MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Methanohalophilus mahii DSM 5219 chromosome

Total Repeats: 1421

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_014002	AATGT	2	10	441	450	40 %	40 %	20 %	0 %	294494691
2	NC_014002	TCTTT	2	10	2163	2172	0 %	80 %	0 %	20 %	294494693
3	NC_014002	GGTAT	2	10	2580	2589	20 %	40 %	40 %	0 %	294494693
4	NC_014002	TTTCA	2	10	2840	2849	20 %	60 %	0 %	20 %	294494693
5	NC_014002	CAGGA	2	10	3010	3019	40 %	0 %	40 %	20 %	294494693
6	NC_014002	ATGCC	2	10	4435	4444	20 %	20 %	20 %	40 %	294494694
7	NC_014002	AAGGG	2	10	4756	4765	40 %	0 %	60 %	0 %	294494695
8	NC_014002	AGGAT	2	10	8222	8231	40 %	20 %	40 %	0 %	294494698
9	NC_014002	AATGG	2	10	8274	8283	40 %	20 %	40 %	0 %	294494698
10	NC_014002	TCCGG	2	10	8341	8350	0 %	20 %	40 %	40 %	294494698
11	NC_014002	GGGAT	2	10	8658	8667	20 %	20 %	60 %	0 %	294494698
12	NC_014002	TTTGG	2	10	11023	11032	0 %	60 %	40 %	0 %	294494700
13	NC_014002	AGGAA	2	10	13542	13551	60 %	0 %	40 %	0 %	294494703
14	NC_014002	CTTCA	2	10	18880	18889	20 %	40 %	0 %	40 %	294494709
15	NC_014002	AGTAA	2	10	21669	21678	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
16	NC_014002	ATGAG	2	10	23074	23083	40 %	20 %	40 %	0 %	294494713
17	NC_014002	CGTTT	2	10	23091	23100	0 %	60 %	20 %	20 %	294494713
18	NC_014002	AGTGT	2	10	25365	25374	20 %	40 %	40 %	0 %	294494714
19	NC_014002	AGAGG	2	10	25564	25573	40 %	0 %	60 %	0 %	294494715
20	NC_014002	CTGCT	2	10	26362	26371	0 %	40 %	20 %	40 %	294494716
21	NC_014002	GTTAC	2	10	27418	27427	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
22	NC_014002	CCGTC	2	10	29102	29111	0 %	20 %	20 %	60 %	294494719
23	NC_014002	AAAGT	2	10	33017	33026	60 %	20 %	20 %	0 %	294494723
24	NC_014002	ATTCC	2	10	33343	33352	20 %	40 %	0 %	40 %	294494723
25	NC_014002	AAGGG	2	10	33648	33657	40 %	0 %	60 %	0 %	294494724
26	NC_014002	TGGAT	2	10	35157	35166	20 %	40 %	40 %	0 %	294494725
27	NC_014002	GGAAC	2	10	36878	36887	40 %	0 %	40 %	20 %	294494726
28	NC_014002	GGAAT	2	10	37115	37124	40 %	20 %	40 %	0 %	294494726
29	NC_014002	AAATT	2	10	39293	39302	60 %	40 %	0 %	0 %	294494726
30	NC_014002	GTAGA	2	10	42260	42269	40 %	20 %	40 %	0 %	294494728
31	NC_014002	CAATT	2	10	42666	42675	40 %	40 %	0 %	20 %	294494729
32	NC_014002	GTTTG	2	10	44644	44653	0 %	60 %	40 %	0 %	294494731
33	NC_014002	TCAAT	2	10	49307	49316	40 %	40 %	0 %	20 %	294494734
34	NC_014002	TAAAA	2	10	51964	51973	80 %	20 %	0 %	0 %	294494737
35	NC_014002	AATAA	2	10	52903	52912	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_014002	GTATA	2	10	56257	56266	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
37	NC_014002	AACTG	2	10	58446	58455	40 %	20 %	20 %	20 %	294494742
38	NC_014002	CCTGT	2	10	59326	59335	0 %	40 %	20 %	40 %	294494742
39	NC_014002	CGGAT	2	10	60144	60153	20 %	20 %	40 %	20 %	294494743
40	NC_014002	GCAGA	2	10	60326	60335	40 %	0 %	40 %	20 %	294494743
41	NC_014002	ACCGA	2	10	60650	60659	40 %	0 %	20 %	40 %	294494743
42	NC_014002	AAAGT	2	10	63049	63058	60 %	20 %	20 %	0 %	294494745
43	NC_014002	CAGAG	2	10	63098	63107	40 %	0 %	40 %	20 %	294494745
44	NC_014002	TATTC	2	10	64029	64038	20 %	60 %	0 %	20 %	294494746
45	NC_014002	ATATT	2	10	64065	64074	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_014002	ATTTT	2	10	64266	64275	20 %	80 %	0 %	0 %	294494747
47	NC_014002	CATGA	2	10	65908	65917	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
48	NC_014002	TTTTC	2	10	65988	65997	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
