MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Haloferax volcanii DS2 plasmid pHV4

Total Repeats: 516

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_013966	AGACG	2	10	1084	1093	40 %	0 %	40 %	20 %	292653567
2	NC_013966	CGACT	2	10	2134	2143	20 %	20 %	20 %	40 %	292653568
3	NC_013966	TCGCC	2	10	2547	2556	0 %	20 %	20 %	60 %	292653568
4	NC_013966	CGTCC	2	10	5064	5073	0 %	20 %	20 %	60 %	292653570
5	NC_013966	CGAAG	2	10	6045	6054	40 %	0 %	40 %	20 %	292653571
6	NC_013966	TCACC	2	10	7012	7021	20 %	20 %	0 %	60 %	292653572
7	NC_013966	GTTGT	2	10	11008	11017	0 %	60 %	40 %	0 %	292653575
8	NC_013966	CGGCG	2	10	12194	12203	0 %	0 %	60 %	40 %	292653576
9	NC_013966	CTGGA	2	10	12795	12804	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
10	NC_013966	AGCGT	2	10	17965	17974	20 %	20 %	40 %	20 %	292653581
11	NC_013966	CAACG	2	10	18878	18887	40 %	0 %	20 %	40 %	292653583
12	NC_013966	CTCCG	2	10	21799	21808	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
13	NC_013966	TCGCT	2	10	21812	21821	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
14	NC_013966	CGGGT	2	10	22272	22281	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
15	NC_013966	GATCG	2	10	22500	22509	20 %	20 %	40 %	20 %	292653585
16	NC_013966	ATCAA	2	10	23051	23060	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
17	NC_013966	CACTT	2	10	25152	25161	20 %	40 %	0 %	40 %	292653589
18	NC_013966	CCAGA	2	10	28005	28014	40 %	0 %	20 %	40 %	292653593
19	NC_013966	GGCTC	2	10	28794	28803	0 %	20 %	40 %	40 %	292653593
20	NC_013966	CGAGT	2	10	31909	31918	20 %	20 %	40 %	20 %	292653600
21	NC_013966	AGAAC	2	10	32049	32058	60 %	0 %	20 %	20 %	292653600
22	NC_013966	ATATG	2	10	34217	34226	40 %	40 %	20 %	0 %	292653601
23	NC_013966	CGGAG	2	10	36043	36052	20 %	0 %	60 %	20 %	292653604
24	NC_013966	AACGG	2	10	36515	36524	40 %	0 %	40 %	20 %	292653604
25	NC_013966	CAAAC	2	10	36567	36576	60 %	0 %	0 %	40 %	292653604
26	NC_013966	ATCGC	2	10	37834	37843	20 %	20 %	20 %	40 %	292653607
27	NC_013966	GCTTC	2	10	38032	38041	0 %	40 %	20 %	40 %	292653607
28	NC_013966	GTCTC	2	10	38453	38462	0 %	40 %	20 %	40 %	292653607
29	NC_013966	GAGAT	2	10	38652	38661	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
30	NC_013966	CGCGA	2	10	38732	38741	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
31	NC_013966	CGCGG	2	10	40411	40420	0 %	0 %	60 %	40 %	292653609
32	NC_013966	TCGCG	2	10	40601	40610	0 %	20 %	40 %	40 %	292653610
33	NC_013966	TGCCC	2	10	40910	40919	0 %	20 %	20 %	60 %	292653610
34	NC_013966	CACAG	2	10	41600	41609	40 %	0 %	20 %	40 %	292653611
35	NC_013966	AGCCA	2	10	41761	41770	40 %	0 %	20 %	40 %	292653611
36	NC_013966	CGGAT	2	10	43208	43217	20 %	20 %	40 %	20 %	292653612
37	NC_013966	CGGTC	2	10	43244	43253	0 %	20 %	40 %	40 %	292653612
38	NC_013966	GAGTA	2	10	43283	43292	40 %	20 %	40 %	0 %	292653612
39	NC_013966	AGCGA	2	10	46367	46376	40 %	0 %	40 %	20 %	292653617
40	NC_013966	CCCAA	2	10	49911	49920	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
41	NC_013966	CAGTC	2	10	50288	50297	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
42	NC_013966	GCAAA	2	10	50678	50687	60 %	0 %	20 %	20 %	292653623
43	NC_013966	CACAT	2	10	55227	55236	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
44	NC_013966	CTCTG	2	10	55600	55609	0 %	40 %	20 %	40 %	292653629
45	NC_013966	ACGAT	2	10	56599	56608	40 %	20 %	20 %	20 %	292653629
46	NC_013966	CTCGT	2	10	59709	59718	0 %	40 %	20 %	40 %	292653630
47	NC_013966	CTGTG	2	10	60660	60669	0 %	40 %	40 %	20 %	292653631
