MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Halalkalicoccus jeotgali B3 plasmid 1

Total Repeats: 136

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_014298	TCGGCG	2	12	2770	2781	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	300712408
2	NC_014298	CACGAC	2	12	4444	4455	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	300712410
3	NC_014298	CGAAGC	2	12	13203	13214	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	300712421
4	NC_014298	GGCCGC	2	12	16167	16178	0 %	0 %	50 %	50 %	300712422
5	NC_014298	AGCATC	2	12	26154	26165	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
6	NC_014298	GACTGT	3	18	34588	34605	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
7	NC_014298	TGACAA	2	12	37568	37579	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	300712447
8	NC_014298	GCCCGA	2	12	38194	38205	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	300712448
9	NC_014298	ATTGAG	2	12	38709	38720	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	300712449
10	NC_014298	CGGATT	2	12	39103	39114	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	300712449
11	NC_014298	TGCAGA	2	12	40843	40854	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	300712450
12	NC_014298	AACGTC	2	12	45628	45639	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	300712455
13	NC_014298	AACGCC	2	12	48293	48304	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	300712459
14	NC_014298	GACCTC	2	12	49391	49402	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	300712462
15	NC_014298	TGGCCG	2	12	50079	50090	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	300712462
16	NC_014298	GCCGTA	2	12	52754	52765	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	300712465
17	NC_014298	CAACGC	2	12	54227	54238	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	300712466
18	NC_014298	TAATGA	2	12	55035	55046	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	300712466
19	NC_014298	CGAACG	2	12	59377	59388	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	300712471
20	NC_014298	CCGCGT	2	12	59644	59655	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	300712472
21	NC_014298	TTCGCG	2	12	63669	63680	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_014298	ACAGTC	2	12	73566	73577	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
23	NC_014298	TTCGTG	2	12	73818	73829	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
24	NC_014298	CACCAA	2	12	74709	74720	50 %	0 %	0 %	50 %	300712490
25	NC_014298	TATCGG	2	12	77636	77647	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	300712494
26	NC_014298	GAGCTG	2	12	79488	79499	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	300712494
27	NC_014298	AAATTG	2	12	82634	82645	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	300712497
28	NC_014298	CGATCT	2	12	84138	84149	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	300712498
29	NC_014298	ACGCCG	2	12	86183	86194	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	300712501
30	NC_014298	CGTAGT	2	12	98563	98574	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	300712514
31	NC_014298	CGGTTG	2	12	99459	99470	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	300712515
32	NC_014298	GTCGAG	2	12	100724	100735	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	300712515
33	NC_014298	GTGTCC	2	12	101263	101274	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	300712516
34	NC_014298	GGTCGC	2	12	101648	101659	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	300712516
35	NC_014298	GTAGAA	2	12	102258	102269	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	300712516
36	NC_014298	CGGCAG	2	12	102988	102999	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	300712517
37	NC_014298	GTAGTC	2	12	103123	103134	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	300712517
38	NC_014298	CGGCGA	2	12	103997	104008	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
39	NC_014298	CGCGTT	2	12	106480	106491	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	300712519
40	NC_014298	GGTTCC	2	12	109992	110003	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	300712522
41	NC_014298	AGTTCG	2	12	112524	112535	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	300712525
42	NC_014298	GTCTCG	2	12	114517	114528	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	300712527
43	NC_014298	TCCCGG	2	12	114848	114859	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	300712527
44	NC_014298	CTCGCT	2	12	116353	116364	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	300712529
45	NC_014298	TCGTGA	2	12	117171	117182	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	300712529
46	NC_014298	GTCGAC	2	12	118205	118216	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	300712531
47	NC_014298	GATCCG	2	12	120371	120382	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	300712533
48	NC_014298	TTCGAT	2	12	120627	120638	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	300712533
49	NC_014298	CAGTTC	2	12	122139	122150	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	300712536
50	NC_014298	CGTCGG	2	12	122216	122227	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	300712536
51	NC_014298	ACGGCG	2	12	122914	122925	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	300712536
52	NC_014298	GCGAAC	2	12	123004	123015	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	300712536
53	NC_014298	CGGCGT	2	12	123784	123795	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	300712537
54	NC_014298	GCCGAT	2	12	129479	129490	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	300712543
55	NC_014298	GGGATA	2	12	129555	129566	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	300712543
56	NC_014298	TGTCCG	2	12	140585	140596	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
57	NC_014298	GCTCGG	2	12	143199	143210	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	300712554
58	NC_014298	AACACT	2	12	148317	148328	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
59	NC_014298	GTCGGC	2	12	150157	150168	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	300712559
60	NC_014298	GCTTCG	2	12	151938	151949	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	300712561
61	NC_014298	CGAGAC	2	12	152209	152220	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	300712561
62	NC_014298	ATCTCG	2	12	156420	156431	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	300712565
63	NC_014298	CTGGCG	2	12	157943	157954	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	300712566
64	NC_014298	CCGGCG	2	12	166225	166236	0 %	0 %	50 %	50 %	300712573
65	NC_014298	TCAACG	2	12	175713	175724	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	300712583
66	NC_014298	CGTAGT	2	12	176151	176162	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
67	NC_014298	ATTCCA	2	12	178512	178523	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	300712584
68	NC_014298	TCCGCA	2	12	180467	180478	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	300712585
