MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Pantoea vagans C9-1 plasmid pPag3

Total Repeats: 303

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_014258	GCAGC	2	10	243	252	20 %	0 %	40 %	40 %	298717100
2	NC_014258	GATCC	2	10	812	821	20 %	20 %	20 %	40 %	298717100
3	NC_014258	GGCAG	2	10	1122	1131	20 %	0 %	60 %	20 %	298717100
4	NC_014258	ATCCG	2	10	1374	1383	20 %	20 %	20 %	40 %	298717100
5	NC_014258	GGGCA	2	10	2290	2299	20 %	0 %	60 %	20 %	298717101
6	NC_014258	TCATC	2	10	2775	2784	20 %	40 %	0 %	40 %	298717102
7	NC_014258	AGAGA	2	10	3980	3989	60 %	0 %	40 %	0 %	298717103
8	NC_014258	GTAAT	2	10	4537	4546	40 %	40 %	20 %	0 %	298717105
9	NC_014258	CTGGC	2	10	6020	6029	0 %	20 %	40 %	40 %	298717107
10	NC_014258	ATCTG	2	10	6330	6339	20 %	40 %	20 %	20 %	298717108
11	NC_014258	GCCAG	2	10	6442	6451	20 %	0 %	40 %	40 %	298717108
12	NC_014258	GGGCA	2	10	9618	9627	20 %	0 %	60 %	20 %	298717110
13	NC_014258	AAATG	2	10	10056	10065	60 %	20 %	20 %	0 %	298717110
14	NC_014258	CGACG	2	10	10577	10586	20 %	0 %	40 %	40 %	298717110
15	NC_014258	GCGCT	2	10	11643	11652	0 %	20 %	40 %	40 %	298717111
16	NC_014258	CAATG	2	10	14788	14797	40 %	20 %	20 %	20 %	298717113
17	NC_014258	CGGAA	2	10	16481	16490	40 %	0 %	40 %	20 %	298717115
18	NC_014258	GCAAC	2	10	16584	16593	40 %	0 %	20 %	40 %	298717115
19	NC_014258	GGTCT	2	10	17320	17329	0 %	40 %	40 %	20 %	298717116
20	NC_014258	GCAGA	2	10	18826	18835	40 %	0 %	40 %	20 %	298717118
21	NC_014258	CGATC	2	10	23511	23520	20 %	20 %	20 %	40 %	298717123
22	NC_014258	GCGCT	2	10	25311	25320	0 %	20 %	40 %	40 %	298717126
23	NC_014258	GATTT	2	10	26290	26299	20 %	60 %	20 %	0 %	298717127
24	NC_014258	GAAGG	2	10	26676	26685	40 %	0 %	60 %	0 %	298717128
25	NC_014258	CCGGC	2	10	29725	29734	0 %	0 %	40 %	60 %	298717133
26	NC_014258	CAGCG	2	10	29941	29950	20 %	0 %	40 %	40 %	298717134
27	NC_014258	GGAAG	2	10	30067	30076	40 %	0 %	60 %	0 %	298717134
28	NC_014258	CAGAG	2	10	30978	30987	40 %	0 %	40 %	20 %	298717135
29	NC_014258	GGAAA	2	10	34864	34873	60 %	0 %	40 %	0 %	298717139
30	NC_014258	GCAAC	2	10	38574	38583	40 %	0 %	20 %	40 %	298717144
31	NC_014258	AGCCC	2	10	39895	39904	20 %	0 %	20 %	60 %	298717147
32	NC_014258	GCCAG	2	10	41206	41215	20 %	0 %	40 %	40 %	298717147
33	NC_014258	TTATC	2	10	41854	41863	20 %	60 %	0 %	20 %	298717147
34	NC_014258	CGATG	2	10	43191	43200	20 %	20 %	40 %	20 %	298717149
35	NC_014258	GCTGG	2	10	43353	43362	0 %	20 %	60 %	20 %	298717149
36	NC_014258	CTTTT	2	10	49847	49856	0 %	80 %	0 %	20 %	298717155
37	NC_014258	TGAAA	2	10	52905	52914	60 %	20 %	20 %	0 %	298717157
38	NC_014258	TGTCG	2	10	57064	57073	0 %	40 %	40 %	20 %	298717163
39	NC_014258	GCTCA	2	10	58018	58027	20 %	20 %	20 %	40 %	298717163
40	NC_014258	TAACC	2	10	63075	63084	40 %	20 %	0 %	40 %	298717169
41	NC_014258	TGCCG	2	10	78931	78940	0 %	20 %	40 %	40 %	298717184
