MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Sphingobium japonicum UT26S plasmid pCHQ1

Total Repeats: 90

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_014007	CGACCT	2	12	1842	1853	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	294023658
2	NC_014007	CGATAT	2	12	3981	3992	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	294023660
3	NC_014007	GCGGTG	2	12	7194	7205	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	294023664
4	NC_014007	TCCGCA	2	12	14051	14062	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	294023670
5	NC_014007	CCTCCC	2	12	18317	18328	0 %	16.67 %	0 %	83.33 %	294023678
6	NC_014007	CACCGC	2	12	18527	18538	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	294023678
7	NC_014007	TCGGCG	2	12	23004	23015	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	294023684
8	NC_014007	GCGCCG	2	12	24247	24258	0 %	0 %	50 %	50 %	294023687
9	NC_014007	CGCGTG	2	12	24559	24570	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	294023688
10	NC_014007	GCTGGG	2	12	24792	24803	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	294023688
11	NC_014007	TCGACC	2	12	25292	25303	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	294023689
12	NC_014007	AGCGCG	2	12	28429	28440	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	294023694
13	NC_014007	TCGACG	2	12	28540	28551	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	294023694
14	NC_014007	GCGCGG	2	12	32141	32152	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	294023700
15	NC_014007	TTGAGC	2	12	35950	35961	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	294023706
16	NC_014007	TGAAGC	2	12	36427	36438	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	294023707
17	NC_014007	GGCACC	2	12	40358	40369	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	294023710
18	NC_014007	TAAGCG	2	12	45257	45268	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	294023720
19	NC_014007	CAGCCA	2	12	48432	48443	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	294023724
20	NC_014007	TCGCGG	2	12	50199	50210	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	294023725
21	NC_014007	GTGGGC	2	12	51696	51707	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	294023725
22	NC_014007	CGGCGC	2	12	54049	54060	0 %	0 %	50 %	50 %	294023726
23	NC_014007	GCCTGT	2	12	55004	55015	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	294023726
24	NC_014007	CGGCAG	2	12	57344	57355	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	294023729
25	NC_014007	GGACTT	2	12	58314	58325	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	294023731
26	NC_014007	CGCCAG	2	12	59195	59206	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	294023733
27	NC_014007	TTCCGT	2	12	65763	65774	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	294023744
28	NC_014007	AATCGC	2	12	66140	66151	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	294023745
29	NC_014007	GCACTG	2	12	68614	68625	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	294023748
30	NC_014007	ATCGCG	2	12	70442	70453	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	294023748
31	NC_014007	TCTCGC	2	12	74962	74973	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	294023750
32	NC_014007	GCGAGC	2	12	75166	75177	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	294023751
33	NC_014007	AATCAG	2	12	80159	80170	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	294023760
34	NC_014007	CCAGGC	2	12	80678	80689	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	294023761
35	NC_014007	ACATCG	2	12	84817	84828	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	294023764
36	NC_014007	CGTCAT	2	12	85265	85276	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	294023764
37	NC_014007	GCGCTG	2	12	87101	87112	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	294023768
38	NC_014007	TCCGGC	2	12	88372	88383	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	294023769
39	NC_014007	GGCGCA	2	12	88477	88488	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	294023770
40	NC_014007	CGCAGG	2	12	89034	89045	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	294023770
41	NC_014007	ATGTCG	2	12	89673	89684	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	294023770
42	NC_014007	GCCCGA	2	12	89941	89952	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	294023770
43	NC_014007	CAATGG	2	12	90453	90464	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	294023771
44	NC_014007	ACGCGA	2	12	91753	91764	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	294023772
45	NC_014007	CGATCG	2	12	95101	95112	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	294023777
46	NC_014007	TCGTGA	2	12	96912	96923	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	294023779
47	NC_014007	GATCGG	2	12	97012	97023	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	294023779
48	NC_014007	TGTTCG	2	12	97914	97925	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	294023779
49	NC_014007	GCAGGT	2	12	98845	98856	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	294023779
50	NC_014007	CGACGG	2	12	102356	102367	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	294023783
51	NC_014007	AGCTCG	2	12	105218	105229	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	294023788
52	NC_014007	ACGCGA	2	12	108884	108895	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	294023793
53	NC_014007	GCCCAT	2	12	115941	115952	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	294023800
54	NC_014007	CTGGAT	3	18	116857	116874	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	294023801
55	NC_014007	TCGAAC	2	12	121472	121483	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	294023806
56	NC_014007	GTTCTG	2	12	121813	121824	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	294023806
57	NC_014007	CTTCGC	2	12	122363	122374	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	294023807
58	NC_014007	ATCCTA	2	12	125548	125559	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	294023812
59	NC_014007	TCGCTG	2	12	126026	126037	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	294023813
60	NC_014007	GTCCAG	2	12	129447	129458	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	294023816
61	NC_014007	CTTGTG	2	12	131861	131872	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	294023819
62	NC_014007	ACCGCG	2	12	132149	132160	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	294023819
63	NC_014007	TTGAGA	2	12	136636	136647	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	294023822
64	NC_014007	GAAGCG	2	12	140017	140028	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	294023826
65	NC_014007	CGCCTG	2	12	140683	140694	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	294023827
66	NC_014007	CGAGGA	2	12	141656	141667	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	294023828
67	NC_014007	CGCGAC	2	12	142571	142582	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	294023829
68	NC_014007	CTCGGC	2	12	144038	144049	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	294023831
69	NC_014007	ACGCGG	2	12	145236	145247	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	294023831
70	NC_014007	TTGCGA	2	12	145803	145814	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	294023831
71	NC_014007	CAATGA	2	12	146889	146900	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	294023834
72	NC_014007	GACGGC	2	12	147073	147084	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	294023834
73	NC_014007	TCGAAC	2	12	148254	148265	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	294023836
74	NC_014007	TCCTCG	2	12	148350	148361	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	294023836
75	NC_014007	CGCGAT	2	12	152445	152456	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	294023838
76	NC_014007	CGAGGT	2	12	156443	156454	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	294023845
77	NC_014007	GGCCGA	2	12	167610	167621	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	294023858
78	NC_014007	ATCCGC	2	12	167926	167937	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	294023858
79	NC_014007	GCACCG	2	12	169518	169529	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	294023860
80	NC_014007	CTTCGA	2	12	171077	171088	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	294023864
81	NC_014007	CCTCGT	2	12	171259	171270	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	294023865
82	NC_014007	TCGGCC	2	12	172515	172526	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	294023865
83	NC_014007	CGGTGA	2	12	172774	172785	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	294023865
84	NC_014007	CAGGCG	2	12	172856	172867	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	294023865
85	NC_014007	GCGTTG	2	12	177810	177821	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	294023872
86	NC_014007	CGCGAA	2	12	181592	181603	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	294023874
87	NC_014007	AGCACC	2	12	184498	184509	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	294023876
88	NC_014007	CGAGAG	2	12	184713	184724	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	294023876
89	NC_014007	CGGCTG	2	12	188106	188117	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	294023877
90	NC_014007	GATTCA	2	12	190559	190570	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	294023880

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.