MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Repeats of Yersinia pestis Z176003 plasmid pCD1

Total Repeats: 175

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_014017	CTGG	2	8	109	116	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
2	NC_014017	GTTC	2	8	148	155	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
3	NC_014017	GTCA	2	8	840	847	25 %	25 %	25 %	25 %	294496809
4	NC_014017	TAAG	2	8	1255	1262	50 %	25 %	25 %	0 %	294496810
5	NC_014017	ATTT	2	8	1655	1662	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_014017	AGCC	2	8	1805	1812	25 %	0 %	25 %	50 %	294496811
7	NC_014017	GCAG	2	8	2237	2244	25 %	0 %	50 %	25 %	294496811
8	NC_014017	AGCC	2	8	3031	3038	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
9	NC_014017	GGAT	2	8	3545	3552	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
10	NC_014017	AGAT	2	8	3607	3614	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
11	NC_014017	TAAA	2	8	4188	4195	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_014017	AGAA	2	8	4317	4324	75 %	0 %	25 %	0 %	294496813
13	NC_014017	ACCA	2	8	4777	4784	50 %	0 %	0 %	50 %	294496813
14	NC_014017	TTCC	2	8	5030	5037	0 %	50 %	0 %	50 %	294496813
15	NC_014017	AAGC	2	8	5085	5092	50 %	0 %	25 %	25 %	294496813
16	NC_014017	AATT	2	8	5157	5164	50 %	50 %	0 %	0 %	294496813
17	NC_014017	GTCA	2	8	5358	5365	25 %	25 %	25 %	25 %	294496814
18	NC_014017	TCCA	2	8	5419	5426	25 %	25 %	0 %	50 %	294496814
19	NC_014017	GACT	2	8	5431	5438	25 %	25 %	25 %	25 %	294496814
20	NC_014017	GACT	2	8	5673	5680	25 %	25 %	25 %	25 %	294496814
21	NC_014017	ATCA	2	8	5940	5947	50 %	25 %	0 %	25 %	294496814
22	NC_014017	CCAT	2	8	5972	5979	25 %	25 %	0 %	50 %	294496814
23	NC_014017	TGGA	2	8	6112	6119	25 %	25 %	50 %	0 %	294496814
24	NC_014017	CTTT	2	8	6604	6611	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
25	NC_014017	TCAG	2	8	6716	6723	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
26	NC_014017	CCCT	2	8	7408	7415	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
27	NC_014017	GCCA	2	8	7745	7752	25 %	0 %	25 %	50 %	294496815
28	NC_014017	CTGC	2	8	7994	8001	0 %	25 %	25 %	50 %	294496816
29	NC_014017	CCGG	2	8	8421	8428	0 %	0 %	50 %	50 %	294496817
30	NC_014017	TGTT	2	8	8489	8496	0 %	75 %	25 %	0 %	294496817
31	NC_014017	CGAC	2	8	9319	9326	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
32	NC_014017	AACA	2	8	10008	10015	75 %	0 %	0 %	25 %	294496818
33	NC_014017	TATT	2	8	10074	10081	25 %	75 %	0 %	0 %	294496818
34	NC_014017	GGCG	2	8	11138	11145	0 %	0 %	75 %	25 %	294496819
35	NC_014017	CCAA	2	8	11800	11807	50 %	0 %	0 %	50 %	294496820
36	NC_014017	TTTG	2	8	11814	11821	0 %	75 %	25 %	0 %	294496820
37	NC_014017	TAAA	2	8	12901	12908	75 %	25 %	0 %	0 %	294496822
38	NC_014017	ATAA	2	8	13278	13285	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_014017	TTAT	2	8	13446	13453	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_014017	AATG	2	8	14227	14234	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
41	NC_014017	ATTT	2	8	14294	14301	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_014017	CAAA	2	8	15654	15661	75 %	0 %	0 %	25 %	294496823
43	NC_014017	ACAT	2	8	15663	15670	50 %	25 %	0 %	25 %	294496823
