MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Candidatus Riesia pediculicola USDA chromosome

Total Repeats: 268

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_014109	AAATAG	2	12	4002	4013	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
2	NC_014109	TATTTT	2	12	4327	4338	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	295698244
3	NC_014109	GAAATT	2	12	5042	5053	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	295698246
4	NC_014109	TTTTAG	2	12	9387	9398	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	295698250
5	NC_014109	AATTTC	2	12	12589	12600	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	295698253
6	NC_014109	AAAAAT	2	12	13303	13314	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	295698255
7	NC_014109	TCTATT	2	12	13628	13639	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
8	NC_014109	AAAAGA	2	12	23363	23374	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	295698267
9	NC_014109	TTAAAT	2	12	25175	25186	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_014109	TACTTC	2	12	29130	29141	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	295698272
11	NC_014109	TTGAAC	2	12	30496	30507	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
12	NC_014109	TTTCTT	2	12	32333	32344	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	295698276
13	NC_014109	CAATTT	2	12	36298	36309	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
14	NC_014109	TCTTTG	2	12	42582	42593	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	295698283
15	NC_014109	TTGATA	2	12	44030	44041	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	295698285
16	NC_014109	TAATTT	2	12	47213	47224	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	295698287
17	NC_014109	AAAGAC	2	12	53148	53159	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
18	NC_014109	ATCTAT	2	12	55612	55623	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	295698295
19	NC_014109	TAAAAT	2	12	55961	55972	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_014109	ATTTTC	2	12	57281	57292	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
21	NC_014109	ATCTAA	2	12	57992	58003	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
22	NC_014109	ATTCCT	2	12	62142	62153	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	295698299
23	NC_014109	TAGAAA	2	12	62791	62802	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	295698299
24	NC_014109	GTAATT	2	12	65674	65685	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	295698301
25	NC_014109	GATTTT	2	12	66883	66894	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
26	NC_014109	ATTTTT	2	12	67188	67199	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	295698302
27	NC_014109	TTAGTT	2	12	69693	69704	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	295698304
28	NC_014109	AATAAA	2	12	71088	71099	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	295698306
29	NC_014109	ATTTTG	2	12	77986	77997	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
30	NC_014109	ATTGGA	2	12	79492	79503	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	295698312
31	NC_014109	TTTTTC	2	12	80618	80629	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	295698313
32	NC_014109	ATTTTT	2	12	80898	80909	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	295698313
33	NC_014109	ATTCTT	2	12	81641	81652	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	295698315
34	NC_014109	ATTTAA	2	12	82764	82775	50 %	50 %	0 %	0 %	295698316
35	NC_014109	ATTTAA	2	12	84189	84200	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_014109	TGAAAA	2	12	87609	87620	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	295698324
37	NC_014109	TATTTG	2	12	90286	90297	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	295698325
38	NC_014109	CTACAA	2	12	91814	91825	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	295698327
39	NC_014109	TATAGC	2	12	92091	92102	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	295698327
40	NC_014109	TTTTTC	2	12	100082	100093	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	295698333
41	NC_014109	TATCTT	2	12	100755	100766	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
42	NC_014109	TTTTAA	2	12	102073	102084	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	295698336
43	NC_014109	TTTTTC	2	12	105447	105458	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	295698338
44	NC_014109	GTCATA	2	12	108835	108846	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	295698339
45	NC_014109	TAAAAA	2	12	110109	110120	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	295698340
46	NC_014109	ATCTTT	2	12	110769	110780	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	295698340
47	NC_014109	TTATTT	2	12	115095	115106	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	295698345
48	NC_014109	TTGATG	2	12	115787	115798	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
49	NC_014109	GGAGTT	2	12	116118	116129	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
50	NC_014109	TGTTTC	2	12	118647	118658	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	295698347
51	NC_014109	AAAACA	2	12	118834	118845	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	295698347
52	NC_014109	ATATCA	2	12	120304	120315	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	295698348
53	NC_014109	AAAATA	2	12	120505	120516	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	295698348
54	NC_014109	GCTACT	2	12	123711	123722	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	295698350
55	NC_014109	TATAGA	2	12	130975	130986	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	295698359
56	NC_014109	AATTCC	2	12	131377	131388	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	295698359
57	NC_014109	ATTCAA	2	12	134062	134073	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	295698361
58	NC_014109	AAAAAT	2	12	137325	137336	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	295698365
59	NC_014109	TGAATT	2	12	140368	140379	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
60	NC_014109	TCTATA	2	12	141130	141141	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
61	NC_014109	TAATCA	2	12	141966	141977	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
