MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Halalkalicoccus jeotgali B3 plasmid 2

Total Repeats: 142

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_014299	CTCGC	2	10	3864	3873	0 %	20 %	20 %	60 %	300712775
2	NC_014299	GATTC	2	10	4102	4111	20 %	40 %	20 %	20 %	300712775
3	NC_014299	AGCCG	2	10	4412	4421	20 %	0 %	40 %	40 %	300712776
4	NC_014299	TCAAC	2	10	7512	7521	40 %	20 %	0 %	40 %	300712779
5	NC_014299	TTACT	2	10	13057	13066	20 %	60 %	0 %	20 %	300712780
6	NC_014299	GGCGT	2	10	19658	19667	0 %	20 %	60 %	20 %	300712790
7	NC_014299	CCCGA	2	10	20715	20724	20 %	0 %	20 %	60 %	300712790
8	NC_014299	GGCGA	2	10	24765	24774	20 %	0 %	60 %	20 %	300712794
9	NC_014299	TGGGA	2	10	28353	28362	20 %	20 %	60 %	0 %	300712795
10	NC_014299	GGACG	2	10	29746	29755	20 %	0 %	60 %	20 %	300712797
11	NC_014299	CGACA	2	10	30975	30984	40 %	0 %	20 %	40 %	300712798
12	NC_014299	CGGGA	2	10	35426	35435	20 %	0 %	60 %	20 %	300712802
13	NC_014299	TCGCG	2	10	37343	37352	0 %	20 %	40 %	40 %	300712803
14	NC_014299	CTGGC	2	10	41464	41473	0 %	20 %	40 %	40 %	300712807
15	NC_014299	GTCAC	2	10	41990	41999	20 %	20 %	20 %	40 %	300712808
16	NC_014299	CGGAA	2	10	46514	46523	40 %	0 %	40 %	20 %	300712813
17	NC_014299	GTGTG	2	10	47534	47543	0 %	40 %	60 %	0 %	300712814
18	NC_014299	CCGAT	2	10	48097	48106	20 %	20 %	20 %	40 %	300712815
19	NC_014299	TGAGT	2	10	51314	51323	20 %	40 %	40 %	0 %	300712816
20	NC_014299	CGTCG	2	10	57114	57123	0 %	20 %	40 %	40 %	300712819
21	NC_014299	TGAAT	2	10	58235	58244	40 %	40 %	20 %	0 %	300712820
22	NC_014299	TGAAC	2	10	59364	59373	40 %	20 %	20 %	20 %	300712821
23	NC_014299	TCGAA	2	10	60811	60820	40 %	20 %	20 %	20 %	300712823
24	NC_014299	CCCAA	2	10	61366	61375	40 %	0 %	0 %	60 %	300712824
25	NC_014299	CGGCG	2	10	62454	62463	0 %	0 %	60 %	40 %	300712825
26	NC_014299	CCGGC	2	10	63296	63305	0 %	0 %	40 %	60 %	300712826
27	NC_014299	ATCGA	2	10	64696	64705	40 %	20 %	20 %	20 %	300712827
28	NC_014299	TGTCC	2	10	66436	66445	0 %	40 %	20 %	40 %	300712830
29	NC_014299	AAGAT	2	10	66918	66927	60 %	20 %	20 %	0 %	300712830
30	NC_014299	CACAG	2	10	67319	67328	40 %	0 %	20 %	40 %	300712830
31	NC_014299	CGACT	2	10	68017	68026	20 %	20 %	20 %	40 %	300712831
32	NC_014299	GCCCA	2	10	68417	68426	20 %	0 %	20 %	60 %	300712831
33	NC_014299	TGGAA	2	10	69138	69147	40 %	20 %	40 %	0 %	300712832
34	NC_014299	TCGCC	2	10	70414	70423	0 %	20 %	20 %	60 %	300712833
35	NC_014299	TGCGA	2	10	71146	71155	20 %	20 %	40 %	20 %	300712834
