MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Halalkalicoccus jeotgali B3 plasmid 1

Total Repeats: 187

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_014298	GAGAG	2	10	3569	3578	40 %	0 %	60 %	0 %	300712409
2	NC_014298	CGTCG	2	10	3619	3628	0 %	20 %	40 %	40 %	300712409
3	NC_014298	AGTGC	2	10	5827	5836	20 %	20 %	40 %	20 %	300712413
4	NC_014298	CATCG	2	10	6075	6084	20 %	20 %	20 %	40 %	300712413
5	NC_014298	CAGAC	2	10	7056	7065	40 %	0 %	20 %	40 %	300712414
6	NC_014298	GCCGG	2	10	10180	10189	0 %	0 %	60 %	40 %	300712416
7	NC_014298	GTCCG	2	10	10621	10630	0 %	20 %	40 %	40 %	300712417
8	NC_014298	TCCGG	2	10	11488	11497	0 %	20 %	40 %	40 %	300712417
9	NC_014298	GCTCG	2	10	14364	14373	0 %	20 %	40 %	40 %	300712422
10	NC_014298	AGAGG	2	10	15349	15358	40 %	0 %	60 %	0 %	300712422
11	NC_014298	CTCGC	2	10	16135	16144	0 %	20 %	20 %	60 %	300712422
12	NC_014298	GTCCA	2	10	16634	16643	20 %	20 %	20 %	40 %	300712423
13	NC_014298	GGATT	2	10	16863	16872	20 %	40 %	40 %	0 %	300712424
14	NC_014298	CCATC	2	10	17297	17306	20 %	20 %	0 %	60 %	300712424
15	NC_014298	GGCGA	2	10	20002	20011	20 %	0 %	60 %	20 %	300712427
16	NC_014298	TCGCG	2	10	24217	24226	0 %	20 %	40 %	40 %	300712431
17	NC_014298	ACAAT	2	10	24937	24946	60 %	20 %	0 %	20 %	300712431
18	NC_014298	CGGTT	2	10	25451	25460	0 %	40 %	40 %	20 %	300712432
19	NC_014298	CCATA	2	10	35838	35847	40 %	20 %	0 %	40 %	300712444
20	NC_014298	CGTCG	2	10	36246	36255	0 %	20 %	40 %	40 %	300712445
21	NC_014298	TTCGG	2	10	37550	37559	0 %	40 %	40 %	20 %	300712447
22	NC_014298	ACTCG	2	10	37612	37621	20 %	20 %	20 %	40 %	300712447
23	NC_014298	CATTC	2	10	39545	39554	20 %	40 %	0 %	40 %	300712449
24	NC_014298	CGGAC	2	10	39620	39629	20 %	0 %	40 %	40 %	300712449
25	NC_014298	CAGTA	2	10	40037	40046	40 %	20 %	20 %	20 %	300712449
26	NC_014298	GTCTC	2	10	41142	41151	0 %	40 %	20 %	40 %	300712450
27	NC_014298	ACTCG	2	10	42730	42739	20 %	20 %	20 %	40 %	300712452
28	NC_014298	CGAAA	2	10	43595	43604	60 %	0 %	20 %	20 %	300712452
29	NC_014298	GTCGT	2	10	44534	44543	0 %	40 %	40 %	20 %	300712453
30	NC_014298	TGGTC	2	10	44646	44655	0 %	40 %	40 %	20 %	300712453
31	NC_014298	CGCAA	2	10	46735	46744	40 %	0 %	20 %	40 %	300712456
32	NC_014298	GCTCG	2	10	46887	46896	0 %	20 %	40 %	40 %	300712457
33	NC_014298	CGATC	2	10	48522	48531	20 %	20 %	20 %	40 %	300712459
34	NC_014298	CCGTC	2	10	49188	49197	0 %	20 %	20 %	60 %	300712461
35	NC_014298	TCGAT	2	10	50251	50260	20 %	40 %	20 %	20 %	300712462
36	NC_014298	GATCA	2	10	52007	52016	40 %	20 %	20 %	20 %	300712465
37	NC_014298	TGGCG	2	10	52691	52700	0 %	20 %	60 %	20 %	300712465
38	NC_014298	GTTCA	2	10	55720	55729	20 %	40 %	20 %	20 %	300712467
39	NC_014298	CGGTC	2	10	59572	59581	0 %	20 %	40 %	40 %	300712472
40	NC_014298	ACGCA	2	10	64133	64142	40 %	0 %	20 %	40 %	300712478
41	NC_014298	GTGCG	2	10	72269	72278	0 %	20 %	60 %	20 %	300712488
42	NC_014298	CGAAA	2	10	77120	77129	60 %	0 %	20 %	20 %	300712494
43	NC_014298	CATCG	2	10	77207	77216	20 %	20 %	20 %	40 %	300712494
44	NC_014298	GTTCG	2	10	82549	82558	0 %	40 %	40 %	20 %	300712497
