MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Ralstonia solanacearum CFBP2957 chromosome complete genome

Total Repeats: 175

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_014307	CGCCAC	2	12	81545	81556	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
2	NC_014307	CCGGTG	2	12	84664	84675	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_014307	CCTGGC	2	12	133501	133512	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
4	NC_014307	GGCTGG	2	12	188709	188720	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
5	NC_014307	CCGGCG	2	12	198687	198698	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
6	NC_014307	GCGCGG	2	12	206412	206423	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
7	NC_014307	ATGGGC	2	12	223952	223963	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
8	NC_014307	GCCGAT	2	12	232544	232555	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
9	NC_014307	GCGCAC	2	12	249861	249872	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
10	NC_014307	GGCACC	2	12	254536	254547	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
11	NC_014307	AGCTAC	2	12	254725	254736	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
12	NC_014307	CCAAGG	2	12	255656	255667	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
13	NC_014307	GTTGGA	2	12	260339	260350	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
14	NC_014307	TGCAAT	2	12	272387	272398	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
15	NC_014307	CGCGCA	2	12	278481	278492	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
16	NC_014307	CAGAAA	2	12	299717	299728	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
17	NC_014307	ATGAGA	2	12	316991	317002	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
18	NC_014307	TTCCTA	2	12	319032	319043	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
19	NC_014307	TGTGGA	2	12	334547	334558	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
20	NC_014307	GCACGC	2	12	372619	372630	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
21	NC_014307	CAAATG	2	12	399037	399048	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
22	NC_014307	TCGCGC	2	12	399101	399112	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
23	NC_014307	CGCGTT	2	12	407495	407506	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
24	NC_014307	CGAAAG	2	12	419401	419412	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
25	NC_014307	ACTGAC	2	12	570063	570074	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
26	NC_014307	GCCAGG	2	12	594185	594196	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
27	NC_014307	CGAAAG	2	12	601480	601491	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
28	NC_014307	CGCTGG	2	12	608940	608951	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
29	NC_014307	TACCGG	2	12	616933	616944	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_014307	TCGCGC	2	12	699058	699069	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
31	NC_014307	TGCCGA	2	12	699099	699110	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
32	NC_014307	GATGCC	2	12	706755	706766	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
33	NC_014307	AAAACG	2	12	733417	733428	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
34	NC_014307	TTTCTC	2	12	736044	736055	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
35	NC_014307	CGTCAT	2	12	736956	736967	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
36	NC_014307	GGCGCG	2	12	765757	765768	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
37	NC_014307	GCCGGT	2	12	770518	770529	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
38	NC_014307	AGGGGG	2	12	782763	782774	16.67 %	0 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
39	NC_014307	GATGCC	2	12	784086	784097	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
40	NC_014307	CGGCTG	2	12	793163	793174	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
41	NC_014307	CGTGCC	2	12	821403	821414	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
42	NC_014307	GGGGTA	2	12	835496	835507	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
43	NC_014307	GGCGCC	2	12	852106	852117	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
44	NC_014307	GATCTG	2	12	868771	868782	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
45	NC_014307	AGCCGC	2	12	868886	868897	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
46	NC_014307	TGGCCG	3	18	891601	891618	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
47	NC_014307	ACGTCA	2	12	898787	898798	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
48	NC_014307	GCCGGA	2	12	904280	904291	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
49	NC_014307	ATGCAT	2	12	944173	944184	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
50	NC_014307	AGGGGG	2	12	949640	949651	16.67 %	0 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
51	NC_014307	GCGGTG	2	12	952520	952531	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
52	NC_014307	GCCGGC	2	12	1030826	1030837	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
53	NC_014307	CAAGGG	2	12	1139611	1139622	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
54	NC_014307	GGCCGG	2	12	1145596	1145607	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
55	NC_014307	CCGGCC	2	12	1154409	1154420	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
56	NC_014307	CCCGGG	2	12	1171917	1171928	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
57	NC_014307	GCATAT	2	12	1177903	1177914	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
58	NC_014307	CCGATC	2	12	1184012	1184023	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
59	NC_014307	GTCCGT	2	12	1189650	1189661	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
60	NC_014307	GAAAGA	2	12	1210962	1210973	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
61	NC_014307	GCCGGA	2	12	1240166	1240177	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_014307	ATCGGC	2	12	1266199	1266210	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
63	NC_014307	CCATAA	2	12	1272146	1272157	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
64	NC_014307	AGCATC	2	12	1277241	1277252	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
65	NC_014307	AAACGC	2	12	1282093	1282104	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
66	NC_014307	TTTTAA	2	12	1285839	1285850	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_014307	GGCTTC	2	12	1296582	1296593	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
68	NC_014307	GCGGGC	2	12	1296672	1296683	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
69	NC_014307	GCACGT	2	12	1320409	1320420	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
70	NC_014307	CAGAGC	2	12	1336318	1336329	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
71	NC_014307	GGGCGA	2	12	1336984	1336995	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
72	NC_014307	TCCCGA	2	12	1343686	1343697	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
73	NC_014307	TCTTTT	2	12	1393669	1393680	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
74	NC_014307	TATCGA	2	12	1396408	1396419	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
75	NC_014307	GGGAAC	2	12	1407626	1407637	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
76	NC_014307	AACCGG	2	12	1452740	1452751	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
77	NC_014307	CATCCG	2	12	1454005	1454016	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
78	NC_014307	CCGGGT	2	12	1460919	1460930	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
79	NC_014307	TGAATC	2	12	1506248	1506259	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
80	NC_014307	CGATTT	2	12	1509476	1509487	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
