MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Halalkalicoccus jeotgali B3 plasmid 2

Total Repeats: 354

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_014299	ATCT	2	8	85	92	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
2	NC_014299	ATCC	2	8	1004	1011	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
3	NC_014299	ATAG	2	8	1210	1217	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
4	NC_014299	CATA	2	8	1218	1225	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
5	NC_014299	CGCC	2	8	4677	4684	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
6	NC_014299	AGAC	2	8	5830	5837	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
7	NC_014299	AGTC	2	8	13354	13361	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
8	NC_014299	AGTT	2	8	13400	13407	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
9	NC_014299	GAAT	2	8	13646	13653	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
10	NC_014299	TCTA	2	8	15399	15406	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
11	NC_014299	TACT	2	8	15407	15414	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
12	NC_014299	TGTA	2	8	15456	15463	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
13	NC_014299	TCCA	2	8	15684	15691	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
14	NC_014299	GCAC	2	8	16727	16734	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
15	NC_014299	TTGA	2	8	18139	18146	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
16	NC_014299	GGGT	2	8	18551	18558	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
17	NC_014299	GTTT	2	8	18567	18574	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
18	NC_014299	TTTG	2	8	21327	21334	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
19	NC_014299	TCGG	2	8	21565	21572	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
20	NC_014299	AAAT	2	8	27254	27261	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_014299	GCGA	2	8	27831	27838	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
22	NC_014299	CGAG	3	12	27892	27903	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
23	NC_014299	GTGA	2	8	27959	27966	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
24	NC_014299	TTCA	2	8	28768	28775	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
25	NC_014299	AGTC	2	8	35187	35194	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
26	NC_014299	GTTG	2	8	35201	35208	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
27	NC_014299	TGAA	2	8	35926	35933	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
28	NC_014299	TGCC	2	8	35957	35964	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
29	NC_014299	ATTC	2	8	35983	35990	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
30	NC_014299	CGAT	2	8	41900	41907	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
31	NC_014299	ACCC	2	8	42819	42826	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
32	NC_014299	AAGT	2	8	42930	42937	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
33	NC_014299	TGTT	2	8	43075	43082	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
34	NC_014299	TTTC	2	8	43292	43299	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
35	NC_014299	ATCT	2	8	44544	44551	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
36	NC_014299	CATC	2	8	44856	44863	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
37	NC_014299	GCTG	2	8	45038	45045	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
38	NC_014299	AACC	2	8	45283	45290	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
39	NC_014299	GGGA	2	8	48017	48024	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
40	NC_014299	TCCC	2	8	49580	49587	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
41	NC_014299	GTCT	2	8	51786	51793	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
42	NC_014299	CGTG	2	8	52487	52494	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
43	NC_014299	ATTG	2	8	52602	52609	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
44	NC_014299	AGTG	2	8	52679	52686	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
45	NC_014299	GCTG	2	8	52733	52740	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
46	NC_014299	TCGT	2	8	52926	52933	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
47	NC_014299	TCTG	2	8	53085	53092	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
48	NC_014299	ATCC	2	8	53250	53257	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
49	NC_014299	TAGC	2	8	53280	53287	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
50	NC_014299	ATTC	2	8	53528	53535	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
51	NC_014299	ATTT	2	8	53665	53672	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_014299	CCGT	2	8	56990	56997	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
53	NC_014299	TCAG	2	8	57874	57881	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
54	NC_014299	TGGG	2	8	59679	59686	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
55	NC_014299	TTAT	2	8	64158	64165	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_014299	TGAT	2	8	66377	66384	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
57	NC_014299	GGGA	2	8	67566	67573	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
58	NC_014299	CAGC	2	8	68543	68550	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
59	NC_014299	CGTG	2	8	69972	69979	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
60	NC_014299	CTTG	2	8	79774	79781	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
61	NC_014299	GTCC	2	8	79842	79849	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
62	NC_014299	TACG	2	8	87370	87377	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
63	NC_014299	AGAT	2	8	88723	88730	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
64	NC_014299	AGGT	2	8	90658	90665	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
65	NC_014299	TCGG	2	8	93250	93257	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
66	NC_014299	TGCA	2	8	93323	93330	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
67	NC_014299	TCTG	2	8	93360	93367	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
68	NC_014299	GAAC	2	8	94146	94153	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
69	NC_014299	AGCG	2	8	94256	94263	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
70	NC_014299	GACT	2	8	94599	94606	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
71	NC_014299	TCAT	2	8	94736	94743	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
72	NC_014299	TCGA	2	8	94827	94834	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
73	NC_014299	ATCC	2	8	95264	95271	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
74	NC_014299	ATGT	2	8	95309	95316	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
75	NC_014299	TGGG	2	8	95592	95599	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
76	NC_014299	TCAG	2	8	95751	95758	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
77	NC_014299	TCAT	2	8	96210	96217	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
78	NC_014299	CAAC	2	8	97195	97202	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
79	NC_014299	CTGA	2	8	97350	97357	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
80	NC_014299	CTTG	2	8	97834	97841	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
81	NC_014299	ACCC	2	8	98774	98781	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
82	NC_014299	TGCT	2	8	100621	100628	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
83	NC_014299	ACCG	2	8	100639	100646	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
