MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Haloferax volcanii DS2 plasmid pHV3

Total Repeats: 264

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_013964	GACG	2	8	7309	7316	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
2	NC_013964	GTTG	2	8	11195	11202	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
3	NC_013964	CGGT	2	8	11230	11237	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
4	NC_013964	GTGG	2	8	11282	11289	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
5	NC_013964	CCCT	2	8	13435	13442	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
6	NC_013964	CCAG	2	8	16538	16545	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
7	NC_013964	AGAA	2	8	16842	16849	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
8	NC_013964	CCAC	2	8	16874	16881	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
9	NC_013964	CCGA	2	8	18481	18488	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
10	NC_013964	GATA	2	8	20760	20767	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
11	NC_013964	CGTG	2	8	29465	29472	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
12	NC_013964	CCGG	2	8	29805	29812	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
13	NC_013964	CCGC	2	8	32995	33002	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
14	NC_013964	ACCG	2	8	33910	33917	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
15	NC_013964	GACG	2	8	34849	34856	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
16	NC_013964	CGCC	2	8	41580	41587	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
17	NC_013964	TCAC	2	8	43099	43106	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
18	NC_013964	CCCG	2	8	44656	44663	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
19	NC_013964	GGCC	2	8	45852	45859	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
20	NC_013964	GTCC	2	8	45912	45919	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
21	NC_013964	CTCG	2	8	46258	46265	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
22	NC_013964	GCAT	2	8	54985	54992	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
23	NC_013964	GGCC	2	8	54999	55006	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
24	NC_013964	GACG	2	8	55131	55138	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
25	NC_013964	TCCC	2	8	74579	74586	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
26	NC_013964	CGGG	2	8	74592	74599	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
27	NC_013964	AGCG	2	8	82609	82616	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
28	NC_013964	CTGT	2	8	93484	93491	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
29	NC_013964	CCGC	2	8	93591	93598	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
30	NC_013964	GCTC	2	8	93603	93610	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
31	NC_013964	CTAT	2	8	93867	93874	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
32	NC_013964	CTTA	2	8	93906	93913	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
33	NC_013964	TCGC	2	8	100044	100051	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
34	NC_013964	CGGT	2	8	100098	100105	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
35	NC_013964	GCTC	2	8	100381	100388	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
36	NC_013964	CGGT	2	8	100467	100474	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
37	NC_013964	TTGG	2	8	102653	102660	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
38	NC_013964	GCCC	2	8	108564	108571	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
39	NC_013964	CCTG	2	8	109706	109713	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
40	NC_013964	GAAC	2	8	109942	109949	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
41	NC_013964	TCAC	2	8	110081	110088	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
42	NC_013964	GTCT	2	8	110183	110190	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
43	NC_013964	CGAA	2	8	111354	111361	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
44	NC_013964	CGTT	2	8	115974	115981	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
45	NC_013964	ACGA	2	8	116030	116037	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
46	NC_013964	GTCG	2	8	117163	117170	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
47	NC_013964	GGCG	2	8	117654	117661	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
48	NC_013964	CTCG	2	8	118973	118980	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
49	NC_013964	TATT	2	8	119032	119039	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_013964	CGCC	2	8	122497	122504	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
51	NC_013964	CCGC	2	8	123858	123865	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
52	NC_013964	CAAA	2	8	125047	125054	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
53	NC_013964	CCGC	2	8	129219	129226	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
54	NC_013964	CCGT	2	8	130338	130345	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
55	NC_013964	GTGG	2	8	130468	130475	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
56	NC_013964	GTCA	2	8	130535	130542	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
57	NC_013964	CTAC	2	8	130610	130617	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
58	NC_013964	CGTC	2	8	135776	135783	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
59	NC_013964	ACCG	2	8	140265	140272	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
60	NC_013964	TCGC	2	8	140310	140317	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
61	NC_013964	CTCC	2	8	140332	140339	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
62	NC_013964	CTCA	2	8	143361	143368	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
63	NC_013964	CCAG	2	8	144140	144147	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
64	NC_013964	GAAA	2	8	145098	145105	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
65	NC_013964	CGGC	2	8	145323	145330	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
66	NC_013964	TTAC	2	8	145383	145390	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
67	NC_013964	CCGA	2	8	147740	147747	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
68	NC_013964	CGCC	2	8	150237	150244	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
69	NC_013964	CCCG	2	8	152934	152941	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
70	NC_013964	CCCA	2	8	152942	152949	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
71	NC_013964	CGCC	2	8	155492	155499	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
72	NC_013964	CCGA	2	8	158960	158967	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
73	NC_013964	GCTC	2	8	160801	160808	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
74	NC_013964	CGTC	2	8	164895	164902	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
75	NC_013964	AGTG	2	8	167535	167542	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
76	NC_013964	AGGC	2	8	168944	168951	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
