MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Staphylothermus hellenicus DSM 12710 chromosome

Total Repeats: 196

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_014205	AATAT	2	10	4587	4596	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_014205	TATTG	2	10	23147	23156	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
3	NC_014205	TTTAT	2	10	35556	35565	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_014205	AGCAT	2	10	42870	42879	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
5	NC_014205	AAATA	2	10	43733	43742	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_014205	AGCAT	2	10	53542	53551	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
7	NC_014205	AGTAT	2	10	66968	66977	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
8	NC_014205	ATAAA	2	10	68373	68382	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_014205	ATATT	2	10	70573	70582	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_014205	TCTAC	2	10	80843	80852	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
11	NC_014205	CTAAT	2	10	81096	81105	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
12	NC_014205	TAACC	2	10	86760	86769	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
13	NC_014205	GCAGG	2	10	89639	89648	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
14	NC_014205	CCCGG	2	10	91554	91563	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
15	NC_014205	TTAAA	2	10	98316	98325	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_014205	TTATT	2	10	98950	98959	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_014205	CAAGT	2	10	104516	104525	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
18	NC_014205	TGCAG	2	10	104611	104620	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
19	NC_014205	GCTTA	2	10	105348	105357	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
20	NC_014205	TTAGG	2	10	107258	107267	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
21	NC_014205	TTTTA	2	10	111299	111308	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_014205	ATAAA	2	10	115344	115353	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_014205	ATATT	2	10	115450	115459	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_014205	TTTTG	2	10	117229	117238	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
25	NC_014205	AGCTA	2	10	131647	131656	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
26	NC_014205	GTTTA	2	10	144848	144857	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
27	NC_014205	TAAAC	2	10	156919	156928	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
28	NC_014205	TAAAA	2	10	159014	159023	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_014205	AACAA	2	10	162367	162376	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
30	NC_014205	TAGCC	2	10	162438	162447	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
31	NC_014205	TAAAA	2	10	163007	163016	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_014205	ATTTT	2	10	167675	167684	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_014205	ACACA	2	10	170755	170764	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
34	NC_014205	TTTGT	2	10	171138	171147	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
35	NC_014205	TAATA	2	10	187720	187729	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_014205	ATTTA	2	10	193836	193845	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_014205	AAGAT	2	10	194002	194011	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
38	NC_014205	AAGAT	2	10	206649	206658	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
39	NC_014205	GAAGA	2	10	206678	206687	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
40	NC_014205	TACAA	2	10	212659	212668	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
41	NC_014205	CATAT	2	10	212692	212701	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
42	NC_014205	ATTAT	2	10	219072	219081	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_014205	TTATT	2	10	219193	219202	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_014205	AGGAG	2	10	220393	220402	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
45	NC_014205	CTATG	2	10	224692	224701	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
46	NC_014205	AAAAT	2	10	232037	232046	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_014205	TTTTG	2	10	232415	232424	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
48	NC_014205	AAAAC	2	10	237480	237489	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
49	NC_014205	TGAAA	2	10	237775	237784	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
50	NC_014205	AAAAT	2	10	240731	240740	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_014205	TAACA	2	10	264969	264978	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
52	NC_014205	AGATA	2	10	265021	265030	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
53	NC_014205	GTTTG	2	10	268055	268064	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
54	NC_014205	TGGTA	2	10	268137	268146	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
55	NC_014205	TGTAA	2	10	268446	268455	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
56	NC_014205	CTGAT	2	10	283610	283619	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
57	NC_014205	TGAGG	2	10	283628	283637	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
58	NC_014205	TTATT	2	10	322697	322706	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_014205	ATTTT	2	10	339982	339991	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_014205	TAGGT	2	10	345693	345702	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
61	NC_014205	TCTAC	2	10	350565	350574	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
62	NC_014205	GCTTA	2	10	353740	353749	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
63	NC_014205	AATAT	2	10	360946	360955	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_014205	CCATA	2	10	382919	382928	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
65	NC_014205	AGGCT	2	10	383151	383160	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
66	NC_014205	TCTCT	2	10	404349	404358	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
67	NC_014205	CCTAC	2	10	408203	408212	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
68	NC_014205	ATTTC	2	10	430438	430447	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
69	NC_014205	GTTTT	2	10	431484	431493	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
70	NC_014205	TTTTA	2	10	434285	434294	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_014205	CATAT	2	10	444411	444420	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
72	NC_014205	TAAAT	2	10	444482	444491	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_014205	AGCTT	2	10	456463	456472	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
74	NC_014205	TATAA	2	10	457301	457310	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_014205	TGTTT	2	10	459085	459094	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
76	NC_014205	AGAAA	2	10	468415	468424	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
77	NC_014205	CCTAG	2	10	470693	470702	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
78	NC_014205	ATAGT	2	10	478265	478274	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
79	NC_014205	ATTAT	2	10	499288	499297	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_014205	CATAA	2	10	499491	499500	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