42	NC_014258	TTCCT	2	10	80760	80769	0 %	60 %	0 %	40 %	298717186
43	NC_014258	CATAA	2	10	83044	83053	60 %	20 %	0 %	20 %	298717188
44	NC_014258	TCCAC	2	10	84630	84639	20 %	20 %	0 %	60 %	298717188
45	NC_014258	GCCTG	2	10	87480	87489	0 %	20 %	40 %	40 %	298717188
46	NC_014258	TGCAA	2	10	88067	88076	40 %	20 %	20 %	20 %	298717188
47	NC_014258	TAAAA	2	10	88600	88609	80 %	20 %	0 %	0 %	298717188
48	NC_014258	ACCAT	2	10	91275	91284	40 %	20 %	0 %	40 %	298717188
49	NC_014258	TCTTT	2	10	97838	97847	0 %	80 %	0 %	20 %	298717196
50	NC_014258	TCAAA	2	10	98974	98983	60 %	20 %	0 %	20 %	298717197
51	NC_014258	ATCAG	2	10	99611	99620	40 %	20 %	20 %	20 %	298717198
52	NC_014258	CAGCG	2	10	99676	99685	20 %	0 %	40 %	40 %	298717198
53	NC_014258	GCCTG	2	10	100271	100280	0 %	20 %	40 %	40 %	298717199
54	NC_014258	GCCAG	2	10	103777	103786	20 %	0 %	40 %	40 %	298717202
55	NC_014258	CCGAA	2	10	106971	106980	40 %	0 %	20 %	40 %	298717207
56	NC_014258	ATCTC	2	10	107999	108008	20 %	40 %	0 %	40 %	298717208
57	NC_014258	GATTG	2	10	108160	108169	20 %	40 %	40 %	0 %	298717208
58	NC_014258	CAGAG	2	10	109471	109480	40 %	0 %	40 %	20 %	298717209
59	NC_014258	AGATG	2	10	111715	111724	40 %	20 %	40 %	0 %	298717210
60	NC_014258	ACCTG	2	10	111955	111964	20 %	20 %	20 %	40 %	298717211
61	NC_014258	TCGAT	2	10	112240	112249	20 %	40 %	20 %	20 %	298717211
62	NC_014258	GGCCT	2	10	112563	112572	0 %	20 %	40 %	40 %	298717211
63	NC_014258	TGCAC	2	10	114167	114176	20 %	20 %	20 %	40 %	298717214
64	NC_014258	CGGTG	2	10	114926	114935	0 %	20 %	60 %	20 %	298717214
65	NC_014258	GCGGG	2	10	115283	115292	0 %	0 %	80 %	20 %	298717214
66	NC_014258	TCGCG	2	10	115609	115618	0 %	20 %	40 %	40 %	298717214
67	NC_014258	CGTTT	2	10	118765	118774	0 %	60 %	20 %	20 %	298717218
68	NC_014258	TGCGC	2	10	121865	121874	0 %	20 %	40 %	40 %	298717223
69	NC_014258	CGCAG	2	10	129596	129605	20 %	0 %	40 %	40 %	298717233
70	NC_014258	GCTCA	2	10	132088	132097	20 %	20 %	20 %	40 %	298717236
71	NC_014258	GTTGC	2	10	132112	132121	0 %	40 %	40 %	20 %	298717236
72	NC_014258	GGTCA	2	10	132166	132175	20 %	20 %	40 %	20 %	298717236
73	NC_014258	GGGCA	2	10	133003	133012	20 %	0 %	60 %	20 %	298717236
74	NC_014258	GTAAT	2	10	137483	137492	40 %	40 %	20 %	0 %	298717240
75	NC_014258	AGTCG	2	10	138109	138118	20 %	20 %	40 %	20 %	298717241
76	NC_014258	GCAGG	2	10	140428	140437	20 %	0 %	60 %	20 %	298717243
77	NC_014258	GCAGG	2	10	140772	140781	20 %	0 %	60 %	20 %	298717244
78	NC_014258	CGCTG	2	10	142064	142073	0 %	20 %	40 %	40 %	298717245
79	NC_014258	TCAGC	2	10	144934	144943	20 %	20 %	20 %	40 %	298717250
80	NC_014258	AGCGG	2	10	144952	144961	20 %	0 %	60 %	20 %	298717250
81	NC_014258	CGAGC	2	10	148314	148323	20 %	0 %	40 %	40 %	298717251
82	NC_014258	AATCA	2	10	151463	151472	60 %	20 %	0 %	20 %	298717254
