MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Staphylothermus hellenicus DSM 12710 chromosome

Total Repeats: 436

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_014205	TAGATA	2	12	5489	5500	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	297526033
2	NC_014205	ACCAAT	2	12	6926	6937	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	297526034
3	NC_014205	TTTTTC	2	12	12403	12414	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	297526041
4	NC_014205	CCTCCC	2	12	13275	13286	0 %	16.67 %	0 %	83.33 %	297526041
5	NC_014205	GTATCA	2	12	14971	14982	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	297526042
6	NC_014205	CCCTTC	2	12	15202	15213	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	297526042
7	NC_014205	AAAACA	2	12	17821	17832	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	297526046
8	NC_014205	AGCTTA	2	12	26176	26187	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	297526056
9	NC_014205	TCTCCT	2	12	26603	26614	0 %	50 %	0 %	50 %	297526056
10	NC_014205	CCTCTC	2	12	30864	30875	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	297526060
11	NC_014205	TTAAGA	2	12	34201	34212	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	297526064
12	NC_014205	TCATAG	2	12	38180	38191	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	297526069
13	NC_014205	CTAGGA	2	12	38839	38850	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	297526070
14	NC_014205	TCATTA	2	12	54267	54278	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	297526087
15	NC_014205	GTTGGT	2	12	58034	58045	0 %	50 %	50 %	0 %	297526092
16	NC_014205	TCCATA	2	12	61557	61568	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	297526097
17	NC_014205	TGCTTC	2	12	63226	63237	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	297526098
18	NC_014205	CTTCTA	2	12	64187	64198	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	297526099
19	NC_014205	GGCCCC	2	12	65078	65089	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	297526101
20	NC_014205	AAGAAA	2	12	65328	65339	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	297526102
21	NC_014205	TTGCCT	2	12	66004	66015	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	297526102
22	NC_014205	ACTATA	2	12	66534	66545	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	297526103
23	NC_014205	ACTACA	2	12	67940	67951	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	297526104
24	NC_014205	TATGGT	2	12	70731	70742	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	297526106
25	NC_014205	GAAGCT	2	12	73582	73593	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	297526108
26	NC_014205	CCCCTA	2	12	74179	74190	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	297526109
27	NC_014205	CATAGC	2	12	76090	76101	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	297526110
28	NC_014205	CTAGTG	2	12	77740	77751	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	297526112
29	NC_014205	AGATCG	2	12	78590	78601	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	297526113
30	NC_014205	AAAATC	2	12	96654	96665	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	297526133
31	NC_014205	CTGAAG	2	12	97932	97943	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	297526133
32	NC_014205	ATAAAG	2	12	114265	114276	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	297526147
33	NC_014205	ATAGAT	2	12	116050	116061	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	297526149
34	NC_014205	CACTTA	2	12	119254	119265	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	297526151
35	NC_014205	CATCGA	2	12	121351	121362	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	297526154
36	NC_014205	AAGTCT	2	12	132338	132349	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	297526169
37	NC_014205	TCATCT	2	12	135815	135826	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	297526175
38	NC_014205	TTTTCT	2	12	136092	136103	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	297526175
39	NC_014205	AAGCAT	2	12	140590	140601	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	297526181
40	NC_014205	TTGCTA	2	12	142385	142396	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	297526182
41	NC_014205	TATTTA	2	12	146316	146327	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	297526185
42	NC_014205	CTAATA	2	12	147345	147356	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	297526185
43	NC_014205	CTCTAA	2	12	147504	147515	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	297526185
44	NC_014205	TATGTC	2	12	152007	152018	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	297526192
45	NC_014205	TAATGC	2	12	166375	166386	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	297526209
46	NC_014205	GGGTTG	2	12	166638	166649	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	297526209
47	NC_014205	GGAAGA	2	12	169271	169282	50 %	0 %	50 %	0 %	297526211
48	NC_014205	AGCACA	2	12	169506	169517	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	297526211
49	NC_014205	ATTGTT	2	12	171587	171598	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	297526213
50	NC_014205	GATCTT	2	12	172539	172550	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	297526214
51	NC_014205	CATTAG	2	12	172945	172956	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	297526214
52	NC_014205	ATTTCA	2	12	175873	175884	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	297526216
53	NC_014205	TGATCT	2	12	176672	176683	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	297526216
54	NC_014205	CACAAC	2	12	193559	193570	50 %	0 %	0 %	50 %	297526227
55	NC_014205	ACAAGC	2	12	193581	193592	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	297526227
56	NC_014205	TTAGGG	2	12	206086	206097	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	297526239
57	NC_014205	AAAAAC	2	12	208027	208038	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	297526240
58	NC_014205	ATAAAA	2	12	210804	210815	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	297526242
59	NC_014205	CTAGAA	2	12	214134	214145	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	297526247
