MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Methanocaldococcus infernus ME chromosome

Total Repeats: 374

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_014122	TTTA	3	12	2234	2245	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_014122	CTAT	2	8	2457	2464	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
3	NC_014122	ATAC	2	8	2649	2656	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
4	NC_014122	GTAA	2	8	2734	2741	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
5	NC_014122	AGTT	2	8	2960	2967	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
6	NC_014122	TAAA	2	8	3283	3290	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_014122	AACT	2	8	15373	15380	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
8	NC_014122	TAAA	2	8	23483	23490	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_014122	CGGG	2	8	25466	25473	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
10	NC_014122	AAAT	2	8	25541	25548	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_014122	AAGT	2	8	25978	25985	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
12	NC_014122	TTTC	2	8	26129	26136	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
13	NC_014122	GAAA	2	8	29126	29133	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
14	NC_014122	ACTT	2	8	29277	29284	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
15	NC_014122	TTTA	2	8	40833	40840	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_014122	ACTT	2	8	40896	40903	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
17	NC_014122	TTAG	2	8	40992	40999	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
18	NC_014122	AGTA	2	8	41158	41165	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
19	NC_014122	TAAA	2	8	41190	41197	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_014122	TTAA	2	8	41428	41435	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_014122	ATGT	2	8	57263	57270	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
22	NC_014122	TAAT	2	8	60262	60269	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_014122	TTTA	2	8	61514	61521	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_014122	AATT	2	8	61530	61537	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_014122	CCTT	2	8	82727	82734	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
26	NC_014122	CCTT	2	8	99974	99981	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
27	NC_014122	TTAT	2	8	100039	100046	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_014122	TGTT	2	8	100172	100179	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
29	NC_014122	CCTC	2	8	101072	101079	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
30	NC_014122	TAAA	3	12	105687	105698	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_014122	AAAT	2	8	105699	105706	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_014122	CTAA	2	8	105832	105839	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
33	NC_014122	CTAA	2	8	106472	106479	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
34	NC_014122	TTAT	2	8	109466	109473	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_014122	AAAG	2	8	109727	109734	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
36	NC_014122	TAAA	2	8	109765	109772	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_014122	CAAA	2	8	110039	110046	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
38	NC_014122	ATCA	2	8	117500	117507	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
39	NC_014122	ATTT	2	8	149455	149462	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_014122	TATT	2	8	161492	161499	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_014122	ATTG	2	8	161551	161558	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
42	NC_014122	ATTT	2	8	162789	162796	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_014122	TGAT	2	8	179180	179187	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
44	NC_014122	TATT	2	8	179975	179982	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_014122	TAAT	2	8	203651	203658	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_014122	CTAT	2	8	203755	203762	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
47	NC_014122	GTAA	2	8	204031	204038	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
48	NC_014122	AGTT	2	8	204257	204264	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
49	NC_014122	GAAT	2	8	204781	204788	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
50	NC_014122	TTAA	2	8	204880	204887	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_014122	AAAG	2	8	206156	206163	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
52	NC_014122	GAGG	2	8	221686	221693	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
53	NC_014122	AAGT	2	8	222735	222742	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
54	NC_014122	AACT	2	8	223013	223020	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
55	NC_014122	AAAT	2	8	223572	223579	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_014122	AAAG	2	8	223799	223806	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
57	NC_014122	TTTA	2	8	235676	235683	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_014122	GAAA	2	8	235948	235955	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
59	NC_014122	TTAT	2	8	236399	236406	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_014122	ATTT	2	8	236470	236477	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_014122	ATAA	2	8	236585	236592	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_014122	AATA	2	8	236768	236775	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_014122	TCTT	2	8	245829	245836	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
64	NC_014122	GACA	2	8	245925	245932	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
65	NC_014122	ATGT	2	8	246067	246074	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
66	NC_014122	ATAC	2	8	246590	246597	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
67	NC_014122	AAAC	2	8	247015	247022	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
68	NC_014122	ACTT	2	8	247386	247393	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
69	NC_014122	ACTT	2	8	247465	247472	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
70	NC_014122	AAAT	2	8	247620	247627	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_014122	AAAT	2	8	276001	276008	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_014122	CCGG	2	8	279529	279536	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
73	NC_014122	ATTT	2	8	282589	282596	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_014122	TTTA	2	8	299400	299407	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_014122	TATT	2	8	312238	312245	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_014122	TAAC	2	8	312268	312275	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
