MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Nitrosococcus halophilus Nc4 chromosome

Total Repeats: 190

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_013960	TCACTA	2	12	1778	1789	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_013960	AAAAAC	2	12	15444	15455	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
3	NC_013960	TGAAAA	2	12	23413	23424	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
4	NC_013960	AACTAT	2	12	44630	44641	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
5	NC_013960	AAGCCA	2	12	60477	60488	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
6	NC_013960	GAATCT	2	12	65680	65691	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
7	NC_013960	AGAATC	2	12	147935	147946	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
8	NC_013960	TAAATG	2	12	149020	149031	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
9	NC_013960	ATTTTT	2	12	149872	149883	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_013960	CTTGAG	2	12	183342	183353	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
11	NC_013960	TTTTTC	2	12	189441	189452	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
12	NC_013960	CACCGA	2	12	208288	208299	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
13	NC_013960	AACTAA	2	12	213215	213226	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
14	NC_013960	GTACGG	2	12	256307	256318	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
15	NC_013960	TCAGGT	2	12	260358	260369	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
16	NC_013960	AGTGCC	3	18	270155	270172	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
17	NC_013960	CGTTGC	2	12	286087	286098	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
18	NC_013960	ATCGTT	2	12	289761	289772	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
19	NC_013960	AGTAAA	2	12	301875	301886	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
20	NC_013960	GAAAAG	2	12	302613	302624	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
21	NC_013960	TTTGTA	2	12	304623	304634	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
22	NC_013960	AATATA	2	12	313767	313778	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_013960	TAAAGA	2	12	339606	339617	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
24	NC_013960	ATGGAG	2	12	346090	346101	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
25	NC_013960	TAATAT	2	12	347106	347117	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_013960	TATAGA	2	12	358085	358096	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
27	NC_013960	TTTTTA	2	12	401854	401865	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_013960	CTATTG	2	12	417273	417284	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
29	NC_013960	AGCGAT	2	12	423224	423235	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
30	NC_013960	TCAATT	2	12	436043	436054	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
31	NC_013960	ACTGAA	2	12	437667	437678	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
32	NC_013960	ATTGCC	2	12	444211	444222	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
33	NC_013960	TATTTA	2	12	459562	459573	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_013960	GTGCTG	2	12	461224	461235	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
35	NC_013960	GTGTTA	2	12	512785	512796	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
36	NC_013960	GGGTTA	2	12	520776	520787	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
37	NC_013960	TAAATA	2	12	563135	563146	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_013960	CCATTA	2	12	639885	639896	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
39	NC_013960	CTAAAC	2	12	677364	677375	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
40	NC_013960	GTCTTT	2	12	732161	732172	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
41	NC_013960	AAGCGA	2	12	744739	744750	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
42	NC_013960	TCGTGT	2	12	758241	758252	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
43	NC_013960	AAGCGA	2	12	769590	769601	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
44	NC_013960	TGGAAG	2	12	803803	803814	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
45	NC_013960	GAAAGG	2	12	811624	811635	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
46	NC_013960	GGCGGT	2	12	812431	812442	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
47	NC_013960	AAGGGC	2	12	814238	814249	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
48	NC_013960	AAGAAA	2	12	824572	824583	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
49	NC_013960	GGGGGC	2	12	825484	825495	0 %	0 %	83.33 %	16.67 %	Non-Coding
50	NC_013960	TTTCCC	2	12	854917	854928	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
51	NC_013960	AGCTTC	2	12	867209	867220	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
52	NC_013960	CTATGC	2	12	884354	884365	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
53	NC_013960	ATTTGC	2	12	961373	961384	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
54	NC_013960	AGCTAT	2	12	1059909	1059920	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
55	NC_013960	GTTTTT	2	12	1077225	1077236	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
56	NC_013960	ATAGGT	2	12	1095981	1095992	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
57	NC_013960	TGAAAT	2	12	1102212	1102223	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
58	NC_013960	GGGCAG	2	12	1113853	1113864	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
59	NC_013960	TTAAAG	2	12	1121156	1121167	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
60	NC_013960	GGCCGA	2	12	1121947	1121958	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
61	NC_013960	AAATCA	2	12	1134248	1134259	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
62	NC_013960	GCCGAG	2	12	1154969	1154980	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
63	NC_013960	TGGCAC	2	12	1155346	1155357	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
64	NC_013960	CCAGAA	2	12	1156316	1156327	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
65	NC_013960	CAACCT	2	12	1162801	1162812	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
66	NC_013960	TAAAAC	2	12	1188793	1188804	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
67	NC_013960	CTTTTT	2	12	1261660	1261671	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
68	NC_013960	CTTTTA	3	18	1262551	1262568	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