44	NC_014017	TTAT	2	8	15718	15725	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_014017	ATAA	2	8	15773	15780	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_014017	CATT	2	8	16542	16549	25 %	50 %	0 %	25 %	294496824
47	NC_014017	TTAA	2	8	17308	17315	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_014017	TCAA	2	8	17391	17398	50 %	25 %	0 %	25 %	294496825
49	NC_014017	CTGT	2	8	18231	18238	0 %	50 %	25 %	25 %	294496825
50	NC_014017	GCTT	2	8	18474	18481	0 %	50 %	25 %	25 %	294496826
51	NC_014017	AGCC	2	8	18972	18979	25 %	0 %	25 %	50 %	294496826
52	NC_014017	CTTG	2	8	19012	19019	0 %	50 %	25 %	25 %	294496826
53	NC_014017	AAGC	2	8	19177	19184	50 %	0 %	25 %	25 %	294496826
54	NC_014017	TGGC	2	8	19296	19303	0 %	25 %	50 %	25 %	294496826
55	NC_014017	AGGA	2	8	19909	19916	50 %	0 %	50 %	0 %	294496827
56	NC_014017	TGAA	2	8	20029	20036	50 %	25 %	25 %	0 %	294496828
57	NC_014017	GTTG	2	8	20678	20685	0 %	50 %	50 %	0 %	294496828
58	NC_014017	GAGC	2	8	21407	21414	25 %	0 %	50 %	25 %	294496829
59	NC_014017	TAAT	2	8	22240	22247	50 %	50 %	0 %	0 %	294496830
60	NC_014017	CACG	2	8	22498	22505	25 %	0 %	25 %	50 %	294496830
61	NC_014017	ATCA	2	8	22712	22719	50 %	25 %	0 %	25 %	294496830
62	NC_014017	CTTT	2	8	23292	23299	0 %	75 %	0 %	25 %	294496830
63	NC_014017	AACC	2	8	24115	24122	50 %	0 %	0 %	50 %	294496831
64	NC_014017	GACT	2	8	24261	24268	25 %	25 %	25 %	25 %	294496832
65	NC_014017	GCTT	2	8	24373	24380	0 %	50 %	25 %	25 %	294496832
66	NC_014017	ACTC	2	8	24898	24905	25 %	25 %	0 %	50 %	294496833
67	NC_014017	ATCG	2	8	24935	24942	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
68	NC_014017	TCAC	2	8	25213	25220	25 %	25 %	0 %	50 %	294496834
69	NC_014017	GGTA	2	8	25424	25431	25 %	25 %	50 %	0 %	294496834
70	NC_014017	TCAC	2	8	25717	25724	25 %	25 %	0 %	50 %	294496834
71	NC_014017	GTAG	2	8	26273	26280	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
72	NC_014017	TTAC	2	8	26371	26378	25 %	50 %	0 %	25 %	294496835
73	NC_014017	GGGT	2	8	26520	26527	0 %	25 %	75 %	0 %	294496835
74	NC_014017	TGCT	2	8	26760	26767	0 %	50 %	25 %	25 %	294496835
75	NC_014017	GCTT	2	8	27616	27623	0 %	50 %	25 %	25 %	294496836
76	NC_014017	GCAG	2	8	27624	27631	25 %	0 %	50 %	25 %	294496836
77	NC_014017	TGCG	2	8	28210	28217	0 %	25 %	50 %	25 %	294496837
78	NC_014017	GGAA	2	8	28248	28255	50 %	0 %	50 %	0 %	294496837
79	NC_014017	AAAT	2	8	30001	30008	75 %	25 %	0 %	0 %	294496838
80	NC_014017	GTGA	2	8	30733	30740	25 %	25 %	50 %	0 %	294496839
81	NC_014017	AACC	2	8	31381	31388	50 %	0 %	0 %	50 %	294496840
82	NC_014017	ATTG	2	8	31452	31459	25 %	50 %	25 %	0 %	294496840
83	NC_014017	ACCC	2	8	32018	32025	25 %	0 %	0 %	75 %	294496841
84	NC_014017	TGTT	2	8	33393	33400	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
85	NC_014017	GAAA	2	8	33438	33445	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
86	NC_014017	AGGG	2	8	33621	33628	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
87	NC_014017	ACCT	2	8	33831	33838	25 %	25 %	0 %	50 %	294496842
88	NC_014017	CGCA	2	8	34078	34085	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
89	NC_014017	TTGC	2	8	34583	34590	0 %	50 %	25 %	25 %	294496843