48	NC_013966	GCGTG	2	10	60870	60879	0 %	20 %	60 %	20 %	292653631
49	NC_013966	TTCGT	2	10	62036	62045	0 %	60 %	20 %	20 %	292653633
50	NC_013966	AGAGG	2	10	63427	63436	40 %	0 %	60 %	0 %	292653634
51	NC_013966	GCGGT	2	10	63984	63993	0 %	20 %	60 %	20 %	292653635
52	NC_013966	AGTTC	2	10	65229	65238	20 %	40 %	20 %	20 %	292653636
53	NC_013966	CAAAA	2	10	69056	69065	80 %	0 %	0 %	20 %	292653639
54	NC_013966	GGACA	2	10	70702	70711	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
55	NC_013966	GACTC	2	10	71204	71213	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
56	NC_013966	GGTGA	2	10	72835	72844	20 %	20 %	60 %	0 %	292653640
57	NC_013966	ATCAA	2	10	73336	73345	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
58	NC_013966	AATCA	2	10	74625	74634	60 %	20 %	0 %	20 %	292653641
59	NC_013966	CGATT	2	10	75918	75927	20 %	40 %	20 %	20 %	292653642
60	NC_013966	CTTCT	2	10	76321	76330	0 %	60 %	0 %	40 %	292653642
61	NC_013966	CGCCA	2	10	81397	81406	20 %	0 %	20 %	60 %	292653644
62	NC_013966	CGCTT	2	10	81803	81812	0 %	40 %	20 %	40 %	292653644
63	NC_013966	GCGGA	2	10	86548	86557	20 %	0 %	60 %	20 %	292653648
64	NC_013966	TCGAC	2	10	88003	88012	20 %	20 %	20 %	40 %	292653650
65	NC_013966	GTTCC	2	10	88567	88576	0 %	40 %	20 %	40 %	292653651
66	NC_013966	CCGTC	2	10	90985	90994	0 %	20 %	20 %	60 %	292653651
67	NC_013966	CGAAC	2	10	91441	91450	40 %	0 %	20 %	40 %	292653651
68	NC_013966	ACTCC	2	10	92009	92018	20 %	20 %	0 %	60 %	292653653
69	NC_013966	GAAGT	2	10	94584	94593	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
70	NC_013966	AATCC	2	10	95614	95623	40 %	20 %	0 %	40 %	292653655
71	NC_013966	TCGAT	2	10	96130	96139	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
72	NC_013966	AAAGC	2	10	97517	97526	60 %	0 %	20 %	20 %	292653657
73	NC_013966	CTGAC	2	10	99517	99526	20 %	20 %	20 %	40 %	292653658
74	NC_013966	CGCGA	2	10	101011	101020	20 %	0 %	40 %	40 %	292653659
75	NC_013966	TGGAG	2	10	101366	101375	20 %	20 %	60 %	0 %	292653660
76	NC_013966	AAATG	2	10	105811	105820	60 %	20 %	20 %	0 %	292653662
77	NC_013966	TTGGT	2	10	105990	105999	0 %	60 %	40 %	0 %	292653662
78	NC_013966	GCAGG	2	10	107125	107134	20 %	0 %	60 %	20 %	292653665
79	NC_013966	CGCCA	2	10	111274	111283	20 %	0 %	20 %	60 %	292653673
80	NC_013966	CGCTT	2	10	111680	111689	0 %	40 %	20 %	40 %	292653673
81	NC_013966	ACGAG	2	10	117165	117174	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
82	NC_013966	ATGAC	2	10	119916	119925	40 %	20 %	20 %	20 %	292653686
83	NC_013966	GTGAT	2	10	121250	121259	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
84	NC_013966	AAGCG	2	10	121901	121910	40 %	0 %	40 %	20 %	292653687
85	NC_013966	TGGCG	2	10	122307	122316	0 %	20 %	60 %	20 %	292653687
86	NC_013966	AGCGT	2	10	127163	127172	20 %	20 %	40 %	20 %	292653690
87	NC_013966	CGAGT	2	10	127835	127844	20 %	20 %	40 %	20 %	292653691
88	NC_013966	CGACT	2	10	134688	134697	20 %	20 %	20 %	40 %	292653697
89	NC_013966	GTCGG	2	10	134818	134827	0 %	20 %	60 %	20 %	292653697
90	NC_013966	CTGTC	2	10	136159	136168	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
91	NC_013966	CTGAA	2	10	139849	139858	40 %	20 %	20 %	20 %	292653704
92	NC_013966	CGTAC	2	10	140927	140936	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
93	NC_013966	CGTCG	2	10	141062	141071	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
94	NC_013966	CTGGA	2	10	144342	144351	20 %	20 %	40 %	20 %	292653708
95	NC_013966	TCGGT	2	10	145180	145189	0 %	40 %	40 %	20 %	292653708