77	NC_014122	GTTA	2	8	318283	318290	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
78	NC_014122	TAAC	2	8	321373	321380	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
79	NC_014122	TAAT	2	8	326111	326118	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_014122	ATAA	2	8	326133	326140	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_014122	CTTT	2	8	327471	327478	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
82	NC_014122	TAAA	2	8	327480	327487	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_014122	TAAA	2	8	327494	327501	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_014122	TGAT	2	8	327510	327517	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
85	NC_014122	TAAA	2	8	330766	330773	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_014122	AGGG	3	12	330858	330869	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
87	NC_014122	AATA	2	8	333080	333087	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_014122	AAAT	2	8	333091	333098	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_014122	TTTG	2	8	349775	349782	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
90	NC_014122	TGGG	2	8	356184	356191	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
91	NC_014122	ATTT	2	8	382214	382221	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_014122	ATTT	2	8	383449	383456	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_014122	TTTA	2	8	422077	422084	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_014122	AAGA	2	8	443086	443093	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
95	NC_014122	TATT	2	8	470360	470367	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_014122	TACT	2	8	472775	472782	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
97	NC_014122	ATTA	2	8	472843	472850	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_014122	AGTT	2	8	487191	487198	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
99	NC_014122	TAAA	2	8	489809	489816	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_014122	TAGT	2	8	500413	500420	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
101	NC_014122	TTAT	2	8	500491	500498	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_014122	TTAA	3	12	509730	509741	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_014122	CATA	2	8	516021	516028	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
104	NC_014122	AGAA	2	8	516059	516066	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
105	NC_014122	TATT	2	8	526084	526091	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_014122	AATT	2	8	526092	526099	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_014122	TTAA	2	8	526115	526122	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_014122	ATTT	2	8	529466	529473	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_014122	TATG	2	8	531347	531354	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
110	NC_014122	TAAA	2	8	531365	531372	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_014122	CTTT	2	8	532203	532210	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
112	NC_014122	AAGA	2	8	532261	532268	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
113	NC_014122	TTAA	2	8	532495	532502	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_014122	TAAT	2	8	532575	532582	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_014122	ATTA	2	8	540718	540725	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_014122	TCCC	2	8	548757	548764	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
117	NC_014122	TGAG	2	8	548826	548833	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
118	NC_014122	TAAT	2	8	560586	560593	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_014122	CTAA	2	8	582600	582607	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
120	NC_014122	ATTT	2	8	596205	596212	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_014122	AACT	2	8	596355	596362	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
122	NC_014122	TAAA	2	8	599073	599080	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_014122	ATTA	2	8	604748	604755	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_014122	CTAT	2	8	604825	604832	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
125	NC_014122	CAAA	2	8	605089	605096	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
126	NC_014122	TGAA	2	8	605097	605104	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
127	NC_014122	CAAA	2	8	605394	605401	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
128	NC_014122	CATA	2	8	605416	605423	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
129	NC_014122	CTTT	2	8	605809	605816	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
130	NC_014122	TGGT	2	8	605837	605844	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
131	NC_014122	AAGA	2	8	605867	605874	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
132	NC_014122	CTAA	2	8	605957	605964	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
133	NC_014122	TTAA	2	8	606101	606108	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_014122	TTAA	2	8	606211	606218	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_014122	AAAT	2	8	606278	606285	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_014122	AACA	2	8	608838	608845	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
137	NC_014122	TTTA	2	8	608864	608871	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_014122	TATT	2	8	620485	620492	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_014122	AAGA	2	8	627633	627640	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
140	NC_014122	AATT	2	8	640356	640363	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_014122	CAAA	2	8	654780	654787	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
142	NC_014122	GGGT	2	8	680632	680639	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
143	NC_014122	CTTA	2	8	686260	686267	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
144	NC_014122	AATA	2	8	686527	686534	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_014122	ATTT	2	8	686548	686555	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_014122	AAAT	2	8	694867	694874	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_014122	ATTT	3	12	701891	701902	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_014122	ACAG	2	8	707505	707512	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
149	NC_014122	CCTT	2	8	713004	713011	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
150	NC_014122	CTGA	2	8	714801	714808	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
151	NC_014122	ATAA	2	8	716571	716578	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
152	NC_014122	AAAT	2	8	716752	716759	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.