MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Haloferax volcanii DS2 plasmid pHV3

Total Repeats: 291

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_013964	CTCGC	2	10	549	558	0 %	20 %	20 %	60 %	292493939
2	NC_013964	CGACC	2	10	1818	1827	20 %	0 %	20 %	60 %	292493940
3	NC_013964	CGACC	2	10	3961	3970	20 %	0 %	20 %	60 %	292493942
4	NC_013964	CGACG	2	10	5368	5377	20 %	0 %	40 %	40 %	292493943
5	NC_013964	CGCGA	2	10	6092	6101	20 %	0 %	40 %	40 %	292493943
6	NC_013964	CGAGC	2	10	7999	8008	20 %	0 %	40 %	40 %	292493945
7	NC_013964	GTCGA	2	10	8165	8174	20 %	20 %	40 %	20 %	292493945
8	NC_013964	ACGCG	2	10	8426	8435	20 %	0 %	40 %	40 %	292493946
9	NC_013964	CTTCT	2	10	8749	8758	0 %	60 %	0 %	40 %	292493947
10	NC_013964	GCGCG	2	10	14776	14785	0 %	0 %	60 %	40 %	292493952
11	NC_013964	GCCGG	2	10	15148	15157	0 %	0 %	60 %	40 %	292493952
12	NC_013964	CTCGA	2	10	15608	15617	20 %	20 %	20 %	40 %	292493952
13	NC_013964	CGGTC	2	10	15984	15993	0 %	20 %	40 %	40 %	292493952
14	NC_013964	CGGTC	2	10	18793	18802	0 %	20 %	40 %	40 %	292493957
15	NC_013964	CGACT	2	10	19214	19223	20 %	20 %	20 %	40 %	292493957
16	NC_013964	GGACG	2	10	20119	20128	20 %	0 %	60 %	20 %	292493958
17	NC_013964	CTCCG	2	10	20441	20450	0 %	20 %	20 %	60 %	292493958
18	NC_013964	ACGCG	2	10	20873	20882	20 %	0 %	40 %	40 %	292493959
19	NC_013964	GCGCA	2	10	21458	21467	20 %	0 %	40 %	40 %	292493959
20	NC_013964	ACGCC	2	10	21738	21747	20 %	0 %	20 %	60 %	292493959
21	NC_013964	GGTTC	2	10	21967	21976	0 %	40 %	40 %	20 %	292493959
22	NC_013964	CCGCG	2	10	22342	22351	0 %	0 %	40 %	60 %	292493959
23	NC_013964	CGACC	2	10	23764	23773	20 %	0 %	20 %	60 %	292493960
24	NC_013964	CGACC	2	10	24537	24546	20 %	0 %	20 %	60 %	292493961
25	NC_013964	GCCGA	2	10	26493	26502	20 %	0 %	40 %	40 %	292493962
26	NC_013964	GCCCC	2	10	30788	30797	0 %	0 %	20 %	80 %	292493966
27	NC_013964	CGGCA	2	10	32034	32043	20 %	0 %	40 %	40 %	292493967
28	NC_013964	GCGCG	2	10	32555	32564	0 %	0 %	60 %	40 %	292493967
29	NC_013964	ATCCC	2	10	33462	33471	20 %	20 %	0 %	60 %	292493968
30	NC_013964	CGACC	2	10	35246	35255	20 %	0 %	20 %	60 %	292493970
31	NC_013964	TCCGC	2	10	37075	37084	0 %	20 %	20 %	60 %	292493972
32	NC_013964	TCCGC	2	10	37449	37458	0 %	20 %	20 %	60 %	292493973
33	NC_013964	CGGAG	2	10	45046	45055	20 %	0 %	60 %	20 %	292493979
34	NC_013964	CCGAG	2	10	50063	50072	20 %	0 %	40 %	40 %	292493982
35	NC_013964	GGTAG	2	10	51188	51197	20 %	20 %	60 %	0 %	292493983
36	NC_013964	GGCCG	2	10	52231	52240	0 %	0 %	60 %	40 %	292493984
37	NC_013964	GGTCG	2	10	53263	53272	0 %	20 %	60 %	20 %	292493984