36	NC_014299	GATCT	2	10	73352	73361	20 %	40 %	20 %	20 %	300712835
37	NC_014299	CTCCC	2	10	73467	73476	0 %	20 %	0 %	80 %	300712835
38	NC_014299	GGTGG	2	10	82990	82999	0 %	20 %	80 %	0 %	300712846
39	NC_014299	CACGT	2	10	83328	83337	20 %	20 %	20 %	40 %	300712846
40	NC_014299	CGTCG	2	10	83670	83679	0 %	20 %	40 %	40 %	300712846
41	NC_014299	TAGCG	2	10	83918	83927	20 %	20 %	40 %	20 %	300712846
42	NC_014299	ACATC	2	10	85156	85165	40 %	20 %	0 %	40 %	300712847
43	NC_014299	CAGTT	2	10	85890	85899	20 %	40 %	20 %	20 %	300712848
44	NC_014299	GACAA	2	10	87078	87087	60 %	0 %	20 %	20 %	300712849
45	NC_014299	CCGAT	2	10	88085	88094	20 %	20 %	20 %	40 %	300712850
46	NC_014299	CTGCG	2	10	88442	88451	0 %	20 %	40 %	40 %	300712850
47	NC_014299	TGCTT	2	10	91199	91208	0 %	60 %	20 %	20 %	300712853
48	NC_014299	CTGAT	2	10	91691	91700	20 %	40 %	20 %	20 %	300712853
49	NC_014299	GTAGA	2	10	94046	94055	40 %	20 %	40 %	0 %	300712858
50	NC_014299	AGGTC	2	10	103017	103026	20 %	20 %	40 %	20 %	300712864
51	NC_014299	GTCGC	2	10	105117	105126	0 %	20 %	40 %	40 %	300712866
52	NC_014299	GATCG	2	10	106311	106320	20 %	20 %	40 %	20 %	300712867
53	NC_014299	TCGAG	2	10	108888	108897	20 %	20 %	40 %	20 %	300712870
54	NC_014299	CAAAC	2	10	115544	115553	60 %	0 %	0 %	40 %	300712875
55	NC_014299	AATGA	2	10	122583	122592	60 %	20 %	20 %	0 %	300712879
56	NC_014299	CAGCG	2	10	127630	127639	20 %	0 %	40 %	40 %	300712884
57	NC_014299	GCAGT	2	10	132409	132418	20 %	20 %	40 %	20 %	300712890
58	NC_014299	TTCGG	2	10	134557	134566	0 %	40 %	40 %	20 %	300712893
59	NC_014299	GGTCG	2	10	135337	135346	0 %	20 %	60 %	20 %	300712895
60	NC_014299	CGGCG	2	10	136076	136085	0 %	0 %	60 %	40 %	300712896
61	NC_014299	GATCG	2	10	139186	139195	20 %	20 %	40 %	20 %	300712900
62	NC_014299	CGACG	2	10	141850	141859	20 %	0 %	40 %	40 %	300712903
63	NC_014299	CCCAC	2	10	143376	143385	20 %	0 %	0 %	80 %	300712906
64	NC_014299	TCGAT	2	10	146019	146028	20 %	40 %	20 %	20 %	300712909
65	NC_014299	CGTGC	2	10	151371	151380	0 %	20 %	40 %	40 %	300712916
66	NC_014299	CGCGC	2	10	151746	151755	0 %	0 %	40 %	60 %	300712916
67	NC_014299	CCCGG	2	10	153300	153309	0 %	0 %	40 %	60 %	300712916
68	NC_014299	AAGAC	2	10	153969	153978	60 %	0 %	20 %	20 %	300712918
69	NC_014299	CCATT	2	10	157301	157310	20 %	40 %	0 %	40 %	300712920
70	NC_014299	TCGTG	2	10	158639	158648	0 %	40 %	40 %	20 %	300712923
71	NC_014299	GTCCC	2	10	161743	161752	0 %	20 %	20 %	60 %	300712926