49	NC_014002	AAAAT	2	10	66961	66970	80 %	20 %	0 %	0 %	294494752
50	NC_014002	GGAAA	2	10	67518	67527	60 %	0 %	40 %	0 %	294494752
51	NC_014002	TGCTG	2	10	68258	68267	0 %	40 %	40 %	20 %	294494753
52	NC_014002	TCGTA	2	10	72945	72954	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
53	NC_014002	TGGGT	2	10	73888	73897	0 %	40 %	60 %	0 %	294494759
54	NC_014002	ATCCC	2	10	73985	73994	20 %	20 %	0 %	60 %	294494759
55	NC_014002	TATAA	2	10	74635	74644	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_014002	AAAAC	2	10	74779	74788	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
57	NC_014002	ACAGA	2	10	75445	75454	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
58	NC_014002	GATCA	2	10	76012	76021	40 %	20 %	20 %	20 %	294494761
59	NC_014002	TGAAT	2	10	78104	78113	40 %	40 %	20 %	0 %	294494762
60	NC_014002	CTCTT	2	10	78878	78887	0 %	60 %	0 %	40 %	294494762
61	NC_014002	TCCTA	2	10	80122	80131	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
62	NC_014002	TACCA	2	10	82404	82413	40 %	20 %	0 %	40 %	294494767
63	NC_014002	TTCTG	2	10	84425	84434	0 %	60 %	20 %	20 %	294494767
64	NC_014002	TATAT	2	10	90372	90381	40 %	60 %	0 %	0 %	294494772
65	NC_014002	TTCAA	2	10	91386	91395	40 %	40 %	0 %	20 %	294494773
66	NC_014002	TGGGG	2	10	92220	92229	0 %	20 %	80 %	0 %	294494774
67	NC_014002	AAATT	2	10	93414	93423	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_014002	AAAAG	2	10	93641	93650	80 %	0 %	20 %	0 %	294494776
69	NC_014002	AATTT	2	10	93680	93689	40 %	60 %	0 %	0 %	294494776
70	NC_014002	TAAAT	2	10	95620	95629	60 %	40 %	0 %	0 %	294494777
71	NC_014002	ATAAA	2	10	97142	97151	80 %	20 %	0 %	0 %	294494779
72	NC_014002	ATTTT	2	10	97272	97281	20 %	80 %	0 %	0 %	294494779
73	NC_014002	ACTTC	2	10	98787	98796	20 %	40 %	0 %	40 %	294494781
74	NC_014002	ACGAT	2	10	100797	100806	40 %	20 %	20 %	20 %	294494782
75	NC_014002	TTATT	2	10	101286	101295	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_014002	TTTAT	2	10	101302	101311	20 %	80 %	0 %	0 %	294494783
77	NC_014002	AGTAA	2	10	101850	101859	60 %	20 %	20 %	0 %	294494783
78	NC_014002	TGTCT	2	10	103305	103314	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
79	NC_014002	GGTTA	2	10	103726	103735	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
80	NC_014002	TCGTA	2	10	103796	103805	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
81	NC_014002	TTGAT	2	10	105727	105736	20 %	60 %	20 %	0 %	294494787
82	NC_014002	TGATC	2	10	108534	108543	20 %	40 %	20 %	20 %	294494790
83	NC_014002	CTTCC	2	10	111466	111475	0 %	40 %	0 %	60 %	294494793
84	NC_014002	TTTGT	2	10	117167	117176	0 %	80 %	20 %	0 %	294494793
85	NC_014002	CTGTA	2	10	120990	120999	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
86	NC_014002	GTATA	2	10	122475	122484	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
87	NC_014002	TAATA	2	10	122499	122508	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_014002	TCCTC	2	10	123822	123831	0 %	40 %	0 %	60 %	294494795
89	NC_014002	TTGTA	2	10	124443	124452	20 %	60 %	20 %	0 %	294494795
90	NC_014002	GTTCA	2	10	126028	126037	20 %	40 %	20 %	20 %	294494795
91	NC_014002	CTGTG	2	10	126325	126334	0 %	40 %	40 %	20 %	294494795
92	NC_014002	ATTAC	2	10	126425	126434	40 %	40 %	0 %	20 %	294494795
93	NC_014002	CAATG	2	10	127009	127018	40 %	20 %	20 %	20 %	294494795
94	NC_014002	TATAA	2	10	127976	127985	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_014002	TCGTA	2	10	128309	128318	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