60	NC_014205	TCCGCC	2	12	216939	216950	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	297526248
61	NC_014205	TTATCT	2	12	220757	220768	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	297526252
62	NC_014205	GTTAAG	2	12	227881	227892	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	297526263
63	NC_014205	ACTAAT	2	12	229499	229510	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	297526265
64	NC_014205	GTCTTC	2	12	232178	232189	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	297526267
65	NC_014205	ATTGGA	2	12	239036	239047	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	297526274
66	NC_014205	AGAAAA	2	12	250227	250238	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	297526291
67	NC_014205	TCTTTT	2	12	255944	255955	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	297526297
68	NC_014205	AACTAT	2	12	267875	267886	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	297526309
69	NC_014205	GTGCTG	2	12	277020	277031	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	297526318
70	NC_014205	GTTCTT	2	12	282588	282599	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	297526325
71	NC_014205	TGTTAT	2	12	283048	283059	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	297526325
72	NC_014205	GAAATA	2	12	284441	284452	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	297526328
73	NC_014205	TCTAGT	2	12	287664	287675	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	297526333
74	NC_014205	TCGAAA	2	12	288628	288639	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	297526334
75	NC_014205	CTTTAC	2	12	293531	293542	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	297526341
76	NC_014205	TCTCCT	2	12	297358	297369	0 %	50 %	0 %	50 %	297526346
77	NC_014205	AGCACT	2	12	299423	299434	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	297526348
78	NC_014205	ATGCTC	2	12	302289	302300	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	297526353
79	NC_014205	CTGGTA	2	12	311124	311135	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	297526363
80	NC_014205	TTTTAT	2	12	315211	315222	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	297526368
81	NC_014205	TATTCA	2	12	318774	318785	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	297526371
82	NC_014205	AAATAC	2	12	322618	322629	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	297526374
83	NC_014205	TATAGT	2	12	326528	326539	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	297526379
84	NC_014205	TCAATA	2	12	328632	328643	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	297526379
85	NC_014205	TGTAGA	2	12	336310	336321	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	297526385
86	NC_014205	CAATAA	2	12	336854	336865	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	297526386
87	NC_014205	ACATAT	2	12	347170	347181	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	297526396
88	NC_014205	TCCTAG	2	12	349420	349431	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	297526398
89	NC_014205	TAGGTG	2	12	353381	353392	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	297526400
90	NC_014205	TAATAG	2	12	356542	356553	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	297526404
91	NC_014205	TATGAT	2	12	358192	358203	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	297526406
92	NC_014205	AATAGA	2	12	361574	361585	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	297526410
93	NC_014205	CTAAAG	2	12	361650	361661	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	297526410
94	NC_014205	GATGCT	2	12	361823	361834	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	297526411
95	NC_014205	TACCAA	2	12	364803	364814	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	297526413
96	NC_014205	TGCTTT	2	12	365342	365353	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	297526414
97	NC_014205	TCAATT	2	12	367637	367648	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	297526415
98	NC_014205	GAAGAT	2	12	367693	367704	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	297526415
99	NC_014205	TCATTT	2	12	371497	371508	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	297526421
100	NC_014205	TATATG	2	12	375960	375971	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	297526425
101	NC_014205	ACCGGT	2	12	378927	378938	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	297526428
102	NC_014205	GGAAAT	2	12	379968	379979	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	297526429
103	NC_014205	GTATTA	2	12	383359	383370	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	297526433
104	NC_014205	CTTCTC	2	12	384545	384556	0 %	50 %	0 %	50 %	297526434
105	NC_014205	TGTTGG	2	12	386057	386068	0 %	50 %	50 %	0 %	297526436
106	NC_014205	TATTAA	2	12	390655	390666	50 %	50 %	0 %	0 %	297526443
107	NC_014205	AATAAC	2	12	395391	395402	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	297526447
108	NC_014205	GATATA	2	12	395997	396008	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	297526449
109	NC_014205	AAAATT	2	12	398054	398065	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	297526451
110	NC_014205	CTATTC	2	12	400201	400212	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	297526453
111	NC_014205	GCTACT	2	12	402497	402508	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	297526455
112	NC_014205	TTGTAG	2	12	404651	404662	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	297526457
113	NC_014205	TCCATC	2	12	405597	405608	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	297526457
114	NC_014205	TTACAC	2	12	408647	408658	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	297526461
115	NC_014205	ATGTTG	2	12	411431	411442	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	297526463
116	NC_014205	ATGCTG	2	12	425062	425073	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	297526476
117	NC_014205	GTATAA	2	12	431996	432007	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	297526481
118	NC_014205	GTATTT	2	12	433320	433331	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	297526482
119	NC_014205	ATTATA	2	12	436391	436402	50 %	50 %	0 %	0 %	297526486
