MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Syntrophothermus lipocalidus DSM 12680 chromosome

Total Repeats: 91

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_014220	GACTAA	2	12	15305	15316	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
2	NC_014220	GTGGAG	2	12	19726	19737	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
3	NC_014220	AAGCGA	2	12	49757	49768	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_014220	CCAGGC	2	12	51347	51358	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
5	NC_014220	CGCAGG	2	12	52502	52513	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
6	NC_014220	AAGATA	2	12	70784	70795	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
7	NC_014220	TGGCAG	2	12	71568	71579	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
8	NC_014220	CTTTCG	2	12	79138	79149	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
9	NC_014220	GTAATT	2	12	79899	79910	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
10	NC_014220	ACACAG	2	12	81861	81872	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
11	NC_014220	TACATA	2	12	167078	167089	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
12	NC_014220	GACAAA	2	12	214344	214355	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
13	NC_014220	GGGGAA	2	12	240358	240369	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
14	NC_014220	ATTATA	2	12	249158	249169	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_014220	AGGGGG	2	12	259562	259573	16.67 %	0 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
16	NC_014220	AGGAAG	2	12	264686	264697	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
17	NC_014220	GATGAA	2	12	275063	275074	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
18	NC_014220	TTCGGG	2	12	279535	279546	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
19	NC_014220	CTGGAT	2	12	312303	312314	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
20	NC_014220	GTGCCA	2	12	345624	345635	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
21	NC_014220	AGTTAT	2	12	385665	385676	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
22	NC_014220	TTTTTG	2	12	415481	415492	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
23	NC_014220	TTTTTA	2	12	455103	455114	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_014220	TCGAAG	2	12	476956	476967	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
25	NC_014220	TAGATT	2	12	476989	477000	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
26	NC_014220	GGTAAC	2	12	527592	527603	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
27	NC_014220	AAAAAG	2	12	575044	575055	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
28	NC_014220	AGCTCA	2	12	604918	604929	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
29	NC_014220	GTTTTT	2	12	641604	641615	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
30	NC_014220	TTAGAT	2	12	700286	700297	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
31	NC_014220	CTGTTG	2	12	719372	719383	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
32	NC_014220	GTTATT	2	12	729430	729441	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
33	NC_014220	AAGCGA	2	12	746045	746056	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
34	NC_014220	CCAGGC	2	12	747638	747649	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
35	NC_014220	CGCAGG	2	12	748793	748804	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
36	NC_014220	CTTTTT	2	12	778187	778198	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
37	NC_014220	AAGGGG	2	12	842718	842729	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
38	NC_014220	TGCAAA	2	12	875878	875889	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
39	NC_014220	ATTTAA	2	12	903268	903279	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_014220	AATATA	2	12	928760	928771	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_014220	CCAGTA	2	12	944256	944267	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
42	NC_014220	TTACAA	2	12	944484	944495	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
43	NC_014220	ACCCCT	2	12	957900	957911	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
44	NC_014220	TAAATT	2	12	1145838	1145849	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_014220	ATATGT	2	12	1160194	1160205	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
46	NC_014220	TCTTTT	2	12	1175965	1175976	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
47	NC_014220	ATTTAG	2	12	1196653	1196664	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
48	NC_014220	CGATTT	2	12	1273989	1274000	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
49	NC_014220	TATGAT	2	12	1274266	1274277	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
50	NC_014220	CAACCT	2	12	1295001	1295012	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
51	NC_014220	GTAGGA	2	12	1301971	1301982	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
52	NC_014220	GAACGA	2	12	1385635	1385646	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
53	NC_014220	AGGACC	2	12	1385828	1385839	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
54	NC_014220	CTTGAC	2	12	1446511	1446522	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
55	NC_014220	GGTTTT	2	12	1521338	1521349	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
56	NC_014220	TGGTTG	2	12	1536657	1536668	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
57	NC_014220	TGAAGT	2	12	1557190	1557201	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
58	NC_014220	AAAGAC	2	12	1565030	1565041	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
59	NC_014220	GTTGAT	2	12	1602275	1602286	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
60	NC_014220	GACGCA	2	12	1603572	1603583	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
61	NC_014220	ATCCTT	2	12	1634503	1634514	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_014220	TCTTTA	2	12	1672681	1672692	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
63	NC_014220	TTCAGT	2	12	1678754	1678765	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
64	NC_014220	GCAGAT	2	12	1746500	1746511	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
65	NC_014220	CTTTTT	2	12	1758186	1758197	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
66	NC_014220	TCTCCT	2	12	1785234	1785245	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
67	NC_014220	ACCTTC	2	12	1863446	1863457	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
68	NC_014220	GGGTTT	2	12	1888187	1888198	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
69	NC_014220	TTTCTT	2	12	1889037	1889048	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
70	NC_014220	CCAAAG	2	12	1894789	1894800	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
71	NC_014220	CCAAAA	2	12	1898336	1898347	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
72	NC_014220	GAAAAT	2	12	1924649	1924660	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
73	NC_014220	GCGTCA	2	12	1953507	1953518	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
74	NC_014220	ATTGGA	2	12	1984706	1984717	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
75	NC_014220	CAAAAA	2	12	1996206	1996217	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
76	NC_014220	TGTTAG	2	12	1997384	1997395	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
77	NC_014220	CAATAG	2	12	2015860	2015871	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
78	NC_014220	GGGAGA	2	12	2015891	2015902	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
79	NC_014220	TTTGTC	2	12	2040354	2040365	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
80	NC_014220	AGATAT	2	12	2048540	2048551	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
81	NC_014220	GCTTGG	2	12	2049270	2049281	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
82	NC_014220	CGGAGC	2	12	2050304	2050315	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
83	NC_014220	AGTGAT	2	12	2079073	2079084	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
84	NC_014220	ACAAAA	2	12	2085778	2085789	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
85	NC_014220	ATTGTT	2	12	2098612	2098623	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
86	NC_014220	CCAAAC	2	12	2113543	2113554	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
87	NC_014220	GCTTAT	2	12	2191041	2191052	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
88	NC_014220	TAATGA	2	12	2208451	2208462	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
89	NC_014220	CTGTTT	2	12	2296311	2296322	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
90	NC_014220	CTGTTT	2	12	2349011	2349022	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
91	NC_014220	TTTCTA	2	12	2396333	2396344	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.