MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Haloferax volcanii DS2 chromosome

Total Repeats: 184

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_013967	GACGCC	2	12	33421	33432	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
2	NC_013967	GCGAAC	2	12	73366	73377	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_013967	GGGTGT	2	12	123055	123066	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
4	NC_013967	CGTACC	2	12	134059	134070	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
5	NC_013967	GTTCGC	2	12	188250	188261	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
6	NC_013967	CGCCGA	2	12	192659	192670	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
7	NC_013967	GCCGTC	2	12	201929	201940	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
8	NC_013967	GTTCGT	2	12	218060	218071	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
9	NC_013967	GCGGCC	2	12	219470	219481	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
10	NC_013967	CCGACC	2	12	243729	243740	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
11	NC_013967	TAAAAT	2	12	247188	247199	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_013967	AGTGAA	2	12	262211	262222	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
13	NC_013967	CGGTCC	2	12	295744	295755	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
14	NC_013967	AGCACC	2	12	330478	330489	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
15	NC_013967	CGCGAG	2	12	351075	351086	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
16	NC_013967	GCGCTC	2	12	367783	367794	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
17	NC_013967	CGCGGT	4	24	390013	390036	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
18	NC_013967	TACCAC	2	12	400714	400725	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
19	NC_013967	CGCGAC	2	12	408504	408515	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
20	NC_013967	GAAAGG	2	12	413743	413754	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
21	NC_013967	CATACA	2	12	416663	416674	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_013967	CCGACC	2	12	418109	418120	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
23	NC_013967	TCACAA	2	12	431065	431076	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
24	NC_013967	CGCGGA	2	12	446807	446818	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
25	NC_013967	GAAAGT	2	12	447325	447336	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
26	NC_013967	GTCAGA	2	12	474572	474583	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
27	NC_013967	CGGTCG	2	12	476363	476374	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
28	NC_013967	GGTGTG	3	18	513073	513090	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
29	NC_013967	CGTCGC	2	12	528969	528980	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
30	NC_013967	CTCGCG	2	12	538887	538898	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
31	NC_013967	GTCTGT	2	12	545239	545250	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
32	NC_013967	CTCGGA	2	12	552839	552850	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
33	NC_013967	TTTCAC	2	12	576936	576947	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
34	NC_013967	CGGGAG	2	12	577196	577207	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
35	NC_013967	CGACCG	2	12	580659	580670	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
36	NC_013967	CGACCT	2	12	606139	606150	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
37	NC_013967	CGACCC	2	12	633943	633954	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
38	NC_013967	GCTTCG	2	12	640484	640495	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
39	NC_013967	ACCGCG	2	12	645492	645503	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
40	NC_013967	CCGAGA	2	12	647978	647989	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
41	NC_013967	CGGACC	2	12	679560	679571	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
42	NC_013967	CGAACC	2	12	688612	688623	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
43	NC_013967	GCGTCG	2	12	705627	705638	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
44	NC_013967	CGCGGC	2	12	705665	705676	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
45	NC_013967	GTTCCG	2	12	719809	719820	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
46	NC_013967	CGCGGG	2	12	724045	724056	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
47	NC_013967	CGACCG	2	12	762706	762717	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
48	NC_013967	TCCGTC	2	12	784953	784964	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
49	NC_013967	TGTATG	2	12	797434	797445	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
50	NC_013967	CCGCGG	2	12	815947	815958	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
51	NC_013967	TCGCTC	2	12	823992	824003	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
52	NC_013967	TGAAGA	2	12	838284	838295	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
53	NC_013967	TCTCGC	2	12	840815	840826	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
54	NC_013967	TAGATA	2	12	866932	866943	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
55	NC_013967	ACCGAC	2	12	885294	885305	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
56	NC_013967	CTCGCG	2	12	918844	918855	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
57	NC_013967	GAGGGG	2	12	922970	922981	16.67 %	0 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
58	NC_013967	ACCGGG	2	12	956921	956932	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
59	NC_013967	CACGCC	2	12	962224	962235	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
