MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Haloferax volcanii DS2 chromosome

Total Repeats: 487

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_013967	GCGAC	2	10	7446	7455	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
2	NC_013967	TCGGT	2	10	14912	14921	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
3	NC_013967	CGGTC	2	10	17569	17578	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
4	NC_013967	TGCGG	2	10	39523	39532	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
5	NC_013967	GAGCG	2	10	67689	67698	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
6	NC_013967	CGGGC	2	10	80673	80682	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
7	NC_013967	ACCGA	2	10	83349	83358	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
8	NC_013967	CGGCG	2	10	89254	89263	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
9	NC_013967	TCGGC	2	10	90812	90821	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
10	NC_013967	CTGAC	2	10	94105	94114	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
11	NC_013967	CTTTC	2	10	101597	101606	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
12	NC_013967	CACTC	5	25	102928	102952	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
13	NC_013967	CCCCA	2	10	102959	102968	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
14	NC_013967	TCGTC	2	10	102983	102992	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
15	NC_013967	GTTCG	2	10	104669	104678	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
16	NC_013967	GCCGA	2	10	115823	115832	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
17	NC_013967	CCTCG	2	10	117342	117351	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
18	NC_013967	CACCT	2	10	120749	120758	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
19	NC_013967	TCCTG	2	10	121597	121606	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
20	NC_013967	GTTCT	2	10	121612	121621	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
21	NC_013967	CTGTT	2	10	136835	136844	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
22	NC_013967	CGGGC	2	10	142420	142429	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
23	NC_013967	CGCGA	2	10	154758	154767	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
24	NC_013967	GCCGC	2	10	162854	162863	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
25	NC_013967	TCGGC	2	10	181242	181251	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
26	NC_013967	TTTAT	2	10	193352	193361	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_013967	GCCGC	2	10	194353	194362	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
28	NC_013967	CGTCT	2	10	208816	208825	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
29	NC_013967	CGCGT	2	10	210873	210882	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
30	NC_013967	CGCGG	2	10	211762	211771	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
31	NC_013967	CGCAC	2	10	212245	212254	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
32	NC_013967	ATCGC	2	10	212256	212265	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
33	NC_013967	CGTCG	2	10	225212	225221	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
34	NC_013967	ATAGG	2	10	234073	234082	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
35	NC_013967	GGATG	2	10	236464	236473	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
36	NC_013967	TCAAG	2	10	247479	247488	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
37	NC_013967	CGCTC	2	10	258871	258880	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
38	NC_013967	CGCGA	2	10	311464	311473	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
39	NC_013967	GCTTG	2	10	311485	311494	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
40	NC_013967	CGAGA	2	10	311610	311619	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
41	NC_013967	CACGC	2	10	322486	322495	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
42	NC_013967	CCGCA	2	10	325735	325744	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
43	NC_013967	TTCGC	2	10	325752	325761	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
44	NC_013967	CCCCG	2	10	330589	330598	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
45	NC_013967	GTCGA	2	10	336667	336676	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
46	NC_013967	TAGTG	2	10	338116	338125	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
47	NC_013967	TGTGT	2	10	338892	338901	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
48	NC_013967	GAAAC	2	10	342429	342438	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
49	NC_013967	CGTTT	2	10	350477	350486	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
50	NC_013967	CGGCG	2	10	352250	352259	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
51	NC_013967	CGGAG	2	10	363434	363443	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
52	NC_013967	ACGAA	2	10	364626	364635	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
53	NC_013967	CGAGA	2	10	385543	385552	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
54	NC_013967	CGAGA	2	10	385575	385584	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
55	NC_013967	CGGCG	2	10	389982	389991	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
56	NC_013967	GCGCG	2	10	394582	394591	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
57	NC_013967	AACCG	2	10	394682	394691	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
58	NC_013967	GTCGC	2	10	396488	396497	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
59	NC_013967	CGCGT	2	10	403987	403996	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
60	NC_013967	TCGGG	2	10	408036	408045	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
61	NC_013967	TCGCT	2	10	408242	408251	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
62	NC_013967	CAACG	2	10	408427	408436	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
63	NC_013967	CGGAC	2	10	408638	408647	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
