MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Burkholderia sp. CCGE1002 plasmid pBC201

Total Repeats: 124

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_014120	AGGTG	2	10	3694	3703	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
2	NC_014120	GCTTC	2	10	7989	7998	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
3	NC_014120	GACTT	2	10	11229	11238	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
4	NC_014120	CGGTA	2	10	30559	30568	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
5	NC_014120	TCACC	2	10	30598	30607	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
6	NC_014120	CGGTT	2	10	30912	30921	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
7	NC_014120	CGATC	2	10	33903	33912	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
8	NC_014120	ATCGC	2	10	35493	35502	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
9	NC_014120	CGCGG	2	10	36543	36552	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
10	NC_014120	TACGA	2	10	40831	40840	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
11	NC_014120	GTTTG	2	10	41054	41063	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
12	NC_014120	ACAAA	2	10	66228	66237	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
13	NC_014120	GCCAC	2	10	67856	67865	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
14	NC_014120	AGGCT	2	10	69510	69519	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
15	NC_014120	TCGCG	2	10	70474	70483	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
16	NC_014120	CGGCA	2	10	75602	75611	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
17	NC_014120	TAGTT	2	10	77548	77557	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
18	NC_014120	GACGC	2	10	79535	79544	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
19	NC_014120	ATACG	2	10	80743	80752	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
20	NC_014120	GCTCG	2	10	80913	80922	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
21	NC_014120	AACCC	2	10	84069	84078	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
22	NC_014120	GCTCA	2	10	85550	85559	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
23	NC_014120	TTGGC	2	10	86640	86649	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
24	NC_014120	ACGCC	2	10	87855	87864	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
25	NC_014120	ACGCG	2	10	88369	88378	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
26	NC_014120	CTTCG	2	10	88443	88452	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
27	NC_014120	TGCAC	2	10	91106	91115	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
28	NC_014120	CGTCG	2	10	93062	93071	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
29	NC_014120	GGGCG	2	10	93720	93729	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
30	NC_014120	TGTCG	2	10	94054	94063	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
31	NC_014120	CCAGC	2	10	101107	101116	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
32	NC_014120	CTCAT	2	10	101301	101310	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
33	NC_014120	CGGAC	2	10	101785	101794	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
34	NC_014120	AGCGC	2	10	121085	121094	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
35	NC_014120	TGCAA	2	10	123878	123887	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
36	NC_014120	AATCA	2	10	129086	129095	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
37	NC_014120	CGCTG	2	10	131004	131013	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
38	NC_014120	CCCCA	2	10	132038	132047	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
39	NC_014120	GCCAA	2	10	135118	135127	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
40	NC_014120	GTCTG	2	10	135502	135511	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
41	NC_014120	GTCGC	2	10	141561	141570	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
42	NC_014120	CGACA	2	10	142595	142604	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
43	NC_014120	TTCCG	2	10	142652	142661	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
44	NC_014120	GATCG	2	10	143843	143852	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
45	NC_014120	GGGCG	2	10	144514	144523	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
46	NC_014120	ACACA	2	10	145349	145358	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
47	NC_014120	CGCTG	2	10	145624	145633	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
48	NC_014120	GATGC	2	10	172443	172452	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
49	NC_014120	CCGGT	2	10	172533	172542	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
50	NC_014120	CCTGA	2	10	187168	187177	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
51	NC_014120	GGACA	2	10	187778	187787	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
52	NC_014120	GGGTC	2	10	198332	198341	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
53	NC_014120	TTGTA	2	10	211362	211371	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
54	NC_014120	GAATC	2	10	216484	216493	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
55	NC_014120	GATGC	2	10	216887	216896	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
56	NC_014120	CGGGG	2	10	225047	225056	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
57	NC_014120	GCATC	2	10	225873	225882	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
58	NC_014120	CAGGA	2	10	231292	231301	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
59	NC_014120	TACAG	2	10	232489	232498	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
60	NC_014120	AAGTG	2	10	233761	233770	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
61	NC_014120	CGACG	2	10	233847	233856	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
62	NC_014120	GCGTA	2	10	254198	254207	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