69	NC_014298	GTCGAT	2	12	189219	189230	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	300712594
70	NC_014298	ATTGTC	2	12	190554	190565	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	300712596
71	NC_014298	GCAGTG	2	12	191212	191223	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	300712596
72	NC_014298	GATACA	2	12	192510	192521	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
73	NC_014298	GCCACC	2	12	199989	200000	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	300712605
74	NC_014298	TCGACG	2	12	204530	204541	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	300712609
75	NC_014298	GAAATC	2	12	207341	207352	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	300712611
76	NC_014298	GGAAAC	2	12	207874	207885	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	300712611
77	NC_014298	GACGTC	2	12	225219	225230	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	300712620
78	NC_014298	TTCGAG	2	12	226198	226209	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
79	NC_014298	TCGCCA	2	12	234838	234849	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	300712633
80	NC_014298	GAAGCA	2	12	237424	237435	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	300712635
81	NC_014298	ATCAGG	2	12	241617	241628	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
82	NC_014298	CACTAA	2	12	244850	244861	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
83	NC_014298	CGAGCA	2	12	248642	248653	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	300712643
84	NC_014298	CCGAGC	2	12	248830	248841	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	300712643
85	NC_014298	CGAAGA	2	12	252307	252318	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
86	NC_014298	GAGTTC	2	12	252519	252530	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
87	NC_014298	TCAACG	2	12	253591	253602	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	300712649
88	NC_014298	TCGATG	2	12	255697	255708	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	300712649
89	NC_014298	CCGTTG	2	12	258133	258144	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
90	NC_014298	GTACAC	2	12	258790	258801	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	300712652
91	NC_014298	GCCGAC	2	12	259397	259408	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	300712653
92	NC_014298	AACTGA	2	12	265961	265972	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
93	NC_014298	TCGGAA	2	12	272884	272895	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	300712665
94	NC_014298	GAGACG	2	12	282106	282117	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	300712672
95	NC_014298	AACACA	2	12	283190	283201	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	300712672
96	NC_014298	ACGATC	2	12	288527	288538	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	300712677
97	NC_014298	CGAGAC	2	12	291959	291970	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	300712677
98	NC_014298	TATCAA	2	12	292444	292455	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	300712677
99	NC_014298	GCTCTG	2	12	293265	293276	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	300712678
100	NC_014298	GGTTCT	2	12	295323	295334	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	300712678
101	NC_014298	CCGACT	2	12	300882	300893	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
102	NC_014298	GCTCAT	2	12	302116	302127	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	300712682
103	NC_014298	CTCGAT	2	12	302993	303004	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	300712683
104	NC_014298	GCCTCG	2	12	305779	305790	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	300712684
105	NC_014298	CCGTCG	2	12	307639	307650	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	300712684
106	NC_014298	TCGGCG	2	12	311559	311570	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	300712689
107	NC_014298	GCAGAT	2	12	313584	313595	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	300712692
108	NC_014298	CTTCAG	2	12	315582	315593	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	300712693
109	NC_014298	ATCTCG	2	12	316676	316687	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	300712693
110	NC_014298	AAGGGG	2	12	319189	319200	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
111	NC_014298	GCCGGT	2	12	319634	319645	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
112	NC_014298	CGCGAG	2	12	324016	324027	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	300712699
113	NC_014298	CCCCGT	2	12	324122	324133	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
114	NC_014298	ACCGAG	2	12	326384	326395	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	300712701
115	NC_014298	ACCGAG	2	12	329004	329015	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	300712703
116	NC_014298	GCACCG	2	12	330059	330070	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	300712704
117	NC_014298	ATCGTG	2	12	331195	331206	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	300712706
118	NC_014298	ATCAAT	2	12	333154	333165	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	300712708
119	NC_014298	GTGACA	2	12	335603	335614	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	300712709
120	NC_014298	ACGTCC	2	12	341774	341785	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
121	NC_014298	GGTGTA	2	12	345703	345714	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	300712714
122	NC_014298	CCGTCC	2	12	354545	354556	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	300712721
123	NC_014298	AATTCG	2	12	359844	359855	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	300712726
124	NC_014298	CGGGAG	2	12	361672	361683	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
125	NC_014298	CGAGCC	2	12	366638	366649	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	300712733
126	NC_014298	CCATCA	2	12	369880	369891	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	300712735
127	NC_014298	GGTGCT	2	12	374510	374521	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	300712739
128	NC_014298	ACGAAG	2	12	376013	376024	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	300712741
129	NC_014298	AGGGGA	2	12	376296	376307	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	300712741
130	NC_014298	ATGAAT	2	12	386219	386230	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
131	NC_014298	CGAGAA	2	12	387580	387591	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	300712749
132	NC_014298	GGATCA	2	12	392326	392337	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	300712755
133	NC_014298	GAGCGA	2	12	394735	394746	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	300712756
134	NC_014298	CGATGG	2	12	400612	400623	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
135	NC_014298	TCGCCT	2	12	401824	401835	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	300712763
136	NC_014298	CCCGTA	2	12	404485	404496	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	300712766

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.