MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Repeats of Yersinia pestis Z176003 plasmid pMT1

Total Repeats: 237

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_014022	AACG	2	8	4	11	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
2	NC_014022	TCGC	2	8	328	335	0 %	25 %	25 %	50 %	294501993
3	NC_014022	CATT	2	8	382	389	25 %	50 %	0 %	25 %	294501993
4	NC_014022	GCTG	2	8	895	902	0 %	25 %	50 %	25 %	294501993
5	NC_014022	CTCA	2	8	1390	1397	25 %	25 %	0 %	50 %	294501994
6	NC_014022	TCAG	2	8	1641	1648	25 %	25 %	25 %	25 %	294501994
7	NC_014022	CAGA	2	8	1840	1847	50 %	0 %	25 %	25 %	294501994
8	NC_014022	CTAC	3	12	2009	2020	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
9	NC_014022	TTTA	2	8	2021	2028	25 %	75 %	0 %	0 %	294501995
10	NC_014022	CCAA	2	8	2710	2717	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
11	NC_014022	TGAG	2	8	3064	3071	25 %	25 %	50 %	0 %	294501996
12	NC_014022	GGTT	2	8	3400	3407	0 %	50 %	50 %	0 %	294501996
13	NC_014022	AGCC	2	8	4173	4180	25 %	0 %	25 %	50 %	294501996
14	NC_014022	TCCA	2	8	4258	4265	25 %	25 %	0 %	50 %	294501996
15	NC_014022	CTAT	2	8	4481	4488	25 %	50 %	0 %	25 %	294501996
16	NC_014022	CTTC	2	8	5613	5620	0 %	50 %	0 %	50 %	294501996
17	NC_014022	ACTT	2	8	5867	5874	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
18	NC_014022	AAAG	2	8	5889	5896	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
19	NC_014022	TCGT	2	8	5997	6004	0 %	50 %	25 %	25 %	294501997
20	NC_014022	ATTA	2	8	6246	6253	50 %	50 %	0 %	0 %	294501997
21	NC_014022	TTCA	2	8	6566	6573	25 %	50 %	0 %	25 %	294501998
22	NC_014022	GATT	2	8	6666	6673	25 %	50 %	25 %	0 %	294501998
23	NC_014022	CTGC	2	8	7029	7036	0 %	25 %	25 %	50 %	294501998
24	NC_014022	CTGC	2	8	7189	7196	0 %	25 %	25 %	50 %	294501998
25	NC_014022	TGTT	2	8	8550	8557	0 %	75 %	25 %	0 %	294501998
26	NC_014022	CAAC	2	8	8800	8807	50 %	0 %	0 %	50 %	294501998
27	NC_014022	TTGA	2	8	9174	9181	25 %	50 %	25 %	0 %	294501998
28	NC_014022	ACGC	2	8	9380	9387	25 %	0 %	25 %	50 %	294501998
29	NC_014022	AAGG	2	8	9680	9687	50 %	0 %	50 %	0 %	294501998
30	NC_014022	TGCG	2	8	9730	9737	0 %	25 %	50 %	25 %	294501998
31	NC_014022	GACG	2	8	9909	9916	25 %	0 %	50 %	25 %	294501998
32	NC_014022	CAGG	2	8	10266	10273	25 %	0 %	50 %	25 %	294501998
33	NC_014022	ACGA	2	8	10381	10388	50 %	0 %	25 %	25 %	294501998
34	NC_014022	CCAC	2	8	10489	10496	25 %	0 %	0 %	75 %	294501998
35	NC_014022	TGAC	2	8	10846	10853	25 %	25 %	25 %	25 %	294501998
36	NC_014022	CTGC	2	8	11326	11333	0 %	25 %	25 %	50 %	294501999
37	NC_014022	ACCA	2	8	11467	11474	50 %	0 %	0 %	50 %	294501999
38	NC_014022	AACT	2	8	11762	11769	50 %	25 %	0 %	25 %	294501999
39	NC_014022	TGAA	2	8	11939	11946	50 %	25 %	25 %	0 %	294502000
40	NC_014022	TTCG	2	8	12478	12485	0 %	50 %	25 %	25 %	294502000
41	NC_014022	AGAT	2	8	12506	12513	50 %	25 %	25 %	0 %	294502000
42	NC_014022	GCGT	2	8	12620	12627	0 %	25 %	50 %	25 %	294502001
43	NC_014022	AGTC	2	8	13663	13670	25 %	25 %	25 %	25 %	294502002
44	NC_014022	GTTA	2	8	13718	13725	25 %	50 %	25 %	0 %	294502003
45	NC_014022	GTTG	2	8	14421	14428	0 %	50 %	50 %	0 %	294502003
46	NC_014022	TGCC	2	8	14867	14874	0 %	25 %	25 %	50 %	294502003
47	NC_014022	GCCG	2	8	15309	15316	0 %	0 %	50 %	50 %	294502003
48	NC_014022	CTTC	2	8	15338	15345	0 %	50 %	0 %	50 %	294502003
49	NC_014022	AGCC	2	8	16779	16786	25 %	0 %	25 %	50 %	294502003
50	NC_014022	CGAA	2	8	16847	16854	50 %	0 %	25 %	25 %	294502003
51	NC_014022	AAGC	2	8	16880	16887	50 %	0 %	25 %	25 %	294502003
52	NC_014022	CGCA	2	8	17025	17032	25 %	0 %	25 %	50 %	294502003
53	NC_014022	CAAG	2	8	17555	17562	50 %	0 %	25 %	25 %	294502003
54	NC_014022	CGCC	2	8	17608	17615	0 %	0 %	25 %	75 %	294502003
55	NC_014022	CATC	2	8	17729	17736	25 %	25 %	0 %	50 %	294502003
56	NC_014022	CCCG	2	8	18226	18233	0 %	0 %	25 %	75 %	294502003
