MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Lactobacillus crispatus ST1

Total Repeats: 331

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_014106	AGGAA	2	10	9245	9254	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
2	NC_014106	AGGAC	2	10	10070	10079	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
3	NC_014106	AGCCT	2	10	23187	23196	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
4	NC_014106	TTATA	2	10	26680	26689	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_014106	TAATA	2	10	35684	35693	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_014106	GAATC	2	10	37345	37354	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
7	NC_014106	GATTC	2	10	37360	37369	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
8	NC_014106	CTTAA	2	10	37400	37409	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
9	NC_014106	AAAAC	2	10	40256	40265	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
10	NC_014106	AAAAG	2	10	45665	45674	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
11	NC_014106	GAAAA	2	10	47958	47967	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
12	NC_014106	TTTAA	2	10	62026	62035	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_014106	TCGTG	2	10	63609	63618	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
14	NC_014106	GGCAG	2	10	64008	64017	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
15	NC_014106	AAAAT	2	10	64328	64337	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_014106	GAGAA	2	10	64515	64524	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
17	NC_014106	AAGGC	2	10	65917	65926	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
18	NC_014106	TTGAA	2	10	66427	66436	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
19	NC_014106	GCCAG	2	10	66759	66768	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
20	NC_014106	AGGAA	2	10	67611	67620	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
21	NC_014106	ATTTT	2	10	74250	74259	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_014106	ATTTA	2	10	86611	86620	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_014106	AACCA	2	10	92872	92881	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
24	NC_014106	AACTT	2	10	101448	101457	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
25	NC_014106	TTGTT	2	10	104649	104658	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
26	NC_014106	ATTTT	2	10	113010	113019	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_014106	GTAAA	2	10	117165	117174	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
28	NC_014106	TAGTA	2	10	117330	117339	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
29	NC_014106	TTATA	2	10	135810	135819	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_014106	AATTA	2	10	135886	135895	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_014106	CTAGA	2	10	161337	161346	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
32	NC_014106	GTCCA	2	10	174939	174948	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
33	NC_014106	ATTAG	2	10	175854	175863	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
34	NC_014106	TGATT	2	10	178666	178675	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
35	NC_014106	TATCT	2	10	178794	178803	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
36	NC_014106	CTTTT	2	10	181450	181459	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
37	NC_014106	ATGGG	2	10	182770	182779	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
38	NC_014106	ATTAT	2	10	192096	192105	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_014106	TTATT	2	10	200787	200796	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_014106	TACTT	2	10	200984	200993	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
41	NC_014106	GCAAA	2	10	203692	203701	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
42	NC_014106	AGTAA	2	10	207337	207346	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
43	NC_014106	ATAAA	2	10	208668	208677	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_014106	TAAAA	2	10	222098	222107	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_014106	ATTTT	2	10	234638	234647	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_014106	AAAAG	2	10	240395	240404	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
47	NC_014106	TACAT	2	10	251544	251553	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
48	NC_014106	TGAAG	2	10	251718	251727	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
49	NC_014106	TTAAG	2	10	256824	256833	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
50	NC_014106	TTTTG	2	10	261296	261305	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
51	NC_014106	TTTAA	2	10	297119	297128	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_014106	AAAAG	2	10	302309	302318	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
53	NC_014106	TAGTA	2	10	333684	333693	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
54	NC_014106	CTTTT	2	10	336455	336464	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
55	NC_014106	AGGAA	2	10	338377	338386	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
56	NC_014106	TAAAA	2	10	348782	348791	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_014106	TATAA	2	10	411369	411378	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_014106	CAAAA	2	10	416363	416372	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
59	NC_014106	AAAAG	2	10	418204	418213	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
60	NC_014106	TCGTG	2	10	428991	429000	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
61	NC_014106	GGCAG	2	10	429390	429399	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
62	NC_014106	AAAAT	2	10	429710	429719	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_014106	GAGAA	2	10	429897	429906	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
64	NC_014106	AAGGC	2	10	431299	431308	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
65	NC_014106	TTGAA	2	10	431809	431818	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
66	NC_014106	GCCAG	2	10	432141	432150	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
67	NC_014106	AGGAA	2	10	432993	433002	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
68	NC_014106	CATTT	2	10	434144	434153	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
69	NC_014106	AATTT	2	10	435243	435252	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_014106	TCGTG	2	10	446541	446550	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
71	NC_014106	GGCAG	2	10	446940	446949	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
72	NC_014106	GAGAA	2	10	447197	447206	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
73	NC_014106	AAGGC	2	10	448599	448608	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
74	NC_014106	TTGAA	2	10	449109	449118	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