63	NC_014120	CGCTG	2	10	263449	263458	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
64	NC_014120	GAAAC	2	10	265627	265636	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
65	NC_014120	CCTGA	2	10	266081	266090	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
66	NC_014120	AATTC	2	10	269041	269050	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
67	NC_014120	CACTC	2	10	269732	269741	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
68	NC_014120	CCGAA	2	10	270571	270580	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
69	NC_014120	GGGAT	2	10	270805	270814	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
70	NC_014120	CCGTG	2	10	274571	274580	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
71	NC_014120	TCGAA	2	10	278626	278635	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
72	NC_014120	TTATT	2	10	286028	286037	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_014120	CGATC	2	10	286253	286262	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
74	NC_014120	TTCGA	2	10	287501	287510	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
75	NC_014120	CGGTC	2	10	290460	290469	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
76	NC_014120	TCGGA	2	10	290696	290705	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
77	NC_014120	CAGCG	2	10	294896	294905	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
78	NC_014120	AATCG	2	10	296375	296384	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
79	NC_014120	GTCGC	2	10	299831	299840	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
80	NC_014120	TTCGC	2	10	300003	300012	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
81	NC_014120	GAGCG	2	10	301329	301338	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
82	NC_014120	GTCGA	2	10	302360	302369	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
83	NC_014120	ATTCA	2	10	309049	309058	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
84	NC_014120	GCGCG	2	10	309174	309183	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
85	NC_014120	CGAAG	2	10	311339	311348	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
86	NC_014120	AGGAG	2	10	313701	313710	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
87	NC_014120	CACGC	2	10	316099	316108	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
88	NC_014120	TCGCA	2	10	318114	318123	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
89	NC_014120	GTCCG	2	10	318486	318495	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
90	NC_014120	GCGAT	2	10	321589	321598	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
91	NC_014120	GCCGC	2	10	321725	321734	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
92	NC_014120	ATCGG	2	10	323989	323998	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
93	NC_014120	TGCAG	2	10	331384	331393	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
94	NC_014120	ACGCG	2	10	333278	333287	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
95	NC_014120	ACGAT	2	10	338648	338657	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
96	NC_014120	CGGAC	2	10	346562	346571	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
97	NC_014120	ACTTC	2	10	348278	348287	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
98	NC_014120	GCTTC	2	10	349268	349277	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
99	NC_014120	CGGGC	2	10	353743	353752	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
100	NC_014120	AGCTG	2	10	353874	353883	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
101	NC_014120	CCCTC	2	10	370632	370641	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
102	NC_014120	TGTGC	2	10	372863	372872	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
103	NC_014120	CCGCC	2	10	378609	378618	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
104	NC_014120	TCGGG	2	10	379497	379506	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
105	NC_014120	AGTCA	2	10	381248	381257	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
106	NC_014120	CGCAT	2	10	383351	383360	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
107	NC_014120	GCGTC	2	10	385569	385578	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
108	NC_014120	TGCGC	2	10	385665	385674	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
109	NC_014120	GTCCG	2	10	387522	387531	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
110	NC_014120	GCGAC	2	10	388758	388767	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
111	NC_014120	AGCGT	2	10	395894	395903	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
112	NC_014120	CGCTT	2	10	399099	399108	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
113	NC_014120	GCGCC	2	10	400912	400921	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
114	NC_014120	TTGAC	2	10	402996	403005	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
115	NC_014120	ATCGA	2	10	403763	403772	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
116	NC_014120	CTGCT	2	10	405442	405451	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
117	NC_014120	CAACC	2	10	406777	406786	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
118	NC_014120	GCGTG	2	10	407145	407154	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
119	NC_014120	CGGTG	2	10	408827	408836	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
120	NC_014120	CGGCG	3	15	418009	418023	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
121	NC_014120	GATTG	2	10	461763	461772	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
122	NC_014120	GAAAA	2	10	465977	465986	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
123	NC_014120	TGACT	2	10	484142	484151	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
124	NC_014120	TTGAC	2	10	489020	489029	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.