38	NC_013964	TCGCG	2	10	53457	53466	0 %	20 %	40 %	40 %	292493984
39	NC_013964	CCGCG	2	10	55692	55701	0 %	0 %	40 %	60 %	292493986
40	NC_013964	ATTGG	2	10	58174	58183	20 %	40 %	40 %	0 %	292493988
41	NC_013964	CCGCG	2	10	60036	60045	0 %	0 %	40 %	60 %	292493989
42	NC_013964	GAGGT	2	10	60749	60758	20 %	20 %	60 %	0 %	292493989
43	NC_013964	GCCGC	2	10	63484	63493	0 %	0 %	40 %	60 %	292493990
44	NC_013964	CGAAC	2	10	63531	63540	40 %	0 %	20 %	40 %	292493990
45	NC_013964	GACGA	2	10	65904	65913	40 %	0 %	40 %	20 %	292493993
46	NC_013964	TCGTC	2	10	67134	67143	0 %	40 %	20 %	40 %	292493994
47	NC_013964	GCGTC	2	10	67799	67808	0 %	20 %	40 %	40 %	292493995
48	NC_013964	TTCGA	2	10	68468	68477	20 %	40 %	20 %	20 %	292493996
49	NC_013964	GCCGC	2	10	69452	69461	0 %	0 %	40 %	60 %	292493997
50	NC_013964	CCGAC	2	10	71467	71476	20 %	0 %	20 %	60 %	292493999
51	NC_013964	CGCGT	2	10	72443	72452	0 %	20 %	40 %	40 %	292494001
52	NC_013964	ACCGA	2	10	74186	74195	40 %	0 %	20 %	40 %	292494004
53	NC_013964	AACGA	2	10	75475	75484	60 %	0 %	20 %	20 %	292494006
54	NC_013964	ACGAG	2	10	82212	82221	40 %	0 %	40 %	20 %	292494012
55	NC_013964	TCGGG	2	10	82446	82455	0 %	20 %	60 %	20 %	292494012
56	NC_013964	GCCGC	2	10	86212	86221	0 %	0 %	40 %	60 %	292494015
57	NC_013964	TCGCC	2	10	86890	86899	0 %	20 %	20 %	60 %	292494016
58	NC_013964	TCGAG	2	10	86920	86929	20 %	20 %	40 %	20 %	292494016
59	NC_013964	CCGAG	2	10	91112	91121	20 %	0 %	40 %	40 %	292494020
60	NC_013964	CGCGT	2	10	91225	91234	0 %	20 %	40 %	40 %	292494020
61	NC_013964	GGTCG	2	10	92480	92489	0 %	20 %	60 %	20 %	292494021
62	NC_013964	TCGAC	2	10	94238	94247	20 %	20 %	20 %	40 %	292494022
63	NC_013964	AGCGG	2	10	95049	95058	20 %	0 %	60 %	20 %	292494023
64	NC_013964	TCGAC	2	10	95463	95472	20 %	20 %	20 %	40 %	292494023
65	NC_013964	GACGT	2	10	96243	96252	20 %	20 %	40 %	20 %	292494024
66	NC_013964	CTCGT	2	10	97858	97867	0 %	40 %	20 %	40 %	292494025
67	NC_013964	CGCGT	2	10	99967	99976	0 %	20 %	40 %	40 %	292494026
68	NC_013964	CGGCG	2	10	103460	103469	0 %	0 %	60 %	40 %	292494030
69	NC_013964	CCGAG	2	10	105511	105520	20 %	0 %	40 %	40 %	292494032
70	NC_013964	AGCGC	2	10	105541	105550	20 %	0 %	40 %	40 %	292494032
71	NC_013964	GGTCG	2	10	106330	106339	0 %	20 %	60 %	20 %	292494032
72	NC_013964	CCGTC	2	10	106342	106351	0 %	20 %	20 %	60 %	292494032
73	NC_013964	GCGCC	2	10	109573	109582	0 %	0 %	40 %	60 %	292494036
74	NC_013964	GTTCG	2	10	111754	111763	0 %	40 %	40 %	20 %	292494038
75	NC_013964	CGCAG	2	10	114085	114094	20 %	0 %	40 %	40 %	292494040
