MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Haloferax volcanii DS2 chromosome

Total Repeats: 2387

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_013967	CCGCG	2	10	2817	2826	0 %	0 %	40 %	60 %	292654180
2	NC_013967	GAACC	2	10	3153	3162	40 %	0 %	20 %	40 %	292654181
3	NC_013967	CGACG	2	10	4706	4715	20 %	0 %	40 %	40 %	292654182
4	NC_013967	CGACG	2	10	5274	5283	20 %	0 %	40 %	40 %	292654182
5	NC_013967	CGCGG	2	10	5618	5627	0 %	0 %	60 %	40 %	292654182
6	NC_013967	GCGAC	2	10	7446	7455	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
7	NC_013967	CGTGG	2	10	8594	8603	0 %	20 %	60 %	20 %	292654185
8	NC_013967	TCGGT	2	10	11126	11135	0 %	40 %	40 %	20 %	292654189
9	NC_013967	GTCCG	2	10	13085	13094	0 %	20 %	40 %	40 %	292654191
10	NC_013967	CGCTC	2	10	14016	14025	0 %	20 %	20 %	60 %	292654191
11	NC_013967	TCGGT	2	10	14912	14921	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
12	NC_013967	CCGAC	2	10	16299	16308	20 %	0 %	20 %	60 %	292654193
13	NC_013967	CGGTC	2	10	17569	17578	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
14	NC_013967	GTTCC	2	10	18430	18439	0 %	40 %	20 %	40 %	292654197
15	NC_013967	CCGGG	2	10	18952	18961	0 %	0 %	60 %	40 %	292654197
16	NC_013967	GTCGA	2	10	19681	19690	20 %	20 %	40 %	20 %	292654198
17	NC_013967	CTCAC	2	10	21237	21246	20 %	20 %	0 %	60 %	292654199
18	NC_013967	GCGTC	2	10	22115	22124	0 %	20 %	40 %	40 %	292654199
19	NC_013967	GTCGC	2	10	22264	22273	0 %	20 %	40 %	40 %	292654199
20	NC_013967	CCGCG	2	10	27087	27096	0 %	0 %	40 %	60 %	292654204
21	NC_013967	CTTCG	2	10	27867	27876	0 %	40 %	20 %	40 %	292654205
22	NC_013967	CCTCG	2	10	31204	31213	0 %	20 %	20 %	60 %	292654209
23	NC_013967	GCGAC	2	10	32310	32319	20 %	0 %	40 %	40 %	292654210
24	NC_013967	GCGCG	2	10	32764	32773	0 %	0 %	60 %	40 %	292654211
25	NC_013967	CGTCG	2	10	36454	36463	0 %	20 %	40 %	40 %	292654215
26	NC_013967	CGGGT	2	10	36613	36622	0 %	20 %	60 %	20 %	292654215
27	NC_013967	GGGTA	2	10	37580	37589	20 %	20 %	60 %	0 %	292654216
28	NC_013967	TGCGG	2	10	39523	39532	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
29	NC_013967	CACGA	2	10	39603	39612	40 %	0 %	20 %	40 %	292654217
30	NC_013967	CGCGC	2	10	41748	41757	0 %	0 %	40 %	60 %	292654219
31	NC_013967	GCGCC	2	10	42745	42754	0 %	0 %	40 %	60 %	292654220
32	NC_013967	GCGGT	2	10	44380	44389	0 %	20 %	60 %	20 %	292654222
33	NC_013967	CTTCG	2	10	45468	45477	0 %	40 %	20 %	40 %	292654223
34	NC_013967	CGTCG	2	10	48373	48382	0 %	20 %	40 %	40 %	292654226
35	NC_013967	TGTCG	2	10	49447	49456	0 %	40 %	40 %	20 %	292654226
36	NC_013967	GCCGC	2	10	50007	50016	0 %	0 %	40 %	60 %	292654228
37	NC_013967	GTCGG	2	10	50325	50334	0 %	20 %	60 %	20 %	292654228
38	NC_013967	CGGCG	2	10	51899	51908	0 %	0 %	60 %	40 %	292654230
39	NC_013967	TCGGG	2	10	54300	54309	0 %	20 %	60 %	20 %	292654232
40	NC_013967	CGGCG	2	10	66668	66677	0 %	0 %	60 %	40 %	292654242
41	NC_013967	GAGCG	2	10	67689	67698	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
42	NC_013967	ACGGG	2	10	70896	70905	20 %	0 %	60 %	20 %	292654246
43	NC_013967	TGGTC	2	10	71533	71542	0 %	40 %	40 %	20 %	292654246
44	NC_013967	GTCGT	2	10	72201	72210	0 %	40 %	40 %	20 %	292654247