45	NC_014298	TGAAC	2	10	85878	85887	40 %	20 %	20 %	20 %	300712501
46	NC_014298	ACTGT	2	10	89570	89579	20 %	40 %	20 %	20 %	300712505
47	NC_014298	CGACT	2	10	90793	90802	20 %	20 %	20 %	40 %	300712506
48	NC_014298	GAACT	2	10	91865	91874	40 %	20 %	20 %	20 %	300712507
49	NC_014298	CTCGA	2	10	92950	92959	20 %	20 %	20 %	40 %	300712507
50	NC_014298	CGGCG	2	10	94135	94144	0 %	0 %	60 %	40 %	300712508
51	NC_014298	CACGT	2	10	95448	95457	20 %	20 %	20 %	40 %	300712510
52	NC_014298	TCGTC	2	10	100294	100303	0 %	40 %	20 %	40 %	300712515
53	NC_014298	AGCCG	2	10	100657	100666	20 %	0 %	40 %	40 %	300712515
54	NC_014298	AGTCG	2	10	101864	101873	20 %	20 %	40 %	20 %	300712516
55	NC_014298	CGAGA	2	10	105409	105418	40 %	0 %	40 %	20 %	300712518
56	NC_014298	ACGGC	2	10	105741	105750	20 %	0 %	40 %	40 %	300712518
57	NC_014298	GAGCA	2	10	105896	105905	40 %	0 %	40 %	20 %	300712518
58	NC_014298	CAGTG	2	10	107310	107319	20 %	20 %	40 %	20 %	300712520
59	NC_014298	GAACG	2	10	109098	109107	40 %	0 %	40 %	20 %	300712522
60	NC_014298	CCGTT	2	10	110766	110775	0 %	40 %	20 %	40 %	300712523
61	NC_014298	CGGCA	2	10	112052	112061	20 %	0 %	40 %	40 %	300712525
62	NC_014298	ACACC	2	10	112281	112290	40 %	0 %	0 %	60 %	300712525
63	NC_014298	GGGCA	2	10	116423	116432	20 %	0 %	60 %	20 %	300712529
64	NC_014298	GGTCT	2	10	116591	116600	0 %	40 %	40 %	20 %	300712529
65	NC_014298	GGCGA	2	10	119475	119484	20 %	0 %	60 %	20 %	300712532
66	NC_014298	GTCCG	2	10	120429	120438	0 %	20 %	40 %	40 %	300712533
67	NC_014298	TCGCG	2	10	121822	121831	0 %	20 %	40 %	40 %	300712535
68	NC_014298	TCGCC	2	10	121875	121884	0 %	20 %	20 %	60 %	300712535
69	NC_014298	GCGCC	2	10	122897	122906	0 %	0 %	40 %	60 %	300712536
70	NC_014298	TTCGG	2	10	126141	126150	0 %	40 %	40 %	20 %	300712539
71	NC_014298	CGATC	2	10	127460	127469	20 %	20 %	20 %	40 %	300712542
72	NC_014298	CGCTT	2	10	128591	128600	0 %	40 %	20 %	40 %	300712542
73	NC_014298	CCGTC	2	10	129112	129121	0 %	20 %	20 %	60 %	300712543
74	NC_014298	TGGTC	2	10	132770	132779	0 %	40 %	40 %	20 %	300712546
75	NC_014298	TTCCG	2	10	136090	136099	0 %	40 %	20 %	40 %	300712548
76	NC_014298	CGGAA	2	10	137402	137411	40 %	0 %	40 %	20 %	300712550
77	NC_014298	ATCAT	2	10	137932	137941	40 %	40 %	0 %	20 %	300712550
78	NC_014298	ATCGA	2	10	138054	138063	40 %	20 %	20 %	20 %	300712550
79	NC_014298	ACGAT	2	10	138394	138403	40 %	20 %	20 %	20 %	300712550
80	NC_014298	GAGTG	2	10	138485	138494	20 %	20 %	60 %	0 %	300712550
81	NC_014298	TTTTC	2	10	139526	139535	0 %	80 %	0 %	20 %	300712552
82	NC_014298	CATCG	2	10	139603	139612	20 %	20 %	20 %	40 %	300712552
83	NC_014298	GTCGG	2	10	139877	139886	0 %	20 %	60 %	20 %	300712552
84	NC_014298	TATGC	2	10	140990	140999	20 %	40 %	20 %	20 %	300712553
85	NC_014298	GAGAT	2	10	141051	141060	40 %	20 %	40 %	0 %	300712553
86	NC_014298	GTTCC	2	10	142399	142408	0 %	40 %	20 %	40 %	300712554
87	NC_014298	TGGAA	2	10	142503	142512	40 %	20 %	40 %	0 %	300712554
88	NC_014298	TCTCG	2	10	142797	142806	0 %	40 %	20 %	40 %	300712554
89	NC_014298	GCGGT	2	10	143093	143102	0 %	20 %	60 %	20 %	300712554
