MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Halalkalicoccus jeotgali B3 chromosome

Total Repeats: 303

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_014297	GCCCG	2	10	9278	9287	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
2	NC_014297	AACGG	2	10	10061	10070	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
3	NC_014297	CGAGC	2	10	13252	13261	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
4	NC_014297	AACGC	2	10	15607	15616	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
5	NC_014297	GGACG	2	10	16397	16406	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
6	NC_014297	AAAGC	2	10	47628	47637	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
7	NC_014297	CCGCA	2	10	50051	50060	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
8	NC_014297	CCGGT	2	10	72155	72164	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
9	NC_014297	GAAGG	2	10	75258	75267	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
10	NC_014297	CGAGC	2	10	76535	76544	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
11	NC_014297	GCCCG	2	10	92371	92380	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
12	NC_014297	GGTTC	2	10	120492	120501	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
13	NC_014297	CGACG	2	10	120544	120553	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
14	NC_014297	ACGAA	2	10	136062	136071	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
15	NC_014297	ATATG	2	10	164304	164313	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
16	NC_014297	GATAG	2	10	180897	180906	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
17	NC_014297	AAATA	2	10	195885	195894	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_014297	CCGGC	2	10	208181	208190	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
19	NC_014297	CGGGG	2	10	216548	216557	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
20	NC_014297	TCGCC	2	10	233005	233014	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
21	NC_014297	TATAT	2	10	233508	233517	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_014297	TCGCG	2	10	241834	241843	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
23	NC_014297	GGCCG	2	10	246478	246487	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
24	NC_014297	GCGGT	2	10	283822	283831	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
25	NC_014297	TTCAT	2	10	294922	294931	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
26	NC_014297	TACTC	2	10	308249	308258	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
27	NC_014297	GTCCG	2	10	322758	322767	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
28	NC_014297	TCGAC	2	10	340690	340699	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
29	NC_014297	ATGCC	2	10	355345	355354	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
30	NC_014297	GCGTC	2	10	375753	375762	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
31	NC_014297	GTCCG	2	10	401857	401866	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
32	NC_014297	CGATC	2	10	413571	413580	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
33	NC_014297	GCGTC	2	10	418497	418506	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
34	NC_014297	CCGCC	2	10	420519	420528	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
35	NC_014297	GAGGG	2	10	424446	424455	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
36	NC_014297	ATCGC	2	10	439260	439269	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
37	NC_014297	GTGAT	2	10	447260	447269	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
38	NC_014297	ACCGA	2	10	451954	451963	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
39	NC_014297	CGAAC	2	10	473136	473145	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
40	NC_014297	CGACG	2	10	480590	480599	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
41	NC_014297	CTATC	2	10	483970	483979	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
42	NC_014297	TTTTG	2	10	488944	488953	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
43	NC_014297	TGACC	2	10	493244	493253	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
44	NC_014297	GGAAG	2	10	495390	495399	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
45	NC_014297	ATCAA	2	10	497184	497193	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
46	NC_014297	ATTGT	2	10	498358	498367	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
47	NC_014297	ATACA	2	10	498893	498902	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
48	NC_014297	AGTTC	2	10	502233	502242	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
49	NC_014297	CTACT	2	10	502545	502554	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
50	NC_014297	ATCTG	2	10	502567	502576	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
51	NC_014297	TAGTG	2	10	502840	502849	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
52	NC_014297	ACTCC	2	10	503975	503984	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
53	NC_014297	GTCTG	2	10	504188	504197	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
54	NC_014297	ATAGT	2	10	515570	515579	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
55	NC_014297	ATCTG	2	10	517428	517437	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
56	NC_014297	GGCGA	2	10	519081	519090	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
57	NC_014297	ACTAT	2	10	520505	520514	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
58	NC_014297	CGTGA	2	10	525552	525561	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
59	NC_014297	GGCCG	2	10	528487	528496	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
60	NC_014297	ATATT	2	10	543115	543124	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_014297	GAATA	2	10	548952	548961	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
62	NC_014297	TCGTC	2	10	563611	563620	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
63	NC_014297	TCGTT	2	10	564734	564743	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
64	NC_014297	AAATA	2	10	566462	566471	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_014297	GGAGG	2	10	566691	566700	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
66	NC_014297	ACGTC	2	10	566889	566898	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
67	NC_014297	GTTCG	2	10	573861	573870	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
68	NC_014297	ATACT	2	10	574389	574398	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
69	NC_014297	TTAAG	2	10	574401	574410	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
70	NC_014297	AGCAG	2	10	574878	574887	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
71	NC_014297	GAATC	2	10	574927	574936	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
72	NC_014297	CCGTC	2	10	578598	578607	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
73	NC_014297	CCTGT	2	10	578740	578749	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
74	NC_014297	TAATA	2	10	580671	580680	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_014297	CTATT	2	10	584012	584021	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
76	NC_014297	TATAA	2	10	584076	584085	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_014297	CAGAG	2	10	589534	589543	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
78	NC_014297	ATCCG	2	10	594180	594189	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
79	NC_014297	GAGTG	2	10	605123	605132	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
80	NC_014297	TTCAT	2	10	607724	607733	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
81	NC_014297	CGGTT	2	10	610829	610838	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
82	NC_014297	CGACC	2	10	612431	612440	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
83	NC_014297	CCGCC	2	10	629493	629502	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
84	NC_014297	GACGG	2	10	641796	641805	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
85	NC_014297	GTCGA	2	10	660155	660164	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
86	NC_014297	TTCAC	2	10	709475	709484	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
87	NC_014297	TGATA	2	10	710460	710469	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
88	NC_014297	CTTTC	2	10	712509	712518	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
89	NC_014297	CGAAA	2	10	713361	713370	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