45	NC_013967	GGCGC	2	10	75287	75296	0 %	0 %	60 %	40 %	292654251
46	NC_013967	GCGAG	2	10	76006	76015	20 %	0 %	60 %	20 %	292654251
47	NC_013967	GCCGC	2	10	76576	76585	0 %	0 %	40 %	60 %	292654252
48	NC_013967	GCCGC	2	10	77203	77212	0 %	0 %	40 %	60 %	292654252
49	NC_013967	CGTCA	2	10	77442	77451	20 %	20 %	20 %	40 %	292654252
50	NC_013967	CGGCG	2	10	77464	77473	0 %	0 %	60 %	40 %	292654253
51	NC_013967	ACAGC	2	10	77962	77971	40 %	0 %	20 %	40 %	292654253
52	NC_013967	TCGGG	2	10	78087	78096	0 %	20 %	60 %	20 %	292654253
53	NC_013967	CCGGG	2	10	78884	78893	0 %	0 %	60 %	40 %	292654254
54	NC_013967	CTCGT	2	10	80567	80576	0 %	40 %	20 %	40 %	292654256
55	NC_013967	CGGGC	2	10	80673	80682	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
56	NC_013967	ACGGG	2	10	81808	81817	20 %	0 %	60 %	20 %	292654258
57	NC_013967	CCGCG	2	10	82664	82673	0 %	0 %	40 %	60 %	292654259
58	NC_013967	AACCC	2	10	82844	82853	40 %	0 %	0 %	60 %	292654259
59	NC_013967	ACCGA	2	10	83349	83358	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
60	NC_013967	CGAGC	2	10	84384	84393	20 %	0 %	40 %	40 %	292654261
61	NC_013967	CGAGG	2	10	85095	85104	20 %	0 %	60 %	20 %	292654261
62	NC_013967	CGAGC	2	10	85956	85965	20 %	0 %	40 %	40 %	292654263
63	NC_013967	GCGAC	2	10	86491	86500	20 %	0 %	40 %	40 %	292654263
64	NC_013967	CCTGC	2	10	87143	87152	0 %	20 %	20 %	60 %	292654263
65	NC_013967	CGGCG	2	10	89254	89263	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
66	NC_013967	TCGGC	2	10	90812	90821	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
67	NC_013967	AAGCG	2	10	91909	91918	40 %	0 %	40 %	20 %	292654270
68	NC_013967	CGCGG	2	10	92748	92757	0 %	0 %	60 %	40 %	292654272
69	NC_013967	CTGAC	2	10	94105	94114	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
70	NC_013967	CGACC	2	10	94373	94382	20 %	0 %	20 %	60 %	292654274
71	NC_013967	GCAAC	2	10	97107	97116	40 %	0 %	20 %	40 %	292654276
72	NC_013967	CGACT	2	10	97192	97201	20 %	20 %	20 %	40 %	292654276
73	NC_013967	CGCAC	2	10	99032	99041	20 %	0 %	20 %	60 %	292654278
74	NC_013967	CTTTC	2	10	101597	101606	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
75	NC_013967	CGACC	2	10	102667	102676	20 %	0 %	20 %	60 %	292654282
76	NC_013967	CACTC	5	25	102928	102952	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
77	NC_013967	CCCCA	2	10	102959	102968	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
78	NC_013967	TCGTC	2	10	102983	102992	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
79	NC_013967	GCCGC	2	10	103578	103587	0 %	0 %	40 %	60 %	292654283
80	NC_013967	GGAGC	2	10	103670	103679	20 %	0 %	60 %	20 %	292654283
81	NC_013967	GTTCG	2	10	104669	104678	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
82	NC_013967	ACGCG	2	10	104953	104962	20 %	0 %	40 %	40 %	292654285
83	NC_013967	CGTCG	2	10	105209	105218	0 %	20 %	40 %	40 %	292654286
84	NC_013967	GCGCC	2	10	105541	105550	0 %	0 %	40 %	60 %	292654286
85	NC_013967	CGGCG	2	10	105707	105716	0 %	0 %	60 %	40 %	292654286
86	NC_013967	ACGAG	2	10	106079	106088	40 %	0 %	40 %	20 %	292654287
87	NC_013967	GCCCG	2	10	106752	106761	0 %	0 %	40 %	60 %	292654287