96	NC_013966	GTTGG	2	10	147836	147845	0 %	40 %	60 %	0 %	292653709
97	NC_013966	GCTCA	2	10	148377	148386	20 %	20 %	20 %	40 %	292653710
98	NC_013966	GGTTG	2	10	149153	149162	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
99	NC_013966	AAGCG	2	10	149691	149700	40 %	0 %	40 %	20 %	292653711
100	NC_013966	CGGCG	2	10	150896	150905	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
101	NC_013966	CGAGG	2	10	151736	151745	20 %	0 %	60 %	20 %	292653713
102	NC_013966	GCGCC	2	10	152002	152011	0 %	0 %	40 %	60 %	292653714
103	NC_013966	CCGAC	2	10	157279	157288	20 %	0 %	20 %	60 %	292653717
104	NC_013966	GTCGC	2	10	159477	159486	0 %	20 %	40 %	40 %	292653718
105	NC_013966	CGAGC	2	10	162625	162634	20 %	0 %	40 %	40 %	292653720
106	NC_013966	GCGGG	2	10	164654	164663	0 %	0 %	80 %	20 %	292653722
107	NC_013966	GTCGA	2	10	166336	166345	20 %	20 %	40 %	20 %	292653723
108	NC_013966	AGCAC	2	10	167468	167477	40 %	0 %	20 %	40 %	292653725
109	NC_013966	AGCGG	2	10	173557	173566	20 %	0 %	60 %	20 %	292653731
110	NC_013966	GTTTC	2	10	173870	173879	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
111	NC_013966	CTCGT	2	10	174608	174617	0 %	40 %	20 %	40 %	292653733
112	NC_013966	GGGCC	2	10	174870	174879	0 %	0 %	60 %	40 %	292653733
113	NC_013966	CGACC	2	10	174962	174971	20 %	0 %	20 %	60 %	292653733
114	NC_013966	CGGCG	2	10	175002	175011	0 %	0 %	60 %	40 %	292653733
115	NC_013966	TCCGC	2	10	175197	175206	0 %	20 %	20 %	60 %	292653733
116	NC_013966	GATTC	2	10	179043	179052	20 %	40 %	20 %	20 %	292653735
117	NC_013966	GAGCC	2	10	179794	179803	20 %	0 %	40 %	40 %	292653736
118	NC_013966	GGTCA	2	10	180524	180533	20 %	20 %	40 %	20 %	292653737
119	NC_013966	GCGTC	2	10	180592	180601	0 %	20 %	40 %	40 %	292653737
120	NC_013966	GCGCC	2	10	180886	180895	0 %	0 %	40 %	60 %	292653737
121	NC_013966	CGAAC	2	10	181128	181137	40 %	0 %	20 %	40 %	292653737
122	NC_013966	CGGCG	2	10	181785	181794	0 %	0 %	60 %	40 %	292653738
123	NC_013966	AGACG	2	10	183634	183643	40 %	0 %	40 %	20 %	292653740
124	NC_013966	GACCG	2	10	183896	183905	20 %	0 %	40 %	40 %	292653740
125	NC_013966	CGAAT	2	10	186909	186918	40 %	20 %	20 %	20 %	292653744
126	NC_013966	CCGGC	2	10	187646	187655	0 %	0 %	40 %	60 %	292653746
127	NC_013966	CCGGG	2	10	188003	188012	0 %	0 %	60 %	40 %	292653746
128	NC_013966	TCGTC	2	10	189791	189800	0 %	40 %	20 %	40 %	292653749
129	NC_013966	CGGGC	2	10	189883	189892	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
130	NC_013966	GCGCC	2	10	190776	190785	0 %	0 %	40 %	60 %	292653750
131	NC_013966	TCGCC	2	10	192207	192216	0 %	20 %	20 %	60 %	292653752
132	NC_013966	CGGGA	2	10	192556	192565	20 %	0 %	60 %	20 %	292653752
133	NC_013966	GCGCG	2	10	193657	193666	0 %	0 %	60 %	40 %	292653754
134	NC_013966	CGTCG	2	10	194260	194269	0 %	20 %	40 %	40 %	292653754
135	NC_013966	CGAGC	2	10	194413	194422	20 %	0 %	40 %	40 %	292653754
136	NC_013966	GAGAC	2	10	197495	197504	40 %	0 %	40 %	20 %	292653756
137	NC_013966	CGACG	2	10	198432	198441	20 %	0 %	40 %	40 %	292653756
138	NC_013966	GCGAG	2	10	200166	200175	20 %	0 %	60 %	20 %	292653757
139	NC_013966	CGGCG	2	10	200179	200188	0 %	0 %	60 %	40 %	292653757
140	NC_013966	CGACG	2	10	201284	201293	20 %	0 %	40 %	40 %	292653758
141	NC_013966	CCACC	2	10	202444	202453	20 %	0 %	0 %	80 %	292653758
142	NC_013966	GTTCG	2	10	202831	202840	0 %	40 %	40 %	20 %	292653759
143	NC_013966	CGAAC	2	10	202952	202961	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
