MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Thiomonas sp. str. 3As plasmid pTHI

Total Repeats: 56

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_014144	CGGGG	2	10	153	162	0 %	0 %	80 %	20 %	296112159
2	NC_014144	GCAAC	2	10	630	639	40 %	0 %	20 %	40 %	296112159
3	NC_014144	CGCGG	2	10	1228	1237	0 %	0 %	60 %	40 %	296112160
4	NC_014144	TGCGC	2	10	2370	2379	0 %	20 %	40 %	40 %	296112162
5	NC_014144	GCTTC	2	10	4165	4174	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
6	NC_014144	GCGTT	2	10	4579	4588	0 %	40 %	40 %	20 %	296112165
7	NC_014144	GGCAT	2	10	5189	5198	20 %	20 %	40 %	20 %	296112167
8	NC_014144	GGCCT	2	10	5375	5384	0 %	20 %	40 %	40 %	296112167
9	NC_014144	GCCGT	2	10	5507	5516	0 %	20 %	40 %	40 %	296112167
10	NC_014144	TTGCC	2	10	5580	5589	0 %	40 %	20 %	40 %	296112168
11	NC_014144	GTGCC	2	10	6000	6009	0 %	20 %	40 %	40 %	296112169
12	NC_014144	CAAAC	2	10	6732	6741	60 %	0 %	0 %	40 %	296112170
13	NC_014144	CGGCG	2	10	6939	6948	0 %	0 %	60 %	40 %	296112170
14	NC_014144	CGGCG	2	10	9107	9116	0 %	0 %	60 %	40 %	296112171
15	NC_014144	CGCGC	2	10	9358	9367	0 %	0 %	40 %	60 %	296112171
16	NC_014144	CCAGC	2	10	11790	11799	20 %	0 %	20 %	60 %	296112175
17	NC_014144	TGTGT	2	10	12514	12523	0 %	60 %	40 %	0 %	296112177
18	NC_014144	CGGGC	2	10	13544	13553	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
19	NC_014144	TGCGC	2	10	13971	13980	0 %	20 %	40 %	40 %	296112181
20	NC_014144	CGATG	2	10	14298	14307	20 %	20 %	40 %	20 %	296112181
21	NC_014144	TGCGC	2	10	16331	16340	0 %	20 %	40 %	40 %	296112183
22	NC_014144	GCGCT	2	10	16582	16591	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
23	NC_014144	TCCGA	2	10	16907	16916	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
24	NC_014144	GCGCT	2	10	17129	17138	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
25	NC_014144	TGCGC	2	10	17443	17452	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
26	NC_014144	CGGCC	2	10	18333	18342	0 %	0 %	40 %	60 %	296112185
27	NC_014144	GCGGG	2	10	18438	18447	0 %	0 %	80 %	20 %	296112185
28	NC_014144	GGTCG	2	10	18667	18676	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
29	NC_014144	GCAGG	2	10	19119	19128	20 %	0 %	60 %	20 %	296112186
30	NC_014144	GGCTT	2	10	20035	20044	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
31	NC_014144	TTGAT	2	10	20754	20763	20 %	60 %	20 %	0 %	296112189
32	NC_014144	TGCGG	2	10	21514	21523	0 %	20 %	60 %	20 %	296112191
33	NC_014144	TGGCG	2	10	21818	21827	0 %	20 %	60 %	20 %	296112192
34	NC_014144	ATCGC	2	10	22190	22199	20 %	20 %	20 %	40 %	296112193
35	NC_014144	CCTGT	2	10	22434	22443	0 %	40 %	20 %	40 %	296112194
36	NC_014144	ACGCC	2	10	24018	24027	20 %	0 %	20 %	60 %	296112196
37	NC_014144	CGGCG	2	10	25872	25881	0 %	0 %	60 %	40 %	296112198
38	NC_014144	CGGCC	2	10	27550	27559	0 %	0 %	40 %	60 %	296112202
39	NC_014144	GGTTC	2	10	29852	29861	0 %	40 %	40 %	20 %	296112203
40	NC_014144	TGTCG	2	10	32608	32617	0 %	40 %	40 %	20 %	296112205
41	NC_014144	GGCAT	2	10	33191	33200	20 %	20 %	40 %	20 %	296112205
42	NC_014144	AACCC	2	10	34567	34576	40 %	0 %	0 %	60 %	296112206
43	NC_014144	GCTGT	2	10	34718	34727	0 %	40 %	40 %	20 %	296112207
44	NC_014144	CGCGC	2	10	35761	35770	0 %	0 %	40 %	60 %	296112208
45	NC_014144	TTTGG	2	10	35842	35851	0 %	60 %	40 %	0 %	296112208
46	NC_014144	GCCAG	2	10	38298	38307	20 %	0 %	40 %	40 %	296112211
47	NC_014144	ATTGC	2	10	38429	38438	20 %	40 %	20 %	20 %	296112211
48	NC_014144	CGGGC	2	10	40377	40386	0 %	0 %	60 %	40 %	296112213
49	NC_014144	CGAGG	2	10	41018	41027	20 %	0 %	60 %	20 %	296112214
50	NC_014144	GGCTC	2	10	41732	41741	0 %	20 %	40 %	40 %	296112216
51	NC_014144	TTTCC	2	10	41900	41909	0 %	60 %	0 %	40 %	296112217
52	NC_014144	TGCGG	2	10	43078	43087	0 %	20 %	60 %	20 %	296112218
53	NC_014144	CGGGC	2	10	43402	43411	0 %	0 %	60 %	40 %	296112219
54	NC_014144	TGCGC	2	10	43829	43838	0 %	20 %	40 %	40 %	296112220
55	NC_014144	GGCCG	2	10	44638	44647	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
56	NC_014144	GAAAT	2	10	45768	45777	60 %	20 %	20 %	0 %	296112224

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.