MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Tsukamurella paurometabola DSM 20162 plasmid pTpau01

Total Repeats: 101

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_014159	CTGGC	2	10	2095	2104	0 %	20 %	40 %	40 %	296141910
2	NC_014159	GCCTG	2	10	2377	2386	0 %	20 %	40 %	40 %	296141910
3	NC_014159	GCGCC	2	10	3872	3881	0 %	0 %	40 %	60 %	296141913
4	NC_014159	ACTGC	2	10	4831	4840	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
5	NC_014159	TGGCG	2	10	5471	5480	0 %	20 %	60 %	20 %	296141916
6	NC_014159	GCGGG	2	10	5956	5965	0 %	0 %	80 %	20 %	296141917
7	NC_014159	CCGGT	2	10	6327	6336	0 %	20 %	40 %	40 %	296141917
8	NC_014159	GCCCC	2	10	6393	6402	0 %	0 %	20 %	80 %	296141917
9	NC_014159	CGCAC	2	10	8009	8018	20 %	0 %	20 %	60 %	296141919
10	NC_014159	GGGGT	2	10	8670	8679	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
11	NC_014159	GGCAG	2	10	9746	9755	20 %	0 %	60 %	20 %	296141921
12	NC_014159	GGCAT	2	10	11565	11574	20 %	20 %	40 %	20 %	296141921
13	NC_014159	CGCGC	2	10	13489	13498	0 %	0 %	40 %	60 %	296141922
14	NC_014159	ACCTG	2	10	19520	19529	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
15	NC_014159	CGAAG	2	10	20200	20209	40 %	0 %	40 %	20 %	296141932
16	NC_014159	CACCG	2	10	21082	21091	20 %	0 %	20 %	60 %	296141932
17	NC_014159	CCGCA	2	10	23312	23321	20 %	0 %	20 %	60 %	296141934
18	NC_014159	TGTGA	2	10	24100	24109	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
19	NC_014159	GATCT	2	10	25511	25520	20 %	40 %	20 %	20 %	296141935
20	NC_014159	AGCCC	2	10	25625	25634	20 %	0 %	20 %	60 %	296141935
21	NC_014159	ACGAA	2	10	25952	25961	60 %	0 %	20 %	20 %	296141936
22	NC_014159	TGCGC	2	10	25989	25998	0 %	20 %	40 %	40 %	296141936
23	NC_014159	GGCGG	2	10	27924	27933	0 %	0 %	80 %	20 %	296141939
24	NC_014159	GCAGC	2	10	28608	28617	20 %	0 %	40 %	40 %	296141939
25	NC_014159	CGCAC	2	10	28941	28950	20 %	0 %	20 %	60 %	296141939
26	NC_014159	CCCGA	2	10	30190	30199	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
27	NC_014159	AACAC	2	10	31004	31013	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
28	NC_014159	GCCGC	2	10	32233	32242	0 %	0 %	40 %	60 %	296141942
29	NC_014159	CCCCT	2	10	32282	32291	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
30	NC_014159	GACCG	2	10	32387	32396	20 %	0 %	40 %	40 %	296141943
31	NC_014159	GCGAC	2	10	32814	32823	20 %	0 %	40 %	40 %	296141943
32	NC_014159	CCACC	2	10	33034	33043	20 %	0 %	0 %	80 %	296141943
33	NC_014159	CACCG	2	10	34157	34166	20 %	0 %	20 %	60 %	296141944
34	NC_014159	CCCCG	2	10	34480	34489	0 %	0 %	20 %	80 %	296141945
35	NC_014159	GCTGC	2	10	36032	36041	0 %	20 %	40 %	40 %	296141946
36	NC_014159	GGCCC	2	10	36152	36161	0 %	0 %	40 %	60 %	296141946
37	NC_014159	GAGCA	2	10	36866	36875	40 %	0 %	40 %	20 %	296141946
38	NC_014159	CCCAC	2	10	36914	36923	20 %	0 %	0 %	80 %	296141946
39	NC_014159	CCCCG	2	10	37580	37589	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
40	NC_014159	GCATG	2	10	37934	37943	20 %	20 %	40 %	20 %	296141947
41	NC_014159	GGTGC	2	10	40754	40763	0 %	20 %	60 %	20 %	296141949
42	NC_014159	CGCTG	2	10	41087	41096	0 %	20 %	40 %	40 %	296141949
43	NC_014159	GCTCG	2	10	43616	43625	0 %	20 %	40 %	40 %	296141951
44	NC_014159	TGATG	2	10	45335	45344	20 %	40 %	40 %	0 %	296141953
45	NC_014159	CAGCG	2	10	46177	46186	20 %	0 %	40 %	40 %	296141953
46	NC_014159	CAACG	2	10	48093	48102	40 %	0 %	20 %	40 %	296141954
47	NC_014159	CACGC	2	10	50264	50273	20 %	0 %	20 %	60 %	296141956
48	NC_014159	CCGCC	2	10	51309	51318	0 %	0 %	20 %	80 %	296141957
49	NC_014159	GCGGT	2	10	51725	51734	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
