MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Yersinia pestis Z176003 plasmid pMT1

Total Repeats: 53

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_014022	GTTCG	2	10	426	435	0 %	40 %	40 %	20 %	294501993
2	NC_014022	AAGGT	2	10	775	784	40 %	20 %	40 %	0 %	294501993
3	NC_014022	AGCGC	2	10	1175	1184	20 %	0 %	40 %	40 %	294501994
4	NC_014022	TCAAA	2	10	1813	1822	60 %	20 %	0 %	20 %	294501994
5	NC_014022	CAGAG	2	10	7499	7508	40 %	0 %	40 %	20 %	294501998
6	NC_014022	TTGTC	2	10	7897	7906	0 %	60 %	20 %	20 %	294501998
7	NC_014022	TGCGC	2	10	13799	13808	0 %	20 %	40 %	40 %	294502003
8	NC_014022	GGATG	2	10	18771	18780	20 %	20 %	60 %	0 %	294502004
9	NC_014022	ACCAG	2	10	19128	19137	40 %	0 %	20 %	40 %	294502005
10	NC_014022	TGAAC	2	10	19339	19348	40 %	20 %	20 %	20 %	294502005
11	NC_014022	CGGTA	2	10	21232	21241	20 %	20 %	40 %	20 %	294502009
12	NC_014022	CGACA	2	10	21800	21809	40 %	0 %	20 %	40 %	294502009
13	NC_014022	CGGCA	2	10	23047	23056	20 %	0 %	40 %	40 %	294502011
14	NC_014022	AGTGC	2	10	27456	27465	20 %	20 %	40 %	20 %	294502015
15	NC_014022	CTTCG	2	10	28389	28398	0 %	40 %	20 %	40 %	294502016
16	NC_014022	CGGAA	2	10	29273	29282	40 %	0 %	40 %	20 %	294502017
17	NC_014022	AACGG	2	10	29481	29490	40 %	0 %	40 %	20 %	294502017
18	NC_014022	TGCCC	2	10	34654	34663	0 %	20 %	20 %	60 %	294502023
19	NC_014022	AAATT	2	10	35793	35802	60 %	40 %	0 %	0 %	294502024
20	NC_014022	ATTTT	2	10	36025	36034	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_014022	TGTCG	2	10	36496	36505	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
22	NC_014022	CCCCT	2	10	36905	36914	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
23	NC_014022	TCCCC	2	10	37053	37062	0 %	20 %	0 %	80 %	294502025
24	NC_014022	GACTG	2	10	39057	39066	20 %	20 %	40 %	20 %	294502027
25	NC_014022	CATTG	2	10	39745	39754	20 %	40 %	20 %	20 %	294502028
26	NC_014022	CGTCA	2	10	43479	43488	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
27	NC_014022	ACGTA	2	10	45547	45556	40 %	20 %	20 %	20 %	294502032
28	NC_014022	ACTTA	2	10	47216	47225	40 %	40 %	0 %	20 %	294502033
29	NC_014022	CAGCG	2	10	49603	49612	20 %	0 %	40 %	40 %	294502035
30	NC_014022	CCATT	2	10	50205	50214	20 %	40 %	0 %	40 %	294502037
31	NC_014022	GGGGT	2	10	55285	55294	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
32	NC_014022	GCTGC	2	10	55526	55535	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
33	NC_014022	GCGAT	2	10	55834	55843	20 %	20 %	40 %	20 %	294502042
34	NC_014022	CGCAG	2	10	58925	58934	20 %	0 %	40 %	40 %	294502044
35	NC_014022	GAAGA	2	10	61167	61176	60 %	0 %	40 %	0 %	294502045
36	NC_014022	TGAAC	2	10	62511	62520	40 %	20 %	20 %	20 %	294502046
37	NC_014022	ATCAG	2	10	65117	65126	40 %	20 %	20 %	20 %	294502047
38	NC_014022	AATTG	2	10	68644	68653	40 %	40 %	20 %	0 %	294502050
39	NC_014022	TAAAA	2	10	69721	69730	80 %	20 %	0 %	0 %	294502050
40	NC_014022	GGAAT	2	10	72385	72394	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
41	NC_014022	AACAA	2	10	76716	76725	80 %	0 %	0 %	20 %	294502056
42	NC_014022	GGTAA	2	10	79724	79733	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
43	NC_014022	CCGTT	2	10	80285	80294	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
44	NC_014022	AAAGA	2	10	83396	83405	80 %	0 %	20 %	0 %	294502061
45	NC_014022	CGCTT	2	10	86075	86084	0 %	40 %	20 %	40 %	294502063
46	NC_014022	TGATT	2	10	86489	86498	20 %	60 %	20 %	0 %	294502063
47	NC_014022	CTGCG	2	10	88020	88029	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
48	NC_014022	GGAAT	2	10	89143	89152	40 %	20 %	40 %	0 %	294502065
49	NC_014022	CTCTA	2	10	90419	90428	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
50	NC_014022	TGTCG	2	10	90624	90633	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
51	NC_014022	CTGTC	2	10	91434	91443	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
52	NC_014022	CCTCG	2	10	92579	92588	0 %	20 %	20 %	60 %	294502068
53	NC_014022	ACGGC	2	10	93016	93025	20 %	0 %	40 %	40 %	294502068

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.