90	NC_014298	CGGGT	2	10	144463	144472	0 %	20 %	60 %	20 %	300712555
91	NC_014298	ATCGC	2	10	146363	146372	20 %	20 %	20 %	40 %	300712556
92	NC_014298	GATCG	2	10	146940	146949	20 %	20 %	40 %	20 %	300712556
93	NC_014298	GCTCG	2	10	146994	147003	0 %	20 %	40 %	40 %	300712556
94	NC_014298	GGATG	2	10	147670	147679	20 %	20 %	60 %	0 %	300712557
95	NC_014298	GAGAT	2	10	148714	148723	40 %	20 %	40 %	0 %	300712558
96	NC_014298	TATTG	2	10	149261	149270	20 %	60 %	20 %	0 %	300712559
97	NC_014298	GGAGA	2	10	152015	152024	40 %	0 %	60 %	0 %	300712561
98	NC_014298	TCCGA	2	10	152045	152054	20 %	20 %	20 %	40 %	300712561
99	NC_014298	GCTGG	2	10	154447	154456	0 %	20 %	60 %	20 %	300712562
100	NC_014298	GATCA	2	10	155020	155029	40 %	20 %	20 %	20 %	300712563
101	NC_014298	GTGAC	2	10	158090	158099	20 %	20 %	40 %	20 %	300712566
102	NC_014298	CCTTC	2	10	158275	158284	0 %	40 %	0 %	60 %	300712566
103	NC_014298	GCCCG	2	10	159976	159985	0 %	0 %	40 %	60 %	300712567
104	NC_014298	GAACG	2	10	165996	166005	40 %	0 %	40 %	20 %	300712573
105	NC_014298	CAAGT	2	10	170419	170428	40 %	20 %	20 %	20 %	300712577
106	NC_014298	AACGA	2	10	172979	172988	60 %	0 %	20 %	20 %	300712580
107	NC_014298	GTCGA	2	10	175091	175100	20 %	20 %	40 %	20 %	300712583
108	NC_014298	GAGTC	2	10	175102	175111	20 %	20 %	40 %	20 %	300712583
109	NC_014298	TCACG	2	10	188693	188702	20 %	20 %	20 %	40 %	300712593
110	NC_014298	TGCTC	2	10	190185	190194	0 %	40 %	20 %	40 %	300712596
111	NC_014298	GTCGA	2	10	191484	191493	20 %	20 %	40 %	20 %	300712596
112	NC_014298	TCGGC	2	10	201242	201251	0 %	20 %	40 %	40 %	300712606
113	NC_014298	CCGAA	2	10	205582	205591	40 %	0 %	20 %	40 %	300712610
114	NC_014298	GGGGT	2	10	208108	208117	0 %	20 %	80 %	0 %	300712611
115	NC_014298	AAACG	2	10	211671	211680	60 %	0 %	20 %	20 %	300712612
116	NC_014298	GAAGA	2	10	214734	214743	60 %	0 %	40 %	0 %	300712614
117	NC_014298	CCAAC	2	10	220008	220017	40 %	0 %	0 %	60 %	300712619
118	NC_014298	ACCGC	2	10	223852	223861	20 %	0 %	20 %	60 %	300712620
119	NC_014298	CCCCG	2	10	224333	224342	0 %	0 %	20 %	80 %	300712620
120	NC_014298	TTCGA	2	10	224847	224856	20 %	40 %	20 %	20 %	300712620
121	NC_014298	ATACG	2	10	228450	228459	40 %	20 %	20 %	20 %	300712625
122	NC_014298	CCCAT	2	10	231217	231226	20 %	20 %	0 %	60 %	300712629
123	NC_014298	CTTCC	2	10	234403	234412	0 %	40 %	0 %	60 %	300712632
124	NC_014298	ACGCG	2	10	236398	236407	20 %	0 %	40 %	40 %	300712634
125	NC_014298	CTCGT	2	10	236457	236466	0 %	40 %	20 %	40 %	300712634
126	NC_014298	TCGGG	2	10	240592	240601	0 %	20 %	60 %	20 %	300712637
127	NC_014298	CGGCT	2	10	247017	247026	0 %	20 %	40 %	40 %	300712641
128	NC_014298	ACTCC	2	10	247034	247043	20 %	20 %	0 %	60 %	300712641
129	NC_014298	TGGGT	2	10	248912	248921	0 %	40 %	60 %	0 %	300712643
130	NC_014298	GCGAT	2	10	249182	249191	20 %	20 %	40 %	20 %	300712643
131	NC_014298	GCCGG	2	10	249583	249592	0 %	0 %	60 %	40 %	300712643
132	NC_014298	GCTCG	2	10	255465	255474	0 %	20 %	40 %	40 %	300712649
133	NC_014298	CGTGG	2	10	262539	262548	0 %	20 %	60 %	20 %	300712656
134	NC_014298	ACATC	2	10	264628	264637	40 %	20 %	0 %	40 %	300712657