76	NC_013964	GCTCG	2	10	121089	121098	0 %	20 %	40 %	40 %	292494046
77	NC_013964	GGGCC	2	10	124445	124454	0 %	0 %	60 %	40 %	292494049
78	NC_013964	CGACG	2	10	124651	124660	20 %	0 %	40 %	40 %	292494049
79	NC_013964	CGAAC	2	10	131682	131691	40 %	0 %	20 %	40 %	292494056
80	NC_013964	GTCGA	2	10	131966	131975	20 %	20 %	40 %	20 %	292494056
81	NC_013964	CGCCC	2	10	134069	134078	0 %	0 %	20 %	80 %	292494057
82	NC_013964	CTCGT	2	10	136041	136050	0 %	40 %	20 %	40 %	292494059
83	NC_013964	CGAGT	2	10	136130	136139	20 %	20 %	40 %	20 %	292494059
84	NC_013964	CGACG	2	10	136725	136734	20 %	0 %	40 %	40 %	292494060
85	NC_013964	CGCGG	2	10	140572	140581	0 %	0 %	60 %	40 %	292494063
86	NC_013964	CGCGG	2	10	148202	148211	0 %	0 %	60 %	40 %	292494071
87	NC_013964	TCGGT	2	10	151690	151699	0 %	40 %	40 %	20 %	292494074
88	NC_013964	TCGAA	2	10	152068	152077	40 %	20 %	20 %	20 %	292494074
89	NC_013964	CCGTC	2	10	153487	153496	0 %	20 %	20 %	60 %	292494076
90	NC_013964	GACGC	2	10	155634	155643	20 %	0 %	40 %	40 %	292494078
91	NC_013964	CGACC	2	10	156361	156370	20 %	0 %	20 %	60 %	292494078
92	NC_013964	GCGAC	2	10	156683	156692	20 %	0 %	40 %	40 %	292494079
93	NC_013964	TCGCC	2	10	158278	158287	0 %	20 %	20 %	60 %	292494080
94	NC_013964	GCTCG	2	10	158532	158541	0 %	20 %	40 %	40 %	292494080
95	NC_013964	GCCGC	2	10	158566	158575	0 %	0 %	40 %	60 %	292494080
96	NC_013964	CGGTC	2	10	159943	159952	0 %	20 %	40 %	40 %	292494081
97	NC_013964	TTCAT	2	10	161571	161580	20 %	60 %	0 %	20 %	292494082
98	NC_013964	GTCGA	2	10	168197	168206	20 %	20 %	40 %	20 %	292494087
99	NC_013964	AATCG	2	10	169356	169365	40 %	20 %	20 %	20 %	292494088
100	NC_013964	CGCTT	2	10	170850	170859	0 %	40 %	20 %	40 %	292494089
101	NC_013964	CAGTT	2	10	172141	172150	20 %	40 %	20 %	20 %	292494090
102	NC_013964	GAAGA	2	10	174265	174274	60 %	0 %	40 %	0 %	292494091
103	NC_013964	CAAAC	2	10	175424	175433	60 %	0 %	0 %	40 %	292494092
104	NC_013964	CGGTC	2	10	175680	175689	0 %	20 %	40 %	40 %	292494092
105	NC_013964	CGGAA	2	10	175939	175948	40 %	0 %	40 %	20 %	292494092
106	NC_013964	GCCAC	2	10	177824	177833	20 %	0 %	20 %	60 %	292494092
107	NC_013964	CGACC	2	10	187426	187435	20 %	0 %	20 %	60 %	292494099
108	NC_013964	TCGAC	2	10	187569	187578	20 %	20 %	20 %	40 %	292494100
109	NC_013964	CCCGA	2	10	189646	189655	20 %	0 %	20 %	60 %	292494102
110	NC_013964	CCGAA	2	10	190503	190512	40 %	0 %	20 %	40 %	292494102
111	NC_013964	CCCGA	2	10	190993	191002	20 %	0 %	20 %	60 %	292494102
112	NC_013964	GAATC	2	10	191461	191470	40 %	20 %	20 %	20 %	292494102
113	NC_013964	CGGAC	2	10	194429	194438	20 %	0 %	40 %	40 %	292494105