64	NC_013967	CCGTC	2	10	416875	416884	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
65	NC_013967	ACTCG	2	10	419536	419545	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
66	NC_013967	ACTCG	2	10	419556	419565	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
67	NC_013967	CGGTG	2	10	427694	427703	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
68	NC_013967	CGAGG	2	10	432546	432555	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
69	NC_013967	CTCGC	2	10	435878	435887	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
70	NC_013967	CTCGC	2	10	436110	436119	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
71	NC_013967	CGACT	2	10	436376	436385	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
72	NC_013967	TCCCG	2	10	438201	438210	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
73	NC_013967	GGTCG	2	10	441059	441068	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
74	NC_013967	TCGCT	2	10	442942	442951	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
75	NC_013967	TTTCG	2	10	443128	443137	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
76	NC_013967	GCCCG	2	10	444006	444015	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
77	NC_013967	TCGCT	2	10	452318	452327	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
78	NC_013967	GCGAC	2	10	465240	465249	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
79	NC_013967	CGGCG	2	10	465300	465309	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
80	NC_013967	TCGGT	2	10	470006	470015	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
81	NC_013967	CGAAT	2	10	474629	474638	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
82	NC_013967	CCGAC	2	10	481111	481120	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
83	NC_013967	AGCGT	2	10	490250	490259	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
84	NC_013967	ACGCT	2	10	492373	492382	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
85	NC_013967	TCGAT	2	10	495123	495132	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
86	NC_013967	ACGAG	2	10	508846	508855	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
87	NC_013967	CTCGA	2	10	514193	514202	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
88	NC_013967	GCAAC	2	10	518691	518700	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
89	NC_013967	CGGGG	2	10	540247	540256	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
90	NC_013967	TACCG	2	10	540993	541002	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
91	NC_013967	CCCGG	2	10	554691	554700	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
92	NC_013967	CTCGA	2	10	571101	571110	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
93	NC_013967	GCCCC	2	10	571147	571156	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
94	NC_013967	TAGCC	2	10	575675	575684	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
95	NC_013967	CGCGA	2	10	577219	577228	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
96	NC_013967	CGACC	2	10	579985	579994	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
97	NC_013967	GTTCG	2	10	583140	583149	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
98	NC_013967	GTCTC	2	10	599972	599981	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
99	NC_013967	TTCCG	2	10	599985	599994	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
100	NC_013967	CTCGT	2	10	604191	604200	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
101	NC_013967	CGCCC	2	10	625762	625771	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
102	NC_013967	GGGAT	2	10	633684	633693	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
103	NC_013967	TCGGC	2	10	633791	633800	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
104	NC_013967	AGCGA	2	10	633852	633861	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
105	NC_013967	CGCTC	2	10	644587	644596	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
106	NC_013967	CGGAC	2	10	679521	679530	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
107	NC_013967	CGGAC	2	10	679536	679545	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
108	NC_013967	AAAAC	2	10	684592	684601	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
109	NC_013967	CCGCG	2	10	686571	686580	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
110	NC_013967	CGTGT	2	10	693158	693167	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
111	NC_013967	CCCCT	2	10	693246	693255	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
112	NC_013967	CGCTC	2	10	698804	698813	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
113	NC_013967	GCCGC	2	10	698920	698929	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
114	NC_013967	GTTCC	2	10	700312	700321	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
115	NC_013967	CGCGT	2	10	719227	719236	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
116	NC_013967	CGTCT	2	10	719351	719360	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
117	NC_013967	CCCAC	2	10	719743	719752	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
118	NC_013967	CCCGG	2	10	719849	719858	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
119	NC_013967	CGGCG	2	10	735793	735802	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
120	NC_013967	CGAGA	2	10	741468	741477	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
121	NC_013967	GTCGC	2	10	743516	743525	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
122	NC_013967	CGCGA	2	10	753996	754005	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
123	NC_013967	CGCGA	2	10	756936	756945	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
124	NC_013967	GCCGC	2	10	770402	770411	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
125	NC_013967	AACAG	2	10	780468	780477	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
126	NC_013967	GCGGA	2	10	781007	781016	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