75	NC_014106	GCCAG	2	10	449441	449450	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
76	NC_014106	AGGAA	2	10	450293	450302	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
77	NC_014106	ATTCA	2	10	450504	450513	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
78	NC_014106	AGGCA	2	10	450563	450572	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
79	NC_014106	AATAG	2	10	463919	463928	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
80	NC_014106	TAATA	2	10	469358	469367	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_014106	AAATT	2	10	472611	472620	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_014106	GAAAG	2	10	482130	482139	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
83	NC_014106	AAGAA	2	10	483867	483876	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
84	NC_014106	AAAAT	2	10	504726	504735	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_014106	AATGT	2	10	505722	505731	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
86	NC_014106	AGGGT	2	10	505779	505788	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
87	NC_014106	GAAAG	2	10	505931	505940	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
88	NC_014106	ATTTG	2	10	509703	509712	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
89	NC_014106	TTTTG	2	10	511671	511680	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
90	NC_014106	TAGAA	2	10	516076	516085	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
91	NC_014106	TTTTC	2	10	547155	547164	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
92	NC_014106	AAGAT	2	10	549288	549297	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
93	NC_014106	AAATA	2	10	549312	549321	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_014106	ATTAT	2	10	558124	558133	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_014106	ATTAG	2	10	560135	560144	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
96	NC_014106	TAAAA	2	10	560901	560910	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_014106	ATTTT	2	10	570648	570657	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_014106	ATTAA	2	10	570714	570723	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_014106	CTTTA	2	10	580090	580099	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
100	NC_014106	AAAGA	2	10	586409	586418	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
101	NC_014106	TTTTA	2	10	590667	590676	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_014106	GGAAA	2	10	593692	593701	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
103	NC_014106	ATTAG	2	10	594425	594434	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
104	NC_014106	TAAAT	2	10	606145	606154	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_014106	GGAAA	2	10	610542	610551	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
106	NC_014106	GTTTC	2	10	610567	610576	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
107	NC_014106	ATGAA	2	10	610577	610586	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
108	NC_014106	ATGAA	2	10	610752	610761	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
109	NC_014106	AAGCT	2	10	614883	614892	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
110	NC_014106	ATTGA	2	10	617471	617480	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
111	NC_014106	AAATT	2	10	618152	618161	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_014106	GTTTT	2	10	630571	630580	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
113	NC_014106	TTTAT	2	10	647173	647182	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_014106	ATTAT	2	10	652011	652020	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_014106	TTTTA	2	10	655141	655150	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_014106	ATTCA	2	10	663101	663110	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
117	NC_014106	AATAA	2	10	684696	684705	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_014106	TATAA	2	10	701253	701262	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_014106	AATTT	2	10	704545	704554	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_014106	TGAAT	2	10	711690	711699	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
121	NC_014106	AAGGA	2	10	715222	715231	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
122	NC_014106	ATTAA	2	10	717917	717926	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_014106	TAAAA	2	10	720774	720783	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_014106	GAATA	2	10	738368	738377	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
125	NC_014106	TTATG	2	10	749212	749221	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
126	NC_014106	AAAAT	2	10	780889	780898	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_014106	ATTAT	2	10	795274	795283	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_014106	CTTTG	2	10	796956	796965	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
129	NC_014106	TTTTA	2	10	798127	798136	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_014106	TAAAA	2	10	850700	850709	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_014106	TTTTG	2	10	852949	852958	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
132	NC_014106	ATTTT	2	10	883211	883220	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_014106	TAAAA	2	10	888131	888140	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_014106	TAAAA	2	10	891441	891450	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_014106	ACAAA	2	10	900497	900506	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
136	NC_014106	GTAAA	2	10	901510	901519	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
137	NC_014106	CATAC	2	10	904176	904185	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
138	NC_014106	ATTTT	2	10	907138	907147	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_014106	AAGTT	2	10	908400	908409	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
140	NC_014106	TAGAA	2	10	908972	908981	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
141	NC_014106	CTTTT	2	10	912070	912079	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
142	NC_014106	AATTC	2	10	915750	915759	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
143	NC_014106	CTCTA	2	10	932710	932719	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
144	NC_014106	TAATA	2	10	936407	936416	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_014106	TAAAT	2	10	939204	939213	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_014106	ATGAA	2	10	941791	941800	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
147	NC_014106	ATTAA	2	10	942662	942671	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_014106	CTTAA	2	10	944070	944079	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
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331	NC_014106	ATTTT	2	10	2031179	2031188	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.