MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Thermincola potens JR chromosome

Total Repeats: 140

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_014152	ATTTGG	2	12	6313	6324	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2	NC_014152	TAAAAG	2	12	28164	28175	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
3	NC_014152	TTTTAA	2	12	35828	35839	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_014152	CTTTTA	2	12	66828	66839	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
5	NC_014152	GAAAAT	2	12	70580	70591	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
6	NC_014152	GCGAGA	2	12	84766	84777	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
7	NC_014152	CGCAGG	2	12	87889	87900	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
8	NC_014152	AAGTAA	2	12	100160	100171	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
9	NC_014152	AAAACG	2	12	129896	129907	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
10	NC_014152	TTTTTA	2	12	144187	144198	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_014152	ACTGCG	2	12	168728	168739	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
12	NC_014152	AGGAAA	2	12	178412	178423	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
13	NC_014152	ATACTG	2	12	198121	198132	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
14	NC_014152	TTTCTT	2	12	238806	238817	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
15	NC_014152	TGAATG	2	12	241131	241142	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
16	NC_014152	GCGAGA	2	12	246653	246664	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
17	NC_014152	CGCAGG	2	12	249605	249616	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
18	NC_014152	TGCGGC	2	12	286165	286176	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
19	NC_014152	CTCAAA	2	12	304247	304258	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
20	NC_014152	TTTAAA	2	12	316326	316337	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_014152	TTATAA	2	12	396472	396483	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_014152	ATTAGT	2	12	403973	403984	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
23	NC_014152	GATCTT	2	12	404693	404704	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
24	NC_014152	TTGATT	2	12	407135	407146	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
25	NC_014152	CGATAG	2	12	410601	410612	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
26	NC_014152	GGATGC	2	12	443530	443541	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
27	NC_014152	ATCATA	2	12	474152	474163	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
28	NC_014152	AAACGA	2	12	496371	496382	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
29	NC_014152	TGATTC	2	12	525705	525716	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
30	NC_014152	AAAAAT	2	12	529960	529971	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_014152	TTTGTG	2	12	541034	541045	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
32	NC_014152	TTTCCG	2	12	566520	566531	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
33	NC_014152	GCTAAA	2	12	572139	572150	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
34	NC_014152	TTAAGC	2	12	595873	595884	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
35	NC_014152	AAAAGG	2	12	607763	607774	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
36	NC_014152	TAAAAA	2	12	608390	608401	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_014152	AGAAAT	2	12	632168	632179	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
38	NC_014152	GACCAT	2	12	649267	649278	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
39	NC_014152	TAAAAT	2	12	655809	655820	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_014152	ATTCTT	2	12	664404	664415	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
41	NC_014152	CGTGGG	2	12	711065	711076	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
42	NC_014152	GGAGCG	2	12	711821	711832	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
43	NC_014152	GTCCCG	2	12	728143	728154	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
44	NC_014152	GTTTTT	2	12	772602	772613	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
45	NC_014152	TTGAAA	2	12	787817	787828	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
46	NC_014152	TCACCC	2	12	788184	788195	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
47	NC_014152	ATTAGA	2	12	788642	788653	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
48	NC_014152	CTTTTA	2	12	847866	847877	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
49	NC_014152	TTGAAA	2	12	853728	853739	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
50	NC_014152	AATTTT	2	12	882745	882756	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_014152	AAACAA	2	12	885662	885673	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
52	NC_014152	ATTTGG	2	12	925976	925987	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
53	NC_014152	ATTTTA	2	12	927057	927068	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_014152	AGGGGG	2	12	988409	988420	16.67 %	0 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
55	NC_014152	AATATA	2	12	997051	997062	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_014152	AGGGGG	2	12	1011174	1011185	16.67 %	0 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
57	NC_014152	AAAATC	2	12	1026806	1026817	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
58	NC_014152	TATTTT	2	12	1074115	1074126	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_014152	CTCAAA	2	12	1093754	1093765	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
60	NC_014152	GGAAAT	2	12	1116139	1116150	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
61	NC_014152	TACCTG	2	12	1174255	1174266	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_014152	TTTCAA	2	12	1222269	1222280	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
63	NC_014152	CAAAAA	2	12	1224589	1224600	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
64	NC_014152	GAATTA	2	12	1260446	1260457	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
65	NC_014152	TTGTGA	2	12	1261295	1261306	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
66	NC_014152	TTTTGT	2	12	1266873	1266884	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
67	NC_014152	TTTTAA	2	12	1287206	1287217	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_014152	TTAATG	2	12	1288740	1288751	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
69	NC_014152	TTTTGT	2	12	1299357	1299368	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
70	NC_014152	CTCAAA	2	12	1346392	1346403	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
