MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Methanohalophilus mahii DSM 5219 chromosome

Total Repeats: 277

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_014002	AGTAA	2	10	21669	21678	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
2	NC_014002	GTTAC	2	10	27418	27427	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
3	NC_014002	AATAA	2	10	52903	52912	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_014002	GTATA	2	10	56257	56266	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
5	NC_014002	ATATT	2	10	64065	64074	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_014002	CATGA	2	10	65908	65917	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
7	NC_014002	TTTTC	2	10	65988	65997	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
8	NC_014002	TCGTA	2	10	72945	72954	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
9	NC_014002	TATAA	2	10	74635	74644	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_014002	AAAAC	2	10	74779	74788	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
11	NC_014002	ACAGA	2	10	75445	75454	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
12	NC_014002	TCCTA	2	10	80122	80131	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
13	NC_014002	AAATT	2	10	93414	93423	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_014002	TTATT	2	10	101286	101295	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_014002	TGTCT	2	10	103305	103314	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
16	NC_014002	GGTTA	2	10	103726	103735	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
17	NC_014002	TCGTA	2	10	103796	103805	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
18	NC_014002	CTGTA	2	10	120990	120999	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
19	NC_014002	GTATA	2	10	122475	122484	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
20	NC_014002	TAATA	2	10	122499	122508	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_014002	TATAA	2	10	127976	127985	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_014002	TCGTA	2	10	128309	128318	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
23	NC_014002	TAGAG	2	10	128398	128407	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
24	NC_014002	ACACA	2	10	128714	128723	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
25	NC_014002	GAATT	2	10	139274	139283	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
26	NC_014002	CAAAA	2	10	145982	145991	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
27	NC_014002	TAATA	2	10	148499	148508	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_014002	ATATT	2	10	153009	153018	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_014002	ACAAT	2	10	153093	153102	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
30	NC_014002	TAACA	2	10	156466	156475	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
31	NC_014002	TAAAA	2	10	161006	161015	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_014002	TTACA	2	10	161101	161110	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
33	NC_014002	CATTT	2	10	161147	161156	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
34	NC_014002	TGTAT	2	10	178064	178073	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
35	NC_014002	TTTTC	2	10	178400	178409	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
36	NC_014002	CTGTG	2	10	184433	184442	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
37	NC_014002	AACCG	2	10	188104	188113	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
38	NC_014002	ATGGG	2	10	200340	200349	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
39	NC_014002	GGATG	2	10	203259	203268	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
40	NC_014002	GGTAG	2	10	221773	221782	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
41	NC_014002	AATAT	2	10	241633	241642	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_014002	TAATG	2	10	241681	241690	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
43	NC_014002	TGAAG	2	10	259972	259981	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
44	NC_014002	CTTCC	2	10	289455	289464	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
45	NC_014002	TTCTA	2	10	300390	300399	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
46	NC_014002	GGGTA	2	10	318352	318361	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
47	NC_014002	TTAAT	2	10	327980	327989	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_014002	TAATA	2	10	354143	354152	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_014002	AAAAG	2	10	354153	354162	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
50	NC_014002	TCTCC	2	10	370872	370881	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
51	NC_014002	TTCAT	2	10	370888	370897	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
52	NC_014002	TAATT	2	10	379228	379237	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_014002	ATATT	2	10	385973	385982	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_014002	TTTAT	2	10	416152	416161	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_014002	CAATA	2	10	431773	431782	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
56	NC_014002	CTATG	2	10	432288	432297	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
57	NC_014002	TAGCT	2	10	432736	432745	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
58	NC_014002	TTTAT	2	10	445953	445962	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_014002	TATTC	2	10	450045	450054	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
60	NC_014002	AATTA	2	10	450920	450929	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_014002	AATTG	2	10	450944	450953	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
62	NC_014002	AGAAT	2	10	451009	451018	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
63	NC_014002	AATAA	2	10	451468	451477	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_014002	TAGGA	2	10	456154	456163	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
65	NC_014002	TTTTA	2	10	470918	470927	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_014002	ATCTT	2	10	471901	471910	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
67	NC_014002	TAAAA	2	10	476257	476266	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_014002	AATTT	2	10	476649	476658	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_014002	TAATA	2	10	476754	476763	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_014002	GTGAT	2	10	477948	477957	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
71	NC_014002	AATAT	2	10	479434	479443	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_014002	ACAAA	2	10	479451	479460	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
73	NC_014002	TATAT	2	10	479463	479472	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_014002	TCCAT	2	10	480772	480781	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
75	NC_014002	AGAAA	2	10	487359	487368	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
76	NC_014002	ATGAG	2	10	496111	496120	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
77	NC_014002	TTCCT	2	10	496615	496624	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
78	NC_014002	TGATG	2	10	500072	500081	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
79	NC_014002	AGGAG	2	10	508598	508607	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