72	NC_014299	GCAGG	2	10	162327	162336	20 %	0 %	60 %	20 %	300712927
73	NC_014299	TCGGG	2	10	167081	167090	0 %	20 %	60 %	20 %	300712938
74	NC_014299	TCGCC	2	10	172145	172154	0 %	20 %	20 %	60 %	300712947
75	NC_014299	GATTT	2	10	173022	173031	20 %	60 %	20 %	0 %	300712948
76	NC_014299	TCGTG	2	10	177406	177415	0 %	40 %	40 %	20 %	300712954
77	NC_014299	GTCCC	2	10	180510	180519	0 %	20 %	20 %	60 %	300712957
78	NC_014299	GCAGG	2	10	181094	181103	20 %	0 %	60 %	20 %	300712958
79	NC_014299	TCGGG	2	10	185848	185857	0 %	20 %	60 %	20 %	300712969
80	NC_014299	TCGCC	2	10	190912	190921	0 %	20 %	20 %	60 %	300712978
81	NC_014299	GATTT	2	10	191789	191798	20 %	60 %	20 %	0 %	300712979
82	NC_014299	AGTAC	2	10	196343	196352	40 %	20 %	20 %	20 %	300712984
83	NC_014299	TCGAA	2	10	207983	207992	40 %	20 %	20 %	20 %	300712995
84	NC_014299	AATCG	2	10	213631	213640	40 %	20 %	20 %	20 %	300713003
85	NC_014299	TCACC	2	10	216214	216223	20 %	20 %	0 %	60 %	300713006
86	NC_014299	CGTCC	2	10	217697	217706	0 %	20 %	20 %	60 %	300713007
87	NC_014299	CGAAA	2	10	219221	219230	60 %	0 %	20 %	20 %	300713008
88	NC_014299	TCGGG	2	10	221362	221371	0 %	20 %	60 %	20 %	300713009
89	NC_014299	GGAGT	2	10	222326	222335	20 %	20 %	60 %	0 %	300713011
90	NC_014299	GAAAC	2	10	225559	225568	60 %	0 %	20 %	20 %	300713014
91	NC_014299	GGTTC	2	10	226047	226056	0 %	40 %	40 %	20 %	300713015
92	NC_014299	TGGTG	2	10	228801	228810	0 %	40 %	60 %	0 %	300713017
93	NC_014299	CAGGA	2	10	232826	232835	40 %	0 %	40 %	20 %	300713020
94	NC_014299	GATTC	2	10	233496	233505	20 %	40 %	20 %	20 %	300713021
95	NC_014299	TCAGT	2	10	236529	236538	20 %	40 %	20 %	20 %	300713023
96	NC_014299	TTGCA	2	10	237474	237483	20 %	40 %	20 %	20 %	300713024
97	NC_014299	ACTGG	2	10	237526	237535	20 %	20 %	40 %	20 %	300713024
98	NC_014299	TTCAC	2	10	237742	237751	20 %	40 %	0 %	40 %	300713024
99	NC_014299	CACAG	2	10	241730	241739	40 %	0 %	20 %	40 %	300713025
100	NC_014299	ATGGG	2	10	243203	243212	20 %	20 %	60 %	0 %	300713026
101	NC_014299	TGAAC	2	10	244710	244719	40 %	20 %	20 %	20 %	300713027
102	NC_014299	CGATT	2	10	246076	246085	20 %	40 %	20 %	20 %	300713028
103	NC_014299	CGATC	2	10	260109	260118	20 %	20 %	20 %	40 %	300713036
104	NC_014299	GGGCA	2	10	261826	261835	20 %	0 %	60 %	20 %	300713038
105	NC_014299	AGTCC	2	10	262077	262086	20 %	20 %	20 %	40 %	300713038
106	NC_014299	GAAAC	2	10	262257	262266	60 %	0 %	20 %	20 %	300713038
107	NC_014299	CTGTG	2	10	266331	266340	0 %	40 %	40 %	20 %	300713042