96	NC_014002	TAGAG	2	10	128398	128407	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
97	NC_014002	ACACA	2	10	128714	128723	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
98	NC_014002	GAAAT	2	10	130891	130900	60 %	20 %	20 %	0 %	294494796
99	NC_014002	ACAAT	2	10	131434	131443	60 %	20 %	0 %	20 %	294494796
100	NC_014002	CAATT	2	10	131642	131651	40 %	40 %	0 %	20 %	294494796
101	NC_014002	AACAA	2	10	132409	132418	80 %	0 %	0 %	20 %	294494796
102	NC_014002	ATTTT	2	10	132834	132843	20 %	80 %	0 %	0 %	294494797
103	NC_014002	TTCAA	2	10	135577	135586	40 %	40 %	0 %	20 %	294494797
104	NC_014002	ATTGC	2	10	136774	136783	20 %	40 %	20 %	20 %	294494798
105	NC_014002	CCAAT	2	10	136898	136907	40 %	20 %	0 %	40 %	294494798
106	NC_014002	CAAGT	2	10	137724	137733	40 %	20 %	20 %	20 %	294494798
107	NC_014002	GAATT	2	10	139274	139283	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
108	NC_014002	ATTCC	2	10	144154	144163	20 %	40 %	0 %	40 %	294494802
109	NC_014002	CCAGA	2	10	145196	145205	40 %	0 %	20 %	40 %	294494803
110	NC_014002	CAAAA	2	10	145982	145991	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
111	NC_014002	AAGTG	2	10	146089	146098	40 %	20 %	40 %	0 %	294494805
112	NC_014002	TAATA	2	10	148499	148508	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_014002	CTGTT	2	10	148715	148724	0 %	60 %	20 %	20 %	294494807
114	NC_014002	ATATC	2	10	148866	148875	40 %	40 %	0 %	20 %	294494807
115	NC_014002	ATATT	2	10	153009	153018	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_014002	ACAAT	2	10	153093	153102	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
117	NC_014002	AATAC	2	10	154705	154714	60 %	20 %	0 %	20 %	294494811
118	NC_014002	TAACA	2	10	156466	156475	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
119	NC_014002	AACAC	2	10	156497	156506	60 %	0 %	0 %	40 %	294494814
120	NC_014002	GGGCG	2	10	159111	159120	0 %	0 %	80 %	20 %	294494817
121	NC_014002	TTTCA	2	10	159959	159968	20 %	60 %	0 %	20 %	294494818
122	NC_014002	TAAAA	2	10	161006	161015	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_014002	TTACA	2	10	161101	161110	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
124	NC_014002	CATTT	2	10	161147	161156	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
125	NC_014002	ATGAT	2	10	162491	162500	40 %	40 %	20 %	0 %	294494821
126	NC_014002	TCCCA	2	10	165778	165787	20 %	20 %	0 %	60 %	294494823
127	NC_014002	GCCCA	2	10	166365	166374	20 %	0 %	20 %	60 %	294494824
128	NC_014002	CTGAA	2	10	167098	167107	40 %	20 %	20 %	20 %	294494826
129	NC_014002	CGTGC	2	10	171521	171530	0 %	20 %	40 %	40 %	294494829
130	NC_014002	TTCTG	2	10	172338	172347	0 %	60 %	20 %	20 %	294494830
131	NC_014002	TGAAT	2	10	175932	175941	40 %	40 %	20 %	0 %	294494833
132	NC_014002	TGTAT	2	10	178064	178073	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
133	NC_014002	TTTTC	2	10	178400	178409	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
134	NC_014002	CGGAA	2	10	180760	180769	40 %	0 %	40 %	20 %	294494838
135	NC_014002	CAATA	2	10	181152	181161	60 %	20 %	0 %	20 %	294494839
136	NC_014002	AAATG	2	10	181335	181344	60 %	20 %	20 %	0 %	294494839
137	NC_014002	CCTGA	2	10	182312	182321	20 %	20 %	20 %	40 %	294494840
138	NC_014002	CATCT	2	10	184075	184084	20 %	40 %	0 %	40 %	294494842
139	NC_014002	CTGTG	2	10	184433	184442	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
140	NC_014002	CTGAT	2	10	186034	186043	20 %	40 %	20 %	20 %	294494844
