MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Candidatus Riesia pediculicola USDA chromosome

Total Repeats: 487

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_014109	ATGT	2	8	276	283	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
2	NC_014109	AACT	2	8	320	327	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
3	NC_014109	TCAA	2	8	622	629	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
4	NC_014109	TAAA	2	8	1349	1356	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_014109	TCAA	2	8	1589	1596	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
6	NC_014109	GATC	2	8	1799	1806	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
7	NC_014109	AGAT	2	8	1829	1836	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
8	NC_014109	TAGG	2	8	1845	1852	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
9	NC_014109	GATC	2	8	3781	3788	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
10	NC_014109	TTGA	2	8	3923	3930	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
11	NC_014109	AAAT	2	8	4081	4088	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_014109	TCAG	2	8	6812	6819	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
13	NC_014109	TAAA	2	8	7847	7854	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_014109	ATCA	2	8	7860	7867	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
15	NC_014109	AAAT	2	8	8650	8657	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_014109	TGAT	2	8	9775	9782	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
17	NC_014109	TTTA	2	8	9788	9795	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_014109	CTGA	2	8	10823	10830	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
19	NC_014109	ATTT	2	8	13554	13561	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_014109	ATCA	2	8	13711	13718	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
21	NC_014109	CCTA	2	8	15791	15798	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
22	NC_014109	TATC	2	8	15806	15813	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
23	NC_014109	GATC	2	8	15837	15844	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
24	NC_014109	TTGA	2	8	16047	16054	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
25	NC_014109	TTTA	2	8	16287	16294	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_014109	ATTG	2	8	17016	17023	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
27	NC_014109	AGTT	2	8	17319	17326	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
28	NC_014109	CATA	2	8	17364	17371	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
29	NC_014109	GAAA	2	8	19334	19341	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
30	NC_014109	AAGA	3	12	20839	20850	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
31	NC_014109	TAAA	2	8	20953	20960	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_014109	ATTT	2	8	21145	21152	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_014109	GTAA	2	8	21407	21414	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
34	NC_014109	TTAA	2	8	22494	22501	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_014109	ATGA	2	8	24134	24141	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
36	NC_014109	AACT	2	8	25036	25043	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
37	NC_014109	TTAA	2	8	25139	25146	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_014109	GATG	2	8	25203	25210	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
39	NC_014109	TAAA	2	8	27272	27279	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_014109	TATT	2	8	27283	27290	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_014109	AAAT	2	8	28465	28472	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_014109	ATTC	2	8	28496	28503	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
43	NC_014109	ATCT	2	8	28540	28547	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
44	NC_014109	TAAA	2	8	33300	33307	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_014109	CTAA	2	8	33385	33392	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
46	NC_014109	AATC	2	8	33402	33409	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
47	NC_014109	TGAA	2	8	33451	33458	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
48	NC_014109	ATTA	2	8	35045	35052	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_014109	ATAA	2	8	35217	35224	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_014109	AGAT	2	8	35314	35321	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
51	NC_014109	TCAA	2	8	35409	35416	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
52	NC_014109	AAGT	2	8	35549	35556	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
53	NC_014109	CTAC	2	8	36080	36087	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
54	NC_014109	CAGC	2	8	36552	36559	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
55	NC_014109	CTTT	2	8	37226	37233	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
56	NC_014109	TCGC	2	8	38061	38068	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
57	NC_014109	TATT	2	8	38150	38157	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_014109	TTAT	2	8	38296	38303	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_014109	ATTT	2	8	38542	38549	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_014109	GCTC	2	8	38941	38948	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
61	NC_014109	TCCT	2	8	39035	39042	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
62	NC_014109	CCGA	2	8	39075	39082	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
63	NC_014109	AATT	2	8	40475	40482	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_014109	GATC	2	8	40545	40552	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
65	NC_014109	ATTA	2	8	41603	41610	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_014109	AATG	2	8	42133	42140	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
67	NC_014109	TAAA	2	8	44990	44997	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_014109	TCAT	2	8	47689	47696	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
69	NC_014109	CTTT	2	8	47785	47792	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
70	NC_014109	TTCG	2	8	48024	48031	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
71	NC_014109	CTTC	2	8	48107	48114	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
72	NC_014109	GAAT	2	8	51116	51123	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
73	NC_014109	AGTT	2	8	53874	53881	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
74	NC_014109	TAAA	2	8	54367	54374	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_014109	AATG	2	8	56885	56892	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
76	NC_014109	CATA	2	8	57565	57572	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
77	NC_014109	ATTG	2	8	57573	57580	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
