MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Halalkalicoccus jeotgali B3 plasmid 2

Total Repeats: 134

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_014299	CAATCT	2	12	9747	9758	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	300712779
2	NC_014299	ATCGAG	2	12	10640	10651	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	300712780
3	NC_014299	GCGTCG	2	12	11905	11916	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	300712780
4	NC_014299	GTTACT	2	12	14511	14522	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	300712781
5	NC_014299	ATGCTC	2	12	15244	15255	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	300712782
6	NC_014299	GACGGG	2	12	17415	17426	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	300712787
7	NC_014299	CGGTGG	2	12	17959	17970	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	300712788
8	NC_014299	TCTAGA	2	12	18184	18195	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
9	NC_014299	GATCTA	3	18	18201	18218	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
10	NC_014299	TCATAT	2	12	18413	18424	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
11	NC_014299	CCGTAG	2	12	20106	20117	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	300712790
12	NC_014299	CGGCGA	2	12	20791	20802	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	300712790
13	NC_014299	TCGCGT	2	12	22952	22963	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	300712793
14	NC_014299	CGAGGA	2	12	26618	26629	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	300712794
15	NC_014299	ACGCCA	2	12	29250	29261	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	300712796
16	NC_014299	CTACGC	2	12	29924	29935	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	300712797
17	NC_014299	CAGGAA	2	12	30102	30113	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	300712797
18	NC_014299	TTAACG	2	12	31833	31844	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
19	NC_014299	ACGCCG	2	12	37063	37074	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	300712803
20	NC_014299	CTTCAC	2	12	37902	37913	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	300712804
21	NC_014299	ACAGTG	2	12	39736	39747	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	300712806
22	NC_014299	CCAGAA	2	12	41232	41243	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	300712807
23	NC_014299	TTGCTC	2	12	50349	50360	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	300712816
24	NC_014299	TCGACG	2	12	51739	51750	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	300712816
25	NC_014299	GGATGG	2	12	53003	53014	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
26	NC_014299	ACTGTC	2	12	66185	66196	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	300712829
27	NC_014299	CTCCGT	2	12	71089	71100	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	300712834
28	NC_014299	AACGTC	2	12	72860	72871	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	300712835
29	NC_014299	TCGCAG	2	12	75981	75992	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	300712837
30	NC_014299	GCGTCT	2	12	76846	76857	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	300712838
31	NC_014299	TATGAG	2	12	79958	79969	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	300712842
32	NC_014299	CGAACG	2	12	80846	80857	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	300712842
33	NC_014299	ATGGAC	2	12	82052	82063	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	300712845
34	NC_014299	AGTCGG	2	12	84204	84215	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
35	NC_014299	GCCACC	2	12	87309	87320	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	300712849
36	NC_014299	CGAGTG	2	12	88382	88393	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	300712850
37	NC_014299	TCGACT	2	12	89818	89829	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	300712852
38	NC_014299	AGGGGG	2	12	96107	96118	16.67 %	0 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
39	NC_014299	CTCCCG	2	12	99011	99022	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
40	NC_014299	TTGGTG	2	12	99703	99714	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
41	NC_014299	TCTTCG	2	12	104968	104979	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	300712866
42	NC_014299	GTTATT	2	12	105342	105353	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	300712866
43	NC_014299	CGCGCT	2	12	106370	106381	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	300712867
44	NC_014299	ACGTCA	2	12	109148	109159	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	300712870
45	NC_014299	GGCGTT	2	12	112389	112400	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	300712873
46	NC_014299	AGTCGA	2	12	117476	117487	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
47	NC_014299	GAACGC	2	12	119208	119219	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
48	NC_014299	TGAAGC	2	12	119720	119731	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
49	NC_014299	TATGAG	2	12	122176	122187	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	300712879
50	NC_014299	TACCAA	2	12	122736	122747	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	300712879
51	NC_014299	GTTGTA	2	12	124455	124466	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
52	NC_014299	CTTCGA	2	12	127515	127526	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	300712884
53	NC_014299	CTTCGA	2	12	133294	133305	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
54	NC_014299	CATCGA	2	12	137906	137917	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	300712899
55	NC_014299	GCACAG	2	12	138817	138828	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	300712900
56	NC_014299	TCGCGT	2	12	140432	140443	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	300712900
57	NC_014299	AAGCCA	2	12	140794	140805	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
58	NC_014299	TCAGCG	2	12	146924	146935	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
59	NC_014299	CACTCG	2	12	152284	152295	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	300712916
60	NC_014299	TACGAA	2	12	154102	154113	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	300712918
61	NC_014299	GGACAC	2	12	161097	161108	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	300712926
62	NC_014299	TTGCCG	2	12	163782	163793	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
63	NC_014299	CATACC	2	12	165124	165135	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	300712932
64	NC_014299	AATCAT	2	12	165540	165551	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	300712933
65	NC_014299	GGGCGA	2	12	165669	165680	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	300712933
66	NC_014299	AGGACC	2	12	166660	166671	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	300712935
67	NC_014299	CAATTG	2	12	167841	167852	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	300712940