141	NC_014002	AACCG	2	10	188104	188113	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
142	NC_014002	ATCTA	2	10	188775	188784	40 %	40 %	0 %	20 %	294494846
143	NC_014002	TCTTT	2	10	189062	189071	0 %	80 %	0 %	20 %	294494846
144	NC_014002	TACTT	2	10	190269	190278	20 %	60 %	0 %	20 %	294494848
145	NC_014002	CAGTC	2	10	190720	190729	20 %	20 %	20 %	40 %	294494848
146	NC_014002	TTATA	2	10	194098	194107	40 %	60 %	0 %	0 %	294494851
147	NC_014002	GTTTT	2	10	198613	198622	0 %	80 %	20 %	0 %	294494856
148	NC_014002	CTGGA	2	10	198926	198935	20 %	20 %	40 %	20 %	294494856
149	NC_014002	CCATT	2	10	200226	200235	20 %	40 %	0 %	40 %	294494856
150	NC_014002	ATGGG	2	10	200340	200349	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
151	NC_014002	AGTGA	2	10	201307	201316	40 %	20 %	40 %	0 %	294494857
152	NC_014002	CCCAG	2	10	202344	202353	20 %	0 %	20 %	60 %	294494859
153	NC_014002	GGATG	2	10	203259	203268	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
154	NC_014002	TGGGG	2	10	204759	204768	0 %	20 %	80 %	0 %	294494861
155	NC_014002	TCCAC	2	10	205011	205020	20 %	20 %	0 %	60 %	294494862
156	NC_014002	TTTCT	2	10	205980	205989	0 %	80 %	0 %	20 %	294494863
157	NC_014002	AGGTA	2	10	206182	206191	40 %	20 %	40 %	0 %	294494863
158	NC_014002	ATGAA	2	10	210003	210012	60 %	20 %	20 %	0 %	294494868
159	NC_014002	GAGCA	2	10	211225	211234	40 %	0 %	40 %	20 %	294494870
160	NC_014002	GTCCT	2	10	212838	212847	0 %	40 %	20 %	40 %	294494872
161	NC_014002	CAGGG	2	10	216865	216874	20 %	0 %	60 %	20 %	294494875
162	NC_014002	TCTGA	2	10	219439	219448	20 %	40 %	20 %	20 %	294494878
163	NC_014002	GGTAG	2	10	221773	221782	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
164	NC_014002	GATCT	2	10	224836	224845	20 %	40 %	20 %	20 %	294494882
165	NC_014002	GTCAT	2	10	225878	225887	20 %	40 %	20 %	20 %	294494883
166	NC_014002	TTTGG	2	10	230180	230189	0 %	60 %	40 %	0 %	294494887
167	NC_014002	TTGAA	2	10	231367	231376	40 %	40 %	20 %	0 %	294494888
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169	NC_014002	TGAGA	2	10	238478	238487	40 %	20 %	40 %	0 %	294494895
170	NC_014002	CTCCA	2	10	240860	240869	20 %	20 %	0 %	60 %	294494898
171	NC_014002	ACAAT	2	10	241331	241340	60 %	20 %	0 %	20 %	294494898
172	NC_014002	AATAT	2	10	241633	241642	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
173	NC_014002	TAATG	2	10	241681	241690	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
174	NC_014002	TCATT	2	10	243252	243261	20 %	60 %	0 %	20 %	294494901
175	NC_014002	CAATG	2	10	243759	243768	40 %	20 %	20 %	20 %	294494901
176	NC_014002	CGATT	2	10	245444	245453	20 %	40 %	20 %	20 %	294494902
177	NC_014002	GTAAT	2	10	246085	246094	40 %	40 %	20 %	0 %	294494902
178	NC_014002	ATCCC	2	10	247336	247345	20 %	20 %	0 %	60 %	294494905
179	NC_014002	GGATG	2	10	251102	251111	20 %	20 %	60 %	0 %	294494908
180	NC_014002	TGTAC	2	10	251940	251949	20 %	40 %	20 %	20 %	294494908
181	NC_014002	AGTGA	2	10	256503	256512	40 %	20 %	40 %	0 %	294494913
182	NC_014002	AGATC	2	10	257181	257190	40 %	20 %	20 %	20 %	294494914
183	NC_014002	CAACC	2	10	257367	257376	40 %	0 %	0 %	60 %	294494914
184	NC_014002	TGAAG	2	10	259972	259981	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
185	NC_014002	CAAAT	2	10	260162	260171	60 %	20 %	0 %	20 %	294494917
186	NC_014002	ATTTT	2	10	261243	261252	20 %	80 %	0 %	0 %	294494918
187	NC_014002	TACTG	2	10	262272	262281	20 %	40 %	20 %	20 %	294494919
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201	NC_014002	TTCCC	2	10	281536	281545	0 %	40 %	0 %	60 %	294494940