114	NC_013964	CGCGG	2	10	194676	194685	0 %	0 %	60 %	40 %	292494105
115	NC_013964	GGCGA	2	10	195881	195890	20 %	0 %	60 %	20 %	292494107
116	NC_013964	TGGCG	2	10	197183	197192	0 %	20 %	60 %	20 %	292494108
117	NC_013964	TCGAG	2	10	197354	197363	20 %	20 %	40 %	20 %	292494108
118	NC_013964	GGAAC	2	10	200453	200462	40 %	0 %	40 %	20 %	292494110
119	NC_013964	CGCGG	2	10	200931	200940	0 %	0 %	60 %	40 %	292494110
120	NC_013964	TCGAT	2	10	201212	201221	20 %	40 %	20 %	20 %	292494110
121	NC_013964	GATTC	2	10	201694	201703	20 %	40 %	20 %	20 %	292494110
122	NC_013964	CGGTG	2	10	202847	202856	0 %	20 %	60 %	20 %	292494111
123	NC_013964	GTCGG	2	10	206288	206297	0 %	20 %	60 %	20 %	292494114
124	NC_013964	TCGCG	2	10	207624	207633	0 %	20 %	40 %	40 %	292494114
125	NC_013964	GCGCC	2	10	209873	209882	0 %	0 %	40 %	60 %	292494117
126	NC_013964	CGGTG	2	10	211507	211516	0 %	20 %	60 %	20 %	292494118
127	NC_013964	TCGTC	2	10	211841	211850	0 %	40 %	20 %	40 %	292494119
128	NC_013964	CACGA	2	10	212509	212518	40 %	0 %	20 %	40 %	292494119
129	NC_013964	CCGTA	2	10	213699	213708	20 %	20 %	20 %	40 %	292494121
130	NC_013964	TCGTC	2	10	214190	214199	0 %	40 %	20 %	40 %	292494121
131	NC_013964	TCCGG	2	10	215521	215530	0 %	20 %	40 %	40 %	292494122
132	NC_013964	GCTCG	2	10	215875	215884	0 %	20 %	40 %	40 %	292494122
133	NC_013964	CGACG	2	10	217633	217642	20 %	0 %	40 %	40 %	292494124
134	NC_013964	CTCGT	2	10	219094	219103	0 %	40 %	20 %	40 %	292494125
135	NC_013964	GTGAG	2	10	223027	223036	20 %	20 %	60 %	0 %	292494128
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138	NC_013964	CGTCG	2	10	226405	226414	0 %	20 %	40 %	40 %	292494133
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149	NC_013964	CGACC	2	10	242210	242219	20 %	0 %	20 %	60 %	292494143
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259	NC_013964	GCCAC	2	10	406356	406365	20 %	0 %	20 %	60 %	292494284
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264	NC_013964	TGCTC	2	10	410753	410762	0 %	40 %	20 %	40 %	292494288
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271	NC_013964	CGACT	2	10	416131	416140	20 %	20 %	20 %	40 %	292494292
272	NC_013964	GGACT	2	10	417642	417651	20 %	20 %	40 %	20 %	292494293
273	NC_013964	CGCGA	2	10	418703	418712	20 %	0 %	40 %	40 %	292494295
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290	NC_013964	TCGAG	2	10	436273	436282	20 %	20 %	40 %	20 %	292494313
291	NC_013964	CTCCC	2	10	436383	436392	0 %	20 %	0 %	80 %	292494313

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.