MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Burkholderia sp. CCGE1002 plasmid pBC201

Total Repeats: 166

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_014120	ACACGC	2	12	3346	3357	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	295701113
2	NC_014120	ATAGAA	2	12	3617	3628	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
3	NC_014120	CACCGC	2	12	3831	3842	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	295701114
4	NC_014120	GCATCT	2	12	3993	4004	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	295701114
5	NC_014120	GCTTCG	2	12	5936	5947	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	295701117
6	NC_014120	CGACCG	2	12	8739	8750	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	295701120
7	NC_014120	CTTCAC	2	12	12292	12303	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	295701124
8	NC_014120	GCAGGC	2	12	17057	17068	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	295701129
9	NC_014120	TCAGCT	2	12	19107	19118	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	295701131
10	NC_014120	AAAGCG	2	12	22215	22226	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	295701133
11	NC_014120	TGCGGG	3	18	22348	22365	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	295701133
12	NC_014120	GCGCGG	2	12	22377	22388	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	295701133
13	NC_014120	GTTCAC	2	12	22855	22866	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	295701134
14	NC_014120	AATCGA	2	12	24239	24250	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	295701135
15	NC_014120	CCTTGA	2	12	25976	25987	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	295701137
16	NC_014120	CTGCGC	2	12	26388	26399	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	295701137
17	NC_014120	CATTGG	2	12	26741	26752	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	295701138
18	NC_014120	AGACCT	2	12	29162	29173	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	295701141
19	NC_014120	ACTTCG	2	12	29448	29459	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	295701141
20	NC_014120	GGGAGA	2	12	30935	30946	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
21	NC_014120	TGCGGT	2	12	39288	39299	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	295701146
22	NC_014120	ATCACG	2	12	42601	42612	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	295701148
23	NC_014120	TCGCGT	2	12	45702	45713	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	295701151
24	NC_014120	GAACGC	2	12	47597	47608	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	295701152
25	NC_014120	GGCGTT	2	12	55110	55121	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	295701159
26	NC_014120	ATCTGG	2	12	59851	59862	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	295701159
27	NC_014120	TGTGCA	2	12	77362	77373	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
28	NC_014120	GCCGGC	2	12	78998	79009	0 %	0 %	50 %	50 %	295701174
29	NC_014120	GCGCAG	2	12	83612	83623	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	295701177
30	NC_014120	TGCCCG	2	12	84594	84605	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	295701178
31	NC_014120	GGGCGA	2	12	91462	91473	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
32	NC_014120	TCGCTA	2	12	94011	94022	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
33	NC_014120	CGATCG	2	12	97988	97999	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	295701185
34	NC_014120	AGACCA	2	12	101352	101363	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
35	NC_014120	ACGTCA	2	12	101420	101431	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
36	NC_014120	CGCCGG	2	12	103055	103066	0 %	0 %	50 %	50 %	295701187
37	NC_014120	CATCTG	2	12	104238	104249	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	295701187
38	NC_014120	ATCCGC	2	12	109384	109395	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	295701190
39	NC_014120	ATACGA	2	12	111205	111216	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	295701191
40	NC_014120	CCGCAC	2	12	112424	112435	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	295701193
41	NC_014120	CGAATG	2	12	112510	112521	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	295701193
42	NC_014120	GTTGCT	2	12	115880	115891	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	295701197
43	NC_014120	GACGTC	2	12	116894	116905	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	295701197
44	NC_014120	CGCCTG	2	12	130466	130477	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	295701209
45	NC_014120	CATCGA	2	12	136133	136144	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	295701212
46	NC_014120	AGCGCT	2	12	138097	138108	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
47	NC_014120	GAGAAT	2	12	140157	140168	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
48	NC_014120	AAGCGC	2	12	143794	143805	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
49	NC_014120	GTGTCT	2	12	155947	155958	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	295701229
50	NC_014120	GATGCG	2	12	157853	157864	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	295701231
51	NC_014120	GGCATA	2	12	161468	161479	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
52	NC_014120	GGACAT	2	12	164247	164258	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	295701238
53	NC_014120	ATGGCG	2	12	168424	168435	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	295701242
54	NC_014120	GATCGC	2	12	170845	170856	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	295701244
55	NC_014120	GAGCGT	2	12	174658	174669	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	295701247