88	NC_013967	GCGCC	2	10	109135	109144	0 %	0 %	40 %	60 %	292654290
89	NC_013967	GTCGT	2	10	109575	109584	0 %	40 %	40 %	20 %	292654291
90	NC_013967	CGTCC	2	10	109601	109610	0 %	20 %	20 %	60 %	292654291
91	NC_013967	CACGC	2	10	109977	109986	20 %	0 %	20 %	60 %	292654291
92	NC_013967	GGTCG	2	10	110656	110665	0 %	20 %	60 %	20 %	292654292
93	NC_013967	AATCG	2	10	112326	112335	40 %	20 %	20 %	20 %	292654297
94	NC_013967	GTCCG	2	10	113240	113249	0 %	20 %	40 %	40 %	292654298
95	NC_013967	GCCCG	2	10	114663	114672	0 %	0 %	40 %	60 %	292654299
96	NC_013967	GCCGA	2	10	115823	115832	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
97	NC_013967	GACGG	2	10	116628	116637	20 %	0 %	60 %	20 %	292654301
98	NC_013967	CCTCG	2	10	117342	117351	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
99	NC_013967	TCGGT	2	10	118440	118449	0 %	40 %	40 %	20 %	292654303
100	NC_013967	CGGCG	2	10	119411	119420	0 %	0 %	60 %	40 %	292654304
101	NC_013967	TTCGA	2	10	120421	120430	20 %	40 %	20 %	20 %	292654306
102	NC_013967	CACCT	2	10	120749	120758	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
103	NC_013967	TCCTG	2	10	121597	121606	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
104	NC_013967	GTTCT	2	10	121612	121621	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
105	NC_013967	CGTCG	2	10	126306	126315	0 %	20 %	40 %	40 %	292654313
106	NC_013967	CGGTT	2	10	127988	127997	0 %	40 %	40 %	20 %	292654316
107	NC_013967	CCGAG	2	10	128779	128788	20 %	0 %	40 %	40 %	292654317
108	NC_013967	GACGC	2	10	129385	129394	20 %	0 %	40 %	40 %	292654318
109	NC_013967	CCGCC	2	10	129805	129814	0 %	0 %	20 %	80 %	292654319
110	NC_013967	ACGAG	2	10	132738	132747	40 %	0 %	40 %	20 %	292654320
111	NC_013967	CCGCG	2	10	133393	133402	0 %	0 %	40 %	60 %	292654322
112	NC_013967	ACAGA	2	10	133432	133441	60 %	0 %	20 %	20 %	292654322
113	NC_013967	CCGCC	2	10	134097	134106	0 %	0 %	20 %	80 %	292654323
114	NC_013967	CGTCG	2	10	134341	134350	0 %	20 %	40 %	40 %	292654323
115	NC_013967	CTGTT	2	10	136835	136844	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
116	NC_013967	GCTCG	2	10	141740	141749	0 %	20 %	40 %	40 %	292654332
117	NC_013967	GCGAC	2	10	142110	142119	20 %	0 %	40 %	40 %	292654332
118	NC_013967	CGGGC	2	10	142420	142429	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
119	NC_013967	TCCGG	2	10	144961	144970	0 %	20 %	40 %	40 %	292654337
120	NC_013967	TCGGG	2	10	145240	145249	0 %	20 %	60 %	20 %	292654337
121	NC_013967	CGGAC	2	10	147051	147060	20 %	0 %	40 %	40 %	292654340
122	NC_013967	CGCGA	2	10	149532	149541	20 %	0 %	40 %	40 %	292654343
123	NC_013967	CGACG	2	10	149927	149936	20 %	0 %	40 %	40 %	292654344
124	NC_013967	CGGCG	2	10	150395	150404	0 %	0 %	60 %	40 %	292654344
125	NC_013967	GTCGC	2	10	151152	151161	0 %	20 %	40 %	40 %	292654344
126	NC_013967	CAGCT	2	10	151436	151445	20 %	20 %	20 %	40 %	292654345
127	NC_013967	GAACT	2	10	152178	152187	40 %	20 %	20 %	20 %	292654346
128	NC_013967	CACGG	2	10	152241	152250	20 %	0 %	40 %	40 %	292654346
129	NC_013967	CGGTC	2	10	153763	153772	0 %	20 %	40 %	40 %	292654348
130	NC_013967	CGCGA	2	10	154758	154767	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