144	NC_013966	GGCCG	2	10	204007	204016	0 %	0 %	60 %	40 %	292653760
145	NC_013966	CTGCG	2	10	205280	205289	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
146	NC_013966	CGAGA	2	10	208650	208659	40 %	0 %	40 %	20 %	292653765
147	NC_013966	ACTCG	2	10	210685	210694	20 %	20 %	20 %	40 %	292653766
148	NC_013966	AACCA	2	10	210936	210945	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
149	NC_013966	GGGAA	2	10	211454	211463	40 %	0 %	60 %	0 %	292653767
150	NC_013966	GATCG	2	10	211813	211822	20 %	20 %	40 %	20 %	292653767
151	NC_013966	GACCG	2	10	212753	212762	20 %	0 %	40 %	40 %	292653768
152	NC_013966	CCGAC	2	10	213885	213894	20 %	0 %	20 %	60 %	292653769
153	NC_013966	GACGG	2	10	214022	214031	20 %	0 %	60 %	20 %	292653769
154	NC_013966	ATCAC	2	10	215161	215170	40 %	20 %	0 %	40 %	292653769
155	NC_013966	GAACG	2	10	215489	215498	40 %	0 %	40 %	20 %	292653769
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157	NC_013966	AACGA	2	10	216923	216932	60 %	0 %	20 %	20 %	292653771
158	NC_013966	TCTCG	2	10	221467	221476	0 %	40 %	20 %	40 %	292653775
159	NC_013966	CGGCG	2	10	222656	222665	0 %	0 %	60 %	40 %	292653777
160	NC_013966	GGCGT	2	10	225319	225328	0 %	20 %	60 %	20 %	292653779
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162	NC_013966	GCCCG	2	10	225639	225648	0 %	0 %	40 %	60 %	292653779
163	NC_013966	GGGCC	2	10	226213	226222	0 %	0 %	60 %	40 %	292653779
164	NC_013966	GAGCC	2	10	227590	227599	20 %	0 %	40 %	40 %	292653781
165	NC_013966	CCGAA	2	10	227775	227784	40 %	0 %	20 %	40 %	292653781
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167	NC_013966	CGTCC	2	10	229565	229574	0 %	20 %	20 %	60 %	292653782
168	NC_013966	CGACC	2	10	229871	229880	20 %	0 %	20 %	60 %	292653783
169	NC_013966	TCGGT	2	10	232760	232769	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
170	NC_013966	CTTCG	2	10	233043	233052	0 %	40 %	20 %	40 %	292653788
171	NC_013966	TCCCG	2	10	233459	233468	0 %	20 %	20 %	60 %	292653788
172	NC_013966	CGACC	2	10	234715	234724	20 %	0 %	20 %	60 %	292653790
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174	NC_013966	GTCGC	2	10	241121	241130	0 %	20 %	40 %	40 %	292653797
175	NC_013966	GGTGA	2	10	242513	242522	20 %	20 %	60 %	0 %	292653798
176	NC_013966	ATCAA	2	10	243014	243023	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
177	NC_013966	GAATC	2	10	243134	243143	40 %	20 %	20 %	20 %	292653799
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180	NC_013966	ACCGT	2	10	250436	250445	20 %	20 %	20 %	40 %	292653808
181	NC_013966	AATCT	2	10	251268	251277	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
182	NC_013966	CGCCA	2	10	251923	251932	20 %	0 %	20 %	60 %	292653810
183	NC_013966	CGCTT	2	10	252329	252338	0 %	40 %	20 %	40 %	292653810
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189	NC_013966	ATCAA	2	10	262615	262624	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
190	NC_013966	CTTAG	2	10	263454	263463	20 %	40 %	20 %	20 %	292653821
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194	NC_013966	TCGTT	2	10	265934	265943	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
195	NC_013966	GGTGG	2	10	267592	267601	0 %	20 %	80 %	0 %	292653823
196	NC_013966	CTCGG	2	10	267952	267961	0 %	20 %	40 %	40 %	292653823
197	NC_013966	TATCG	2	10	270167	270176	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
198	NC_013966	CGACC	3	15	270533	270547	20 %	0 %	20 %	60 %	292653824
199	NC_013966	CGGAC	2	10	270946	270955	20 %	0 %	40 %	40 %	292653824