77	NC_013964	CGGT	2	8	169165	169172	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
78	NC_013964	AGCA	2	8	171260	171267	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
79	NC_013964	GAAC	2	8	171593	171600	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
80	NC_013964	GCCT	2	8	174890	174897	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
81	NC_013964	CATC	2	8	175132	175139	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
82	NC_013964	CTAA	2	8	182281	182288	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
83	NC_013964	AACA	2	8	184140	184147	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
84	NC_013964	TCGT	2	8	184231	184238	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
85	NC_013964	TGGG	2	8	184772	184779	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
86	NC_013964	GGCT	2	8	185012	185019	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
87	NC_013964	TATC	2	8	185387	185394	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
88	NC_013964	TCAT	2	8	186064	186071	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
89	NC_013964	CGAA	2	8	186226	186233	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
90	NC_013964	TTCG	2	8	198766	198773	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
91	NC_013964	TGAT	2	8	198965	198972	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
92	NC_013964	GGAA	2	8	199085	199092	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
93	NC_013964	CTCC	2	8	199354	199361	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
94	NC_013964	GTTA	2	8	199764	199771	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
95	NC_013964	ACCC	2	8	200182	200189	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
96	NC_013964	TGTC	2	8	200260	200267	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
97	NC_013964	AATC	2	8	202431	202438	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
98	NC_013964	GTGC	2	8	203308	203315	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
99	NC_013964	GTCT	2	8	204741	204748	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
100	NC_013964	GTCT	2	8	210608	210615	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
101	NC_013964	TTCG	2	8	210662	210669	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
102	NC_013964	GACA	2	8	210949	210956	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
103	NC_013964	CCAC	2	8	215256	215263	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
104	NC_013964	CCGA	2	8	217403	217410	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
105	NC_013964	CGGT	2	8	221360	221367	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
106	NC_013964	TCGC	2	8	221424	221431	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
107	NC_013964	ACGA	2	8	223056	223063	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
108	NC_013964	GTGA	2	8	223086	223093	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
109	NC_013964	CGAC	2	8	224112	224119	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
110	NC_013964	GCCT	2	8	229022	229029	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
111	NC_013964	TCGG	2	8	229253	229260	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
112	NC_013964	CGAC	2	8	229438	229445	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
113	NC_013964	TCGT	2	8	229803	229810	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
114	NC_013964	AGCC	2	8	230632	230639	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
115	NC_013964	ATCA	2	8	230745	230752	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
116	NC_013964	GACC	2	8	231113	231120	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
117	NC_013964	CATA	2	8	231296	231303	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
118	NC_013964	GCCA	2	8	232828	232835	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
119	NC_013964	TCGG	2	8	233821	233828	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
120	NC_013964	GTCG	2	8	234788	234795	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
121	NC_013964	CCAG	2	8	237943	237950	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
122	NC_013964	CGGC	2	8	238045	238052	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
123	NC_013964	CGGG	2	8	240569	240576	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
124	NC_013964	CGAG	2	8	244631	244638	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
125	NC_013964	ACCT	2	8	246332	246339	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
126	NC_013964	CGCC	2	8	246698	246705	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
127	NC_013964	GATA	2	8	249433	249440	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
128	NC_013964	GTCG	2	8	254707	254714	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
129	NC_013964	GACC	2	8	255112	255119	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
130	NC_013964	ACCG	2	8	256453	256460	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
131	NC_013964	GTCG	2	8	256480	256487	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
132	NC_013964	CTCC	2	8	258058	258065	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
133	NC_013964	CGAC	2	8	261898	261905	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
134	NC_013964	ACCT	2	8	261959	261966	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
135	NC_013964	ATCA	2	8	262014	262021	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
136	NC_013964	GCGA	2	8	264285	264292	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
137	NC_013964	TCGG	2	8	265290	265297	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
138	NC_013964	ACGT	2	8	265306	265313	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
139	NC_013964	GGTC	2	8	266631	266638	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
140	NC_013964	CATG	2	8	266836	266843	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
141	NC_013964	CCAC	2	8	267694	267701	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
142	NC_013964	GGGC	2	8	267891	267898	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
143	NC_013964	TCGC	2	8	268026	268033	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
144	NC_013964	GCTC	2	8	269348	269355	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
145	NC_013964	GACA	2	8	269369	269376	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
146	NC_013964	GCGA	2	8	269378	269385	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
147	NC_013964	TTAG	2	8	276913	276920	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
148	NC_013964	CGGT	2	8	278512	278519	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
149	NC_013964	TCGG	2	8	278649	278656	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
150	NC_013964	ACAG	2	8	278986	278993	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
151	NC_013964	ACCA	2	8	279009	279016	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
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263	NC_013964	TCAC	2	8	437591	437598	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.