60	NC_013967	TCGCAA	2	12	968372	968383	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
61	NC_013967	CGACAC	2	12	979658	979669	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
62	NC_013967	GTCGAG	2	12	984505	984516	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
63	NC_013967	CGAGCG	2	12	1023172	1023183	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
64	NC_013967	ACAGCG	2	12	1033953	1033964	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
65	NC_013967	GTGTCG	2	12	1068925	1068936	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
66	NC_013967	ACCGAG	2	12	1096476	1096487	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
67	NC_013967	ACGAAC	2	12	1101599	1101610	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
68	NC_013967	GGTCGG	2	12	1137854	1137865	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
69	NC_013967	TCGGCG	2	12	1140502	1140513	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
70	NC_013967	CCGCGA	2	12	1141930	1141941	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
71	NC_013967	GTCGAC	2	12	1168588	1168599	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
72	NC_013967	CGTCGG	2	12	1168610	1168621	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
73	NC_013967	ATCGTT	2	12	1173118	1173129	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
74	NC_013967	GCGTCG	2	12	1193578	1193589	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
75	NC_013967	GACGCC	3	18	1198997	1199014	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
76	NC_013967	GGCGAC	2	12	1199042	1199053	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
77	NC_013967	CTGCGC	3	18	1221728	1221745	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
78	NC_013967	CGCCGG	2	12	1256506	1256517	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
79	NC_013967	CGCGGC	2	12	1258326	1258337	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
80	NC_013967	CCGACC	2	12	1282887	1282898	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
81	NC_013967	GGGAGA	2	12	1285152	1285163	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
82	NC_013967	CGTCGC	2	12	1290165	1290176	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
83	NC_013967	CGCGCA	2	12	1291726	1291737	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
84	NC_013967	GGGTAG	2	12	1302250	1302261	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
85	NC_013967	CCCTGA	2	12	1310880	1310891	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
86	NC_013967	GTCGAA	2	12	1329387	1329398	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
87	NC_013967	TCGCCG	2	12	1334468	1334479	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
88	NC_013967	TCTCGT	2	12	1355224	1355235	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
89	NC_013967	AATCCA	2	12	1385395	1385406	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
90	NC_013967	CGTGGT	2	12	1418652	1418663	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
91	NC_013967	CGCCAC	2	12	1435582	1435593	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
92	NC_013967	AGTGAA	2	12	1441190	1441201	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
93	NC_013967	CGGCGA	2	12	1463931	1463942	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
94	NC_013967	CGCGGA	2	12	1479389	1479400	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
95	NC_013967	CTCGTC	2	12	1503724	1503735	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
96	NC_013967	GGTCGC	2	12	1504543	1504554	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
97	NC_013967	GCCGAA	2	12	1505014	1505025	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
98	NC_013967	GGCGGA	2	12	1518678	1518689	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
99	NC_013967	GTTTCT	2	12	1522818	1522829	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
100	NC_013967	CGCGTC	2	12	1526246	1526257	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
101	NC_013967	CCCCGA	2	12	1581889	1581900	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
102	NC_013967	CCGCGA	2	12	1619470	1619481	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
103	NC_013967	GCGCGA	2	12	1625906	1625917	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
104	NC_013967	GCCGTC	2	12	1633369	1633380	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
105	NC_013967	GCGGTC	2	12	1645001	1645012	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
106	NC_013967	CGAGCG	2	12	1647193	1647204	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
107	NC_013967	GCGTCC	2	12	1665544	1665555	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
108	NC_013967	CGAGCG	2	12	1672495	1672506	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
109	NC_013967	ACCCCG	2	12	1672521	1672532	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
110	NC_013967	GGGTCC	2	12	1693245	1693256	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
111	NC_013967	GCTGTC	2	12	1696945	1696956	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
112	NC_013967	TTGACC	2	12	1699323	1699334	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
113	NC_013967	CTCCGC	2	12	1703176	1703187	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
114	NC_013967	CCGACC	2	12	1708684	1708695	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
115	NC_013967	CTGGCG	2	12	1720456	1720467	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
116	NC_013967	GGGTCG	2	12	1727826	1727837	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
117	NC_013967	TCCCGG	2	12	1750555	1750566	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
118	NC_013967	CTCGAA	2	12	1759988	1759999	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