81	NC_014205	ATAGT	2	10	517874	517883	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
82	NC_014205	ATTAT	2	10	529670	529679	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_014205	GGATA	2	10	537858	537867	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
84	NC_014205	ATATT	2	10	538791	538800	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_014205	TTTTA	2	10	569302	569311	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_014205	TTATT	2	10	605058	605067	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_014205	AAATT	2	10	613218	613227	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_014205	ATATT	2	10	624495	624504	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_014205	TATTT	2	10	627403	627412	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_014205	TATCT	2	10	630475	630484	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
91	NC_014205	TCATC	2	10	643658	643667	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
92	NC_014205	GCTTA	2	10	650623	650632	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
93	NC_014205	TAATA	2	10	662607	662616	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_014205	TATTG	2	10	681098	681107	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
95	NC_014205	TAATT	2	10	681845	681854	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_014205	TAGAA	2	10	683281	683290	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
97	NC_014205	GAGAA	2	10	688696	688705	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
98	NC_014205	AAAAT	2	10	691762	691771	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_014205	TATAT	2	10	691777	691786	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_014205	GATAA	2	10	705072	705081	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
101	NC_014205	TTTGT	2	10	715725	715734	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
102	NC_014205	ATCTA	2	10	723589	723598	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
103	NC_014205	TTACA	2	10	726562	726571	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
104	NC_014205	AATAA	2	10	734011	734020	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_014205	TTATA	2	10	734669	734678	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_014205	AATTA	2	10	743224	743233	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_014205	TAAAA	2	10	749157	749166	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_014205	AAATA	2	10	750946	750955	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_014205	TTTAA	2	10	752169	752178	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_014205	TCTAT	2	10	752567	752576	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
111	NC_014205	ATTAA	2	10	754665	754674	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_014205	TGAGG	2	10	758113	758122	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
113	NC_014205	TAGCT	2	10	772332	772341	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
114	NC_014205	TTAAT	2	10	774979	774988	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_014205	ATAGG	2	10	786356	786365	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
116	NC_014205	AAAAT	2	10	787616	787625	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_014205	TTATT	2	10	795463	795472	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_014205	TAATA	2	10	814242	814251	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_014205	TGCAT	2	10	815763	815772	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
120	NC_014205	CTTTT	2	10	815790	815799	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
121	NC_014205	ACCAC	2	10	822925	822934	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
122	NC_014205	TAGAT	2	10	822946	822955	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
123	NC_014205	ATAAA	2	10	822973	822982	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_014205	TCTAG	2	10	823357	823366	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
125	NC_014205	TAAAA	2	10	825987	825996	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_014205	TAATT	2	10	846149	846158	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_014205	AAGTT	2	10	849649	849658	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
128	NC_014205	TTATA	2	10	869964	869973	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_014205	TCCTT	2	10	878908	878917	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
130	NC_014205	TATAA	2	10	879753	879762	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_014205	AAATA	2	10	891037	891046	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_014205	AATTA	2	10	945561	945570	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_014205	ATAAA	2	10	959032	959041	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_014205	GGATG	2	10	963467	963476	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
135	NC_014205	TGTTT	2	10	990211	990220	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
136	NC_014205	GTATT	2	10	990253	990262	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
137	NC_014205	TTTGC	2	10	991557	991566	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
138	NC_014205	AACAA	2	10	994427	994436	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
139	NC_014205	TAATA	2	10	995612	995621	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_014205	CATAT	2	10	1030695	1030704	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
141	NC_014205	TGTCT	2	10	1032321	1032330	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
142	NC_014205	AAACA	2	10	1057944	1057953	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
143	NC_014205	ATGTT	2	10	1081506	1081515	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
144	NC_014205	TAAGA	2	10	1081903	1081912	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
145	NC_014205	CCCAT	2	10	1104181	1104190	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
146	NC_014205	TCCCC	2	10	1104314	1104323	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
147	NC_014205	TTTTC	2	10	1111461	1111470	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
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163	NC_014205	TAAGC	2	10	1275012	1275021	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
164	NC_014205	TGTTT	2	10	1280331	1280340	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
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169	NC_014205	ATATC	2	10	1347564	1347573	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
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187	NC_014205	CATAG	2	10	1512879	1512888	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
188	NC_014205	TTAAA	2	10	1517503	1517512	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
189	NC_014205	CGGGG	2	10	1525873	1525882	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
190	NC_014205	TATTG	2	10	1545867	1545876	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
191	NC_014205	AAAAC	2	10	1552434	1552443	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
192	NC_014205	ACTGA	2	10	1553318	1553327	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
193	NC_014205	AACCA	2	10	1553489	1553498	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
194	NC_014205	TTTCT	2	10	1568905	1568914	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
195	NC_014205	TCTCA	2	10	1570080	1570089	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
196	NC_014205	TATGT	2	10	1579246	1579255	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.