131	NC_013967	CCGCG	2	10	156338	156347	0 %	0 %	40 %	60 %	292654352
132	NC_013967	CGACC	2	10	160238	160247	20 %	0 %	20 %	60 %	292654356
133	NC_013967	GCCGC	2	10	162854	162863	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
134	NC_013967	AGACG	2	10	163248	163257	40 %	0 %	40 %	20 %	292654359
135	NC_013967	CGGCG	2	10	164792	164801	0 %	0 %	60 %	40 %	292654362
136	NC_013967	CGCGG	2	10	166649	166658	0 %	0 %	60 %	40 %	292654364
137	NC_013967	CGAGA	2	10	168069	168078	40 %	0 %	40 %	20 %	292654365
138	NC_013967	CGACC	2	10	169145	169154	20 %	0 %	20 %	60 %	292654365
139	NC_013967	GGTGA	2	10	170742	170751	20 %	20 %	60 %	0 %	292654368
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141	NC_013967	GGAGG	2	10	172142	172151	20 %	0 %	80 %	0 %	292654370
142	NC_013967	CCGAA	2	10	173162	173171	40 %	0 %	20 %	40 %	292654370
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145	NC_013967	TCGAC	2	10	175172	175181	20 %	20 %	20 %	40 %	292654373
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147	NC_013967	CGCGG	2	10	177401	177410	0 %	0 %	60 %	40 %	292654376
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149	NC_013967	TCGGC	2	10	181242	181251	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
150	NC_013967	GCGCC	2	10	181930	181939	0 %	0 %	40 %	60 %	292654383
151	NC_013967	CCCCG	2	10	183114	183123	0 %	0 %	20 %	80 %	292654384
152	NC_013967	GGCCT	2	10	183640	183649	0 %	20 %	40 %	40 %	292654384
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162	NC_013967	GGCGA	2	10	193527	193536	20 %	0 %	60 %	20 %	292654394
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177	NC_013967	CGCGT	2	10	210873	210882	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
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257	NC_013967	CGAGA	2	10	311610	311619	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
258	NC_013967	GCGCG	2	10	314689	314698	0 %	0 %	60 %	40 %	292654526
259	NC_013967	CGCGT	2	10	316961	316970	0 %	20 %	40 %	40 %	292654527
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262	NC_013967	CCGCA	2	10	325735	325744	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
263	NC_013967	TTCGC	2	10	325752	325761	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
264	NC_013967	CCGAC	2	10	327109	327118	20 %	0 %	20 %	60 %	292654536
265	NC_013967	CCCCG	2	10	330589	330598	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
266	NC_013967	TTTCC	2	10	333929	333938	0 %	60 %	0 %	40 %	292654549
267	NC_013967	GACGA	2	10	334776	334785	40 %	0 %	40 %	20 %	292654551
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403	NC_013967	GTCGC	2	10	485205	485214	0 %	20 %	40 %	40 %	292654720
404	NC_013967	CCGGG	2	10	485624	485633	0 %	0 %	60 %	40 %	292654720
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434	NC_013967	TCGAC	2	10	511968	511977	20 %	20 %	20 %	40 %	292654740
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437	NC_013967	CTCGA	2	10	514193	514202	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
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441	NC_013967	CTCGA	2	10	521071	521080	20 %	20 %	20 %	40 %	292654752
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