MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Haloferax volcanii DS2 plasmid pHV4

Total Repeats: 88

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_013966	CTGGA	2	10	12795	12804	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
2	NC_013966	CTCCG	2	10	21799	21808	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
3	NC_013966	TCGCT	2	10	21812	21821	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
4	NC_013966	CGGGT	2	10	22272	22281	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
5	NC_013966	ATCAA	2	10	23051	23060	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
6	NC_013966	GAGAT	2	10	38652	38661	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
7	NC_013966	CGCGA	2	10	38732	38741	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
8	NC_013966	CCCAA	2	10	49911	49920	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
9	NC_013966	CAGTC	2	10	50288	50297	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
10	NC_013966	CACAT	2	10	55227	55236	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
11	NC_013966	GGACA	2	10	70702	70711	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
12	NC_013966	GACTC	2	10	71204	71213	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
13	NC_013966	ATCAA	2	10	73336	73345	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
14	NC_013966	GAAGT	2	10	94584	94593	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
15	NC_013966	TCGAT	2	10	96130	96139	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
16	NC_013966	ACGAG	2	10	117165	117174	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
17	NC_013966	GTGAT	2	10	121250	121259	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
18	NC_013966	CTGTC	2	10	136159	136168	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
19	NC_013966	CGTAC	2	10	140927	140936	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
20	NC_013966	CGTCG	2	10	141062	141071	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
21	NC_013966	GGTTG	2	10	149153	149162	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
22	NC_013966	CGGCG	2	10	150896	150905	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
23	NC_013966	GTTTC	2	10	173870	173879	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
24	NC_013966	CGGGC	2	10	189883	189892	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
25	NC_013966	CGAAC	2	10	202952	202961	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
26	NC_013966	CTGCG	2	10	205280	205289	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
27	NC_013966	AACCA	2	10	210936	210945	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
28	NC_013966	TCGGT	2	10	232760	232769	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
29	NC_013966	ATCAA	2	10	243014	243023	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
30	NC_013966	AATCT	2	10	251268	251277	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
31	NC_013966	ATCAA	2	10	262615	262624	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
32	NC_013966	CACGC	2	10	265671	265680	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
33	NC_013966	TCGTT	2	10	265934	265943	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
34	NC_013966	TATCG	2	10	270167	270176	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
35	NC_013966	CGGGA	2	10	280117	280126	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
36	NC_013966	GAGGT	2	10	284467	284476	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
37	NC_013966	GCGTC	2	10	300962	300971	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
38	NC_013966	CGAGC	2	10	303113	303122	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
39	NC_013966	GAGCG	2	10	308253	308262	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
40	NC_013966	GACCG	2	10	308275	308284	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
41	NC_013966	ATGGC	2	10	313381	313390	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
42	NC_013966	TTCGA	2	10	323590	323599	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
43	NC_013966	CCGTG	2	10	329107	329116	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
44	NC_013966	GGAAG	2	10	335053	335062	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
45	NC_013966	TTGTA	2	10	345762	345771	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
46	NC_013966	CGAGA	2	10	352508	352517	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
47	NC_013966	TCGAC	2	10	354195	354204	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
48	NC_013966	GGGGC	2	10	355932	355941	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
49	NC_013966	CGGGG	2	10	356682	356691	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
50	NC_013966	ACGCG	2	10	357762	357771	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
51	NC_013966	ATTCG	2	10	359918	359927	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
52	NC_013966	TCTGC	2	10	360365	360374	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
53	NC_013966	ACGAG	2	10	364817	364826	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
54	NC_013966	AAGCG	2	10	365667	365676	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
55	NC_013966	CCAGT	2	10	367677	367686	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
56	NC_013966	ATACT	2	10	367907	367916	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
57	NC_013966	CAGTT	2	10	373077	373086	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
58	NC_013966	TCGAA	2	10	391103	391112	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
59	NC_013966	GCCGG	2	10	397093	397102	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
60	NC_013966	GCCGC	2	10	415646	415655	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
61	NC_013966	GGCGC	2	10	415678	415687	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
62	NC_013966	CTCCG	2	10	416768	416777	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
63	NC_013966	ACCCA	2	10	426180	426189	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
64	NC_013966	GTGCA	2	10	454927	454936	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
65	NC_013966	GCCGG	2	10	458460	458469	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
66	NC_013966	GGGTG	2	10	466904	466913	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
67	NC_013966	CTCGC	2	10	481402	481411	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
68	NC_013966	AAGCG	2	10	491268	491277	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
69	NC_013966	TAATT	2	10	492666	492675	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_013966	CGACC	2	10	494949	494958	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
71	NC_013966	CCGGT	2	10	504001	504010	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
72	NC_013966	AGAGT	2	10	510018	510027	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
73	NC_013966	TTCGT	2	10	518207	518216	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
74	NC_013966	CGCAG	2	10	529969	529978	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
75	NC_013966	CGCGT	2	10	534781	534790	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
76	NC_013966	TCGAA	2	10	558503	558512	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
77	NC_013966	GCTGT	2	10	588959	588968	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
78	NC_013966	TTCGC	2	10	589394	589403	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
79	NC_013966	GGCAG	2	10	600610	600619	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
80	NC_013966	GTCGC	2	10	600662	600671	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
81	NC_013966	GACCC	2	10	602611	602620	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
82	NC_013966	GCACC	2	10	603525	603534	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
83	NC_013966	GAACT	2	10	604967	604976	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
84	NC_013966	GCGAG	2	10	612753	612762	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
85	NC_013966	GTTCG	2	10	615879	615888	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
86	NC_013966	GTTAG	2	10	630765	630774	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
87	NC_013966	CATCC	2	10	631309	631318	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
88	NC_013966	CACCC	2	10	631319	631328	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.