84	NC_014299	TGCA	2	8	100799	100806	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
85	NC_014299	CAGA	2	8	100967	100974	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
86	NC_014299	CGTT	2	8	101092	101099	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
87	NC_014299	GTAT	2	8	101947	101954	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
88	NC_014299	CGAT	2	8	103741	103748	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
89	NC_014299	AGAT	2	8	104737	104744	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
90	NC_014299	ACCG	2	8	105778	105785	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
91	NC_014299	CCGA	2	8	105797	105804	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
92	NC_014299	GATC	2	8	110138	110145	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
93	NC_014299	AGAT	2	8	110577	110584	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
94	NC_014299	TCGA	2	8	110692	110699	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
95	NC_014299	GTTC	2	8	111627	111634	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
96	NC_014299	TTGT	2	8	111747	111754	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
97	NC_014299	CAAA	2	8	112923	112930	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
98	NC_014299	GAAT	2	8	113747	113754	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
99	NC_014299	GGCC	2	8	113815	113822	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
100	NC_014299	GCCC	2	8	113919	113926	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
101	NC_014299	ATAA	2	8	114156	114163	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_014299	CCAG	2	8	114235	114242	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
103	NC_014299	TAAC	2	8	114382	114389	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
104	NC_014299	TACA	2	8	116228	116235	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
105	NC_014299	AAAG	2	8	117505	117512	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
106	NC_014299	TTGT	2	8	117567	117574	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
107	NC_014299	ATGT	2	8	118719	118726	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
108	NC_014299	GCGA	2	8	119048	119055	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
109	NC_014299	CGTT	2	8	119194	119201	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
110	NC_014299	GACA	2	8	119270	119277	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
111	NC_014299	CAGA	2	8	119711	119718	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
112	NC_014299	ACAG	2	8	123166	123173	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
113	NC_014299	AGCA	2	8	124180	124187	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
114	NC_014299	ATCA	2	8	124384	124391	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
115	NC_014299	ATCT	2	8	124570	124577	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
116	NC_014299	GTTC	2	8	125166	125173	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
117	NC_014299	TCCG	2	8	126763	126770	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
118	NC_014299	GCAA	2	8	126922	126929	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
119	NC_014299	TGCC	2	8	127110	127117	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
120	NC_014299	ATCT	2	8	129312	129319	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
121	NC_014299	ACCG	2	8	131981	131988	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
122	NC_014299	GTCG	2	8	132014	132021	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
123	NC_014299	GTCG	2	8	132042	132049	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
124	NC_014299	CTTC	2	8	133492	133499	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
125	NC_014299	TGGC	2	8	133505	133512	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
126	NC_014299	GACA	2	8	134000	134007	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
127	NC_014299	CGAA	2	8	136518	136525	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
128	NC_014299	GAGC	2	8	136546	136553	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
129	NC_014299	CGTT	2	8	140640	140647	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
130	NC_014299	ACCG	2	8	141466	141473	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
131	NC_014299	CGCA	2	8	141527	141534	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
132	NC_014299	CCTT	2	8	142102	142109	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
133	NC_014299	AGCA	2	8	142272	142279	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
134	NC_014299	GTTT	2	8	142523	142530	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
135	NC_014299	ATAG	2	8	143857	143864	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
136	NC_014299	ATTC	2	8	145179	145186	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
137	NC_014299	CAGA	2	8	145260	145267	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
138	NC_014299	AGAT	2	8	145354	145361	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
139	NC_014299	CAAG	2	8	147073	147080	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
140	NC_014299	GATC	2	8	147406	147413	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
141	NC_014299	GTCG	2	8	147782	147789	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
142	NC_014299	GACT	2	8	149128	149135	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
143	NC_014299	CACG	2	8	149708	149715	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
144	NC_014299	GATA	2	8	153817	153824	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
145	NC_014299	ACTC	2	8	155953	155960	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
146	NC_014299	GCTA	2	8	156160	156167	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
147	NC_014299	ATGA	2	8	156919	156926	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
148	NC_014299	ATCT	2	8	159141	159148	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
149	NC_014299	CATT	2	8	159422	159429	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
150	NC_014299	CTGG	2	8	159535	159542	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
151	NC_014299	CGGT	2	8	159628	159635	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
152	NC_014299	TCGA	2	8	159723	159730	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
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343	NC_014299	GACA	2	8	348364	348371	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
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345	NC_014299	AATC	2	8	348624	348631	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
346	NC_014299	ACAA	2	8	349117	349124	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
347	NC_014299	AGGA	2	8	353054	353061	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
348	NC_014299	GACC	2	8	353995	354002	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
349	NC_014299	TCGA	2	8	356781	356788	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
350	NC_014299	CGGT	2	8	358786	358793	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
351	NC_014299	CGCT	2	8	358834	358841	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
352	NC_014299	TCGT	2	8	358914	358921	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
353	NC_014299	ATCG	2	8	361128	361135	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
354	NC_014299	TACA	2	8	362640	362647	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.