83	NC_014258	CCGCG	2	10	153272	153281	0 %	0 %	40 %	60 %	298717255
84	NC_014258	ACCCG	2	10	153662	153671	20 %	0 %	20 %	60 %	298717256
85	NC_014258	GTCCG	2	10	154923	154932	0 %	20 %	40 %	40 %	298717257
86	NC_014258	GCCAG	2	10	156016	156025	20 %	0 %	40 %	40 %	298717259
87	NC_014258	AACCC	2	10	160583	160592	40 %	0 %	0 %	60 %	298717265
88	NC_014258	TCGGG	2	10	161549	161558	0 %	20 %	60 %	20 %	298717266
89	NC_014258	GGTGA	2	10	163903	163912	20 %	20 %	60 %	0 %	298717267
90	NC_014258	ATTTT	2	10	166768	166777	20 %	80 %	0 %	0 %	298717271
91	NC_014258	GCGCA	2	10	168245	168254	20 %	0 %	40 %	40 %	298717272
92	NC_014258	GCGAG	2	10	169793	169802	20 %	0 %	60 %	20 %	298717273
93	NC_014258	GGGCA	2	10	171339	171348	20 %	0 %	60 %	20 %	298717275
94	NC_014258	AGGCG	2	10	171683	171692	20 %	0 %	60 %	20 %	298717275
95	NC_014258	CCGGC	2	10	172337	172346	0 %	0 %	40 %	60 %	298717276
96	NC_014258	TGAGC	2	10	176228	176237	20 %	20 %	40 %	20 %	298717278
97	NC_014258	GGCGC	2	10	178060	178069	0 %	0 %	60 %	40 %	298717280
98	NC_014258	CCCGA	2	10	179508	179517	20 %	0 %	20 %	60 %	298717281
99	NC_014258	GAGAA	2	10	180062	180071	60 %	0 %	40 %	0 %	298717282
100	NC_014258	ATCAC	2	10	183088	183097	40 %	20 %	0 %	40 %	298717286
101	NC_014258	CGCTG	2	10	183794	183803	0 %	20 %	40 %	40 %	298717287
102	NC_014258	TCACC	2	10	185860	185869	20 %	20 %	0 %	60 %	298717290
103	NC_014258	TGCTC	2	10	187860	187869	0 %	40 %	20 %	40 %	298717292
104	NC_014258	AGCGT	2	10	189471	189480	20 %	20 %	40 %	20 %	298717293
105	NC_014258	CCGTA	2	10	191435	191444	20 %	20 %	20 %	40 %	298717295
106	NC_014258	CAGAA	2	10	193012	193021	60 %	0 %	20 %	20 %	298717297
107	NC_014258	AACAC	2	10	196275	196284	60 %	0 %	0 %	40 %	298717298
108	NC_014258	TGCCG	2	10	196692	196701	0 %	20 %	40 %	40 %	298717299
109	NC_014258	GCGGG	2	10	197235	197244	0 %	0 %	80 %	20 %	298717300
110	NC_014258	CTGCA	2	10	198794	198803	20 %	20 %	20 %	40 %	298717302
111	NC_014258	GCAGG	2	10	198975	198984	20 %	0 %	60 %	20 %	298717302
112	NC_014258	ATGCC	2	10	199007	199016	20 %	20 %	20 %	40 %	298717302
113	NC_014258	CGGCA	2	10	202512	202521	20 %	0 %	40 %	40 %	298717306
114	NC_014258	GTGGC	2	10	203000	203009	0 %	20 %	60 %	20 %	298717306
115	NC_014258	TCCGG	2	10	206680	206689	0 %	20 %	40 %	40 %	298717309
116	NC_014258	GCCGG	2	10	207867	207876	0 %	0 %	60 %	40 %	298717310
117	NC_014258	CAGCG	2	10	208364	208373	20 %	0 %	40 %	40 %	298717310
118	NC_014258	GGTCG	2	10	212427	212436	0 %	20 %	60 %	20 %	298717313
119	NC_014258	CAGCT	2	10	213016	213025	20 %	20 %	20 %	40 %	298717313
120	NC_014258	CGTTT	2	10	213693	213702	0 %	60 %	20 %	20 %	298717313
121	NC_014258	TGCAT	2	10	215318	215327	20 %	40 %	20 %	20 %	298717314
122	NC_014258	GGCGA	2	10	215367	215376	20 %	0 %	60 %	20 %	298717314
123	NC_014258	TGCGC	2	10	215651	215660	0 %	20 %	40 %	40 %	298717314