90	NC_014297	CGGTG	2	10	729733	729742	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
91	NC_014297	CGGTT	2	10	730372	730381	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
92	NC_014297	CCCCA	2	10	731543	731552	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
93	NC_014297	TCGCG	2	10	733236	733245	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
94	NC_014297	GGTTA	2	10	738311	738320	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
95	NC_014297	CACGT	2	10	741202	741211	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
96	NC_014297	CGTCC	2	10	749359	749368	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
97	NC_014297	GAGTG	2	10	757712	757721	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
98	NC_014297	TCTTT	2	10	766796	766805	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
99	NC_014297	TTCCA	2	10	771505	771514	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
100	NC_014297	ATAAA	2	10	771795	771804	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_014297	TAGAA	2	10	771843	771852	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
102	NC_014297	TTCCG	2	10	799842	799851	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
103	NC_014297	CGATT	2	10	799912	799921	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
104	NC_014297	CCGAG	2	10	811794	811803	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
105	NC_014297	ACACG	2	10	815710	815719	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
106	NC_014297	GCCTC	2	10	815753	815762	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
107	NC_014297	CGGGC	2	10	816948	816957	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
108	NC_014297	CCGCC	2	10	817440	817449	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
109	NC_014297	CGGGA	2	10	825650	825659	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
110	NC_014297	CGGCG	2	10	828278	828287	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
111	NC_014297	TCCCT	2	10	828455	828464	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
112	NC_014297	CGCGG	2	10	835382	835391	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
113	NC_014297	CGTTT	2	10	850301	850310	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
114	NC_014297	GATAT	2	10	859222	859231	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
115	NC_014297	AGAGA	2	10	859377	859386	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
116	NC_014297	CCAAA	2	10	860320	860329	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
117	NC_014297	GTCTG	2	10	886246	886255	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
118	NC_014297	ATTCG	2	10	899386	899395	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
119	NC_014297	GGCCG	2	10	903636	903645	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
120	NC_014297	CGGCG	2	10	903764	903773	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
121	NC_014297	AGACG	2	10	906934	906943	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
122	NC_014297	GGGGT	2	10	958883	958892	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
123	NC_014297	ATTAA	2	10	960147	960156	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_014297	GGTCG	2	10	967591	967600	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
125	NC_014297	CACTA	2	10	971079	971088	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
126	NC_014297	ATCCC	2	10	987244	987253	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
127	NC_014297	ACGCT	2	10	993660	993669	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
128	NC_014297	CAGTC	2	10	995238	995247	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
129	NC_014297	TTACA	2	10	995495	995504	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
130	NC_014297	CTATA	2	10	995531	995540	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
131	NC_014297	CGGAC	2	10	1000332	1000341	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
132	NC_014297	GGGCC	2	10	1001466	1001475	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
133	NC_014297	CGTCC	2	10	1001480	1001489	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
134	NC_014297	AGTCC	2	10	1001591	1001600	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
135	NC_014297	GCGCC	2	10	1020679	1020688	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
136	NC_014297	GCTGG	2	10	1021499	1021508	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
137	NC_014297	GGGAT	2	10	1031868	1031877	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
138	NC_014297	GATGG	2	10	1040612	1040621	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
139	NC_014297	CGAAT	2	10	1053659	1053668	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
140	NC_014297	GAGGG	2	10	1053871	1053880	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
141	NC_014297	CCGCA	2	10	1054101	1054110	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
142	NC_014297	TCTGT	2	10	1054246	1054255	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
143	NC_014297	TGTTT	2	10	1055290	1055299	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
144	NC_014297	GCGCT	2	10	1074271	1074280	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
145	NC_014297	CCTGC	2	10	1110293	1110302	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
146	NC_014297	CGACG	2	10	1128783	1128792	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
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259	NC_014297	CGGAT	2	10	2301488	2301497	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
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262	NC_014297	GCCGG	2	10	2315256	2315265	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
263	NC_014297	CGACC	2	10	2315312	2315321	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
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265	NC_014297	CGGTC	2	10	2349025	2349034	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
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271	NC_014297	CGATA	2	10	2455207	2455216	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
272	NC_014297	CGACG	2	10	2459948	2459957	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
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281	NC_014297	GCGGT	2	10	2650145	2650154	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
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283	NC_014297	GCGGT	2	10	2664617	2664626	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
284	NC_014297	GGAGG	2	10	2695240	2695249	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
285	NC_014297	CGGGC	2	10	2701351	2701360	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
286	NC_014297	GGCGA	2	10	2701651	2701660	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
287	NC_014297	CGGAC	2	10	2704265	2704274	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
288	NC_014297	CTACC	2	10	2711904	2711913	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
289	NC_014297	AGGCG	2	10	2723368	2723377	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
290	NC_014297	TCGCG	2	10	2737460	2737469	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
291	NC_014297	TCGGG	2	10	2737550	2737559	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
292	NC_014297	CGCGT	2	10	2770713	2770722	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
293	NC_014297	CACCC	2	10	2775524	2775533	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
294	NC_014297	TTCCG	2	10	2775699	2775708	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
295	NC_014297	GGCCC	2	10	2779788	2779797	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
296	NC_014297	ACGAT	2	10	2783491	2783500	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
297	NC_014297	CATCT	2	10	2794158	2794167	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
298	NC_014297	AATGG	2	10	2794226	2794235	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
299	NC_014297	AGCGA	2	10	2794494	2794503	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
300	NC_014297	ATTCG	2	10	2801580	2801589	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
301	NC_014297	CCGGT	2	10	2802493	2802502	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
302	NC_014297	GCCAG	2	10	2802580	2802589	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
303	NC_014297	ATCGA	2	10	2808746	2808755	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.