119	NC_013967	GCCCGC	2	12	1760456	1760467	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
120	NC_013967	TCGGCG	2	12	1761104	1761115	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
121	NC_013967	CGTCGC	2	12	1777553	1777564	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
122	NC_013967	CGACGC	2	12	1779120	1779131	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
123	NC_013967	CGCCCT	2	12	1783325	1783336	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
124	NC_013967	CTTCGT	2	12	1807376	1807387	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
125	NC_013967	CACCGT	2	12	1820124	1820135	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
126	NC_013967	CGATAG	2	12	1850025	1850036	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
127	NC_013967	GTGATT	2	12	1874964	1874975	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
128	NC_013967	GCTGTC	2	12	1896900	1896911	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
129	NC_013967	GTTAAC	2	12	1905399	1905410	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
130	NC_013967	AGATAT	2	12	1912166	1912177	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
131	NC_013967	CCACGC	2	12	1930136	1930147	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
132	NC_013967	GAGGGG	2	12	1933869	1933880	16.67 %	0 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
133	NC_013967	CGTCGG	2	12	1959760	1959771	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
134	NC_013967	CGCGGC	2	12	1961615	1961626	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
135	NC_013967	GCCGCG	2	12	2000012	2000023	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
136	NC_013967	TCGCGC	2	12	2001869	2001880	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
137	NC_013967	ACATCC	2	12	2046836	2046847	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
138	NC_013967	CTCGCC	2	12	2049509	2049520	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
139	NC_013967	GAACCC	2	12	2057162	2057173	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
140	NC_013967	CAGAAC	2	12	2097776	2097787	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
141	NC_013967	TATTCT	2	12	2114579	2114590	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
142	NC_013967	TGGGAG	2	12	2152897	2152908	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
143	NC_013967	GTCTCT	2	12	2176203	2176214	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
144	NC_013967	CAGCGG	2	12	2197802	2197813	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
145	NC_013967	CCCGCT	2	12	2212465	2212476	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
146	NC_013967	TGTCTA	2	12	2239142	2239153	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
147	NC_013967	GGCGAC	2	12	2249824	2249835	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
148	NC_013967	CCGTTC	2	12	2250734	2250745	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
149	NC_013967	CGATTT	2	12	2264081	2264092	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
150	NC_013967	ACCCGT	2	12	2309535	2309546	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
151	NC_013967	AGGTGT	2	12	2317825	2317836	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
152	NC_013967	GCCGTC	2	12	2323913	2323924	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
153	NC_013967	GCGTCG	2	12	2328454	2328465	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
154	NC_013967	TTCGCG	2	12	2341534	2341545	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
155	NC_013967	ACATTC	2	12	2343514	2343525	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
156	NC_013967	GCGACC	2	12	2374756	2374767	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
157	NC_013967	TCTACG	2	12	2385428	2385439	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
158	NC_013967	ACGAGC	4	24	2392378	2392401	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
159	NC_013967	CGGTCG	2	12	2422034	2422045	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
160	NC_013967	TCACGG	2	12	2424152	2424163	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
161	NC_013967	TCGGTC	2	12	2428062	2428073	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
162	NC_013967	TTCACT	3	18	2436152	2436169	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
163	NC_013967	GCGCTC	2	12	2436334	2436345	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
164	NC_013967	GCTCGC	2	12	2436421	2436432	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
165	NC_013967	CGGCGT	2	12	2453009	2453020	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
166	NC_013967	CGCGAC	2	12	2472575	2472586	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
167	NC_013967	TCGGCA	2	12	2490967	2490978	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
168	NC_013967	AGTCGG	2	12	2502316	2502327	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
169	NC_013967	CCGACG	2	12	2594714	2594725	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
170	NC_013967	GCCACA	2	12	2597047	2597058	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
171	NC_013967	GGCACA	2	12	2604440	2604451	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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178	NC_013967	CAGCGA	2	12	2747473	2747484	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
179	NC_013967	CCCCAC	2	12	2760374	2760385	16.67 %	0 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
180	NC_013967	GTCGCG	2	12	2800031	2800042	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
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182	NC_013967	TTAACG	2	12	2810825	2810836	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
183	NC_013967	GCGACG	3	18	2816011	2816028	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.