57	NC_014022	GCGA	2	8	18463	18470	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
58	NC_014022	CGCA	2	8	18496	18503	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
59	NC_014022	CAGT	2	8	18740	18747	25 %	25 %	25 %	25 %	294502004
60	NC_014022	CAGT	2	8	19219	19226	25 %	25 %	25 %	25 %	294502005
61	NC_014022	TCAA	2	8	19895	19902	50 %	25 %	0 %	25 %	294502006
62	NC_014022	AACC	2	8	19948	19955	50 %	0 %	0 %	50 %	294502006
63	NC_014022	TGGC	2	8	20148	20155	0 %	25 %	50 %	25 %	294502006
64	NC_014022	GATA	2	8	20388	20395	50 %	25 %	25 %	0 %	294502007
65	NC_014022	CAGA	2	8	21268	21275	50 %	0 %	25 %	25 %	294502009
66	NC_014022	TGAA	2	8	22861	22868	50 %	25 %	25 %	0 %	294502011
67	NC_014022	ACGG	2	8	22926	22933	25 %	0 %	50 %	25 %	294502011
68	NC_014022	AAGC	2	8	22980	22987	50 %	0 %	25 %	25 %	294502011
69	NC_014022	GCTC	2	8	23008	23015	0 %	25 %	25 %	50 %	294502011
70	NC_014022	TTAC	2	8	23171	23178	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
71	NC_014022	GCAG	2	8	23370	23377	25 %	0 %	50 %	25 %	294502012
72	NC_014022	TGCT	2	8	23382	23389	0 %	50 %	25 %	25 %	294502012
73	NC_014022	CGAT	2	8	23987	23994	25 %	25 %	25 %	25 %	294502012
74	NC_014022	GGCT	2	8	24324	24331	0 %	25 %	50 %	25 %	294502013
75	NC_014022	GAAG	2	8	24444	24451	50 %	0 %	50 %	0 %	294502013
76	NC_014022	CATC	2	8	24881	24888	25 %	25 %	0 %	50 %	294502013
77	NC_014022	TAAG	2	8	25028	25035	50 %	25 %	25 %	0 %	294502014
78	NC_014022	GTCA	2	8	25222	25229	25 %	25 %	25 %	25 %	294502014
79	NC_014022	CCAT	2	8	25293	25300	25 %	25 %	0 %	50 %	294502014
80	NC_014022	GATG	2	8	26158	26165	25 %	25 %	50 %	0 %	294502014
81	NC_014022	ATGA	2	8	26269	26276	50 %	25 %	25 %	0 %	294502014
82	NC_014022	CGCC	2	8	26414	26421	0 %	0 %	25 %	75 %	294502014
83	NC_014022	TAGG	2	8	26542	26549	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
84	NC_014022	ACTT	2	8	26551	26558	25 %	50 %	0 %	25 %	294502015
85	NC_014022	GTGC	2	8	26871	26878	0 %	25 %	50 %	25 %	294502015
86	NC_014022	CCGA	2	8	28158	28165	25 %	0 %	25 %	50 %	294502016
87	NC_014022	CGCA	2	8	28227	28234	25 %	0 %	25 %	50 %	294502016
88	NC_014022	TTTG	2	8	28898	28905	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
89	NC_014022	ACTC	2	8	29222	29229	25 %	25 %	0 %	50 %	294502017
90	NC_014022	CGGA	2	8	29331	29338	25 %	0 %	50 %	25 %	294502017
91	NC_014022	TGTC	2	8	29810	29817	0 %	50 %	25 %	25 %	294502017
92	NC_014022	GCGG	2	8	30189	30196	0 %	0 %	75 %	25 %	294502018
93	NC_014022	CAGC	2	8	30712	30719	25 %	0 %	25 %	50 %	294502019
94	NC_014022	GCAA	2	8	30795	30802	50 %	0 %	25 %	25 %	294502019
95	NC_014022	CCAG	2	8	31173	31180	25 %	0 %	25 %	50 %	294502019
96	NC_014022	CTCG	2	8	31548	31555	0 %	25 %	25 %	50 %	294502020
97	NC_014022	TACT	3	12	32082	32093	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
98	NC_014022	AATC	2	8	32610	32617	50 %	25 %	0 %	25 %	294502021
99	NC_014022	AATA	2	8	33575	33582	75 %	25 %	0 %	0 %	294502021
100	NC_014022	CATC	2	8	34225	34232	25 %	25 %	0 %	50 %	294502022
101	NC_014022	ATTT	2	8	35114	35121	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_014022	ATAA	3	12	35266	35277	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_014022	AGCA	2	8	35560	35567	50 %	0 %	25 %	25 %	294502024
104	NC_014022	CCAA	2	8	35823	35830	50 %	0 %	0 %	50 %	294502024
105	NC_014022	AATC	2	8	35833	35840	50 %	25 %	0 %	25 %	294502024
106	NC_014022	TAAT	2	8	35963	35970	50 %	50 %	0 %	0 %	294502024
107	NC_014022	AAAG	2	8	36885	36892	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
108	NC_014022	GCCA	2	8	36922	36929	25 %	0 %	25 %	50 %	294502025
109	NC_014022	GGTG	2	8	37534	37541	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
110	NC_014022	TTAC	2	8	38085	38092	25 %	50 %	0 %	25 %	294502026