80	NC_014002	TATTT	2	10	520836	520845	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_014002	ATGGA	2	10	529743	529752	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
82	NC_014002	TAAAA	2	10	538748	538757	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_014002	TTTCT	2	10	560369	560378	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
84	NC_014002	ATTAT	2	10	562557	562566	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_014002	GGCTC	2	10	562822	562831	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
86	NC_014002	TGTGG	2	10	563071	563080	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
87	NC_014002	GCGTT	2	10	564098	564107	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
88	NC_014002	TAGCA	2	10	565179	565188	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
89	NC_014002	GTTAT	2	10	577699	577708	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
90	NC_014002	AAAAG	2	10	589635	589644	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
91	NC_014002	ATTTT	2	10	590387	590396	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_014002	TCATT	2	10	622132	622141	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
93	NC_014002	AGGGA	2	10	627559	627568	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
94	NC_014002	ACAGG	2	10	631630	631639	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
95	NC_014002	TCCTT	2	10	660795	660804	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
96	NC_014002	TCTCC	2	10	660824	660833	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
97	NC_014002	TGTTT	2	10	660834	660843	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
98	NC_014002	TTCTT	2	10	684136	684145	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
99	NC_014002	ATATT	2	10	688861	688870	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_014002	ATTTT	2	10	694964	694973	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_014002	GGCTC	2	10	697385	697394	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
102	NC_014002	TGTGG	2	10	697634	697643	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
103	NC_014002	GCGTT	2	10	698661	698670	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
104	NC_014002	TAGCA	2	10	699742	699751	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
105	NC_014002	ATCTT	2	10	714071	714080	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
106	NC_014002	TGTGA	2	10	714181	714190	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
107	NC_014002	CATTT	2	10	722725	722734	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
108	NC_014002	ATGCA	2	10	727622	727631	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
109	NC_014002	ATTGA	2	10	728743	728752	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
110	NC_014002	CCAAT	2	10	743928	743937	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
111	NC_014002	AATTT	2	10	744804	744813	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_014002	TAAAT	2	10	755184	755193	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_014002	ATTTT	2	10	765763	765772	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_014002	AGAAT	2	10	786754	786763	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
115	NC_014002	AATTT	2	10	788899	788908	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_014002	CTATA	2	10	799430	799439	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
117	NC_014002	TTTTG	2	10	799814	799823	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
118	NC_014002	AACAG	2	10	834259	834268	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
119	NC_014002	TTCAC	2	10	840068	840077	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
120	NC_014002	GTTAT	2	10	853567	853576	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
121	NC_014002	GGGGT	2	10	867276	867285	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
122	NC_014002	GGGGT	2	10	867414	867423	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
123	NC_014002	TTTCA	2	10	867512	867521	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
124	NC_014002	ATTCT	2	10	885718	885727	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
125	NC_014002	GCATA	2	10	917456	917465	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
126	NC_014002	TAGAT	2	10	924294	924303	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
127	NC_014002	TATAA	2	10	930396	930405	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_014002	TAATA	2	10	930464	930473	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_014002	GTGGA	2	10	930511	930520	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
130	NC_014002	ATTTG	2	10	934369	934378	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
131	NC_014002	ATTTA	2	10	938392	938401	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_014002	TTTGT	2	10	943855	943864	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
133	NC_014002	TTCCT	2	10	951863	951872	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
134	NC_014002	TAATT	2	10	966625	966634	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_014002	AATAT	2	10	984977	984986	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_014002	TATGC	2	10	994902	994911	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
137	NC_014002	TTTGT	2	10	999360	999369	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
138	NC_014002	GCAAT	2	10	1007546	1007555	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
139	NC_014002	ATATA	2	10	1018282	1018291	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_014002	TCCAC	2	10	1018372	1018381	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
141	NC_014002	ACTTC	2	10	1018516	1018525	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
142	NC_014002	ATAAA	3	15	1018694	1018708	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_014002	TTACA	2	10	1019363	1019372	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
144	NC_014002	GTAGT	2	10	1020222	1020231	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
145	NC_014002	GGGCC	2	10	1027900	1027909	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
146	NC_014002	AAATG	2	10	1030783	1030792	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
147	NC_014002	ATTGC	2	10	1051179	1051188	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
148	NC_014002	CATAA	2	10	1051224	1051233	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
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176	NC_014002	ACGAT	2	10	1169634	1169643	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
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262	NC_014002	ATTGT	2	10	1911430	1911439	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
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264	NC_014002	TTATA	2	10	1925925	1925934	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
265	NC_014002	TGATT	2	10	1926818	1926827	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
266	NC_014002	AATTA	2	10	1935970	1935979	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
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275	NC_014002	ACAAA	2	10	1990961	1990970	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
276	NC_014002	ATGCT	2	10	2011906	2011915	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
277	NC_014002	AGTTT	2	10	2012155	2012164	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.