MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Di-nucleotide Coding Repeats of Haloferax volcanii DS2 plasmid pHV1

Total Repeats: 139

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_013968	CG	3	6	850	855	0 %	0 %	50 %	50 %	292657125
2	NC_013968	GA	3	6	955	960	50 %	0 %	50 %	0 %	292657125
3	NC_013968	TC	3	6	987	992	0 %	50 %	0 %	50 %	292657125
4	NC_013968	AG	3	6	997	1002	50 %	0 %	50 %	0 %	292657125
5	NC_013968	GA	3	6	1213	1218	50 %	0 %	50 %	0 %	292657125
6	NC_013968	AC	3	6	3083	3088	50 %	0 %	0 %	50 %	292657127
7	NC_013968	AG	3	6	3638	3643	50 %	0 %	50 %	0 %	292657128
8	NC_013968	TC	3	6	4358	4363	0 %	50 %	0 %	50 %	292657128
9	NC_013968	GA	3	6	4455	4460	50 %	0 %	50 %	0 %	292657128
10	NC_013968	AG	3	6	4476	4481	50 %	0 %	50 %	0 %	292657128
11	NC_013968	CG	3	6	4836	4841	0 %	0 %	50 %	50 %	292657129
12	NC_013968	CG	3	6	5124	5129	0 %	0 %	50 %	50 %	292657129
13	NC_013968	CG	3	6	6690	6695	0 %	0 %	50 %	50 %	292657133
14	NC_013968	GT	3	6	6942	6947	0 %	50 %	50 %	0 %	292657133
15	NC_013968	GA	3	6	8138	8143	50 %	0 %	50 %	0 %	292657135
16	NC_013968	TC	3	6	9515	9520	0 %	50 %	0 %	50 %	292657136
17	NC_013968	GA	3	6	9954	9959	50 %	0 %	50 %	0 %	292657137
18	NC_013968	GC	3	6	10402	10407	0 %	0 %	50 %	50 %	292657137
19	NC_013968	GC	3	6	11961	11966	0 %	0 %	50 %	50 %	292657138
20	NC_013968	AC	3	6	12100	12105	50 %	0 %	0 %	50 %	292657138
21	NC_013968	AT	3	6	12621	12626	50 %	50 %	0 %	0 %	292657140
22	NC_013968	CT	3	6	12799	12804	0 %	50 %	0 %	50 %	292657140
23	NC_013968	AC	3	6	13870	13875	50 %	0 %	0 %	50 %	292657141
24	NC_013968	TC	3	6	14032	14037	0 %	50 %	0 %	50 %	292657142
25	NC_013968	AT	3	6	14065	14070	50 %	50 %	0 %	0 %	292657142
26	NC_013968	CT	3	6	15259	15264	0 %	50 %	0 %	50 %	292657143
27	NC_013968	CT	3	6	15279	15284	0 %	50 %	0 %	50 %	292657143
28	NC_013968	GA	3	6	15377	15382	50 %	0 %	50 %	0 %	292657143
29	NC_013968	CT	3	6	16097	16102	0 %	50 %	0 %	50 %	292657143
30	NC_013968	GT	3	6	16586	16591	0 %	50 %	50 %	0 %	292657144
31	NC_013968	AT	3	6	17131	17136	50 %	50 %	0 %	0 %	292657145
32	NC_013968	CG	3	6	17353	17358	0 %	0 %	50 %	50 %	292657145
33	NC_013968	TA	3	6	18475	18480	50 %	50 %	0 %	0 %	292657147
34	NC_013968	CA	3	6	19336	19341	50 %	0 %	0 %	50 %	292657149
35	NC_013968	AG	4	8	19431	19438	50 %	0 %	50 %	0 %	292657149
36	NC_013968	TA	4	8	20095	20102	50 %	50 %	0 %	0 %	292657150
37	NC_013968	AC	3	6	20459	20464	50 %	0 %	0 %	50 %	292657151
38	NC_013968	AC	3	6	20585	20590	50 %	0 %	0 %	50 %	292657151
39	NC_013968	CG	3	6	21607	21612	0 %	0 %	50 %	50 %	292657154
40	NC_013968	GA	3	6	21650	21655	50 %	0 %	50 %	0 %	292657154
41	NC_013968	GT	3	6	21951	21956	0 %	50 %	50 %	0 %	292657154
42	NC_013968	GA	3	6	22516	22521	50 %	0 %	50 %	0 %	292657155
43	NC_013968	GC	3	6	23319	23324	0 %	0 %	50 %	50 %	292657155
44	NC_013968	AC	3	6	23465	23470	50 %	0 %	0 %	50 %	292657156
45	NC_013968	CA	3	6	23749	23754	50 %	0 %	0 %	50 %	292657156
