTAC	2	10	1023375	1023384	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
134	NC_014315	CTGAT	2	10	1049445	1049454	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
135	NC_014315	TGCTT	2	10	1049608	1049617	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
136	NC_014315	AAATA	2	10	1066398	1066407	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_014315	ATAGA	2	10	1068572	1068581	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
138	NC_014315	TAAAA	2	10	1068796	1068805	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_014315	CTATC	2	10	1068897	1068906	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
140	NC_014315	AGACA	2	10	1089224	1089233	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
141	NC_014315	AAAAT	2	10	1094679	1094688	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_014315	CCCGT	2	10	1111280	1111289	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
143	NC_014315	CCAAA	2	10	1111302	1111311	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
144	NC_014315	CTGTT	2	10	1111616	1111625	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
145	NC_014315	GGCAA	2	10	1114051	1114060	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
146	NC_014315	GCTTT	2	10	1117634	1117643	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
147	NC_014315	CTAAC	2	10	1120351	1120360	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
148	NC_014315	GTTTG	2	10	1125565	1125574	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
149	NC_014315	GTTAT	2	10	1140094	1140103	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
150	NC_014315	AATTA	2	10	1142293	1142302	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
151	NC_014315	GGTGA	2	10	1143639	1143648	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
152	NC_014315	TGATC	2	10	1148714	1148723	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
153	NC_014315	AATAT	2	10	1158001	1158010	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
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155	NC_014315	GTTTG	2	10	1219724	1219733	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
156	NC_014315	GCCCT	2	10	1230000	1230009	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
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161	NC_014315	TTCTT	2	10	1314184	1314193	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
162	NC_014315	CCTTA	2	10	1326244	1326253	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
163	NC_014315	GCTCC	2	10	1343069	1343078	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
164	NC_014315	TGCTG	2	10	1343154	1343163	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
165	NC_014315	ATACT	2	10	1357726	1357735	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
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171	NC_014315	CCTGA	2	10	1443085	1443094	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
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174	NC_014315	CGCTA	2	10	1450270	1450279	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
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184	NC_014315	TTCAG	2	10	1485795	1485804	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
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186	NC_014315	TGGTT	2	10	1497772	1497781	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
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189	NC_014315	GGCAA	2	10	1538304	1538313	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
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195	NC_014315	TGAAA	2	10	1542515	1542524	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
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280	NC_014315	TTGAT	2	10	2082646	2082655	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
281	NC_014315	AAAAT	2	10	2083336	2083345	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
282	NC_014315	ATTTT	2	10	2085247	2085256	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
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288	NC_014315	CGCGC	2	10	2112508	2112517	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
289	NC_014315	CGCGC	2	10	2116592	2116601	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
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412	NC_014315	CTAGA	2	10	3099852	3099861	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
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423	NC_014315	GCAAA	2	10	3184532	3184541	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
424	NC_014315	CCGGC	2	10	3185268	3185277	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
425	NC_014315	AATAA	2	10	3190614	3190623	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
426	NC_014315	CCTTA	2	10	3197384	3197393	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
427	NC_014315	CGGCA	2	10	3199074	3199083	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
428	NC_014315	AAAGG	2	10	3204125	3204134	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
429	NC_014315	ATAAG	2	10	3210776	3210785	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
430	NC_014315	GAACT	2	10	3211106	3211115	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
431	NC_014315	GCTGG	2	10	3227036	3227045	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
432	NC_014315	GCTTT	2	10	3229391	3229400	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
433	NC_014315	CCGAT	2	10	3233462	3233471	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
434	NC_014315	TCACC	2	10	3247717	3247726	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
435	NC_014315	TTGAC	2	10	3276502	3276511	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
436	NC_014315	TTTAT	2	10	3277264	3277273	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
437	NC_014315	GCAAA	2	10	3295762	3295771	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
438	NC_014315	TGGTA	2	10	3297546	3297555	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
439	NC_014315	TTGCT	2	10	3299696	3299705	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
440	NC_014315	CTATC	2	10	3299800	3299809	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.