69	NC_013960	TGCTCC	2	12	1263149	1263160	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
70	NC_013960	TCACGG	2	12	1269305	1269316	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
71	NC_013960	CAATAG	2	12	1270807	1270818	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
72	NC_013960	AAGCTA	2	12	1274748	1274759	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
73	NC_013960	TGAAAT	2	12	1309874	1309885	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
74	NC_013960	ATTTTA	2	12	1346033	1346044	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_013960	GGCTTT	2	12	1395273	1395284	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
76	NC_013960	TTAATC	2	12	1395341	1395352	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
77	NC_013960	TCGCTT	2	12	1404487	1404498	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
78	NC_013960	ATAAGC	2	12	1510810	1510821	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
79	NC_013960	CTAAAA	2	12	1511538	1511549	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
80	NC_013960	TGCTTT	2	12	1518758	1518769	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
81	NC_013960	GATTAA	2	12	1519530	1519541	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
82	NC_013960	CCCTTA	2	12	1539362	1539373	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
83	NC_013960	CTTGGG	2	12	1595429	1595440	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
84	NC_013960	TGTAAG	2	12	1598125	1598136	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
85	NC_013960	TAGAGA	2	12	1620407	1620418	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
86	NC_013960	TTTGAT	2	12	1627320	1627331	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
87	NC_013960	TCCTAT	2	12	1628456	1628467	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
88	NC_013960	ATGGGA	2	12	1631137	1631148	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
89	NC_013960	GTTTTT	2	12	1631613	1631624	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
90	NC_013960	TGGTTA	2	12	1643038	1643049	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
91	NC_013960	AATAAG	2	12	1643184	1643195	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
92	NC_013960	TCCTTA	2	12	1690622	1690633	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
93	NC_013960	ATCCCA	2	12	1733252	1733263	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
94	NC_013960	TCGCTT	2	12	1738073	1738084	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
95	NC_013960	CGGGTA	2	12	1747356	1747367	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
96	NC_013960	TATAAG	2	12	1761583	1761594	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
97	NC_013960	TATATT	2	12	1769417	1769428	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_013960	CCGTCC	2	12	1781577	1781588	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
99	NC_013960	TCGCGT	2	12	1786608	1786619	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
100	NC_013960	ATTTTA	2	12	1836631	1836642	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_013960	TGAAGG	2	12	1867050	1867061	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
102	NC_013960	TCGCTT	2	12	1872931	1872942	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
103	NC_013960	AATTTA	2	12	1889864	1889875	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_013960	TCGACA	2	12	1890330	1890341	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
105	NC_013960	GGCTTG	2	12	1893064	1893075	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
106	NC_013960	TCGCTT	2	12	1894060	1894071	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
107	NC_013960	AATTTA	2	12	1910993	1911004	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_013960	TCGACA	2	12	1911459	1911470	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
109	NC_013960	GGCTTG	2	12	1914193	1914204	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
110	NC_013960	TCGCTT	2	12	1915189	1915200	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
111	NC_013960	TTTCGG	2	12	1947964	1947975	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
112	NC_013960	TGAAAT	2	12	1972419	1972430	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
113	NC_013960	AAAAAT	2	12	1975715	1975726	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_013960	CTCGAA	2	12	1982334	1982345	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
115	NC_013960	GAGATT	2	12	2002303	2002314	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
116	NC_013960	TTCATT	2	12	2110565	2110576	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
117	NC_013960	AAAATT	2	12	2182795	2182806	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_013960	TATGAC	2	12	2193119	2193130	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
119	NC_013960	GACTAT	2	12	2263225	2263236	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
120	NC_013960	TTGATG	2	12	2288438	2288449	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
121	NC_013960	CAACCT	2	12	2315202	2315213	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
122	NC_013960	TATATT	2	12	2335318	2335329	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_013960	TACTTG	2	12	2354172	2354183	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
124	NC_013960	CTAACC	2	12	2372796	2372807	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
125	NC_013960	TGAGGG	2	12	2404801	2404812	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
126	NC_013960	AATATA	2	12	2428681	2428692	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_013960	GGCTTT	2	12	2503055	2503066	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
128	NC_013960	CCATAT	2	12	2542585	2542596	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
129	NC_013960	CAATAG	2	12	2570128	2570139	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
130	NC_013960	AACTTA	2	12	2570307	2570318	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
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135	NC_013960	GGGGGA	2	12	2616895	2616906	16.67 %	0 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
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152	NC_013960	TCATAG	2	12	3029821	3029832	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
153	NC_013960	GCCGGG	2	12	3076072	3076083	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
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155	NC_013960	ATTTTA	2	12	3079420	3079431	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
156	NC_013960	TTTATA	2	12	3139677	3139688	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.