90	NC_014017	AGCG	2	8	34793	34800	25 %	0 %	50 %	25 %	294496843
91	NC_014017	AGTC	2	8	34880	34887	25 %	25 %	25 %	25 %	294496843
92	NC_014017	TTAT	2	8	35320	35327	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_014017	TGGC	2	8	36204	36211	0 %	25 %	50 %	25 %	294496845
94	NC_014017	AGCG	2	8	36369	36376	25 %	0 %	50 %	25 %	294496845
95	NC_014017	TGAT	2	8	36794	36801	25 %	50 %	25 %	0 %	294496845
96	NC_014017	TGAT	2	8	36911	36918	25 %	50 %	25 %	0 %	294496845
97	NC_014017	TCGC	2	8	37136	37143	0 %	25 %	25 %	50 %	294496845
98	NC_014017	TTCT	2	8	37717	37724	0 %	75 %	0 %	25 %	294496846
99	NC_014017	TTCT	2	8	37993	38000	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
100	NC_014017	ACTA	2	8	38938	38945	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
101	NC_014017	AAAT	2	8	39062	39069	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_014017	CAAA	2	8	39156	39163	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
103	NC_014017	AAAT	2	8	39518	39525	75 %	25 %	0 %	0 %	294496848
104	NC_014017	TTAT	2	8	40069	40076	25 %	75 %	0 %	0 %	294496849
105	NC_014017	GCTG	2	8	40381	40388	0 %	25 %	50 %	25 %	294496850
106	NC_014017	GAAG	2	8	40615	40622	50 %	0 %	50 %	0 %	294496851
107	NC_014017	AGTG	2	8	41155	41162	25 %	25 %	50 %	0 %	294496851
108	NC_014017	CACT	2	8	41643	41650	25 %	25 %	0 %	50 %	294496852
109	NC_014017	GGCT	2	8	41702	41709	0 %	25 %	50 %	25 %	294496852
110	NC_014017	CAGG	2	8	42291	42298	25 %	0 %	50 %	25 %	294496853
111	NC_014017	AGGT	2	8	42409	42416	25 %	25 %	50 %	0 %	294496853
112	NC_014017	ATAA	2	8	42679	42686	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_014017	TGTC	2	8	43700	43707	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
114	NC_014017	TGGA	2	8	44621	44628	25 %	25 %	50 %	0 %	294496856
115	NC_014017	TACA	2	8	44666	44673	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
116	NC_014017	GACG	2	8	44802	44809	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
117	NC_014017	TTAT	2	8	44825	44832	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_014017	TTTA	2	8	45134	45141	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_014017	AATA	2	8	45150	45157	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_014017	TCAT	2	8	45309	45316	25 %	50 %	0 %	25 %	294496857
121	NC_014017	CATA	2	8	45421	45428	50 %	25 %	0 %	25 %	294496857
122	NC_014017	GTAA	2	8	45916	45923	50 %	25 %	25 %	0 %	294496857
123	NC_014017	TTAA	2	8	46581	46588	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_014017	GCTG	2	8	46894	46901	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
125	NC_014017	CGGA	2	8	47060	47067	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
126	NC_014017	GGTC	2	8	47283	47290	0 %	25 %	50 %	25 %	294496858
127	NC_014017	CAGA	2	8	47368	47375	50 %	0 %	25 %	25 %	294496858
128	NC_014017	GGGA	2	8	47689	47696	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
129	NC_014017	CTTT	2	8	48018	48025	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
130	NC_014017	CAGG	2	8	48161	48168	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
131	NC_014017	AGAA	2	8	48203	48210	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
132	NC_014017	ATCC	2	8	48993	49000	25 %	25 %	0 %	50 %	294496859
