MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Rhodobacter capsulatus SB 1003 plasmid pRCB133

Total Repeats: 82

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_014035	AGATCG	2	12	513	524	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	294679056
2	NC_014035	CGAGGC	2	12	1092	1103	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	294679057
3	NC_014035	ATCTCG	2	12	2161	2172	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	294679058
4	NC_014035	CCTCGG	2	12	2804	2815	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	294679059
5	NC_014035	CGCTGG	2	12	3467	3478	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	294679060
6	NC_014035	CGGGAT	2	12	5227	5238	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	294679062
7	NC_014035	CATAGC	2	12	8019	8030	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	294679064
8	NC_014035	GTGGCG	2	12	9191	9202	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	294679066
9	NC_014035	GAACAG	2	12	10056	10067	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	294679067
10	NC_014035	CGAGAC	2	12	11355	11366	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	294679068
11	NC_014035	GGTATT	2	12	12710	12721	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	294679071
12	NC_014035	GCGACC	2	12	16162	16173	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	294679076
13	NC_014035	CTGAAC	2	12	19737	19748	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	294679083
14	NC_014035	TCGGCT	2	12	23459	23470	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	294679090
15	NC_014035	TGGATG	2	12	23620	23631	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	294679091
16	NC_014035	GCTCGG	2	12	23774	23785	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	294679091
17	NC_014035	CAAGGG	2	12	24023	24034	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	294679091
18	NC_014035	GCACCG	2	12	24574	24585	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	294679092
19	NC_014035	ATCGGC	2	12	25159	25170	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	294679093
20	NC_014035	GCACGA	2	12	25566	25577	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	294679093
21	NC_014035	AACCGC	2	12	28337	28348	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	294679097
22	NC_014035	GGCCTC	2	12	28519	28530	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	294679097
23	NC_014035	CACCGC	2	12	30500	30511	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	294679100
24	NC_014035	GCCAAG	2	12	31678	31689	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	294679101
25	NC_014035	CGGCCG	2	12	32703	32714	0 %	0 %	50 %	50 %	294679102
26	NC_014035	CCAGCC	2	12	32895	32906	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	294679102
27	NC_014035	GACAGC	2	12	34745	34756	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	294679104
28	NC_014035	GAAGGT	2	12	42151	42162	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	294679111
29	NC_014035	GCGCCA	2	12	43190	43201	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	294679112
30	NC_014035	GGCTGG	2	12	45614	45625	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	294679114
31	NC_014035	GGTGCA	2	12	49137	49148	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	294679116
32	NC_014035	GATCAG	2	12	51395	51406	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	294679119
33	NC_014035	GGTCGG	2	12	53398	53409	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	294679121
34	NC_014035	GCGATG	2	12	54218	54229	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	294679121
35	NC_014035	TCAGCG	2	12	55309	55320	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	294679123
36	NC_014035	CGCCAG	2	12	55508	55519	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	294679123
37	NC_014035	CGGGCG	2	12	55683	55694	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	294679123
38	NC_014035	TCGGCC	2	12	59716	59727	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	294679128
39	NC_014035	GTTCCG	2	12	60173	60184	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	294679128
40	NC_014035	CACGGC	2	12	62634	62645	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	294679129
41	NC_014035	ATCACC	2	12	63010	63021	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	294679129
42	NC_014035	CGGTGG	2	12	65643	65654	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	294679133
43	NC_014035	GCGGGC	2	12	66100	66111	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	294679133
44	NC_014035	AGCCGC	2	12	66141	66152	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	294679134
45	NC_014035	GATCCA	2	12	67111	67122	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	294679136
46	NC_014035	CCAGGC	2	12	67774	67785	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	294679136
47	NC_014035	GCGGGG	2	12	68464	68475	0 %	0 %	83.33 %	16.67 %	294679138
48	NC_014035	CATCGT	2	12	73675	73686	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	294679144
49	NC_014035	GCCTGC	2	12	74346	74357	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	294679144
50	NC_014035	CAAGAC	2	12	75500	75511	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	294679145
51	NC_014035	GCCTCG	2	12	81351	81362	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	294679150
52	NC_014035	AAGGAT	2	12	82042	82053	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	294679151
53	NC_014035	CTGGTG	2	12	85127	85138	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	294679156
54	NC_014035	TCGGCA	2	12	85416	85427	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	294679156
55	NC_014035	GTCGGG	2	12	86063	86074	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	294679157
56	NC_014035	CAGGAT	2	12	88620	88631	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	294679160
57	NC_014035	GCCCGC	2	12	89316	89327	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	294679160
58	NC_014035	TCTCGA	2	12	89840	89851	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	294679160
59	NC_014035	GGCCAG	2	12	91279	91290	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	294679162
60	NC_014035	CGCCCC	2	12	91636	91647	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	294679162
61	NC_014035	CGCCAG	2	12	92146	92157	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	294679162
62	NC_014035	CGCCAG	3	18	92269	92286	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	294679162
63	NC_014035	TCCAGC	2	12	94155	94166	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	294679164
64	NC_014035	CAGCCG	2	12	96106	96117	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	294679165
65	NC_014035	ATCTGG	2	12	97875	97886	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	294679166
66	NC_014035	CAGCGC	3	18	103595	103612	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	294679172
67	NC_014035	CAGCGC	2	12	103886	103897	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	294679172
68	NC_014035	GCCAGC	2	12	108608	108619	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	294679179
69	NC_014035	TCTTCG	2	12	110268	110279	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	294679181
70	NC_014035	GATGCC	2	12	112401	112412	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	294679183
71	NC_014035	CGGCGA	2	12	112556	112567	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	294679183
72	NC_014035	GACCGC	2	12	113702	113713	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	294679184
73	NC_014035	GCCTCG	2	12	114637	114648	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	294679186
74	NC_014035	CTTGAG	2	12	115817	115828	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	294679188
75	NC_014035	GGCCAG	2	12	120322	120333	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	294679192
76	NC_014035	TCGGCG	2	12	124116	124127	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	294679197
77	NC_014035	CGATCG	2	12	127131	127142	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	294679200
78	NC_014035	ATCTGC	2	12	127908	127919	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	294679200
79	NC_014035	TGGGCG	2	12	128282	128293	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	294679201
80	NC_014035	CCCTGC	2	12	128357	128368	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	294679201
81	NC_014035	CCTTGG	2	12	130746	130757	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	294679203
82	NC_014035	GCACCG	2	12	131219	131230	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	294679203

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.