127	NC_013967	GTCGC	2	10	781338	781347	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
128	NC_013967	CCGCG	2	10	795437	795446	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
129	NC_013967	CCGAC	2	10	797287	797296	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
130	NC_013967	CGGCG	2	10	802482	802491	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
131	NC_013967	AAGGC	2	10	805405	805414	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
132	NC_013967	ATGAC	2	10	811691	811700	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
133	NC_013967	CTCTC	2	10	828779	828788	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
134	NC_013967	AAGCG	2	10	835796	835805	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
135	NC_013967	TGGCG	2	10	836203	836212	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
136	NC_013967	TCGAC	2	10	838370	838379	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
137	NC_013967	GTACT	2	10	840261	840270	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
138	NC_013967	CCGAC	2	10	858790	858799	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
139	NC_013967	AGCGA	2	10	859311	859320	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
140	NC_013967	GTCGC	2	10	870555	870564	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
141	NC_013967	GTCTC	2	10	870575	870584	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
142	NC_013967	CGCGA	2	10	880749	880758	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
143	NC_013967	ATCTA	2	10	883584	883593	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
144	NC_013967	GCCGA	2	10	905552	905561	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
145	NC_013967	CGCGG	2	10	914340	914349	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
146	NC_013967	GCAGT	2	10	923891	923900	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
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423	NC_013967	CGACC	2	10	2559334	2559343	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
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425	NC_013967	ATGCG	2	10	2564768	2564777	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
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442	NC_013967	GGTTT	2	10	2669157	2669166	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
443	NC_013967	TCGAA	2	10	2670057	2670066	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
444	NC_013967	ACTCG	2	10	2680027	2680036	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
445	NC_013967	GAGCG	2	10	2680097	2680106	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
446	NC_013967	ACGCG	2	10	2693578	2693587	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
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450	NC_013967	GCCGC	2	10	2701919	2701928	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
451	NC_013967	CGCTT	2	10	2705354	2705363	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
452	NC_013967	TGCCG	2	10	2705405	2705414	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
453	NC_013967	CGAGG	2	10	2730405	2730414	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
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456	NC_013967	CTCGC	2	10	2746425	2746434	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
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459	NC_013967	TCGCC	2	10	2764226	2764235	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
460	NC_013967	CGAGC	2	10	2769737	2769746	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
461	NC_013967	GGAGT	2	10	2769973	2769982	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
462	NC_013967	GTTCG	2	10	2771863	2771872	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
463	NC_013967	CCGAA	2	10	2774299	2774308	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
464	NC_013967	GTTCG	2	10	2779774	2779783	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
465	NC_013967	GCGCC	2	10	2783386	2783395	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
466	NC_013967	CGAGA	2	10	2789863	2789872	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
467	NC_013967	GACGA	2	10	2792293	2792302	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
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470	NC_013967	GTCGC	2	10	2799937	2799946	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
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472	NC_013967	GTCCT	2	10	2800003	2800012	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
473	NC_013967	ACGAG	2	10	2803954	2803963	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
474	NC_013967	CGACG	2	10	2803982	2803991	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
475	NC_013967	ACCGC	2	10	2804017	2804026	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
476	NC_013967	TTCGA	2	10	2804037	2804046	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
477	NC_013967	TCCCG	2	10	2804107	2804116	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
478	NC_013967	GTCTC	3	15	2814635	2814649	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
479	NC_013967	GTCGG	2	10	2814999	2815008	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
480	NC_013967	CGAAC	2	10	2815097	2815106	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
481	NC_013967	GCGAC	2	10	2815992	2816001	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
482	NC_013967	GGTCG	2	10	2824976	2824985	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
483	NC_013967	CCGCG	2	10	2825030	2825039	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
484	NC_013967	GCATC	2	10	2835646	2835655	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
485	NC_013967	GGATT	2	10	2839397	2839406	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
486	NC_013967	CCCCT	2	10	2847277	2847286	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
487	NC_013967	CGAGC	2	10	2847681	2847690	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.