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202	NC_013966	GCGGT	2	10	275986	275995	0 %	20 %	60 %	20 %	292653828
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205	NC_013966	ACGCG	2	10	281770	281779	20 %	0 %	40 %	40 %	292653833
206	NC_013966	CGGCG	2	10	281825	281834	0 %	0 %	60 %	40 %	292653833
207	NC_013966	TCGAC	2	10	282857	282866	20 %	20 %	20 %	40 %	292653834
208	NC_013966	GAGGT	2	10	284467	284476	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
209	NC_013966	GTTCG	2	10	285317	285326	0 %	40 %	40 %	20 %	292653835
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215	NC_013966	GCGTC	2	10	300962	300971	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
216	NC_013966	TTCCG	2	10	302204	302213	0 %	40 %	20 %	40 %	292653850
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219	NC_013966	CGAGC	2	10	303113	303122	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
220	NC_013966	AGACG	2	10	305961	305970	40 %	0 %	40 %	20 %	292653853
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222	NC_013966	CGGTT	2	10	306926	306935	0 %	40 %	40 %	20 %	292653853
223	NC_013966	ACGTA	2	10	307594	307603	40 %	20 %	20 %	20 %	292653854
224	NC_013966	GGACG	2	10	307832	307841	20 %	0 %	60 %	20 %	292653854
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226	NC_013966	GACCG	2	10	308275	308284	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
227	NC_013966	GAGCG	2	10	311044	311053	20 %	0 %	60 %	20 %	292653858
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240	NC_013966	CGCGC	2	10	321829	321838	0 %	0 %	40 %	60 %	292653865
241	NC_013966	TTCGA	2	10	323590	323599	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
242	NC_013966	CTTCG	2	10	325605	325614	0 %	40 %	20 %	40 %	292653869
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244	NC_013966	CGGAC	2	10	326695	326704	20 %	0 %	40 %	40 %	292653870
245	NC_013966	CCAGT	2	10	328204	328213	20 %	20 %	20 %	40 %	292653874
246	NC_013966	CCGTG	2	10	329107	329116	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
247	NC_013966	CGGGC	2	10	329617	329626	0 %	0 %	60 %	40 %	292653875
248	NC_013966	GCCGT	2	10	329842	329851	0 %	20 %	40 %	40 %	292653876
249	NC_013966	CGACA	2	10	330631	330640	40 %	0 %	20 %	40 %	292653878
250	NC_013966	TGGAA	2	10	333709	333718	40 %	20 %	40 %	0 %	292653881
251	NC_013966	GGAAG	2	10	335053	335062	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
252	NC_013966	GCCGT	2	10	335828	335837	0 %	20 %	40 %	40 %	292653883
253	NC_013966	TCCAC	2	10	335912	335921	20 %	20 %	0 %	60 %	292653883
254	NC_013966	CTTTC	2	10	337579	337588	0 %	60 %	0 %	40 %	292653884
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257	NC_013966	GCCAC	2	10	339927	339936	20 %	0 %	20 %	60 %	292653887
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259	NC_013966	CCGTC	2	10	341503	341512	0 %	20 %	20 %	60 %	292653888
260	NC_013966	GCACA	2	10	342364	342373	40 %	0 %	20 %	40 %	292653889
261	NC_013966	CGATA	2	10	342967	342976	40 %	20 %	20 %	20 %	292653890
262	NC_013966	TCGGC	2	10	345458	345467	0 %	20 %	40 %	40 %	292653892
263	NC_013966	TTGTA	2	10	345762	345771	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
264	NC_013966	CGGCG	2	10	346077	346086	0 %	0 %	60 %	40 %	292653893
265	NC_013966	GGCGC	2	10	346614	346623	0 %	0 %	60 %	40 %	292653893
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497	NC_013966	GTTCG	2	10	615879	615888	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
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