81	NC_014307	CAAACC	2	12	1513113	1513124	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
82	NC_014307	GCTGTC	2	12	1523636	1523647	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
83	NC_014307	ACGCGA	2	12	1564726	1564737	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_014307	GGGCGG	2	12	1581028	1581039	0 %	0 %	83.33 %	16.67 %	Non-Coding
85	NC_014307	CGGGAG	2	12	1594201	1594212	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
86	NC_014307	CGCACA	2	12	1615596	1615607	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
87	NC_014307	CATCCC	2	12	1631832	1631843	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
88	NC_014307	GCCTCT	2	12	1638359	1638370	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
89	NC_014307	CGCGAT	2	12	1749423	1749434	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
90	NC_014307	GTCCAC	2	12	1786161	1786172	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
91	NC_014307	CCGGCA	2	12	1790693	1790704	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
92	NC_014307	CGCCAA	2	12	1794541	1794552	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
93	NC_014307	CAACGC	4	24	1794556	1794579	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
94	NC_014307	GGACAG	2	12	1822832	1822843	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
95	NC_014307	CCCTCA	2	12	1878783	1878794	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
96	NC_014307	GAGAAA	2	12	1879598	1879609	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
97	NC_014307	TATTGC	2	12	1879727	1879738	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
98	NC_014307	CGCATC	2	12	1885758	1885769	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
99	NC_014307	GGCCTG	2	12	1887142	1887153	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
100	NC_014307	GCCGCG	2	12	1915177	1915188	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
101	NC_014307	TTCTCT	2	12	1917774	1917785	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
102	NC_014307	TCAAAA	2	12	1936420	1936431	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
103	NC_014307	CGCTTT	2	12	1956649	1956660	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
104	NC_014307	TGAGGG	2	12	2031418	2031429	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
105	NC_014307	GCCGGG	2	12	2039691	2039702	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
106	NC_014307	CGTGAA	2	12	2041165	2041176	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
107	NC_014307	AGGTCC	2	12	2074415	2074426	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
108	NC_014307	GCCCGG	2	12	2108923	2108934	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
109	NC_014307	CGACTG	2	12	2123432	2123443	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
110	NC_014307	CGCAGC	2	12	2132562	2132573	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
111	NC_014307	CCCAAT	2	12	2134011	2134022	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
112	NC_014307	TCCTGG	2	12	2158755	2158766	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
113	NC_014307	GCCGTC	2	12	2171767	2171778	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
114	NC_014307	TCGGAA	2	12	2174970	2174981	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
115	NC_014307	GAAATC	2	12	2191355	2191366	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
116	NC_014307	GGTGTC	2	12	2208016	2208027	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
117	NC_014307	CGTAAA	2	12	2277661	2277672	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
118	NC_014307	CGGAAA	2	12	2291233	2291244	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
119	NC_014307	TCATCG	2	12	2308006	2308017	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
120	NC_014307	GTTGGT	2	12	2313530	2313541	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
121	NC_014307	CAACGC	2	12	2352242	2352253	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
122	NC_014307	CGGCAG	2	12	2360452	2360463	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
123	NC_014307	GAAAAA	2	12	2370260	2370271	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
124	NC_014307	CGGCCC	2	12	2374771	2374782	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
125	NC_014307	CGGAGC	2	12	2394684	2394695	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
126	NC_014307	AGTCGA	2	12	2413909	2413920	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
127	NC_014307	ACAGAA	2	12	2429471	2429482	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
128	NC_014307	GGCAAC	2	12	2445781	2445792	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
129	NC_014307	GCCCCG	2	12	2453301	2453312	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
130	NC_014307	CGGAAA	2	12	2474020	2474031	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
131	NC_014307	GCTCGC	2	12	2555742	2555753	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
132	NC_014307	GCGCAA	2	12	2558175	2558186	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
133	NC_014307	CAGCGC	2	12	2560063	2560074	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
134	NC_014307	GGCAGT	2	12	2572679	2572690	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
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136	NC_014307	AGGCCG	2	12	2589174	2589185	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
137	NC_014307	GGAATG	2	12	2596784	2596795	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
138	NC_014307	CCGTTT	2	12	2642722	2642733	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
139	NC_014307	GAGAGG	2	12	2788459	2788470	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
140	NC_014307	AGGATG	2	12	2789975	2789986	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
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142	NC_014307	GGCAAA	2	12	2797777	2797788	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
143	NC_014307	TGCGTA	2	12	2799408	2799419	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
144	NC_014307	GTCTGT	2	12	2813238	2813249	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
145	NC_014307	TCGCGT	2	12	2861873	2861884	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
146	NC_014307	ACCGCT	2	12	2885161	2885172	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
147	NC_014307	TCGGCA	2	12	2885230	2885241	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
148	NC_014307	CTCGTA	2	12	2893765	2893776	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
149	NC_014307	TTCCGT	2	12	2896102	2896113	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
150	NC_014307	AAGGCC	2	12	2916865	2916876	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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152	NC_014307	ACAAAA	2	12	2934953	2934964	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
153	NC_014307	GCGCCG	2	12	2936452	2936463	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
154	NC_014307	GGCGGG	2	12	2951359	2951370	0 %	0 %	83.33 %	16.67 %	Non-Coding
155	NC_014307	CGCCGG	2	12	2968167	2968178	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
156	NC_014307	CGACGC	2	12	2968357	2968368	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
157	NC_014307	ACGCCG	2	12	2998445	2998456	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
158	NC_014307	GCACCG	2	12	2998937	2998948	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
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165	NC_014307	CGGCGC	2	12	3126475	3126486	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
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174	NC_014307	CGGCTG	2	12	3399826	3399837	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
175	NC_014307	CCGGCA	2	12	3408133	3408144	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.