MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Haloferax volcanii DS2 plasmid pHV1

Total Repeats: 73

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_013968	ATTCA	2	10	1236	1245	40 %	40 %	0 %	20 %	292657125
2	NC_013968	AGCAC	2	10	2897	2906	40 %	0 %	20 %	40 %	292657127
3	NC_013968	CGCCA	2	10	3740	3749	20 %	0 %	20 %	60 %	292657128
4	NC_013968	CGCTT	2	10	4146	4155	0 %	40 %	20 %	40 %	292657128
5	NC_013968	AGCAG	2	10	4825	4834	40 %	0 %	40 %	20 %	292657129
6	NC_013968	AACTG	2	10	7183	7192	40 %	20 %	20 %	20 %	292657134
7	NC_013968	TCGAA	2	10	7629	7638	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
8	NC_013968	TTCCA	2	10	7805	7814	20 %	40 %	0 %	40 %	292657135
9	NC_013968	TCTCA	2	10	9403	9412	20 %	40 %	0 %	40 %	292657136
10	NC_013968	CTCGT	2	10	11374	11383	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
11	NC_013968	AGCAC	2	10	12715	12724	40 %	0 %	20 %	40 %	292657140
12	NC_013968	GGTCG	2	10	14636	14645	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
13	NC_013968	AAGCG	2	10	15585	15594	40 %	0 %	40 %	20 %	292657143
14	NC_013968	TGGCG	2	10	15991	16000	0 %	20 %	60 %	20 %	292657143
15	NC_013968	GTCGT	2	10	16619	16628	0 %	40 %	40 %	20 %	292657144
16	NC_013968	AAAAT	2	10	16980	16989	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_013968	CACCG	2	10	17800	17809	20 %	0 %	20 %	60 %	292657146
18	NC_013968	TTCTA	2	10	18616	18625	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
19	NC_013968	GATTC	2	10	20504	20513	20 %	40 %	20 %	20 %	292657151
20	NC_013968	GAAGG	2	10	22530	22539	40 %	0 %	60 %	0 %	292657155
21	NC_013968	TTCCG	2	10	23959	23968	0 %	40 %	20 %	40 %	292657156
22	NC_013968	GTGAC	2	10	29796	29805	20 %	20 %	40 %	20 %	292657157
23	NC_013968	AAGCG	2	10	31155	31164	40 %	0 %	40 %	20 %	292657158
24	NC_013968	TTCGA	2	10	32629	32638	20 %	40 %	20 %	20 %	292657159
25	NC_013968	GAATC	2	10	32651	32660	40 %	20 %	20 %	20 %	292657159
26	NC_013968	AAGCG	2	10	33337	33346	40 %	0 %	40 %	20 %	292657160
27	NC_013968	GTCAC	2	10	34710	34719	20 %	20 %	20 %	40 %	292657161
28	NC_013968	ACGAA	2	10	34732	34741	60 %	0 %	20 %	20 %	292657161
29	NC_013968	GAGCA	2	10	36808	36817	40 %	0 %	40 %	20 %	292657162
30	NC_013968	TCGAT	2	10	38500	38509	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
31	NC_013968	AGAAC	2	10	39449	39458	60 %	0 %	20 %	20 %	292657163
32	NC_013968	TTCGA	2	10	39540	39549	20 %	40 %	20 %	20 %	292657163
33	NC_013968	AAGCG	2	10	39905	39914	40 %	0 %	40 %	20 %	292657163
34	NC_013968	AAACG	2	10	40638	40647	60 %	0 %	20 %	20 %	292657163
35	NC_013968	GAACC	2	10	42642	42651	40 %	0 %	20 %	40 %	292657164
36	NC_013968	GTCAA	2	10	42986	42995	40 %	20 %	20 %	20 %	292657164
37	NC_013968	AGTGA	2	10	46626	46635	40 %	20 %	40 %	0 %	292657166
38	NC_013968	AACCA	2	10	47807	47816	60 %	0 %	0 %	40 %	292657168
39	NC_013968	TCACA	2	10	47899	47908	40 %	20 %	0 %	40 %	292657168
40	NC_013968	AGACG	3	15	48748	48762	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
41	NC_013968	GCGGT	2	10	48867	48876	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
42	NC_013968	AGGCC	2	10	48890	48899	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
43	NC_013968	GCACG	2	10	49939	49948	20 %	0 %	40 %	40 %	292657171
44	NC_013968	CGACG	2	10	51429	51438	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
45	NC_013968	GGTGA	2	10	52581	52590	20 %	20 %	60 %	0 %	292657173
46	NC_013968	ATCAA	2	10	53082	53091	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
47	NC_013968	GCTCC	2	10	53873	53882	0 %	20 %	20 %	60 %	292657174
48	NC_013968	ACTCT	2	10	56788	56797	20 %	40 %	0 %	40 %	292657177
49	NC_013968	GTGGG	2	10	57881	57890	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
50	NC_013968	TCTCA	2	10	58998	59007	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
51	NC_013968	TCTCT	2	10	60918	60927	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
52	NC_013968	CGCCT	2	10	62073	62082	0 %	20 %	20 %	60 %	292657181
53	NC_013968	ACTGC	2	10	63866	63875	20 %	20 %	20 %	40 %	292657182
54	NC_013968	TCACA	2	10	65811	65820	40 %	20 %	0 %	40 %	292657183
55	NC_013968	GACCG	2	10	65844	65853	20 %	0 %	40 %	40 %	292657183
56	NC_013968	CGCTT	2	10	69775	69784	0 %	40 %	20 %	40 %	292657186
57	NC_013968	ATTCG	2	10	71244	71253	20 %	40 %	20 %	20 %	292657188
58	NC_013968	CCGAG	2	10	74751	74760	20 %	0 %	40 %	40 %	292657190
59	NC_013968	ATTGC	2	10	76422	76431	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
60	NC_013968	CGGAC	2	10	78350	78359	20 %	0 %	40 %	40 %	292657192
61	NC_013968	AAATG	2	10	79411	79420	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
62	NC_013968	GATTG	2	10	79960	79969	20 %	40 %	40 %	0 %	292657193
63	NC_013968	ATCAA	2	10	81053	81062	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
64	NC_013968	AACCA	2	10	81915	81924	60 %	0 %	0 %	40 %	292657195
65	NC_013968	TCACA	2	10	82007	82016	40 %	20 %	0 %	40 %	292657195
66	NC_013968	GAGAC	4	20	82838	82857	40 %	0 %	40 %	20 %	292657196
67	NC_013968	GCGGT	2	10	82963	82972	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
68	NC_013968	AGGCC	2	10	82986	82995	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
69	NC_013968	GTTCG	2	10	83491	83500	0 %	40 %	40 %	20 %	292657198
70	NC_013968	GTCGG	2	10	83636	83645	0 %	20 %	60 %	20 %	292657198
71	NC_013968	CGTTC	2	10	84235	84244	0 %	40 %	20 %	40 %	292657200
72	NC_013968	CGCGT	2	10	84727	84736	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
73	NC_013968	GACCC	2	10	84741	84750	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.