78	NC_014109	AAAT	2	8	57611	57618	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_014109	GATT	2	8	57639	57646	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
80	NC_014109	TTTA	2	8	57703	57710	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_014109	GATC	2	8	58209	58216	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
82	NC_014109	TTAA	2	8	58683	58690	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_014109	TTAA	2	8	63939	63946	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_014109	TTAT	2	8	63968	63975	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_014109	ATTT	2	8	66614	66621	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_014109	TTAA	2	8	66765	66772	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_014109	ACTT	2	8	66975	66982	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
88	NC_014109	GAAG	2	8	66983	66990	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
89	NC_014109	AGAA	2	8	67346	67353	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
90	NC_014109	CTTT	2	8	71729	71736	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
91	NC_014109	ATTT	2	8	72369	72376	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_014109	AAAG	2	8	72693	72700	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
93	NC_014109	TAAA	2	8	76017	76024	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_014109	TAAT	2	8	76167	76174	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_014109	TTAA	2	8	81255	81262	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_014109	ATTT	2	8	81923	81930	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_014109	TAAA	2	8	83138	83145	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_014109	ATCA	2	8	83195	83202	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
99	NC_014109	TTTA	2	8	83814	83821	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_014109	GTAT	2	8	84242	84249	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
101	NC_014109	TTAA	2	8	87334	87341	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_014109	TAAA	2	8	92440	92447	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_014109	AATA	2	8	93770	93777	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_014109	AAAT	2	8	93788	93795	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_014109	TTAT	2	8	95317	95324	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_014109	TCAC	2	8	100210	100217	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
107	NC_014109	ATCT	2	8	100446	100453	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
108	NC_014109	ATAC	2	8	102873	102880	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
109	NC_014109	CTTT	2	8	105955	105962	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
110	NC_014109	GAAA	2	8	106049	106056	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
111	NC_014109	TAAA	2	8	106384	106391	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_014109	TAAA	2	8	106691	106698	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_014109	TCAA	2	8	106844	106851	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
114	NC_014109	AAAT	2	8	106859	106866	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_014109	CAAT	2	8	112479	112486	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
116	NC_014109	AATT	2	8	112552	112559	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_014109	ATTT	2	8	112702	112709	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_014109	AATG	2	8	113787	113794	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
119	NC_014109	CTAA	2	8	115325	115332	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
120	NC_014109	AACT	2	8	115510	115517	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
121	NC_014109	AGAA	2	8	116532	116539	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
122	NC_014109	AGAA	2	8	116557	116564	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
123	NC_014109	GAAT	2	8	116788	116795	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
124	NC_014109	AATC	2	8	116919	116926	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
125	NC_014109	TCTT	2	8	116975	116982	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
126	NC_014109	ATTA	2	8	117216	117223	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_014109	ATTT	2	8	120888	120895	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_014109	ATTT	2	8	123004	123011	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_014109	ATTA	2	8	123116	123123	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_014109	ATTA	3	12	124340	124351	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_014109	AAAC	2	8	125226	125233	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
132	NC_014109	ATTC	2	8	127281	127288	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
133	NC_014109	AAAG	2	8	130367	130374	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
134	NC_014109	TAAA	2	8	134148	134155	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_014109	TCTT	2	8	136389	136396	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
136	NC_014109	ATTT	2	8	139150	139157	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_014109	TAAA	2	8	139988	139995	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_014109	GTTT	2	8	140108	140115	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
139	NC_014109	TATT	2	8	140198	140205	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_014109	AATT	2	8	140438	140445	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_014109	AACT	2	8	140502	140509	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
142	NC_014109	TTTA	2	8	140801	140808	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_014109	ATTT	2	8	140921	140928	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_014109	ATTA	2	8	140982	140989	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_014109	ATGA	2	8	141118	141125	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
146	NC_014109	ATCT	2	8	141169	141176	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
147	NC_014109	TTTA	2	8	141202	141209	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_014109	TAAA	2	8	141240	141247	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_014109	TAAT	2	8	142151	142158	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
150	NC_014109	ATTT	2	8	142260	142267	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
151	NC_014109	AGAA	2	8	142376	142383	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
152	NC_014109	GAAA	2	8	142736	142743	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
153	NC_014109	TTAA	2	8	146768	146775	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
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155	NC_014109	AAAT	2	8	151985	151992	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.