133	NC_014017	ATTT	2	8	49093	49100	25 %	75 %	0 %	0 %	294496859
134	NC_014017	ATTT	2	8	49118	49125	25 %	75 %	0 %	0 %	294496859
135	NC_014017	CATC	2	8	51068	51075	25 %	25 %	0 %	50 %	294496860
136	NC_014017	CCCT	2	8	52709	52716	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
137	NC_014017	GGGC	2	8	53954	53961	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
138	NC_014017	TTAT	3	12	54000	54011	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_014017	CATC	2	8	54612	54619	25 %	25 %	0 %	50 %	294496862
140	NC_014017	GGTA	2	8	54789	54796	25 %	25 %	50 %	0 %	294496862
141	NC_014017	GCCA	2	8	55425	55432	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
142	NC_014017	CACT	2	8	55461	55468	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
143	NC_014017	TCTG	2	8	55558	55565	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
144	NC_014017	TGAA	2	8	55618	55625	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
145	NC_014017	CAGT	2	8	55911	55918	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
146	NC_014017	ATCC	2	8	56138	56145	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
147	NC_014017	GCCA	2	8	56783	56790	25 %	0 %	25 %	50 %	294496863
148	NC_014017	CTGC	2	8	57032	57039	0 %	25 %	25 %	50 %	294496864
149	NC_014017	TGAC	2	8	57763	57770	25 %	25 %	25 %	25 %	294496865
150	NC_014017	GCAG	2	8	58228	58235	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
151	NC_014017	TTAC	2	8	58918	58925	25 %	50 %	0 %	25 %	294496866
152	NC_014017	TTTC	2	8	59150	59157	0 %	75 %	0 %	25 %	294496866
153	NC_014017	CTTA	2	8	59478	59485	25 %	50 %	0 %	25 %	294496866
154	NC_014017	CCTC	2	8	60339	60346	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
155	NC_014017	ACGT	2	8	60881	60888	25 %	25 %	25 %	25 %	294496867
156	NC_014017	AGCC	2	8	61326	61333	25 %	0 %	25 %	50 %	294496868
157	NC_014017	TGTC	2	8	61607	61614	0 %	50 %	25 %	25 %	294496868
158	NC_014017	AATG	2	8	62636	62643	50 %	25 %	25 %	0 %	294496868
159	NC_014017	CCTG	2	8	63213	63220	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
160	NC_014017	AGGG	2	8	63499	63506	25 %	0 %	75 %	0 %	294496869
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162	NC_014017	ATAA	2	8	64407	64414	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
163	NC_014017	ATTT	2	8	64571	64578	25 %	75 %	0 %	0 %	294496871
164	NC_014017	ACAA	2	8	64873	64880	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
165	NC_014017	GGCT	2	8	65448	65455	0 %	25 %	50 %	25 %	294496872
166	NC_014017	GCAC	2	8	65549	65556	25 %	0 %	25 %	50 %	294496872
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169	NC_014017	GGGA	2	8	66090	66097	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
170	NC_014017	TCTT	2	8	66259	66266	0 %	75 %	0 %	25 %	294496873
171	NC_014017	AAGA	2	8	66281	66288	75 %	0 %	25 %	0 %	294496873
172	NC_014017	CGAT	2	8	67171	67178	25 %	25 %	25 %	25 %	294496874
173	NC_014017	GCCA	2	8	67504	67511	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
174	NC_014017	GCGG	2	8	67927	67934	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
175	NC_014017	CGCC	2	8	68322	68329	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.