135	NC_014298	TGATG	2	10	266663	266672	20 %	40 %	40 %	0 %	300712658
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139	NC_014298	TTGGC	2	10	268393	268402	0 %	40 %	40 %	20 %	300712660
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141	NC_014298	CGATC	2	10	269551	269560	20 %	20 %	20 %	40 %	300712661
142	NC_014298	CGGAT	2	10	271419	271428	20 %	20 %	40 %	20 %	300712662
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145	NC_014298	AGCGT	2	10	275272	275281	20 %	20 %	40 %	20 %	300712667
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148	NC_014298	AATCG	2	10	281484	281493	40 %	20 %	20 %	20 %	300712672
149	NC_014298	CGGTT	2	10	283575	283584	0 %	40 %	40 %	20 %	300712672
150	NC_014298	ATTCC	2	10	286293	286302	20 %	40 %	0 %	40 %	300712675
151	NC_014298	CTATC	2	10	290872	290881	20 %	40 %	0 %	40 %	300712677
152	NC_014298	GAGAT	2	10	292137	292146	40 %	20 %	40 %	0 %	300712677
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154	NC_014298	ACACC	2	10	314169	314178	40 %	0 %	0 %	60 %	300712692
155	NC_014298	CGAGT	2	10	326009	326018	20 %	20 %	40 %	20 %	300712701
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159	NC_014298	GCGGG	2	10	334213	334222	0 %	0 %	80 %	20 %	300712708
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163	NC_014298	ACGTG	2	10	340562	340571	20 %	20 %	40 %	20 %	300712710
164	NC_014298	CCGTC	2	10	345594	345603	0 %	20 %	20 %	60 %	300712714
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166	NC_014298	CGGCC	2	10	349331	349340	0 %	0 %	40 %	60 %	300712715
167	NC_014298	GCGTC	2	10	354315	354324	0 %	20 %	40 %	40 %	300712721
168	NC_014298	CCATC	2	10	354966	354975	20 %	20 %	0 %	60 %	300712721
169	NC_014298	AACTC	2	10	355581	355590	40 %	20 %	0 %	40 %	300712721
170	NC_014298	CCCTA	2	10	357395	357404	20 %	20 %	0 %	60 %	300712724
171	NC_014298	GTCTC	2	10	364165	364174	0 %	40 %	20 %	40 %	300712731
172	NC_014298	TTTTC	2	10	364187	364196	0 %	80 %	0 %	20 %	300712731
173	NC_014298	CACTT	2	10	368013	368022	20 %	40 %	0 %	40 %	300712734
174	NC_014298	TTGAA	2	10	372855	372864	40 %	40 %	20 %	0 %	300712738
175	NC_014298	CACTA	2	10	374433	374442	40 %	20 %	0 %	40 %	300712739
176	NC_014298	TTCTG	2	10	376520	376529	0 %	60 %	20 %	20 %	300712741
177	NC_014298	ACGAT	2	10	376740	376749	40 %	20 %	20 %	20 %	300712742
178	NC_014298	AGCGA	2	10	379001	379010	40 %	0 %	40 %	20 %	300712744
179	NC_014298	TTAGC	2	10	381372	381381	20 %	40 %	20 %	20 %	300712745
180	NC_014298	CGCAG	2	10	395522	395531	20 %	0 %	40 %	40 %	300712757
181	NC_014298	GACGA	2	10	401543	401552	40 %	0 %	40 %	20 %	300712763
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183	NC_014298	GTCGC	2	10	404104	404113	0 %	20 %	40 %	40 %	300712766
184	NC_014298	GACCA	2	10	404911	404920	40 %	0 %	20 %	40 %	300712766
185	NC_014298	CGGCG	2	10	405108	405117	0 %	0 %	60 %	40 %	300712766
186	NC_014298	ACCCG	2	10	405629	405638	20 %	0 %	20 %	60 %	300712766
187	NC_014298	CGTTC	2	10	406197	406206	0 %	40 %	20 %	40 %	300712768

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.