62	NC_014109	TTTAAG	2	12	142128	142139	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
63	NC_014109	TTTCTT	2	12	151127	151138	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	295698376
64	NC_014109	AATTTG	2	12	152953	152964	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	295698377
65	NC_014109	CTAATA	2	12	156197	156208	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	295698381
66	NC_014109	TGAAAA	2	12	158458	158469	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
67	NC_014109	ATTTTC	2	12	159169	159180	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	295698384
68	NC_014109	ATTTTC	2	12	162566	162577	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	295698385
69	NC_014109	TAAAAA	2	12	164296	164307	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_014109	TCTTTT	2	12	170193	170204	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	295698393
71	NC_014109	TCAATT	2	12	170256	170267	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	295698393
72	NC_014109	ATAATG	2	12	171303	171314	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	295698394
73	NC_014109	ATTTTT	2	12	171330	171341	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	295698394
74	NC_014109	TCAAAA	2	12	173087	173098	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	295698395
75	NC_014109	TTTTAA	2	12	178284	178295	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_014109	TTTTTA	2	12	179446	179457	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_014109	ATTGGG	2	12	181208	181219	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	295698405
78	NC_014109	TTCTCT	2	12	187540	187551	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
79	NC_014109	AAATTG	2	12	188080	188091	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
80	NC_014109	TAAAAA	2	12	188212	188223	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_014109	ATGAAA	2	12	190397	190408	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	295698409
82	NC_014109	ATCCAA	2	12	195265	195276	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	295698414
83	NC_014109	AAAATA	2	12	197069	197080	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	295698415
84	NC_014109	TTTTTG	2	12	197243	197254	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	295698415
85	NC_014109	TTATCC	2	12	198617	198628	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	295698416
86	NC_014109	TTAAAG	2	12	199819	199830	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	295698418
87	NC_014109	GATAAA	2	12	199842	199853	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	295698418
88	NC_014109	AATCCA	2	12	202723	202734	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	295698422
89	NC_014109	TTCCAA	2	12	204300	204311	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	295698423
90	NC_014109	TAAAGA	2	12	204346	204357	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	295698423
91	NC_014109	CTAATT	2	12	204995	205006	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	295698423
92	NC_014109	TTTATA	2	12	207691	207702	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	295698426
93	NC_014109	AAAGTT	2	12	208402	208413	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	295698427
94	NC_014109	AATTAA	2	12	209160	209171	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	295698427
95	NC_014109	TCCAAT	2	12	209555	209566	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	295698428
96	NC_014109	AAAATC	2	12	210645	210656	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
97	NC_014109	CTCGAT	2	12	210890	210901	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	295698430
98	NC_014109	AAATCG	2	12	212151	212162	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	295698431
99	NC_014109	AAAGAT	2	12	212232	212243	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	295698431
100	NC_014109	AAATCG	2	12	212844	212855	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	295698432
101	NC_014109	ATTAAA	2	12	213282	213293	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	295698433
102	NC_014109	TTTAGT	2	12	214382	214393	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	295698435
103	NC_014109	GAAAAA	2	12	214629	214640	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	295698435
104	NC_014109	AGAAAA	2	12	219225	219236	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	295698439
105	NC_014109	GGTTCT	2	12	223914	223925	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	295698443
106	NC_014109	TAATTC	2	12	226132	226143	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	295698444
107	NC_014109	GCTTCT	2	12	229149	229160	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	295698449
108	NC_014109	TATAAA	2	12	229292	229303	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	295698449
109	NC_014109	AGAAAA	2	12	231558	231569	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	295698451
110	NC_014109	AAGGAC	2	12	233471	233482	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	295698451
111	NC_014109	TGATAT	2	12	236627	236638	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	295698454
112	NC_014109	AGGAAA	2	12	236675	236686	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	295698454
113	NC_014109	TGGTTT	2	12	240598	240609	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	295698458
114	NC_014109	GCAGGT	2	12	243519	243530	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	295698460
115	NC_014109	AAAATA	2	12	247538	247549	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_014109	TTTCTT	2	12	248742	248753	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	295698464
117	NC_014109	TTTAAA	2	12	255359	255370	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_014109	GAAAAT	2	12	257134	257145	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	295698473
119	NC_014109	TTGAGA	2	12	257877	257888	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	295698474
120	NC_014109	AAAAGA	2	12	261577	261588	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	295698476
121	NC_014109	GAAGAC	2	12	263231	263242	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	295698476
122	NC_014109	AATTTG	2	12	263626	263637	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	295698477
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.