46	NC_013968	CG	3	6	23983	23988	0 %	0 %	50 %	50 %	292657156
47	NC_013968	GT	3	6	25096	25101	0 %	50 %	50 %	0 %	292657156
48	NC_013968	CA	3	6	25690	25695	50 %	0 %	0 %	50 %	292657156
49	NC_013968	CG	3	6	26667	26672	0 %	0 %	50 %	50 %	292657157
50	NC_013968	GA	3	6	27222	27227	50 %	0 %	50 %	0 %	292657157
51	NC_013968	GA	3	6	27384	27389	50 %	0 %	50 %	0 %	292657157
52	NC_013968	CG	3	6	28547	28552	0 %	0 %	50 %	50 %	292657157
53	NC_013968	TC	3	6	29058	29063	0 %	50 %	0 %	50 %	292657157
54	NC_013968	CG	3	6	29635	29640	0 %	0 %	50 %	50 %	292657157
55	NC_013968	AC	3	6	29865	29870	50 %	0 %	0 %	50 %	292657157
56	NC_013968	AC	3	6	30012	30017	50 %	0 %	0 %	50 %	292657157
57	NC_013968	CG	3	6	30087	30092	0 %	0 %	50 %	50 %	292657157
58	NC_013968	CT	3	6	30849	30854	0 %	50 %	0 %	50 %	292657158
59	NC_013968	GA	3	6	30947	30952	50 %	0 %	50 %	0 %	292657158
60	NC_013968	CG	3	6	31201	31206	0 %	0 %	50 %	50 %	292657158
61	NC_013968	GT	3	6	32641	32646	0 %	50 %	50 %	0 %	292657159
62	NC_013968	CT	3	6	33011	33016	0 %	50 %	0 %	50 %	292657160
63	NC_013968	CT	3	6	33031	33036	0 %	50 %	0 %	50 %	292657160
64	NC_013968	CT	3	6	34540	34545	0 %	50 %	0 %	50 %	292657161
65	NC_013968	GA	3	6	34944	34949	50 %	0 %	50 %	0 %	292657161
66	NC_013968	AG	3	6	35173	35178	50 %	0 %	50 %	0 %	292657161
67	NC_013968	AC	3	6	35517	35522	50 %	0 %	0 %	50 %	292657161
68	NC_013968	CT	3	6	35973	35978	0 %	50 %	0 %	50 %	292657162
69	NC_013968	GC	3	6	36390	36395	0 %	0 %	50 %	50 %	292657162
70	NC_013968	GA	3	6	37844	37849	50 %	0 %	50 %	0 %	292657162
71	NC_013968	CG	3	6	40011	40016	0 %	0 %	50 %	50 %	292657163
72	NC_013968	AG	3	6	40686	40691	50 %	0 %	50 %	0 %	292657163
73	NC_013968	CA	3	6	41031	41036	50 %	0 %	0 %	50 %	292657163
74	NC_013968	CT	3	6	41211	41216	0 %	50 %	0 %	50 %	292657163
75	NC_013968	AC	3	6	41326	41331	50 %	0 %	0 %	50 %	292657163
76	NC_013968	AG	3	6	41864	41869	50 %	0 %	50 %	0 %	292657163
77	NC_013968	CG	3	6	44357	44362	0 %	0 %	50 %	50 %	292657164
78	NC_013968	CA	3	6	45751	45756	50 %	0 %	0 %	50 %	292657166
79	NC_013968	CA	3	6	45980	45985	50 %	0 %	0 %	50 %	292657166
80	NC_013968	CT	3	6	45999	46004	0 %	50 %	0 %	50 %	292657166
81	NC_013968	CG	4	8	46594	46601	0 %	0 %	50 %	50 %	292657166
82	NC_013968	AG	3	6	47867	47872	50 %	0 %	50 %	0 %	292657168
83	NC_013968	GA	3	6	48365	48370	50 %	0 %	50 %	0 %	292657169
84	NC_013968	TC	3	6	50047	50052	0 %	50 %	0 %	50 %	292657171
85	NC_013968	TG	3	6	51755	51760	0 %	50 %	50 %	0 %	292657173
86	NC_013968	GC	3	6	52104	52109	0 %	0 %	50 %	50 %	292657173
87	NC_013968	GC	3	6	52133	52138	0 %	0 %	50 %	50 %	292657173
88	NC_013968	TC	3	6	52147	52152	0 %	50 %	0 %	50 %	292657173
89	NC_013968	GA	3	6	52403	52408	50 %	0 %	50 %	0 %	292657173
90	NC_013968	GA	4	8	52570	52577	50 %	0 %	50 %	0 %	292657173
91	NC_013968	TC	3	6	52757	52762	0 %	50 %	0 %	50 %	292657173
92	NC_013968	GA	3	6	52863	52868	50 %	0 %	50 %	0 %	292657173
93	NC_013968	GT	3	6	52901	52906	0 %	50 %	50 %	0 %	292657173