71	NC_014152	AAATTA	2	12	1362628	1362639	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_014152	TAAAAT	2	12	1362650	1362661	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_014152	ATCAAT	2	12	1393649	1393660	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
74	NC_014152	AGTATA	2	12	1415346	1415357	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
75	NC_014152	TAACAA	2	12	1417222	1417233	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
76	NC_014152	CCGGTT	2	12	1451516	1451527	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
77	NC_014152	TACAGG	2	12	1461478	1461489	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
78	NC_014152	TGTTAT	2	12	1488014	1488025	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
79	NC_014152	TTTTTG	2	12	1504708	1504719	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
80	NC_014152	GTTTTT	2	12	1518026	1518037	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
81	NC_014152	TTGGTT	2	12	1568103	1568114	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
82	NC_014152	ATTTCA	2	12	1649710	1649721	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
83	NC_014152	CTCAAA	2	12	1691541	1691552	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_014152	ACAATA	2	12	1702259	1702270	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
85	NC_014152	AAACGA	2	12	1731315	1731326	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
86	NC_014152	AGGTTC	2	12	1797741	1797752	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
87	NC_014152	TTTGAG	2	12	1829757	1829768	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
88	NC_014152	ATTTAA	2	12	1833631	1833642	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_014152	TTGGTA	2	12	1859009	1859020	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
90	NC_014152	TCACCA	2	12	1919074	1919085	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
91	NC_014152	CTCTTC	2	12	1944013	1944024	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
92	NC_014152	GCGACC	2	12	1953188	1953199	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
93	NC_014152	CGCGAA	2	12	1975564	1975575	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
94	NC_014152	TTCAAT	2	12	2000174	2000185	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
95	NC_014152	ATTTTT	2	12	2014426	2014437	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_014152	ATTTTT	2	12	2061663	2061674	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_014152	GGCAAA	2	12	2062303	2062314	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
98	NC_014152	GTTTTT	2	12	2062708	2062719	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
99	NC_014152	ATAGGG	2	12	2077417	2077428	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
100	NC_014152	GGCAAA	2	12	2078240	2078251	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
101	NC_014152	GGCAAA	2	12	2078310	2078321	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
102	NC_014152	AAATTT	2	12	2116772	2116783	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_014152	AAACGA	2	12	2158344	2158355	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
104	NC_014152	AAAGGA	2	12	2172726	2172737	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
105	NC_014152	CCTGCG	2	12	2189038	2189049	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
106	NC_014152	CTCTCG	2	12	2192160	2192171	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
107	NC_014152	AATTTA	2	12	2195914	2195925	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_014152	ATTAAT	2	12	2249289	2249300	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_014152	TTATAT	2	12	2284450	2284461	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_014152	AGTCCC	2	12	2296183	2296194	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
111	NC_014152	CAAAAA	2	12	2310491	2310502	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
112	NC_014152	TTATTT	2	12	2323871	2323882	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_014152	TAAAAG	2	12	2323910	2323921	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
114	NC_014152	AAATTT	2	12	2375233	2375244	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_014152	AAACGA	2	12	2437452	2437463	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
116	NC_014152	AAACGA	2	12	2450684	2450695	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
117	NC_014152	TTCCTT	2	12	2479191	2479202	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
118	NC_014152	TTTGAG	2	12	2555867	2555878	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
119	NC_014152	TCAGTT	2	12	2580495	2580506	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
120	NC_014152	TAATAT	2	12	2677472	2677483	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_014152	TCGCAG	2	12	2688400	2688411	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
122	NC_014152	ATTTTA	2	12	2694902	2694913	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_014152	TTTGAG	2	12	2726295	2726306	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
124	NC_014152	TTTATT	2	12	2733321	2733332	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_014152	CCTTCC	2	12	2738925	2738936	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
126	NC_014152	TTTACA	2	12	2743428	2743439	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
127	NC_014152	TTTGTT	2	12	2748907	2748918	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
128	NC_014152	AAAAAC	2	12	2755653	2755664	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
129	NC_014152	TGTATA	2	12	2776149	2776160	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
130	NC_014152	GCCAAA	2	12	2801727	2801738	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
131	NC_014152	GTCAAA	2	12	2819856	2819867	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
132	NC_014152	TTCTTT	2	12	2863762	2863773	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
133	NC_014152	ACAGTT	2	12	2887634	2887645	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
134	NC_014152	TTAATT	2	12	2925048	2925059	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_014152	GCCGCA	2	12	3009508	3009519	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
136	NC_014152	TTTCTT	2	12	3051574	3051585	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
137	NC_014152	CAAAAA	2	12	3067283	3067294	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
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139	NC_014152	TCCTTT	2	12	3129666	3129677	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
140	NC_014152	TTGAAA	2	12	3142130	3142141	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.