202	NC_014002	CCTTT	2	10	284291	284300	0 %	60 %	0 %	40 %	294494944
203	NC_014002	TGATC	2	10	284865	284874	20 %	40 %	20 %	20 %	294494946
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210	NC_014002	AAAAG	2	10	290692	290701	80 %	0 %	20 %	0 %	294494951
211	NC_014002	TGATT	2	10	290864	290873	20 %	60 %	20 %	0 %	294494952
212	NC_014002	AAAAG	2	10	291336	291345	80 %	0 %	20 %	0 %	294494952
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221	NC_014002	TTTCC	2	10	304646	304655	0 %	60 %	0 %	40 %	294494967
222	NC_014002	ATTCC	2	10	305079	305088	20 %	40 %	0 %	40 %	294494968
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234	NC_014002	GATAG	2	10	325863	325872	40 %	20 %	40 %	0 %	294494992
235	NC_014002	TCAGT	2	10	326263	326272	20 %	40 %	20 %	20 %	294494992
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237	NC_014002	GATTT	2	10	328563	328572	20 %	60 %	20 %	0 %	294494994
238	NC_014002	TTCCC	2	10	328718	328727	0 %	40 %	0 %	60 %	294494994
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251	NC_014002	TCCCG	2	10	346517	346526	0 %	20 %	20 %	60 %	294495010
252	NC_014002	GGACA	2	10	346570	346579	40 %	0 %	40 %	20 %	294495010
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254	NC_014002	AGTGA	2	10	352214	352223	40 %	20 %	40 %	0 %	294495018
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257	NC_014002	TAATA	2	10	354143	354152	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
258	NC_014002	AAAAG	2	10	354153	354162	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
259	NC_014002	GATAA	2	10	356771	356780	60 %	20 %	20 %	0 %	294495023
260	NC_014002	CAACA	2	10	357032	357041	60 %	0 %	0 %	40 %	294495023
261	NC_014002	CGGGT	2	10	357553	357562	0 %	20 %	60 %	20 %	294495024
262	NC_014002	CAACC	2	10	359544	359553	40 %	0 %	0 %	60 %	294495025
263	NC_014002	CGTAT	2	10	361399	361408	20 %	40 %	20 %	20 %	294495026
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265	NC_014002	TTTTG	2	10	362759	362768	0 %	80 %	20 %	0 %	294495027
266	NC_014002	GATTT	2	10	364350	364359	20 %	60 %	20 %	0 %	294495031
267	NC_014002	AGGTT	2	10	364941	364950	20 %	40 %	40 %	0 %	294495031
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269	NC_014002	TGCGT	2	10	366537	366546	0 %	40 %	40 %	20 %	294495034
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271	NC_014002	TCTCC	2	10	370872	370881	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
272	NC_014002	TTCAT	2	10	370888	370897	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
273	NC_014002	TGTTC	2	10	374090	374099	0 %	60 %	20 %	20 %	294495043
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390	NC_014002	GACCT	2	10	535390	535399	20 %	20 %	20 %	40 %	294495197
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392	NC_014002	TAAAA	2	10	538748	538757	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
393	NC_014002	TGATG	2	10	541157	541166	20 %	40 %	40 %	0 %	294495202
394	NC_014002	TGTCA	2	10	541607	541616	20 %	40 %	20 %	20 %	294495202
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399	NC_014002	TGGGA	2	10	545604	545613	20 %	20 %	60 %	0 %	294495206
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402	NC_014002	GATAA	2	10	554987	554996	60 %	20 %	20 %	0 %	294495213
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410	NC_014002	GGCTC	2	10	562822	562831	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
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