68	NC_014299	ATTACG	2	12	167861	167872	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	300712940
69	NC_014299	TCTCGA	2	12	168050	168061	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	300712941
70	NC_014299	ATCAGA	2	12	169188	169199	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	300712942
71	NC_014299	ATGCTG	2	12	172907	172918	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	300712948
72	NC_014299	CCCCCT	2	12	173950	173961	0 %	16.67 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
73	NC_014299	ACGGCG	2	12	174429	174440	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	300712951
74	NC_014299	CGGTAG	2	12	175538	175549	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
75	NC_014299	GGACAC	2	12	179864	179875	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	300712957
76	NC_014299	TTGCCG	2	12	182549	182560	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
77	NC_014299	CATACC	2	12	183891	183902	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	300712963
78	NC_014299	AATCAT	2	12	184307	184318	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	300712964
79	NC_014299	GGGCGA	2	12	184436	184447	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	300712964
80	NC_014299	AGGACC	2	12	185427	185438	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	300712966
81	NC_014299	CAATTG	2	12	186608	186619	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	300712971
82	NC_014299	ATTACG	2	12	186628	186639	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	300712971
83	NC_014299	TCTCGA	2	12	186817	186828	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	300712972
84	NC_014299	ATCAGA	2	12	187955	187966	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	300712973
85	NC_014299	ATGCTG	2	12	191674	191685	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	300712979
86	NC_014299	CCCCCT	2	12	192717	192728	0 %	16.67 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
87	NC_014299	ACGGCG	2	12	193196	193207	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	300712982
88	NC_014299	CGGTAG	2	12	194305	194316	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
89	NC_014299	CAGTAT	2	12	197263	197274	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	300712984
90	NC_014299	ACTGAG	2	12	197940	197951	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	300712984
91	NC_014299	CCAGTA	2	12	203790	203801	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
92	NC_014299	CTCGCT	2	12	204114	204125	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	300712993
93	NC_014299	TCTGAT	2	12	204456	204467	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
94	NC_014299	GCAGTG	2	12	211416	211427	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
95	NC_014299	GTTCGC	2	12	212525	212536	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	300713001
96	NC_014299	TCGGGA	2	12	216907	216918	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	300713006
97	NC_014299	TGTCAC	2	12	226359	226370	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	300713015
98	NC_014299	GTAACT	2	12	228168	228179	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	300713017
99	NC_014299	CCCCGA	2	12	229104	229115	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	300713018
100	NC_014299	AATCTC	2	12	231354	231365	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	300713019
101	NC_014299	AACGTG	2	12	232711	232722	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	300713020
102	NC_014299	TTTGTT	2	12	233185	233196	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
103	NC_014299	ATCACG	2	12	234302	234313	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
104	NC_014299	TCACCA	2	12	238108	238119	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	300713024
105	NC_014299	TCATCG	2	12	238624	238635	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	300713024
106	NC_014299	CATCGA	2	12	246249	246260	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	300713028
107	NC_014299	ACCCAG	2	12	249163	249174	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	300713030
108	NC_014299	CATACA	2	12	252199	252210	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
109	NC_014299	GAAATC	2	12	253020	253031	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	300713033
110	NC_014299	CTCGAT	2	12	253041	253052	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	300713033
111	NC_014299	GGAAAC	2	12	253553	253564	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	300713033
112	NC_014299	GCGGCC	2	12	260356	260367	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
113	NC_014299	CGTCGA	2	12	267644	267655	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	300713043
114	NC_014299	GACCAC	2	12	273136	273147	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	300713047
115	NC_014299	CGGATC	2	12	283348	283359	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	300713056
116	NC_014299	TATCGA	2	12	284988	284999	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
117	NC_014299	TCTCAC	2	12	298460	298471	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
118	NC_014299	AGCGGT	2	12	302290	302301	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	300713078
119	NC_014299	GAGAAA	2	12	303078	303089	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	300713078
120	NC_014299	CGAAGA	2	12	304251	304262	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	300713079
121	NC_014299	TGATGC	2	12	310895	310906	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	300713084
122	NC_014299	TCGACG	2	12	313656	313667	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	300713087
123	NC_014299	CCCATT	2	12	314225	314236	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
124	NC_014299	CGCGGA	2	12	318394	318405	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	300713093
125	NC_014299	TGCTTC	2	12	319088	319099	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	300713094
126	NC_014299	TACGCC	2	12	323672	323683	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	300713098
127	NC_014299	TCAGTA	2	12	335845	335856	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	300713110
128	NC_014299	CGCCGG	2	12	337205	337216	0 %	0 %	50 %	50 %	300713113
129	NC_014299	CGGTGG	2	12	337653	337664	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	300713114
130	NC_014299	CCCGAG	2	12	342911	342922	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
131	NC_014299	TGCTCG	2	12	347428	347439	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	300713116
132	NC_014299	TGGACG	2	12	355444	355455	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	300713124
133	NC_014299	GTCGCG	2	12	356445	356456	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	300713125
134	NC_014299	CGTTCA	2	12	358483	358494	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	300713127

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.