50	NC_014159	TCACA	2	10	51858	51867	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
51	NC_014159	GCACT	2	10	51955	51964	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
52	NC_014159	GGCTC	2	10	52215	52224	0 %	20 %	40 %	40 %	296141958
53	NC_014159	GCCCG	2	10	52877	52886	0 %	0 %	40 %	60 %	296141959
54	NC_014159	ACTGC	2	10	53179	53188	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
55	NC_014159	TGGTT	2	10	53395	53404	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
56	NC_014159	TCACG	2	10	53717	53726	20 %	20 %	20 %	40 %	296141960
57	NC_014159	GGCTG	2	10	54199	54208	0 %	20 %	60 %	20 %	296141960
58	NC_014159	CGCGC	2	10	54387	54396	0 %	0 %	40 %	60 %	296141960
59	NC_014159	TGCCG	2	10	55487	55496	0 %	20 %	40 %	40 %	296141961
60	NC_014159	GGTGC	2	10	59174	59183	0 %	20 %	60 %	20 %	296141967
61	NC_014159	CGCTG	2	10	59507	59516	0 %	20 %	40 %	40 %	296141967
62	NC_014159	AGGGT	2	10	61014	61023	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
63	NC_014159	CTCTG	2	10	61076	61085	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
64	NC_014159	CGGCA	2	10	62593	62602	20 %	0 %	40 %	40 %	296141968
65	NC_014159	CGACG	2	10	63158	63167	20 %	0 %	40 %	40 %	296141970
66	NC_014159	GCGCG	2	10	67024	67033	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
67	NC_014159	CGTCC	2	10	68926	68935	0 %	20 %	20 %	60 %	296141973
68	NC_014159	AGGCC	2	10	69187	69196	20 %	0 %	40 %	40 %	296141973
69	NC_014159	GGCCG	2	10	70672	70681	0 %	0 %	60 %	40 %	296141975
70	NC_014159	CCGGC	2	10	71568	71577	0 %	0 %	40 %	60 %	296141977
71	NC_014159	GGCGC	2	10	71695	71704	0 %	0 %	60 %	40 %	296141977
72	NC_014159	CGTCC	2	10	71730	71739	0 %	20 %	20 %	60 %	296141977
73	NC_014159	TCGAG	2	10	72468	72477	20 %	20 %	40 %	20 %	296141977
74	NC_014159	CCGGG	2	10	72682	72691	0 %	0 %	60 %	40 %	296141977
75	NC_014159	TCGCC	2	10	73266	73275	0 %	20 %	20 %	60 %	296141977
76	NC_014159	TGCGC	2	10	73740	73749	0 %	20 %	40 %	40 %	296141977
77	NC_014159	CGATC	2	10	73803	73812	20 %	20 %	20 %	40 %	296141977
78	NC_014159	GCGGG	2	10	74922	74931	0 %	0 %	80 %	20 %	296141977
79	NC_014159	CGCAG	2	10	76516	76525	20 %	0 %	40 %	40 %	296141978
80	NC_014159	GGGCC	2	10	77675	77684	0 %	0 %	60 %	40 %	296141978
81	NC_014159	GCGCG	2	10	79175	79184	0 %	0 %	60 %	40 %	296141978
82	NC_014159	GAGTC	2	10	80548	80557	20 %	20 %	40 %	20 %	296141979
83	NC_014159	ACCGG	2	10	82424	82433	20 %	0 %	40 %	40 %	296141979
84	NC_014159	ACCGG	2	10	83529	83538	20 %	0 %	40 %	40 %	296141979
85	NC_014159	CCGTG	2	10	83908	83917	0 %	20 %	40 %	40 %	296141980
86	NC_014159	CCCGC	2	10	85049	85058	0 %	0 %	20 %	80 %	296141981
87	NC_014159	GGGGT	2	10	85405	85414	0 %	20 %	80 %	0 %	296141981
88	NC_014159	TCCGG	2	10	85553	85562	0 %	20 %	40 %	40 %	296141981
89	NC_014159	GCCCG	2	10	86336	86345	0 %	0 %	40 %	60 %	296141983
90	NC_014159	AGCGC	2	10	88262	88271	20 %	0 %	40 %	40 %	296141984
91	NC_014159	CGGGC	2	10	89426	89435	0 %	0 %	60 %	40 %	296141984
92	NC_014159	CGGCG	2	10	89504	89513	0 %	0 %	60 %	40 %	296141984
93	NC_014159	CGGGG	2	10	90819	90828	0 %	0 %	80 %	20 %	296141984
94	NC_014159	CGGCG	2	10	91912	91921	0 %	0 %	60 %	40 %	296141985
95	NC_014159	GGTCG	2	10	92047	92056	0 %	20 %	60 %	20 %	296141986
96	NC_014159	CCGAG	2	10	92238	92247	20 %	0 %	40 %	40 %	296141986
97	NC_014159	CGCGG	2	10	92904	92913	0 %	0 %	60 %	40 %	296141987
98	NC_014159	CGCGG	2	10	93162	93171	0 %	0 %	60 %	40 %	296141987
99	NC_014159	CGAGG	2	10	94025	94034	20 %	0 %	60 %	20 %	296141988
100	NC_014159	GCACC	2	10	94264	94273	20 %	0 %	20 %	60 %	296141988
101	NC_014159	TCGGC	2	10	99189	99198	0 %	20 %	40 %	40 %	296141993

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.