56	NC_014120	ATGTCG	2	12	178491	178502	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	295701251
57	NC_014120	GCTCAT	2	12	178685	178696	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	295701251
58	NC_014120	CACCGA	2	12	180875	180886	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	295701253
59	NC_014120	CCAGCG	2	12	186088	186099	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	295701257
60	NC_014120	GCCGGC	2	12	186821	186832	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
61	NC_014120	TCAGTA	2	12	191715	191726	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
62	NC_014120	GCCGCA	2	12	192567	192578	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	295701261
63	NC_014120	CGAGCT	2	12	197277	197288	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
64	NC_014120	AGCGCG	2	12	199662	199673	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	295701264
65	NC_014120	CGTTCG	2	12	208341	208352	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
66	NC_014120	GCACCG	2	12	209880	209891	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	295701272
67	NC_014120	GCCAGA	2	12	216408	216419	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
68	NC_014120	TCGCGC	2	12	216795	216806	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
69	NC_014120	CTTCTG	2	12	220123	220134	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	295701279
70	NC_014120	CGACTG	2	12	222255	222266	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	295701280
71	NC_014120	ACGGCA	2	12	224112	224123	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	295701280
72	NC_014120	GTTGCA	2	12	228157	228168	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	295701283
73	NC_014120	GTGCCC	2	12	251184	251195	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
74	NC_014120	CACGAC	2	12	254484	254495	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	295701303
75	NC_014120	ACCTTG	2	12	259758	259769	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	295701304
76	NC_014120	TTACTT	2	12	265445	265456	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
77	NC_014120	GCGCAG	2	12	273655	273666	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	295701311
78	NC_014120	CAGGCG	2	12	278221	278232	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
79	NC_014120	GCCACT	2	12	279846	279857	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	295701313
80	NC_014120	GGCATC	2	12	286344	286355	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
81	NC_014120	CAGTGG	2	12	289539	289550	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	295701321
82	NC_014120	CTTCAA	2	12	291157	291168	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
83	NC_014120	CGGAAG	2	12	291574	291585	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
84	NC_014120	AGCACA	2	12	292971	292982	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
85	NC_014120	GTCGCA	2	12	294822	294833	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
86	NC_014120	AACTGA	2	12	301473	301484	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
87	NC_014120	ATCTCG	2	12	307851	307862	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	295701329
88	NC_014120	TTGTCG	2	12	309275	309286	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	295701331
89	NC_014120	GCATCA	2	12	310901	310912	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
90	NC_014120	ACTGCC	2	12	316227	316238	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
91	NC_014120	GCCGTT	2	12	317682	317693	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	295701335
92	NC_014120	ACCGTA	2	12	319107	319118	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	295701336
93	NC_014120	CACGAC	2	12	319460	319471	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	295701337
94	NC_014120	AGCGCC	2	12	322097	322108	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
95	NC_014120	CACGAC	2	12	324253	324264	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	295701340
96	NC_014120	CCGCGC	2	12	327327	327338	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	295701343
97	NC_014120	TCGGCG	2	12	346002	346013	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	295701359
98	NC_014120	CTTCGG	2	12	350383	350394	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	295701362
99	NC_014120	CGAACG	2	12	351896	351907	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	295701363
100	NC_014120	GAAGAC	2	12	360023	360034	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	295701372
101	NC_014120	CCATCG	2	12	360136	360147	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	295701372
102	NC_014120	CGCAGG	2	12	360361	360372	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	295701372
103	NC_014120	GCCGTC	2	12	360971	360982	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	295701373
104	NC_014120	CCGCGT	2	12	362824	362835	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	295701373
105	NC_014120	TCGAAT	2	12	365075	365086	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	295701375
106	NC_014120	CCGTCA	2	12	365533	365544	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	295701376
107	NC_014120	CTTGCC	2	12	376023	376034	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	295701386
108	NC_014120	GCCGAT	2	12	376458	376469	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	295701386
109	NC_014120	AAAAGC	2	12	378445	378456	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
110	NC_014120	TGCGGG	2	12	379760	379771	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	295701389
111	NC_014120	TGCGCA	2	12	380884	380895	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