94	NC_013968	GC	3	6	52963	52968	0 %	0 %	50 %	50 %	292657173
95	NC_013968	TA	4	8	53302	53309	50 %	50 %	0 %	0 %	292657174
96	NC_013968	TG	4	8	53642	53649	0 %	50 %	50 %	0 %	292657174
97	NC_013968	TC	3	6	53862	53867	0 %	50 %	0 %	50 %	292657174
98	NC_013968	TC	3	6	53894	53899	0 %	50 %	0 %	50 %	292657174
99	NC_013968	CT	3	6	54199	54204	0 %	50 %	0 %	50 %	292657174
100	NC_013968	CG	3	6	56501	56506	0 %	0 %	50 %	50 %	292657177
101	NC_013968	AG	3	6	56996	57001	50 %	0 %	50 %	0 %	292657177
102	NC_013968	CT	3	6	61083	61088	0 %	50 %	0 %	50 %	292657179
103	NC_013968	TC	3	6	61332	61337	0 %	50 %	0 %	50 %	292657179
104	NC_013968	AT	3	6	61363	61368	50 %	50 %	0 %	0 %	292657179
105	NC_013968	GA	3	6	62007	62012	50 %	0 %	50 %	0 %	292657181
106	NC_013968	CG	3	6	62181	62186	0 %	0 %	50 %	50 %	292657181
107	NC_013968	CT	3	6	62604	62609	0 %	50 %	0 %	50 %	292657181
108	NC_013968	CT	3	6	64807	64812	0 %	50 %	0 %	50 %	292657182
109	NC_013968	TG	3	6	66161	66166	0 %	50 %	50 %	0 %	292657183
110	NC_013968	GT	3	6	66425	66430	0 %	50 %	50 %	0 %	292657184
111	NC_013968	GC	3	6	66472	66477	0 %	0 %	50 %	50 %	292657184
112	NC_013968	GC	3	6	66516	66521	0 %	0 %	50 %	50 %	292657184
113	NC_013968	CG	3	6	66931	66936	0 %	0 %	50 %	50 %	292657184
114	NC_013968	GC	3	6	68052	68057	0 %	0 %	50 %	50 %	292657185
115	NC_013968	GT	4	8	68419	68426	0 %	50 %	50 %	0 %	292657185
116	NC_013968	CG	3	6	69733	69738	0 %	0 %	50 %	50 %	292657186
117	NC_013968	TC	3	6	69987	69992	0 %	50 %	0 %	50 %	292657186
118	NC_013968	GA	3	6	70084	70089	50 %	0 %	50 %	0 %	292657186
119	NC_013968	AG	3	6	70105	70110	50 %	0 %	50 %	0 %	292657186
120	NC_013968	CG	3	6	70642	70647	0 %	0 %	50 %	50 %	292657187
121	NC_013968	CG	3	6	72004	72009	0 %	0 %	50 %	50 %	292657188
122	NC_013968	TC	3	6	72581	72586	0 %	50 %	0 %	50 %	292657189
123	NC_013968	GA	3	6	73849	73854	50 %	0 %	50 %	0 %	292657189
124	NC_013968	CG	4	8	74128	74135	0 %	0 %	50 %	50 %	292657189
125	NC_013968	GC	3	6	74209	74214	0 %	0 %	50 %	50 %	292657189
126	NC_013968	AG	3	6	76928	76933	50 %	0 %	50 %	0 %	292657191
127	NC_013968	GC	3	6	76952	76957	0 %	0 %	50 %	50 %	292657191
128	NC_013968	GC	3	6	76963	76968	0 %	0 %	50 %	50 %	292657191
129	NC_013968	TC	3	6	77999	78004	0 %	50 %	0 %	50 %	292657192
130	NC_013968	TC	3	6	78141	78146	0 %	50 %	0 %	50 %	292657192
131	NC_013968	CA	3	6	80040	80045	50 %	0 %	0 %	50 %	292657193
132	NC_013968	GA	3	6	80483	80488	50 %	0 %	50 %	0 %	292657193
133	NC_013968	AG	3	6	81975	81980	50 %	0 %	50 %	0 %	292657195
134	NC_013968	AT	3	6	82798	82803	50 %	50 %	0 %	0 %	292657196
135	NC_013968	CG	3	6	84155	84160	0 %	0 %	50 %	50 %	292657200
136	NC_013968	CA	3	6	84314	84319	50 %	0 %	0 %	50 %	292657201
137	NC_013968	GT	3	6	84465	84470	0 %	50 %	50 %	0 %	292657201
138	NC_013968	GT	3	6	84907	84912	0 %	50 %	50 %	0 %	292657202
139	NC_013968	AC	3	6	85014	85019	50 %	0 %	0 %	50 %	292657202

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.