108	NC_014299	CATCT	2	10	267306	267315	20 %	40 %	0 %	40 %	300713043
109	NC_014299	TCCCG	2	10	267995	268004	0 %	20 %	20 %	60 %	300713043
110	NC_014299	CATAA	2	10	269815	269824	60 %	20 %	0 %	20 %	300713044
111	NC_014299	TCAGG	2	10	271101	271110	20 %	20 %	40 %	20 %	300713045
112	NC_014299	GGACG	2	10	272132	272141	20 %	0 %	60 %	20 %	300713045
113	NC_014299	GGGAT	2	10	272355	272364	20 %	20 %	60 %	0 %	300713046
114	NC_014299	GATCA	2	10	274640	274649	40 %	20 %	20 %	20 %	300713049
115	NC_014299	ATCGA	2	10	276607	276616	40 %	20 %	20 %	20 %	300713052
116	NC_014299	AGACC	2	10	276701	276710	40 %	0 %	20 %	40 %	300713052
117	NC_014299	TCGGC	2	10	277482	277491	0 %	20 %	40 %	40 %	300713053
118	NC_014299	CCGCT	2	10	278565	278574	0 %	20 %	20 %	60 %	300713053
119	NC_014299	GCGCC	2	10	278877	278886	0 %	0 %	40 %	60 %	300713053
120	NC_014299	GGAAC	2	10	279069	279078	40 %	0 %	40 %	20 %	300713053
121	NC_014299	TCGAT	2	10	280145	280154	20 %	40 %	20 %	20 %	300713054
122	NC_014299	GATCG	2	10	298623	298632	20 %	20 %	40 %	20 %	300713073
123	NC_014299	GATGT	2	10	303958	303967	20 %	40 %	40 %	0 %	300713079
124	NC_014299	GTCCG	2	10	309999	310008	0 %	20 %	40 %	40 %	300713084
125	NC_014299	GCGAC	2	10	311548	311557	20 %	0 %	40 %	40 %	300713084
126	NC_014299	CCGCC	2	10	319222	319231	0 %	0 %	20 %	80 %	300713094
127	NC_014299	CCGAC	2	10	320135	320144	20 %	0 %	20 %	60 %	300713095
128	NC_014299	CTGCG	2	10	323535	323544	0 %	20 %	40 %	40 %	300713098
129	NC_014299	GCCGA	2	10	327236	327245	20 %	0 %	40 %	40 %	300713100
130	NC_014299	ATTTC	2	10	336494	336503	20 %	60 %	0 %	20 %	300713112
131	NC_014299	CGTCG	2	10	338040	338049	0 %	20 %	40 %	40 %	300713114
132	NC_014299	TCCTC	2	10	340006	340015	0 %	40 %	0 %	60 %	300713115
133	NC_014299	CGAAC	2	10	341033	341042	40 %	0 %	20 %	40 %	300713115
134	NC_014299	CGAGG	2	10	350102	350111	20 %	0 %	60 %	20 %	300713119
135	NC_014299	CCGAC	2	10	351543	351552	20 %	0 %	20 %	60 %	300713120
136	NC_014299	ACGAG	2	10	351702	351711	40 %	0 %	40 %	20 %	300713120
137	NC_014299	ACGAT	2	10	352501	352510	40 %	20 %	20 %	20 %	300713121
138	NC_014299	CGTCG	2	10	352522	352531	0 %	20 %	40 %	40 %	300713121
139	NC_014299	CTCGT	2	10	352880	352889	0 %	40 %	20 %	40 %	300713121
140	NC_014299	CGACG	2	10	353895	353904	20 %	0 %	40 %	40 %	300713122
141	NC_014299	GTCCG	2	10	355662	355671	0 %	20 %	40 %	40 %	300713124
142	NC_014299	CGGAC	2	10	356566	356575	20 %	0 %	40 %	40 %	300713125

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.