112	NC_014120	ACCGTA	2	12	388143	388154	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	295701395
113	NC_014120	CCCTTG	2	12	388676	388687	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	295701396
114	NC_014120	CGGCGT	2	12	389295	389306	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
115	NC_014120	TTCTCG	2	12	396261	396272	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	295701409
116	NC_014120	CGATGT	2	12	396661	396672	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	295701410
117	NC_014120	GCTTGC	2	12	399153	399164	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
118	NC_014120	CGCGCA	2	12	406691	406702	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
119	NC_014120	CGACAA	2	12	406997	407008	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	295701424
120	NC_014120	TCGGGC	2	12	407315	407326	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
121	NC_014120	AACCTG	2	12	414750	414761	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	295701432
122	NC_014120	ATCGCA	2	12	414983	414994	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
123	NC_014120	CCCGCG	2	12	417204	417215	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	295701435
124	NC_014120	GAGGAA	2	12	420535	420546	50 %	0 %	50 %	0 %	295701439
125	NC_014120	GACCTT	2	12	421054	421065	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	295701440
126	NC_014120	GACATA	2	12	422076	422087	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	295701441
127	NC_014120	TGGTCG	2	12	423280	423291	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	295701441
128	NC_014120	GGAACA	2	12	423479	423490	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	295701441
129	NC_014120	ACTCGG	2	12	423869	423880	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	295701441
130	NC_014120	CGCTGG	2	12	424825	424836	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	295701442
131	NC_014120	GCGGCA	2	12	426039	426050	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	295701442
132	NC_014120	CGCGGT	2	12	426949	426960	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	295701443
133	NC_014120	TCCCGG	2	12	427999	428010	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	295701445
134	NC_014120	CGTCAG	2	12	435421	435432	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	295701451
135	NC_014120	TCAGGA	2	12	435845	435856	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	295701452
136	NC_014120	GCGCAT	2	12	437502	437513	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	295701453
137	NC_014120	CGATGT	2	12	438321	438332	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	295701454
138	NC_014120	TCGCCA	2	12	443024	443035	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	295701460
139	NC_014120	CGAGCG	2	12	443768	443779	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	295701461
140	NC_014120	TCGTCT	2	12	445004	445015	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	295701461
141	NC_014120	CCTCGA	2	12	445323	445334	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	295701462
142	NC_014120	GCACGC	2	12	446024	446035	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
143	NC_014120	AACTGC	2	12	451651	451662	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	295701469
144	NC_014120	TCGCAT	2	12	452141	452152	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	295701469
145	NC_014120	CTGGTA	2	12	452924	452935	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	295701470
146	NC_014120	CGAAGG	2	12	455081	455092	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	295701471
147	NC_014120	AGCGAA	2	12	455844	455855	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
148	NC_014120	CGATGC	2	12	456034	456045	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	295701473
149	NC_014120	TTCCTT	2	12	456899	456910	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	295701474
150	NC_014120	GATCGC	2	12	460536	460547	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	295701478
151	NC_014120	GAAAAG	2	12	462878	462889	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
152	NC_014120	GTCGAG	2	12	465561	465572	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	295701484
153	NC_014120	AACGCA	2	12	466920	466931	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	295701487
154	NC_014120	AGAAAA	2	12	467053	467064	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
155	NC_014120	CGAGAC	2	12	469049	469060	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	295701491
156	NC_014120	TTGGGT	2	12	469636	469647	0 %	50 %	50 %	0 %	295701492
157	NC_014120	GGGCAA	2	12	471909	471920	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	295701495
158	NC_014120	GATCAG	2	12	472435	472446	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	295701495
159	NC_014120	ATGTAG	2	12	472505	472516	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	295701495
160	NC_014120	TGACCG	2	12	474400	474411	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	295701498
161	NC_014120	TCGAAG	2	12	475362	475373	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	295701498
162	NC_014120	GCTTCG	2	12	478323	478334	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	295701500
163	NC_014120	CGTGAT	2	12	480987	480998	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	295701503
164	NC_014120	TGGCCA	2	12	482807	482818	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	295701505
165	NC_014120	AGGCCG	2	12	485153	485164	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	295701509
166	NC_014120	GTGCTT	2	12	487841	487852	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	295701512

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.