120	NC_014205	AGTTAA	2	12	436859	436870	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	297526487
121	NC_014205	TAGCCT	2	12	441060	441071	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	297526492
122	NC_014205	AAAGAG	2	12	446258	446269	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	297526496
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124	NC_014205	GTCTCA	2	12	446604	446615	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	297526497
125	NC_014205	GTCTCA	2	12	446724	446735	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	297526497
126	NC_014205	GTCTCA	2	12	447195	447206	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	297526497
127	NC_014205	GTCTCA	2	12	447315	447326	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	297526497
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217	NC_014205	GCTGTA	2	12	824383	824394	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	297526836
218	NC_014205	ATCAGA	2	12	825794	825805	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	297526836
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220	NC_014205	CTAGCT	2	12	828616	828627	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	297526839
221	NC_014205	CATTGT	2	12	831927	831938	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	297526842
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223	NC_014205	GTATTG	2	12	839241	839252	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	297526851
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229	NC_014205	TAAGAT	2	12	858757	858768	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	297526872
230	NC_014205	GATGTA	2	12	870661	870672	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	297526884
231	NC_014205	CTAGAG	2	12	880600	880611	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	297526896
232	NC_014205	GTATAC	2	12	891429	891440	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	297526906
233	NC_014205	AGCTCC	2	12	901678	901689	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	297526915
234	NC_014205	TTTAAC	2	12	902777	902788	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	297526917
235	NC_014205	GGTGCT	2	12	903275	903286	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	297526918
236	NC_014205	CTTAAT	2	12	905264	905275	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	297526919
237	NC_014205	TGTATC	2	12	910347	910358	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	297526926
238	NC_014205	ACCACA	2	12	913459	913470	50 %	0 %	0 %	50 %	297526929
239	NC_014205	CCTGTT	2	12	915721	915732	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	297526930
240	NC_014205	GGTGTT	2	12	916590	916601	0 %	50 %	50 %	0 %	297526932
241	NC_014205	CCTCAA	2	12	919277	919288	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	297526934
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247	NC_014205	TTTTCT	2	12	946098	946109	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	297526965
248	NC_014205	CTAGCA	2	12	947195	947206	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	297526966
249	NC_014205	ATGAAA	2	12	948269	948280	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	297526967
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251	NC_014205	CTTTTC	2	12	955999	956010	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	297526975
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255	NC_014205	CCTCTT	2	12	969542	969553	0 %	50 %	0 %	50 %	297526989
256	NC_014205	TTTAGT	2	12	970802	970813	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	297526990
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260	NC_014205	TCAGCT	2	12	982084	982095	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	297526999
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264	NC_014205	CATATC	2	12	997052	997063	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	297527017
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267	NC_014205	AGTGGT	2	12	1002235	1002246	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	297527023
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270	NC_014205	ATATTT	2	12	1014532	1014543	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	297527028
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301	NC_014205	GAGGAA	2	12	1132337	1132348	50 %	0 %	50 %	0 %	297527145
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333	NC_014205	CATTCC	2	12	1227259	1227270	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	297527243
334	NC_014205	TGTCTC	2	12	1228845	1228856	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	297527245
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336	NC_014205	CGATAA	2	12	1237938	1237949	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	297527254
337	NC_014205	TAATTA	2	12	1240139	1240150	50 %	50 %	0 %	0 %	297527256
338	NC_014205	GGTTAG	2	12	1242504	1242515	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	297527260
339	NC_014205	ACCTAT	2	12	1243596	1243607	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	297527262
340	NC_014205	CTAGAA	2	12	1244022	1244033	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	297527263
341	NC_014205	TATAGG	2	12	1245894	1245905	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	297527264
342	NC_014205	AATGAG	2	12	1247431	1247442	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	297527266
343	NC_014205	ACAGGG	2	12	1265213	1265224	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	297527285
344	NC_014205	TAAGAA	2	12	1273479	1273490	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	297527287
345	NC_014205	AGTAGC	2	12	1273729	1273740	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	297527287
346	NC_014205	TTTATG	2	12	1275889	1275900	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	297527290
347	NC_014205	CTATAG	2	12	1281640	1281651	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	297527294
348	NC_014205	TCTATG	2	12	1284996	1285007	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	297527299
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.