124	NC_014258	AGCGG	2	10	215696	215705	20 %	0 %	60 %	20 %	298717314
125	NC_014258	AGCGA	2	10	216945	216954	40 %	0 %	40 %	20 %	298717314
126	NC_014258	ATCGT	2	10	217503	217512	20 %	40 %	20 %	20 %	298717315
127	NC_014258	ATCCG	2	10	218666	218675	20 %	20 %	20 %	40 %	298717316
128	NC_014258	GATCA	2	10	220568	220577	40 %	20 %	20 %	20 %	298717318
129	NC_014258	CAGAG	2	10	222529	222538	40 %	0 %	40 %	20 %	298717320
130	NC_014258	CCAGC	2	10	223872	223881	20 %	0 %	20 %	60 %	298717322
131	NC_014258	GTGCC	2	10	224822	224831	0 %	20 %	40 %	40 %	298717323
132	NC_014258	CGGGT	2	10	226090	226099	0 %	20 %	60 %	20 %	298717324
133	NC_014258	ACTGC	2	10	233758	233767	20 %	20 %	20 %	40 %	298717330
134	NC_014258	TTTGA	2	10	234304	234313	20 %	60 %	20 %	0 %	298717331
135	NC_014258	CTGCG	2	10	235541	235550	0 %	20 %	40 %	40 %	298717332
136	NC_014258	GATCA	2	10	235605	235614	40 %	20 %	20 %	20 %	298717332
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141	NC_014258	GCGGG	2	10	247824	247833	0 %	0 %	80 %	20 %	298717345
142	NC_014258	TTCAG	2	10	248234	248243	20 %	40 %	20 %	20 %	298717346
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145	NC_014258	CGCTG	2	10	253759	253768	0 %	20 %	40 %	40 %	298717351
146	NC_014258	ACCTG	2	10	255576	255585	20 %	20 %	20 %	40 %	298717353
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153	NC_014258	CGCGG	2	10	265193	265202	0 %	0 %	60 %	40 %	298717363
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156	NC_014258	TGCTC	2	10	267191	267200	0 %	40 %	20 %	40 %	298717363
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263	NC_014258	GCGCC	2	10	461583	461592	0 %	0 %	40 %	60 %	298717564
264	NC_014258	ATTTT	2	10	462010	462019	20 %	80 %	0 %	0 %	298717564
265	NC_014258	CGTGC	2	10	467488	467497	0 %	20 %	40 %	40 %	298717570
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267	NC_014258	CAGTT	2	10	469833	469842	20 %	40 %	20 %	20 %	298717571
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272	NC_014258	TGCGA	2	10	476280	476289	20 %	20 %	40 %	20 %	298717576
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292	NC_014258	ACCCT	2	10	506769	506778	20 %	20 %	0 %	60 %	298717615
293	NC_014258	CCGCG	2	10	507377	507386	0 %	0 %	40 %	60 %	298717615
294	NC_014258	TGCCC	2	10	507808	507817	0 %	20 %	20 %	60 %	298717615
295	NC_014258	CTGCG	2	10	509130	509139	0 %	20 %	40 %	40 %	298717616
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297	NC_014258	TGCCC	2	10	513298	513307	0 %	20 %	20 %	60 %	298717617
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301	NC_014258	CGATG	2	10	523534	523543	20 %	20 %	40 %	20 %	298717627
302	NC_014258	TCAGC	2	10	525045	525054	20 %	20 %	20 %	40 %	298717629
303	NC_014258	TGTTT	2	10	525481	525490	0 %	80 %	20 %	0 %	298717629

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.