111	NC_014022	ACCT	2	8	38731	38738	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
112	NC_014022	TTGC	2	8	38875	38882	0 %	50 %	25 %	25 %	294502027
113	NC_014022	CTTC	2	8	38934	38941	0 %	50 %	0 %	50 %	294502027
114	NC_014022	CACG	2	8	39010	39017	25 %	0 %	25 %	50 %	294502027
115	NC_014022	ATCA	2	8	39469	39476	50 %	25 %	0 %	25 %	294502028
116	NC_014022	GCGT	2	8	39691	39698	0 %	25 %	50 %	25 %	294502028
117	NC_014022	TGCG	2	8	40055	40062	0 %	25 %	50 %	25 %	294502028
118	NC_014022	CGAG	2	8	41048	41055	25 %	0 %	50 %	25 %	294502029
119	NC_014022	AGCG	2	8	41223	41230	25 %	0 %	50 %	25 %	294502029
120	NC_014022	GCCA	2	8	41267	41274	25 %	0 %	25 %	50 %	294502029
121	NC_014022	TGCG	2	8	41413	41420	0 %	25 %	50 %	25 %	294502029
122	NC_014022	AGCC	2	8	42608	42615	25 %	0 %	25 %	50 %	294502030
123	NC_014022	TAAG	2	8	43418	43425	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
124	NC_014022	CCTG	2	8	43848	43855	0 %	25 %	25 %	50 %	294502031
125	NC_014022	GAAA	2	8	44316	44323	75 %	0 %	25 %	0 %	294502031
126	NC_014022	CAAG	2	8	44718	44725	50 %	0 %	25 %	25 %	294502031
127	NC_014022	TCGT	2	8	44961	44968	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
128	NC_014022	TGTT	2	8	45661	45668	0 %	75 %	25 %	0 %	294502032
129	NC_014022	GCGT	2	8	45725	45732	0 %	25 %	50 %	25 %	294502032
130	NC_014022	GTTT	2	8	46140	46147	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
131	NC_014022	ACCA	2	8	46365	46372	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
132	NC_014022	AATG	2	8	47689	47696	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
133	NC_014022	TGAA	2	8	47954	47961	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
134	NC_014022	TGGT	2	8	48109	48116	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
135	NC_014022	CAAC	2	8	48334	48341	50 %	0 %	0 %	50 %	294502034
136	NC_014022	TTAT	2	8	49185	49192	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_014022	CTGG	2	8	49764	49771	0 %	25 %	50 %	25 %	294502036
138	NC_014022	TCAT	2	8	49990	49997	25 %	50 %	0 %	25 %	294502036
139	NC_014022	CCCA	2	8	50460	50467	25 %	0 %	0 %	75 %	294502037
140	NC_014022	TACC	2	8	50488	50495	25 %	25 %	0 %	50 %	294502037
141	NC_014022	TTAC	2	8	50977	50984	25 %	50 %	0 %	25 %	294502037
142	NC_014022	TGAG	2	8	51001	51008	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
143	NC_014022	AGTA	2	8	51217	51224	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
144	NC_014022	TCGC	2	8	51307	51314	0 %	25 %	25 %	50 %	294502038
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153	NC_014022	TACT	2	8	54746	54753	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
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167	NC_014022	AGTA	2	8	61782	61789	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
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172	NC_014022	TAGG	2	8	64276	64283	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
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191	NC_014022	TTTA	2	8	71045	71052	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
192	NC_014022	CTTG	2	8	71089	71096	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
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194	NC_014022	AGCC	2	8	72282	72289	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
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233	NC_014022	TCGC	2	8	90536	90543	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
234	NC_014022	CTGC	2	8	91248	91255	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
235	NC_014022	AAGA	2	8	92131	92138	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
236	NC_014022	CGGA	2	8	92452	92459	25 %	0 %	50 %	25 %	294502068
237	NC_014022	GACT	2	8	92488	92495	25 %	25 %	25 %	25 %	294502068

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.