MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Ralstonia solanacearum CFBP2957 plasmid RCFBPv3_mp

Total Repeats: 144

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_014309	GCGATG	2	12	15358	15369	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
2	NC_014309	CGCGCC	2	12	21365	21376	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
3	NC_014309	ATGCCC	2	12	31933	31944	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
4	NC_014309	GCAATG	2	12	49398	49409	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
5	NC_014309	GCGGTC	2	12	62583	62594	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
6	NC_014309	GTGCCG	2	12	64241	64252	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
7	NC_014309	GCCGGC	2	12	64795	64806	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
8	NC_014309	GCGCGG	2	12	71972	71983	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
9	NC_014309	CCAAAT	2	12	75711	75722	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_014309	CTGTTC	2	12	85979	85990	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
11	NC_014309	GCAGCG	2	12	93079	93090	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
12	NC_014309	CCATGA	2	12	93099	93110	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
13	NC_014309	GCGCTT	2	12	114129	114140	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
14	NC_014309	AGCTAC	2	12	117964	117975	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_014309	TACAGC	2	12	118135	118146	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
16	NC_014309	CGAGGC	2	12	119869	119880	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
17	NC_014309	GTGCTT	3	18	127041	127058	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
18	NC_014309	TTCTTG	2	12	131630	131641	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
19	NC_014309	CAATCA	2	12	179734	179745	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
20	NC_014309	CCGGCC	2	12	185280	185291	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
21	NC_014309	GACATT	2	12	201568	201579	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
22	NC_014309	GGGCGC	2	12	213482	213493	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
23	NC_014309	CGGCAC	2	12	224172	224183	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
24	NC_014309	TCTGAA	2	12	226113	226124	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
25	NC_014309	AATGGC	2	12	227649	227660	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
26	NC_014309	TGCTGG	2	12	230625	230636	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
27	NC_014309	GGGGAT	2	12	299525	299536	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
28	NC_014309	GGCCTG	2	12	320651	320662	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
29	NC_014309	GAAAAT	2	12	333835	333846	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
30	NC_014309	CGTGCG	2	12	338131	338142	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_014309	AGGATG	2	12	360370	360381	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
32	NC_014309	TATTGC	2	12	369265	369276	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
33	NC_014309	GGATTC	2	12	377315	377326	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
34	NC_014309	AATCGG	2	12	380926	380937	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
35	NC_014309	GATCGG	2	12	390363	390374	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
36	NC_014309	TGAAAG	2	12	398138	398149	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
37	NC_014309	TCTGGG	2	12	456891	456902	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
38	NC_014309	TTTTTG	2	12	464460	464471	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
39	NC_014309	GTTCGC	2	12	481028	481039	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
40	NC_014309	ACGAGG	2	12	526854	526865	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
41	NC_014309	GCGGGC	2	12	542636	542647	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
42	NC_014309	ATGTGG	2	12	545993	546004	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
43	NC_014309	CCCGCT	2	12	546245	546256	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
44	NC_014309	TGACCG	2	12	563348	563359	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
45	NC_014309	CGTGGC	2	12	613978	613989	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
46	NC_014309	ATTCTC	2	12	627580	627591	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
47	NC_014309	ATCGCG	2	12	650749	650760	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
48	NC_014309	TGACCG	2	12	650960	650971	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
49	NC_014309	GATGCG	2	12	655175	655186	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
50	NC_014309	TGCCGA	2	12	657114	657125	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
51	NC_014309	GGAACA	2	12	678104	678115	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
52	NC_014309	CGCGAA	2	12	678141	678152	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
53	NC_014309	CCCTTT	2	12	699392	699403	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
54	NC_014309	TCCAGA	2	12	705272	705283	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
55	NC_014309	AACATT	2	12	721096	721107	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
56	NC_014309	AGGGCC	2	12	795909	795920	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
57	NC_014309	ACAGGC	2	12	802718	802729	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
58	NC_014309	GCCGCA	2	12	802800	802811	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
59	NC_014309	CCACGC	2	12	816961	816972	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
60	NC_014309	AGGCCG	2	12	840745	840756	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
61	NC_014309	TGCTAT	2	12	841241	841252	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
62	NC_014309	GGGATG	2	12	841517	841528	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
63	NC_014309	GGCGCT	2	12	867427	867438	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
64	NC_014309	CCGTGG	2	12	867528	867539	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
65	NC_014309	TGGGGT	2	12	875723	875734	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
66	NC_014309	CGATTT	2	12	901326	901337	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
67	NC_014309	GCCCAG	2	12	901693	901704	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
68	NC_014309	AACCAG	2	12	902437	902448	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
69	NC_014309	GGCACC	2	12	902800	902811	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
70	NC_014309	GCAGAA	2	12	902889	902900	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
71	NC_014309	CCGATC	2	12	903723	903734	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
72	NC_014309	AGCCAA	2	12	903750	903761	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
73	NC_014309	TCCCGA	2	12	904439	904450	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
74	NC_014309	GACCCG	2	12	920047	920058	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
75	NC_014309	TGGCGC	2	12	1223264	1223275	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
76	NC_014309	GGAATT	2	12	1269690	1269701	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
77	NC_014309	GGCCGG	2	12	1296146	1296157	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
78	NC_014309	CTCCCG	2	12	1308154	1308165	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
79	NC_014309	AATGAT	2	12	1309443	1309454	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
80	NC_014309	GGCTCC	2	12	1309600	1309611	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
81	NC_014309	CGAAGC	2	12	1345733	1345744	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
82	NC_014309	TCCATG	2	12	1431861	1431872	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
83	NC_014309	CGTAGA	2	12	1437154	1437165	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
84	NC_014309	TCAAGA	2	12	1439400	1439411	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
85	NC_014309	CTTCCC	2	12	1454921	1454932	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
86	NC_014309	AAGCGC	2	12	1456875	1456886	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
87	NC_014309	TGGTTC	2	12	1458271	1458282	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
88	NC_014309	GCCGGG	2	12	1490740	1490751	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
89	NC_014309	GAATCC	2	12	1491943	1491954	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
90	NC_014309	TGCCAT	2	12	1508968	1508979	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
91	NC_014309	CGCGGG	2	12	1518381	1518392	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
92	NC_014309	CAGGCG	2	12	1542509	1542520	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
93	NC_014309	CGGAGA	2	12	1547942	1547953	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
94	NC_014309	GCCCGC	2	12	1604514	1604525	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
95	NC_014309	ACGCAC	2	12	1632625	1632636	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
96	NC_014309	CAGCGC	2	12	1635768	1635779	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
97	NC_014309	ATCGGT	2	12	1652720	1652731	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
98	NC_014309	CGCGAA	2	12	1660263	1660274	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
99	NC_014309	CCCCGC	2	12	1660331	1660342	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	Non-Coding
100	NC_014309	TCGTGG	2	12	1670028	1670039	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
101	NC_014309	CGCACG	2	12	1672548	1672559	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
102	NC_014309	TTCCGC	2	12	1717559	1717570	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
103	NC_014309	ACCCCA	2	12	1723239	1723250	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
104	NC_014309	GGGGTG	2	12	1723368	1723379	0 %	16.67 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
105	NC_014309	GCCGCG	2	12	1732762	1732773	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
106	NC_014309	CATCGA	2	12	1745700	1745711	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
107	NC_014309	TACGTT	2	12	1759196	1759207	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
108	NC_014309	CCCCTT	2	12	1776244	1776255	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
109	NC_014309	CATCGG	2	12	1784003	1784014	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
110	NC_014309	GGCGCG	2	12	1791024	1791035	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
111	NC_014309	TCGCTT	2	12	1809619	1809630	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
112	NC_014309	CGTCGC	2	12	1815531	1815542	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
113	NC_014309	GAGCAT	2	12	1817734	1817745	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
114	NC_014309	CGCCCG	2	12	1819742	1819753	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
115	NC_014309	CCGGCC	2	12	1827196	1827207	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
116	NC_014309	GCCGGC	2	12	1827557	1827568	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
117	NC_014309	GGTCGA	3	18	1846208	1846225	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
118	NC_014309	GCGGTG	2	12	1855636	1855647	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
119	NC_014309	AGAGGG	2	12	1888133	1888144	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
120	NC_014309	GCGCAC	2	12	1891839	1891850	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
121	NC_014309	GCGAGT	3	18	1899516	1899533	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
122	NC_014309	GGTCCG	2	12	1904035	1904046	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
123	NC_014309	GTCAAA	2	12	1928911	1928922	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
124	NC_014309	CACCCC	2	12	1934710	1934721	16.67 %	0 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
125	NC_014309	ATTTGA	2	12	1935338	1935349	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
126	NC_014309	CGGACC	2	12	1935494	1935505	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
127	NC_014309	CCGGTG	2	12	1941635	1941646	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
128	NC_014309	AGCATC	2	12	1943038	1943049	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
129	NC_014309	AGGGAA	2	12	1955179	1955190	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
130	NC_014309	CAACGA	3	18	1965983	1966000	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
131	NC_014309	CGGCCG	2	12	1967079	1967090	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
132	NC_014309	ACCCGC	2	12	1985642	1985653	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
133	NC_014309	GCAGCG	2	12	2011062	2011073	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
134	NC_014309	GCTTGA	2	12	2011150	2011161	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
135	NC_014309	GCCAGT	2	12	2011717	2011728	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
136	NC_014309	CCAGGC	2	12	2016934	2016945	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
137	NC_014309	GCCCCG	2	12	2059165	2059176	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
138	NC_014309	TCGGGC	2	12	2067108	2067119	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
139	NC_014309	GCGCGT	2	12	2092611	2092622	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
140	NC_014309	CGGAAT	3	18	2092810	2092827	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
141	NC_014309	GCCGGC	2	12	2096420	2096431	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
142	NC_014309	TCAGGC	2	12	2097715	2097726	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
143	NC_014309	ATCATT	2	12	2128018	2128029	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
144	NC_014309	ACCCGC	2	12	2158969	2158980	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.